Dissertações/Teses

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2020
Descrição
  • MARCOS VINÍCIUS REIS CONCEIÇÃO
  • Análise da microbiota gastrointestinal de ostras (Crassostrea gasar) provenientes de um estuário no nordeste do estado do Pará: Uma abordagem através do gene rDNA 16s.

  • Data: 29/10/2020
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  • As ostras são moluscos bivalves que se alimentam através um processo de filtração, tendo como base partículas suspensas na água, sendo estas microalgas, bactérias, fitoplânctons, microzooplânctons e matéria orgânica dissolvida. Esses moluscos ocorrem naturalmente em estuários do litoral brasileiro, onde no nordeste do estado do Pará é comum o cultivo da espécie Crassostrea gasar. Devido ao processo de alimentação por filtração, a colonização bacteriana do intestino da ostra está relacionada ao ambiente em que habitam e a microbiota gastrointestinal de C. gasar ainda não foi elucidada. Neste estudo, buscamos descrever a diversidade bacteriana da microbiota intestinal de ostras C. gasar durante a estação chuvosa e a estação seca. Para isso, foram coletadas ostras de um ponto de cultura na vila de Lauro Sodré, em Curuçá, região nordeste do estado do Pará, em outubro de 2018 (estação seca) e abril de 2019 (estação chuvosa). O DNA extraído do estômago, intestino e glândulas digestivas foi usado como molde para a amplificação do rDNA 16s utilizando primers universais, e para sequenciamento utilizamos a tecnologia de sequenciamento de nova geração (NGS) através da plataforma Ilumina Miseq. As leituras obtidas a partir do sequenciamento foram processadas e analisadas com USEARCH e MG RAST. Os filos firmicutes, proteobactérias, bacteroidetes e actinobactérias foram os quatro filos mais frequentes na microbiota intestinal da ostra durante a estação seca e chuvosa. As métricas de alfa diversidade mostraram que a diversidade e a riqueza bacterianas foram maiores durante a estação chuvosa em relação a estação seca. Houve variação do número de filos encontrados nas amostras, onde durante a estação chuvosa foram encontrados 25 filos, 4 a mais do que durante a estação seca. Nas ostras de ambas as estações foram encontradas bactérias do gênero Clostridium, algumas espécies deste gênero podem causar botulismo (Clostridium botulinum) e tétano (Clostridium tetani). Os primeiros resultados obtidos neste trabalho são uma grande novidade em relação a ostras cultivadas na região amazônica; eles representam, a nosso conhecimento, a primeira descrição dos perfis de microbiota baseados no gene 16SrDNA da espécie ostra Crassostrea gasar. Os resultados destacam semelhanças e diferenças na composição da microbiota em diferentes épocas do ano, bem como os filos firmicutes, bacteroidetes proteobacteria e actinobacteria como os frequentes na composição da microbiota gastrointestinal de ostras. Os resultados encontrados neste estudo são compatíveis com estudos publicados anteriormente sobre a microbiota de outras espécies de Crassostrea, porém análises futuras baseadas em amostragens temporais e espaciais mais extensas devem ser realizadas; além disso, serão realizadas análises adicionais utilizando diferentes abordagens de bioinformática, a fim de obter mais informações sobre esses dados.

  • JHULLY AZEVEDO DOS SANTOS PINHEIRO
  • CARACTERIZAÇÃO DE POLIMORFISMOS INDEL EM REGIÕES CODIFICADORAS DE piRNAs EM UMA POPULAÇÃO DO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 10/07/2020
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  • O câncer surge da complexa interação entre fatores de risco ambientais e genéticos. Entre os diversos tipos, o Câncer Gástrico (CG) é a quinta neoplasia maligna mais incidente, e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo, enquanto a Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), outro tipo de câncer com relevante impacto na saúde mundial, é apresentada como uma das principais causas de morte em crianças. Diversos polimorfismos (Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNP), Inserção-Deleção (INDEL)) e alterações epigenéticas (através da regulação por RNAs não codificantes (ncRNAs)), têm sido associadas ao desenvolvimento destas doenças. Recentemente, investigações têm demonstrado que a expressão de PIWI-interacting RNA (piRNAs) está desregulada em tecidos cancerosos. Apesar dos dados emergentes demonstrando o papel de ncRNAs na tumorigênese, ainda são poucos os trabalhos que avaliam as consequências de variantes germinativas dentro dessas regiões, e seus efeitos na função de piRNAs e na predisposição ao câncer. Esse trabalho se concentra em polimorfismos do tipo INDEL, presentes em regiões que codificam piRNAs que foram associadas ao câncer. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi investigar a distribuição alélica e genotípica dessas três variantes do tipo INDEL: rs10651123 (no pseudogene YWHAEP7, que codifica o piR-hsa-20788), rs59379238 (no íntron do gene CYP19A1, que codifica o piR-hsa-1856) e rs5856040 (no pseudogene AC093664.1, que codifica o piR-hsa-8395), presentes em regiões codificadoras de piRNAs, e a influência dessa variabilidade no desenvolvimento de CG e LLA, em um estudo de caso-controle, desenvolvido com uma população do estado do Pará. Neste estudo foram investigadas amostras de DNA, coletadas de 192 pacientes com CG do Hospital Universitário João de Barros Barreto e 104 pacientes com LLA do Hospital Octávio Lobo e 171 amostras de indivíduos saudáveis não relacionados. Os polimorfismos foram amplificados por PCR multiplex, e genotipados no ABI PRISM 3130, e os dados foram analisados no software GeneMapper, seguido de análises estatísticas realizadas por meio do software R v 3.1. Na análise de associação, não foi possível observar associação significativa das variantes com a suscetibilidade ao CG e LLA. Esse foi o primeiro trabalho a analisar INDELs em regiões que codificam piRNAs, e a discussão aqui levantada contribui para o entendimento de variantes presentes em regiões de piRNAs, e para futuros estudos que avaliem o seu impacto no desenvolvimento do câncer.

  • CAMILLE SENA DOS SANTOS
  • ASSOCIAÇÃO ENTRE VARIANTES DAS VIAS EXTRÍNSECA E MITOCONDRIAL DA APOPTOSE COM A INFECÇÃO POR Plasmodium spp

  • Data: 26/06/2020
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  • Malaria is a parasitic infection caused by protozoa of the Plasmodium genus and represents one of the main public health problems and socioeconomic burden worldwide. The activation of the immune system contributes to the control of parasites in the host, and may even trigger the extrinsic and mitochondrial pathways of apoptosis, a form of regulated cell death, with known participation in physiological processes and immune system, for eliminate infected hepatocytes and reduce parasitic density. Several genes are involved in apoptotic process, such as FAS, FADD, CASP8, CASP9, CASP3, BCL-2 and TP53. In this context, the present study aimed to investigate the association between the allelic and genotypic distributions of the variants: rs10562972 (FAS), rs4197 (FADD), rs3834129 (CASP8), rs59308963 (CASP8), rs61079693 (CASP9), rs4647655 (CASP3) , rs11269260 (BCL-2), 17880560 (TP53) with susceptibility to Plasmodium infection, as well as the association with parasitic density. To do so, 227 individuals were included, 126 of whom were previously diagnosed with malaria by thick blood smear microscopy and 101 individuals without malaria. The molecular diagnosis was determined by amplifying mitochondrial DNA (mtDNA) of the parasite through quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) using the ABI Prism 7.500 platform (Thermo Fisher Scientific). The variants were genotyped by the PCR Multiplex technique on ABI PRISM 3130 and were analyzed with GeneMapper ID v3.2. (Thermo Fisher Scientific). In the result, was observed that in the group with malaria, infection by P. falciparum was detected in 42 individuals, by P. vivax in 26, and 58 individuals were detected with mixed infection. The analysis of the distribution of the genotypic and allele frequencies showed that the rs3834129 (CASP8) variant is a potential marker for the susceptibility to mixed infection, while the rs10562972 (FAS), rs3834129 (CASP8), rs61079693 (CASP9), rs11269260 (BCL-2) variants are potential markers for infection by P. falciparum, and the rs3834129 (CASP8) and rs61079693 (CASP9) variants were also associated with the number of Plasmodium infections. Additionally, the analysis of the distribution of genotype frequencies revealed that the rs3834129 variant (CASP8) was associated with low parasitic density, thus suggesting that this variant influences in the malária outcome. However, it is necessary to perform deeper molecular approaches, as well as immunological approaches, in order to better clarify the relationship of these variants with the susceptibility and outcome of malaria.

    Apoptosis; INDEL; Malaria; mtDNA; P. falciparum; P. vivax; P. malarie

  • CINTIA HELENA BRAGA DA SILVA
  • VDR GENE POLYMORPHISMS AND LEPROSY SUSCEPTIBILITY IN QUILOMBOLAS POPULATIONS

  • Data: 26/06/2020
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  • Polymorphisms of the vitamin D receptor (VDR) are associated with leprosy, as they play an important role in the innate immune response against mycobacteria. Vitamin D controls several UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR host immunomodulatory properties through VDR. We investigated if the distribution of allelic variants of the VDR gene may be related to increased susceptibility to leprosy in different population groups in the state of Pará (individuals from the city of Belém and Quilombolas communities). The study group includes 383 participants, of which 68 are leprosy patients (BCH), 115 healthy controls (BSH) and 200 individuals from different quilombola communities in the state of Pará. The search for VDR single nucleotide polymorphisms (SNPs) (FokI, TaqI and BsmI) was based on conventional PCR and sequencing reaction by the Sanger method techniques. The statistical analysis was performed using the statistical package R v.3.4. The TaqI and BsmI variants are associated with leprosy. African and Amerindian genomic ancestry contributes to leprosy susceptibility. Therefore, these data highlight the importance of identifying biological markers in primary health care that may indicate greater susceptibility to the development of infectious and parasitic diseases, such as leprosy, whether for the general population or in vulnerable communities such as quilombolas or indigenous peoples. Key – words: VDR, Leprosy, Quilombolas and Genomic Ancestry

  • GLEYCIANE MACHADO DA COSTA
  • Microbial Diversity in Mangrove Soil in the Municipality of Bragança in Northeast Pará 

  • Data: 12/06/2020
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  • Microbial Diversity in Mangrove Soil in the Municipality of Bragança in Northeast Pará Mangroves offer a unique ecological environment for diverse microbial communities. They are particularly important in controlling the chemical environment of the ecosystem. Analyzes of the microbial biodiversity of these ecosystems help us to understand the dynamics of these communities in the environment and the changes due to impacts. In the case of the Amazon, the mangroves distributed by Amapá, Pará and Maranhão, occupy an area of 9 thousand km2 and correspond to 70% of the mangroves in Brazil, in which studies on microbial biodiversity are extremely scarce. In this sense, the present project aimed to know the microbial diversity in a mangrove in the municipality of Bragança using metagenomics. Mangrove samples were collected from environments impacted by human action (dead vegetation), from pristine environments (native vegetation) and low impact (growing vegetation), in which their total DNA was extracted. This DNA was fragmented (~ 460 bp) and used for random sequencing on the new generation Illumina MiSeq platform. The readings were analyzed using USEARCH tools and packages available for the R Platform (R Project). As a result, the most abundant phylum was Proteobacteria in mangroves of native vegetation and in growth and the phylum Firmicutes and Bacteroidetes in mangrove of dead vegetation, with the genus Faecalibacterium, Roseburia, Prevotella, Prolixibacter and Bacteroidetes being some of the most abundant and Acidiferrobacter, Aquihabitans, Desulforsarcina and Rhodoplanes as some of the least abundant. The mangrove with dead vegetation proved to be ecologically different from the mangroves with native vegetation and in growth. With the present results we conclude that there was a resulting loss of biodiversity in the anthropogenically impacted mangrove, which may contribute to the reduction of coastal protection against floods and storms, reducing the resilience of the ecosystem to disturbance. Keywords: Mangrove, Metagenomics, Anthropogenic, Bragança.

  • DANIEL VOLOSKI GUASSELLI
  • Metagenomics applied to biofilms on a concrete surface 

  • Data: 12/06/2020
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  • As well as microorganisms contribute to the formation of the soil, through metabolic activities combined with physical and chemical activities on mineral rock surfaces, civil constructions such as buildings, walls, beams and galleries that are also subject to microbial colonization. Action provided by three-dimensional structures composed of a consortium of bacteria and substances secreted by them, called biofilms. With the application of metagenomics, it is possible to characterize the microbial community, determine diversity, metabolic pathways and obtain biofilm genomes. The samples were collected at the Hydroelectric Plant of Tucuruí-PA, sequenced using a shotgun approach using the Ion Torrent platform and genetic annotations performed using the KEEG Ontology database using the MG-RAST tool. 164,828 readings were obtained with an average size of 161 bp and total yield of 265,680,450 bp, with 473,484 duplications and a GC content of 43%. The prevalent species were: Lysinibacillus sphaericus, Bacillus subtilis, Bacillus cereus and Bacillus halodurans, with sequences related mainly to metabolism, processing of genetic information and processing of environmental information. It was found readings of proteins responsible for the production of acids involved in the sulfur and nitrogen cycles, however, it was not possible to obtain all the necessary readings complementary to these cycles. With this, it is not possible to affirm in practice, the involvement of bacteria present in biofilms with biocorrosion or its impact on concrete galleries. The genera present in greater abundance have possible biotechnological potential, mainly associated with carbonate precipitation and may have applications in the maintenance of concrete structures. Keywords: Biofilms; Environmental Genomics; Metagenomics; Built environments; NGS;

  • MICHELLY DA SILVA DOS SANTOS
  • CITOGENÉTICA DE OPISTHOCOMIFORMES E CUCULIFORMES: PINTURA CROMOSSÔMICA COMPARATIVA E CONSIDERAÇÕES FILOGENÉTICAS

  • Data: 09/06/2020
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  • The hoatzin (Opisthocomus hoazin) is a leaf-eating bird endemic to the Amazon region, which has some unique features, such as fermentation in the digestive tract and claws on the wings when they are young, which makes it difficult to determine its phylogenetic relationship with other groups of birds. Several phylogenetic analyses have resulted in conflicting proposals, with the inclusion of the hoatzin in Galliformes, Gruiformes, Musophagiformes, Charadriiformes or Cuculiformes, but the support values have always been low and inconclusive. Contemporarily, the hoatzin is  included in its own order, Opistocomiformes, but its phylogenetic relationships remain unknown. Among the groups cited as close related to Opisthocomiformes, we find the Cuculiformes, which also do not yet have a definitive phylogenetic position, and come from a long history of difficult classification. The species of this order have been the object of several studies based on osteology, behavior, ecology, morphology and molecular studies. Concerning chromosomal studies, it is worthwhile to note that cytogenetic information are scarce for Cuculiformes, and are resumed to the results of few species analyzed only by classical cytogenetic techniques. Therefore, in the present study, we analyzed three species of birds, the hoatzin (Opisthocomiformes) and two species of the family Cuculidae (Cuculiformes) – the guira cuckoo (Guira guira) and the squirrel cuckoo (Piaya cayana) -, by means of comparative chromosomal painting, in order to analyze their karyotypic evolution and identify possible shared rearrangements. Our results demonstrate high chromosomal diversity, with 2n = 80 in O. hoazin, 2n = 76 in G. guira, with events of fission and fusion involving ancestral syntenies, while P. cayana presented only fissions, which explains its high diploid number of 2n=90. Additionally, it was observed that the distribution of 18SrDNA clusters is found in derived states in the three species, but resulting from different rearrangements - duplication in O. hoazin and fusions in G. guira and P. cayana, but not involving the same syntenic groups. Interestingly, there were no common chromosomal rearrangements between these species, and there are no synapomorphies that justify the phylogenetic proximity between these orders. Furthermore, we found no evidence to place Cuculiformes close to the groups previously proposed as a sibling group. However, karyotype comparisons with data from the literature demonstrate that cuckoo species can be divided cytotaxonomically into three groups, based on the number and chromosomal morphology, and hence helping in the understanding of the evolutionary history and the interspecific relationships within this order.

     

    Keywords: Chromosome painting, Chromosomal rearrangements, Cytotaxonomy, Opisthocomus; Cuculidae.

  • JESSICA LIGIA PICANCO MACHADO
  • SEQUENCIAMENTO COMPLETO DO GENOMA: ANÁLISE DE VARIANTES GENÉTICAS ASSOCIADAS À OBESIDADE EM INDÍGENAS DA AMAZÔNIA

  • Data: 30/05/2020
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  • Atualmente, o aumento no número de pessoas obesas no mundo tem se tornado preocupante devido às complicações de saúde que esses indivíduos podem possuir. Com o auxílio da medicina personalizada, os escores poligênicos de risco (PRG) permitem entender o risco do desenvolvimento da obesidade a partir da influência de determinadas mutações. Uma vez que a obesidade comum é a forma predominante na sociedade, o uso desta ferramenta em populações indígenas brasileiras torna-se um passo natural. Visto a crescente prevalência de adultos obesos nas populações indígenas, o objetivo do estudo foi visualizar a eficiência do PRS de obesidade en ameríndios e descrever as variantes de risco encontradas e do FTO. Foram realizado o exoma de 56 amostras de sangue de nove etnias indígenas da Amazônia, então feitas o escores de risco com script in-house e com o auxilo do software plink (v 1.9) foram feitos: desequilibrio de ligação, equilibrio de Hardy-Weinberg e frequencias alélica com a população do 1000Genomes. Os resultados mostram a baixa probabilidade dos indìgenas desenvolverem obesidade (quase 0%), dentre as 385 snps analisados foram encontradas apenas 19 nos indígenas, sendo o rs215607 em desequilibrio de Hardy-Weinberg, e rs4788099 e rs7498665 em desequilibrio de ligação, nenhuma das variantes foi encontrada em genes comumentes relacionados à obesidade (FTO), seis genes não apresentam outros estudos corroborando o seu risco a obesidade, quando observado as mutações no FTO em busca de variantes não relatadas no GWAS Catalog foram encontradas oito variantes das quais apenas cinco estavam descritas no dbSNP, dessas uma foi relatada como fator de proteção contra a obesidade, as três variantes sem descrição não apresentaram nenhum grau de patogenicidade. Com isso podemos reforçar a necessidade de mais trabalhos genéticos de associação com obesidade em população indígenas e a necessidade de observar os outros fatores ligados à obesidade que possam exercer maior influência nessas comunidades.

  • AYLLA NÚBIA LIMA MARTINS DA SILVA
  • DETERMINANTES GENÉTICOS ASSOCIADOS A EVOLUÇÃO CLÍNICA DA ANEMIA FALCIFORME EM PACIENTES DO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 25/05/2020
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  • A anemia falciforme é uma doença hemolítica crônica causada pela tendência das moléculas de hemoglobina se polimerizarem dentro das hemácias. Essa polimerização leva a deformação do eritrócito, que gera uma forma de foice nessas células, e resulta em eventos vaso oclusivos e aumento dos processos de hemólise da corrente sanguínea.  Os fenômenos vaso oclusivos são determinantes na maioria das complicações clínicas da anemia falciforme. A oclusão dos microvasos acarretam em crises dolorosas, infarto de tecidos, complicações pulmonares e cardiácas, dano hepático e renal, acidente vascular cerebral, priaprismos, infecções, dentre outras complicações clínica. O objetivo do presente estudo foi investigar a influência de polimorfismos genéticos que estão envolvidos direta ou indiretamente nos processos vaso oclusivos, sobre a variabilidade clínica da anemia falciforme permitindo sugerir um prognostico clínico em pacientes na Fundação Centro de Hematologia e Hemoterapia do estado do Pará.  O estudo envolveu 276 pacientes homozigotos para o alelo HBB*S e indivíduos com idade igual ou maior que 5 anos. Foi utilizada uma calculadora de gravidade da DF (CGDF) para estabelecer subgrupos quanto a gravidade da doença e possíveis associações dos polimorfismos nos genes NOS2A (rs 1137933), ASS1(rs 7860909 rs10901080) e no gene VEGF (rs2010963, rs833068) com os fenótipos de gravidade global e com as complicações clinicas individuais. Para a genotipagem desses polimorfismos foi utilizada a metodologia de PCR em tempo real (RQ-PCR). 65% dos pacientes foram classificados com fenótipo leve, 3,3% com o fenótipo intermediário e 32% com o fenótipo grave. Verificamos uma maior frequência de algias, Acidente vascular encefálico e infecções nos pacientes classificados com o fenótipo grave, e os mesmos também apresentaram maior frequência em relação ao regime transfusional quando comparados com os pacientes com o fenótipo leve. A calculadora mostrou sensibilidade na predição da gravidade. No grupo de estudo mais da metade dos pacientes (65%) foram classificados com o fenótipo leve enquanto que em pacientes do estado do Amazonas apenas 5,6% foram classificados com o fenótipo leve e para os pacientes do Rio de Janeiro a frequência foi de 34%. Esses resultados mostram que os pacientes do estados do Pará apresentam menor gravidade da doença, podemos sugerir uma evolução clinica mais branda   para os nossos pacientes em relação aos pacientes falciforme do estado do Amazonas e do Rio de janeiro.  Esses resultados demostram que o perfil de gravidade é diferente entres as regiões brasileiras e que essa diferença pode ser decorrente de fatores genéticos moduladores da gravidade.  Em relação aos polimorfismo investigados o presente estudo associações estatisticamente significativas foram obtidas para polimorfismo nos gene ASS1 (rs 7860909 rs10901080) e VEGF (rs2010963, rs833068) com as complicações clínica da doença.   Para Os   SNPs rs10901080 e rs 7860909 no gene ASS1 nossos resultados mostram uma relação de proteção contra infecção e STA respectivamente, enquanto que, para os SNP’s no gene VEGF a associação foi de risco para Algias, STA, Dactilite e esplenomegalia. Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas para o polimorfismo no gene NOS2A (rs1137933) com as complicações clinicais quando analisadas isoladamente como também não houve associação de nenhum dos polimorfismos investigados com o fenótipo de gravidade estabelecido pela calculadora (leve/intermediário e grave). O presente estudo é o primeiro a investigar associação de polimorfismos nos genes NOS2A, ASS1 e VEGF com as manifestações clinicas em pacientes com anemia falciforme do Estado do Pará. A calculadora de gravidade demostrou ser uma poderosa ferramenta para estabelecer os fenótipos clínicos desses pacientes que por apresentarem uma clínica bastante heterogenia, característica da AF, torna-se difícil estabelecer um fenótipo geral. Esse trabalho é o terceiro a utilizar essa ferrementa em pacientes brasileiros.  A complexidade patogênica  da anemia falciforme dificulta uma  escolha terapêutica  mas adequada e eficiente,  variáveis como, haplótipos βs, co-interação com alfa e beta talassemia, polimorfismos associado  com nível de HbF, além de  polimorfismos em outros  genes distante do alelo HBB*S sugerem uma interação epistática entre esses marcadores genéticos que exercem efeito no fenótipo da doença, e as questões  sociais, econômica, culturais e ambientais, todos esses fatores  em conjunto tem importância na evolução clínica da doença.   Nossa perspectiva para estudos futuros é a confecção de um painel genético especifico para a anemia falciforme, que sugira geneticamente um prognóstico, e auxilie de forma mais efetiva nas tomadas de decisões e estratégias terapêuticas incluindo as variantes genéticas mais relevantes mostradas nesse trabalho, bem como  outros  fatores genéticos que já foram descritos em trabalhos anteriores nesses mesmos pacientes como os haplótipos associados  ao gene da HBB*S e polimorfismos nos genes HBG2(rs748214); BCL11(rs4671393) e na regição intergênica HBS1L-MYB(rs28384513,rs489544 rs9399137).

  • TATIANE PIEDADE DE SOUZA
  • IMPACTO DE POLIMORFISMOS EM MICRORNAS E COMPONENTES DA SUA BIOGÊNESE NA SUSCEPTIBILIDADE A LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA

  • Data: 13/04/2020
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  • Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) is the type of cancer that most affects children in the world, representing 75% of acute leukemias and approximately 35% of all as pediatric malignancies. Believe if the etiology of ALL is multifactorial, involving environmental and genetic factors. In this context, polymorphisms that alter the normal function of microRNAs in genes related to the etiology of ALL, have been recently extensively investigated. However, data on these polymorphisms in mixed populations, such as the Brazilian Amazonian population, are scarce in the literature. The aim of this study was to investigate the role of 10 polymorphisms in microRNA genes and genes involved in the microRNA synthesis machinery in susceptibility to childhood ALL. The sample consisted of 100 patients with ALL, treated in the pediatric oncology sector of Hospital Ophir Loyola and Octavio Lobo and 180 healthy individuals, unrelated, used as controls in the study. The genotyping of the studied polymorphisms used the QuantStudio ™ –TaqMan® OpenArray ™ platform. Statistical analyzes were performed using the SPSS v.25.0 statistical program. All statistical tests were based on a two-tailed probability and a p-value <0.05 was considered significant. Of the genes involved in the microRNAs synthesis machinery, only the rs3805500 polymorphism in the DROSHA gene was statistically significant, patients who exhibited the homozygous mutant (AA) genotype had an almost 3 times greater risk of developing ALL when compared to the other genotypes (p = 0.004, OR = 2.913, CI = 1.415 - 5.998). Regarding the polymorphisms in microRNA genes, for the rs3746444 variant present in the MIR499A gene, the homozygous mutant genotype was associated with an approximately 17-fold increased risk of ALL (P <0.001, OR = 17.797, CI = 5.55 - 57.016). In addition, a protective effect on the development of ALL was observed associated with the wild homozygous genotype of the polymorphism rs2505901 of the MIR938 gene. Our results show that the genetic polymorphisms present in regulatory molecules, such as microRNAs and genes involved in their synthesis, are important in regulating the risk of developing ALL in the studied population. We hope that the results found in the present work will help in a broader understanding of the etiology of ALL.

    Palavras chave: Acute Lymphoblastic Leukemia; microRNAs; Single Nucleotide Polymorphism; Susceptibility.

  • NICOLLE LOUISE FERREIRA BARROS
  • In silico CHARACTERIZATION OF A CYSTATIN FROM BLACK PEPPER (Piper nigrum L.) 

  • Data: 27/03/2020
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  • In silico CHARACTERIZATION OF A CYSTATIN FROM BLACK PEPPER (Piper nigrum L.) Black pepper (Piper nigrum L.) is a plant species belonging to the family Piperaceae, Magnoliidae clade. The fruit originates, among others, black pepper, a permanent crop product with the second highest production value in the State of Pará, which is the second largest national producer of this commodity. Phytocystatin proteins are inhibitors of cysteine proteases and cooperate for plant tolerance to biotic stresses caused by insects, fungi, bacteria, oomycetes or viruses and to abiotic stresses such as salinity, drought and oxidative stress. Although P. nigrum has economic relevance, there are few studies involving cystatins in this species, including one that identified a differentially expressed cysteine protease inhibitor gene during the interaction of P. nigrum with Fusarium solani f. sp. piperis. This fungus is the causal agent of fusariosis, a disease that strongly compromises the productivity of this crop, especially in the Amazon region. Subsequently, the isolation and characterization of four cystatin cDNA sequences (PnCPI-1 to PnCPI-4) obtained from the total RNA of black pepper roots infected by F. solani were carried out. PnCPI-1 was expressed in a bacterial system and the purified protein had its inhibitory activity against papain evaluated and established in vitro. With the advent of increasingly diversified and improved computational tools, in silico analysis has often been used as an alternative to obtain insights about biological processes. Because of this, the present study proposed a threedimensional structure for this inhibitor via homology modeling, ratified the PnCPI-1─papain interaction in silico with the help of molecular dynamics and identified potentially substantial residues for the interaction through molecular docking and energy calculations. Keywords: Black pepper, Phytocystatins, Homology modeling, Molecular dynamics, Docking

  • LEANDRO LOPES DE MAGALHÃES
  • RNAs CIRCULARES COMO UMA NOVA CLASSE DE REGULADORES DA EXPRESSÃO GÊNICA: UM ESTUDO SOBRE O CÂNCER DE MAMA

  • Data: 26/03/2020
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  • O câncer de mama é um dos tipos de câncer que mais afeta mulheres no mundo e é uma doença complexa ocasionada por sucessivas alterações moleculares, dentre elas o desbalanço da expressão de RNAs regulatórios. RNAs circulares (circRNAs) são uma classe de RNAs não codificantes regulatórios que têm suas extremidades 5’e 3’ covalentemente unidas. Suas funções biológicas ainda não são inteiramente compreendidas mas sabe-se que eles podem atuar como esponjas de microRNAs (miRNAs) ou substrato de proteínas que se ligam a RNAs (RBPs). O perfil de expressão desregulado de circRNAs já foi identificado de forma geral no câncer de mama, no entanto seus subtipos moleculares ainda não foram devidamente caracterizados. O capítulo I desta tese buscou caracterizar o perfil de expressão global de circRNAs no câncer de mama tripo negativo (TNBC), encontrar potenciais biomarcadores e identificar suas possíveis funções ao agir como esponjas de miRNAs. De 4256 circRNAs identificados, o hsa_circ_0072309 mostrou-se como um bom possível biomarcador de risco e se agir como esponja de miRNAs, encontra-se atuando em vias como a WNT independente de ß-catenina, altamente relacionada com metástase e prognóstico desfavorável de pacientes. A participação de circRNAs no processo metastático já foi descrita com estes esponjando miRNAs, mas a interação circRNAs-RBPs ainda não foi investigada neste mecanismo. No capítulo II, nós investigamos a possível relação que RNAs circulares e RBPs teriam no processo metastático ao analisar o tumor primário e os principais sítios de metástase do câncer de mama (cérebro, fígado, medula óssea e pulmão). Nos cinco tecidos estudados, os hsa_circ_0006109, circ_0005455, circ_0008720, circ_0002132 e circ_0004422 foram encontrados interagindo com RBPs e o enriquecimento funcional revelou que os circRNAs-RBPs estão participando da via de sinalização do FGFR/2, relacionada à indução da transição epitélio-mesenquimal e metástase. Adicionalmente, identificamos que circRNAs-RBPs participam em vias da biogênese e mecanismo de ação de miRNAs. Os resultados apresentados nesta tese sugerem os circRNAs como importantes reguladores, diretos ou indiretos, da expressão gênica e que alterações em seu perfil de expressão característico pode promover metástase por vias diferentes em subtipos mais agressivos do câncer de mama.

  • FABRICIO ALMEIDA ARAUJO
  • GENÔMICA COMPARATIVA DO BÚFALO BRASILEIRO

  • Data: 25/03/2020
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  • High-throughput sequencing technologies are a milestone in research in omic areas. In Comparative Genomics, the data generated by these technologies can be used in several types of analysis, such as pangenomic analysis, which aims to compare the genetic repertoire of various organisms of the same species or genus. After pangenomic analysis, as in other types of analysis, it is desired that the results are characterized, in the sense of extracting biological meaning from these results. This characterization is commonly made by the functional annotation of the data. However, due to the immense amount of data available in biological databases, the entire analysis process can be very laborious and time-consuming. In this sense, it became necessary to develop computational tools that can help researchers in their analysis. Thus, in this work, a suite of programs was developed for pangenomic analysis, for both complete and incomplete genomes, and also for functional data annotation, called PanWeb, Pan4Draft and GO FEAT. Keywords: Bioinformatics, pangenomics, functional annotation.

  • ANDRYO ORFI DE ALMADA VILHENA
  • IN VITRO INVESTIGATION ABOUT CYTOTOXICITY AND GENOTOXICITY
    POTENTIAL OF MALACHITE GREEN (C23H25ClN2)

  • Data: 13/03/2020
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  • Malachite green (MG) is a cationic dye of triarylmethane family widely used in textile industry.
    Due its physicochemical versatility, it is used in chemical processes and aquaculture to deal with
    parasites. Furthermore, the presence of MG in fish and industrialized food for human consumption
    was reported. The present study aims to evaluate the cytotoxic and genotoxic profile of MG in four
    cell lines: ACP02, L929, MNP01 and MRC-5. For this aim, MTT tests were used to assess
    cytotoxic activity in concentrations from 0.1μM to 100μM proposing identify sublethal
    concentrations based on IC50; differential fluorescent test with Ethidium Bromide/Acridine Orange
    (EB/AO) to identify the type of cell death caused by MG; and micronucleus test (MN) and comet
    assay to assess genotoxicity. A dose-dependent cytotoxic pattern was observed at concentrations
    above 1μM for all strains and times tested, thus MRC-5 is more sensitive than L929, MNP01 and
    ACP02, respectively. In EB/AO assay was identified that high concentrations of MG causes
    necrosis of cells, probably due membrane degradation by lipid peroxidation which also associated
    with induction of apoptosis in low concentrations. Regarding the genotoxic profile, MG increased
    the frequency of micronuclei, buds and bridges, those are cellular markers related to tumorigenesis
    and carcinogenesis, corroborating literature data. MG also showed a dose-dependent pattern with
    DNA fragmentation index that can be related to decrease of cell viability due to irreparable
    genomic damage that leads cells to death. Therefore, considering the results obtained, manipulation
    of MG must be done with wariness and presence of this substance in foods must be completely
    eradicated.
    Keywords: apoptosis/necrosis, comet assay, micronucleus, MTT.

  • PAULO VICTOR DE MORAES FERREIRA
  • The use of BAC-FISH in Charadrius collaris Vieillot, 1818 (CHARADRIIDAE) 

  • Data: 12/03/2020
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  • The use of BAC-FISH in Charadrius collaris Vieillot, 1818 (CHARADRIIDAE) Charadriidae is one of the most specious families within the order Charadriiformes. Currently divided into two subfamilies (Vanelinae and Charadriinae), it has 142 species distributed among 11 genera. The genus Charadrius contains 74 valid species, being the genus with the largest number of species in the Charadriidae family, with cytogenetic data available for only 5 species: Charadrius hiaticula, Charadrius dubius, Charadrius vociferou, Charadrius alexandrinus alexandrinus and Charadrius collaris (CCO), with 2n ranging from 76 to 78 chromosomes; only CCO has been studied with molecular cytogenetic technique. Thus, we investigated the chromosomal correspondence relationships within the karyotype of Charadrius collaris by means of probes built from BACs (Bacterial Artificial Chromosome) followed by comparison with ZOOFISH data from the literature. A total of 121 probes from Gallus gallus (GGA) and Teaniopygia guttata (TGU) BACs were tested, of which 83 referring to macrochromosomes (1-8 and Z) and 38 to microchromosomes 9-28, except pair 16. Our results showed that 27 of the probes referring to macrochromosomes demonstrated apparent homeology and among them, 3 presented chromosomal inversion rearrangements, 2 in CCO1 and 1 in CCO4; one probe showed hybridization on two pairs of microchromosomes, the others remained with the status of conserved position. Among the probes referring to microchromosomes, only 5 did not show any apparent signal. The other probes maintained their conserved position, demonstrating a high degree of conservation of the DNA present in the microchromosomes in birds. Many ZOO-FISH studies point to a high degree of conservation of chromosomes 1-9 in birds, both in genetic content and in morphology. In this work, we demonstrate that there are rearrangements that require a more sensitive analysis tool to measure changes in the structure of chromosomes, as was observed in the comparative analyzes between GGA, TGU and CCO after the experiments with the BAC-FISH technique. We infer that these rearrangements, observed in CCO1 and 4, can be shared among the species of the genus Charadrius due to the high conservation of 2n and chromosomal morphology among the species already studied cytogenetically in the literature. However more studies are needed for better understanding. Key words: BAC-FISH, Migratory Birds, Cytogenomics, Charadrius, Charadriidae

  • GLEYCE FONSECA CABRAL
  • EXPRESSÃO GLOBAL DE piRNAs EM LINHAGENS DE CÂNCER GÁSTRICO COM DEPLEÇÃO DO GENE P1W1L1

  • Data: 22/02/2020
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  • Abstract: Gastric cancer (GC) is a serious public health issue, being one of the main causes of deaths by cancer. Aiming for the improvement and development of new strategies for the prevention and monitoring of patients, translational studies suggest several advantages in clinical application of GC’s biomarkers. In this context, we highlight piRNAs, non-coding RNA molecules that may play important roles in GC’s progression, along with their counter partners, the Piwi-like proteins. The gene PIWIL1 encodes one of the human Piwi-like proteins, the Piwi-like 1. With the objective of evaluating the potential impact of the PIWIL1 gene knockout in piRNA expression, in this study, we analyzed the expression profile of piRNAs in GC’s AGP01 cell lines, with and without the depletion of the PIWIL1 gene. We also performed a functional prediction of the piRNAs expressed in AGP01 cell lines, aiming to understand which pathways piRNAs can act on and how these molecules can contribute to GC’s progression. Our results revealed 39 piRNA isoforms and 30 piRNA families expressed in both cell lines. Furthermore, we identified 5 piRNA isoforms and 7 piRNA families expressed only after PIWIL1 knockout, in addition to 8 piRNA isoforms and 7 piRNA families expressed exclusively in the control cell line. Results of the functional prediction show that piRNAs can regulate genes involved in important cell signaling pathways, such as MAPK, PI3K / Akt, Wnt, TGF-b, and Sonic Hedgehog pathways. These are related to cell proliferation, tumor plasticity, tissue, and cell invasion processes. Thus, the deregulation of these pathways was associated with malignant transformation, chemoresistance, and metastasis. The list of potential target genes also includes the PIK3CA, a GC's driver gene, and genes associated with antitumor immune response, which indicates that piRNA deregulation may promote the evasion of the immune response in GC cells. Once validated, our results show that piRNAs may be applied in clinic routine, in the follow-up of patients with GC, helping to identify those at risks of developing metastasis. Besides, piRNAs may be useful as biomarkers for monitoring the immune response, in addition to being able to be used for the discovery of new anticancer therapies. In summary, our results suggest new perspectives on the functional role of piRNAs, showing that, in vitro, piRNAs can execute important roles in GC’s progression. Moreover, research using piRNA molecules can help in the discovery of new biomarkers, and possible therapeutic targets.

     

    Keywords:  piRNAs; Piwi-like proteins; Gene regulation; Biomarkers; non-coding RNA; Epigenetics; Gastric cancer; Cancer cell lines; Metastasis; Deregulation of non-coding RNAs.

2019
Descrição
  • ALLEX PESTANA COSTA
  • PADRÕES DE METILAÇÃO DO GENE FMR1 COM MUTAÇÃO COMPLETA EM PACIENTES MASCULINOS COM SÍNDROME DO X FRÁGIL

  • Data: 04/12/2019
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  • Fragile X Syndrome (FXS) is the most common genetic cause of hereditary Intellectual Disability (ID). FXS is due to changes in the expression of the FMR1 gene, situated on the X chromosome, which main cause is the expansion of CGG trinucleotides located in the 5’ untranslated region near to the gene promoter. Based on the number of repeats, it is possible to determine four types of alleles: normal (4-44 repeats), intermediate (45-54), pre-mutation (55-200) and full mutation (> 200). In patients with the full mutation, there is a decrease or absence of FMR1 gene expression. The diagnosis of FXS is made by polymerase chain reaction (PCR) analysis, which mimics the number of the allele together with the analysis of the methylation profile of the promoter gene. Thus, considering that the etiology of FXS is due to epigenetic silencing of the locus and consequent loss of FMRP protein, this study aimed to describe the methylation profile of male patients with full mutation, referred to the Inborn Errors of Metabolism Laboratory. The clinical screening of the patients was initially performed by the geneticist medical team at the Bettina Ferro de Souza Hospital Unit. Subsequently, the genotyping of the FMR1 gene polymorphism (by CGG repeat analysis) was performed by TP-PCR and high-resolution PCR, and finally, MS-MLPA was performed to determine copy number changes and methylation profile of the FMR1 gene of patients with full mutation for FXS. Ninety-one male patients were genotyped, and six patients were selected for subsequent methylation test. The results showed an indicative profile of hypermethylation of the promoter region of the FMR1 gene in all the six patients. This is the first work using the MS-MLPA technique in the state of Pará to detect the methylation status of the FMR1 gene contributing to the diagnosis, elucidation of cases of FXS and assisting in the genetic counseling process for hereditary DI prevention.

     

    Keywords: Fragile X syndrome, intellectual disability, methylation, MS-MLPA, FRM1 gene.

  • ALYNE CRISTINA SODRÉ LIMA
  • CORYNEBACTERIUM: ABORDAGEM GENÔMICA, RELÓGIO MOLECULAR E SURGIMENTO DA PATOGENICIDADE

  • Data: 30/10/2019
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  • Wecan identify microorganisms withpathogenic capacity ornotwithinthe samegenus,
    throughlittleinformationrelated tothe time periodofonsetofpathogenicity,suchasthegenus
    Corynebacterium. The most relevant non-pathogenic species are: Corynebacterium glutmicum
    for its great importance in amino acid production, and the pathogenic species Corynebacterium
    diphtheriae producing diphtheria toxin, and Corynebacterium pseudotuberculosis leading
    causativeagentoflymphadenitiscaseosa.Thereisalackofbothepidemiologicaldataand
    studies published in the state of Pará regardingthe scenario of C. pseudotuberculosis in the
    northern region. Thus,theobjective ofthisstudy wasinitiallytodisseminatethegenomeofthe
    strain Cp05 C. pseudotuberculosis, as well as to include this and other specimens of isolates
    belonging to the genus Corynebacterium,inordertoidentifywhichgenomiceventsarerelated
    to the emergence of the pathogenicity in Corynebacterium pseudotuberculosis, exploring the
    genomic plasticity withinthis genus. For the disclosure of the genome of the Cp05 C.
    pseudotuberculosis strain we used microbiological, molecular and biochemical tests. Using 64
    genomes of different species of the genus Corynebacterium and Mycobacterium tuberculosis
    H37Rv, Nocardia sp. Y18 and Rhodococcus jostiiRHA1asoutgroupsforphylogeneticand
    molecular clock analysis. Testing the genes dnaA, dnaK, gyrb, recA, rpoB and 16S rRNA, for
    comparative genomic analysis from three species: C. pseudotuberculosis, C. diphtheriae and C.
    glutamicum. These genomes had the ortholog genes calculated in PGAP v.1.2.1, and species
    specific genes were analyzedin Blast2GOv.5.0softwareto determine cell compartments,
    molecularfunctionsandbiologicalprocesses.Todeterminedifferencesbetweengenomic
    characteristics,varianceanalysis(p<0.05)wascompared:genomesize,numberofgenesand
    gene density. In the Bayesian phylogenetictree obtained, the pathogenic species C.
    pseudotuberculosis, C. diphtheriae and C. ulcerans grouped. A second grouping of pathogenic
    species was formed by C. kutscheri, C. matruchotii and C. mustelae, close to the C.
    pseudotuberculosis clade. C. glutamicum has formed a non-pathogenic clade that includes C.
    crubilactis, C. allunae, C. deserti and C. efficiens. C. glutamicum was one of the nonpathogenic
    species most closely related to the pathogenic species of the C. pseudotuberculosis clade.
    Divergences between Corynebacteriumspecieshavebeenobservedevery5,000yearsinthe
    past,inadditiontothefirstspeciesofthisgenusbeingfree-livingbacteriaandundergoing
    adaptation to differenthosts. Comparative genomic analysis of the three Corynebacterium
    species allowed an understandingof the genomic evolution of pathogenic corynebacteria, given
    thesharing of911genes from orthologists.Obtainingtheproteinsequence ofthegenesandthe
    analysisofthesesequencespresentedthemaintermsofgeneontology,whichwereoxidation
    reductionprocess;ATPandDNAbinding;andintegralcomponentofthemembrane.
    Sequencingofnewstrainsisnecessary,becausewithmorespecimensthebetterthe
    understanding of the evolution of this genus, the better the understandingof C.
    pseudotuberculosis pathogenicity, which here can be confirmed evolutionarily associated with
    animaldomesticity,genomesizereductionandprioritizationofessentialgenesformaintaining
    cell life.
    Keywords: Corynebacterium pseudotuberculosis, temporal analysis, phylogenetic
    analysis, comparative genomics
  • ANA CAROLINA FAVACHO MIRANDA
  • ANÁLISE DO PERFIL DE METILAÇÃO DOS GENES P16 E CDHI EM LAVADO PERITONEAL DE PACIENTES COM ADENOCARCIONOMA GÁSTRICO

  • Data: 27/09/2019
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  • Gastric cancer (GC) is considered a worldwide public health problem, considered the fifth cancerrelated cause of death in the world. Most patients with CG have advanced stages of the disease, as the early stages are usually asymptomatic and the diagnosis is late. Surgery is the main treatment modality for CG in cases without metastasis. Peritoneal metastasis, caused by the seeding of free tumor cells from the primary tumor, is the main cause of therapeutic failures and poor prognosis. Oncotic cytology examination is the gold standard used to detect these free tumor cells in peritoneal lavage. However, this test has low sensitivity, showing false negative results. In patients with CG the use of cytology-associated tumor biomarkers has made it possible to obtain greater sensitivity in the early detection of peritoneal recurrences. In recent years, epigenetic markers, such as hypermethylation, have gained popularity because they are as common as genetic alterations in various types of cancer, and are considered an efficient method for the determination of tumor biomarkers. Therefore, this study aimed to analyze the methylation profile of the promoter regions of the p16 and CDH1 genes by Sanger sequencing in peritoneal lavage of patients with gastric adenocarcinoma of the João de Barros Barreto University Hospital. We consider samples with methylation of 20% or more of their CpG sites as hypermethylated. Among the 47 peritoneal lavage samples analyzed, 6 (13%) were hypermethylated in the p16 gene promoter region and 29 (62%) hypermethylated in the CDH1 promoter region. Statistical analyzes performed by Fisher's Exact test in the R-Studio program did not show statistical significance between p16 hypermethylation and patients' clinical and pathological factors. CDH1 hypermethylation was significantly different (p = 0.03) between samples from patients in early stages of tumor invasiveness (25%) and advanced stages of tumor invasiveness (72%). In conclusion, we observed that in our population the pattern of CDH1 methylation analyzed from peritoneal lavage could be a guideline for predicting peritoneal recurrences, since this process is closely correlated with the depth of gastric wall tumor invasion. Keywords: gastric cancer, peritoneal metastasis, methylation, p16, CDH1.

  • LUCIANA CARVALHO IMBIRIBA
  • ALTERAÇÕES GENÔMICAS QUANTITATIVAS EM SEQUÊNCIAS CODIFICADORAS DE MICRO-RNAS EM LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA (LLA) PEDIÁTRICA

  • Data: 03/09/2019
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  • Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) mainly affects children and young people and presents high incidence worldwide. It usually carries chromosomal, numerical and / or structure anomalies, among others. Such anomalies itself doesn’t lead to leukemia, and submicroscopic changes may be also related to leukemia causes and the disease risk stratification groups. In addition, it is known that regulatory genes, such as microRNAs, can regulate suppressor gene or oncogenes. In this context, copy number variation studies  allows us to identity potential genes involved with leukemias signaling pathways. Thus, samples from patients with childhood ALL were analyzed by Comparative Genomic Hybridization Array (aCGH) in order to identify the quantitative changes in microRNAs with the possible role in the disease. Copy Number Alterations (CNA) were detected especially in chromosome 6, due to its trisomy, with consequent gain of gene sequences. The CNAS in microRNAs detected are known oncogenes in ALL - miR-133b, miR-206, miR-30a, miR-362, miR-650 and other cancer-related genes. Mechanisms underlying aneuploid biology, such as CAN in regulatory genes, for example microRNAs, may act as tumor suppressors in ALL and may be partially implicated to the positive prognostic in hyperdiploidy cases.

     

    Keywords: childhood leukemia, microRNAs, CNA, aCGH

  • TATIANA MAIA DE OLIVEIRA
  • RECEPTORES TOLL-LIKE EM PEIXE (Trichechus sp., Sirenia, Mammalia): ESTRUTURA GÊNICA E EVOLUÇÃO

  • Data: 30/08/2019
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  • Amazonian (Trichechus inunguis) and West Indian (Trichechus manatus) manatees are aquatic mammals vulnerable to extinction found in the Amazon basin and the coastal Western Atlantic from Florida to Northeastern Brazil, respectively. Despite their importance for conservation, few studies have been conducted with genes involved in their immune response. Concerning the innate immune response, Toll-like Receptors (TLR) play a key role in recognizing pathogen-associated molecular patterns using leucine-rich repeats (LRRs).  Among those molecules, TLR4 is expressed on the cell membrane and recognizes bacteria, while TLR8 and TLR13 is expressed on endosomes and is predominantly dedicated to virus detection. We described the diversity of TLR4, TLR8 and TLR13 genes in West Indian and Amazonian manatee. Our genomic PCR approach used a set of primers designed for exon 1 of TLR4 (2,242 bp), the single exon of TLR8 (3,081 bp) and TLR13 (2,848 bp)  for DNA sequencing. Both manatee species showed low polymorphism, although most of the seven SNPs found in TLR4 and the eight found in TLR8 were shared between the two species. The two SNPs in TLR4 and the one in TLR8 that led to amino acid substitution in LRRs were conservative, and might not lead to a great functional difference among alleles. Only one site in TLR4, and none in TLR8, was subjected to positive selection. In fact, the positively selected sites in cetecean TLR4 were not coincidental with what was observed in manatees, which were much more similar to their closest relative in our database, the African elephant. Thus, there was no evidence of convergent evolution between those two clades of aquatic mammals in their TLR4 whose ancestors both returned to water. On the other hand, TLR13 appears as a pseudogene, in which stop codons have been identified in nucleotide sequences; nine SNPs were observed, but none were shared between the two populations of manatee. It is noteworthy that the functional loss of the TLR13 gene was not limited to manatees, but was also observed in elephant and cetaceans. It is important to study additional populations of manatee species and other TLR genes to further assess if this low variability could pose a threat to those vulnerable manatee populations.

     

    Keywords: genetic diversity, Sirenian, Toll-like receptor, aquatic mammals

  • FRANCINILSON MEIRELES COELHO
  • EFEITO DA EXPRESSÃO DA TCTP DA MANDIOCA (Manihot esculenta Crantz) em Escherichia coli SOB ESTRESSES OSMÓTICO E OXIDATIVO

  • Data: 30/08/2019
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  • A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma das principais culturas de relevância agronômica,
    constituindo também uma das mais importantes fontes de carboidratos e geração de renda
    principalmente em produtos de mesa, como a farinha. Sendo cultivada, em grande parte, pelos países
    da América Latina, África e Ásia. Por outro lado, agravantes ambientais são uma das maiores
    ameaças para a agricultura moderna, pois as condições de estresse podem afetar as estruturas gerais
    das plantas, bem como a fertilidade e a produtividade. Estudos têm demonstrado que a TCTP
    (proteína de tumor controlada traducionalmente) é uma proteína multifuncional altamente
    conservada que pode estar associada a resposta das plantas as variações ambientais. Estudos prévios
    demonstraram que a TCTP da mandioca (MeTCTP) está envolvida na tolerância aos estresses salino
    e térmico. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo principal avaliar o efeito da MeTCTP recombinante em células de Escherichia coli em condições de estresses osmótico e oxidativo,induzidos respectivamente, por polietileno glicol (PEG) e por peróxido de hidrogênio (H2O2). Além disso, foi avaliada a possível regulação da MeTCTP por íons de Ca2 + em condições de estresse osmótico, bem como também o possível efeito dessa proteína sobre a atividade de enzimas antioxidantes (catalase). Verificou-se que a super-expressão da MeTCTP aumentou a tolerância das bactérias aos estresses osmótico e oxidativo. As bactérias foram submetidas ainda ao tratamento com PEG em meio suplementado com cloreto de cálcio, onde os resultados mostraram que o cálcio não potencializou a resposta da MeTCTP ao estresse osmótico. Extratos protéicos totais bacterianos foram obtidos e avaliados em ensaios de atividade de catalase, revelando que a MeTCTP conferiu tolerância ao H2O2 em células bacterianas, mas sem influenciar a atividade dessa enzima antioxidante.

  • KEVIN SANTOS DA SILVA
  • ESTUDO DA DIVERSIDADE CROMOSSÔMICA EM ESPÉCIE DOS GÊNEROS Peckoltia Miranda Riberio, 1912 e Pseudacanthicus Bleeker, 1862 (HYPOSTOMINAE; LORICARIIDAE)

  • Data: 30/08/2019
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  • Loricariidae is one of the most specious families of the Order Siluriformes. It is currently divided
    into six subfamilies, Hypostominae being the best known from the cytogenetic point of view. The
    genera Peckoltia and Pseudacanthicus contain 18 and 8 described species, respectively, and
    several forms not formally identified due to the great systematic complexity of both genera.Although most of the known karyotypes for Peckoltia species have 52 chromosomes, considerable variation in the Karyotypic Formula, Nucleolus Organizer Regions, Constitutive Heterochromatin, and rDNA gene localization is observed among cytogenetically known species. For the genus Pseudacanthicus, cytogenetic data are nonexistent. In this work we describe new karyotypes for species of the genus Peckoltia, provide the first chromosomal data for three species of the genus Pseudacanthicus and discuss the possible mechanisms of chromosomal differentiation and their cytotaxonomic and evolutionary implications among species in each genus. The results revealed great interspecific karyotypic diversity in the Peckoltia and Pseudacanthicus genera, suggesting that inversion, translocation, transposition and addition of heterochromatin rearrangements represent important events occurring during karyotypic evolution in these vertebrate groups.

  • SORAYA SILVA ANDRADE
  • GENOMA, ILHAS DE PATOGENICIDADE E SISTEMA CRISPR-Cas EM Corynebacterium pseudotuberculosis

  • Data: 13/08/2019
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  • Genome, pathogenicity islands and CRISPR-Cas System in Corynebacterium pseudotuberculosis.

     

    The genus Corynebacterium harbor pathogenic species widely distributed in the most diverse ecosystems of the biosphere. Corynebacterium pseudotuberculosis is a gram-positive bacterium, belonging to the class of actinobacteria, the etiological agent of diseases affecting sheep, goats, camelids and horses. However, infections in cattle and humans are sporadic and rare. In small ruminants, it can cause caseous lymphadenitis (CL) or “lump disease”, a worldwide prevalent chronic and contagious infectious disease. In goat and sheep farming this disease can lead to loss of animals, causing a negative impact on the economy. The genomic sequencing of these organisms has been performed in order to better understand the genes involved in the pathogenicity mechanisms and until then only toxic lipids and toxin phospholipase D could be shown to be virulence factors. The present study selected a strain, PA07, biovar ovis, from the bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis, collected from sheep udder secretion, in a case in Pará, with the purpose of knowing and understanding the biological machinery of this pathogen, especially the mechanisms related to the virulence, by analyzing the molecular bases of its genome and investigating the elements that relate to Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) that are involved in a newly discovered interference pathway that protects cells from bacteriophages and conjugative plasmids. CRISPR sequences provide an adaptive hereditary record of past infections and express CRISPR RNAs - small RNAs that target invasive nucleic acids. Therefore, understanding the mechanisms that inhibit recombination and gene transfer will be important to understand the evolution of pathogens that depend on virulence factors acquired by the horizontal transfer mechanism. The elucidation of these mechanisms together with others already sequenced becomes a useful and available tool for the development of more accurate diagnostic tests and effective vaccines against CL. The purpose of this work was to sequence and assemble the CpPA07 genome, identify pathogenicity islands and characterize the CRISPR-Cas system. To obtain the genome, ION Torrent sequencing platform was used. The results obtained from the prediction of the pathogenicity islands confirmed the presence of factors already well known as providers of virulence capacity for this bacterium, as well as revealed genes of essential factors for cell maintenance that contribute to this. Regarding the characterization of the CRISPR immunoadaptive system, it provided evidence that biovars, already described as determinants of virulence level, may also be determinant in the acquisition of the CRISPR defense system in C. pseudotuberculosis.

     Keywords: Corynebacterium. Pathogenicity islands. CRISPR.

  • MARIA SILVANIRA RIBEIRO BARBOSA
  • GENOMA E POTENCIAL METABÓLICO DA CIANOBACTÉRIA Cyanobium sp. LEGE 06113 EM CULTIVO NÃO-AXÊNICO

  • Data: 13/08/2019
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  • The ecological importance of cyanobacteria in the beginning of the planet's life is beyond question, mainly because they were responsible for the formation of the oxygenated atmosphere. However, genomic studies of this phylum remain poorly explored. One important characteristic of cyanobacteria is that they live in association with other organisms, such as with other prokaryotes. These long-established associations make it difficult to isolate these microorganisms in the laboratory in axenic cultures, and usually these efforts result in “unicyanobacterial” cultures that contains one specie of cyanobacteria but several associated heterotrophic bacteria. The interest in understanding the genomic aspects of cyanobacteria lies in the presence of secondary metabolism that can give rise to natural products with unique characteristics and powerful bioactivities. Thus, cyanobacterial genomics involves metagenomic approaches, facilitated by the advancement of bioinformatics programs. In this regard, the sequencing of microbial consortia can be performed and individual genomes obtained. Organisms of the genus Cyanobium spp. are one of the main picocyanobacteria that make up phytoplankton in freshwater environments, although they are also present in marine environments. Few isolates of this genus have been studied so far, as genomic studies related to ecology have been concentrated in the genus Prochlorococcus. The strain Cyanobium sp. LEGE 06113 was isolated from the Atlantic coast of Portugal and biochemical studies have shown that this strain produces new chemical compounds, hierridines B and C, with anticancer and antiplasmodial activities, being the first description of this product in the genus. Thus, the purpose of this work was to obtain the genome of the strain Cyanobium sp. LEGE 06113 extract from non-axenic culture. After sequencing, minimetagenome assembly was performed using a newly established pipeline from our laboratory using five different assemblers. Once the LEGE 06113 genome was separated from the complex data, it was subjected to comparative genomic analysis and identification of probable biosynthetic gene clusters. The cyanobacterial genome showed eight potential biosynthetic gene clusters, mainly involved in bacteriocin and terpene biosynthesis. A probable gene grouping has been identified as implicated in hierridine biosynthesis. Several genes resistant to toxic compounds (eg mercury) are present in the genome of this organism, which shows that the original aquatic environment may contain these types of products. In conclusion, this work was relevant to contribute to the genomics of coccoid cyanobacteria, generally little studied regarding metabolic potential, showing that although there are few biosynthetic genes, they can present unique and interesting characteristics that could be used by the pharmaceutical industry.

    Keywords: Cyanobium; metagenome; secondary metabolism; hierridines B and C.

  • ANDRÉ LUIZ ALVES DE SÁ
  • COMPLEXO PRINCIPAL DE HISTOCOMPATIBILIDADE (MHC) DE CLASSE II EM PEIXE-BOI (TRICHECHUS SP.): GENÔMICA COMPARATIVA COM MAMÍFEROS AQUÁTICOS E DIVERSIDADE DO LOCUS DQB

  • Data: 05/08/2019
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  • Living in water poses new challenges not only for locomotion and feeding but also for combating new pathogens, which may render the immune system one of the best tools aquatic mammals have for dealing with aquatic microbial threats. So far, only cetaceans have had their class II Major Histocompatibility Complex (MHC) organization characterized, despite the importance of MHC genes for adaptive immune responses. Similarly, several studies reported MHC polymorphisms in pinnipeds and cetaceans. However, several questions remain regarding the maintenance of adaptive genetic diversity in natural populations of manatees. This study aims to characterize the organization of the marine mammal class II MHC using publicly available genomes and to characterize the polymorphism of the MHC class II DQB gene in populations of manatees. Class II sequences were located in the genomes of one sirenian, four pinnipeds and eight cetaceans using NCBI-BLAST and reannotated. Scaffolds containing class II sequences were compared using dotplot analysis and introns were used for phylogenetic analysis. Blood samples were collected from manatees from Brazil, Florida and Belize and the DNA was extracted for amplification of the exon 2 of DQB. The manatee class II region shares overall synteny with other mammals, however most DR loci were translocated from the canonical location, past the extended class II region. Detailed analysis of the genomes of closely related taxa revealed that this presumed translocation is shared with all other living afrotherians. Other presumptive chromosome rearrangements in Afrotheria are the deletion of DQ loci in Afrosoricida and deletion of DP in E. telfairi. Pinnipeds share the main features of dog MHC: lack of a functional pair of DPA/DPB genes and inverted DRB locus between DQ and DO subregions. All cetaceans share the Cetartiodactyla inversion separating class II genes into two subregions: class IIa, with DR and DQ genes, and class IIb, with non-classic genes and a DRB pseudogene. DQB polymorphism analysis show the occurrence of 11 and 6 DQB alleles in T. inunguis and T. manatus, respectively. The genes are evolving under positive selection, evidenced by the proportion of non-synonymous substitutions compared to synonymous. Several residues also show signs of positive/diversifying selection and one residue seems to be negatively selected. Species share three alleles – a phenomenon known as trans-species polymorphism. These results point to three distinct and unheralded class II MHC structures in marine mammals: one canonical organization but lacking DP genes in pinnipeds; one bearing an inversion separating IIa and IIb subregions lacking DP genes found in cetaceans; and one with a translocation separating the most diverse class II gene from the MHC found in afrotherians and presumptive functional DR, DQ, and DP genes. This study agrees with the greater genetic diversity in T. inunguis compared to T. manatus, previously observed using neutral markers. However, the occurrence of multiple DQB alleles in both species suggests the maintenance of adaptive diversity. Future functional research will reveal how these aquatic mammals cope with pathogen pressures with these divergent MHC organizations and diversity

  • ALEX RANIERI JERÔNIMO LIMA
  • ANÁLISE E MINERAÇÃO GENÔMICA DAS LINHAGENS LIMNOTHRIX SP. CACIAM 69d UTILIZANDO UM PIPELINE PARA OBTENÇÃO DE GENOMAS CIANOBACTERIANOS LIVRES DE CONTAMINAÇÃO


  • Data: 16/07/2019
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  • Cyanobacteria constitute a unique group of bacteria with capacity to occupy several ecological niches demonstrating a wide metabolic, physiological and morphological diversity. With the advancement of computation, the emergence of more modern DNA sequencers and the propulsion of "omics" areas, genomics became important resource for bioprospecting natural products metabolized by cyanobacteria, thus creating the concept of genome mining. In this exploration scenario, the Amazonian ecosystem is known to present a vast biodiversity, still little known, especially at the level of microorganisms. However, to date, the genomic analysis of isolated cyanobacteria from Amazonian environments is scarce. Additionally, cyanobacteria usually form mutualistic relationship with other bacteria, making difficult both the process to obtain axenic cultures and genome assembly. Thus, a metagenomic approach, known as binning, is required for assembling cyanobacterial genomes. A recent quality assessment of 440 cyanobacteria genomes found that 230 genomes (approximately 52%) have some type of contamination. The present study analyzed two strains of CACIAM (Coleção Amazônica de Cianobactérias e Microalgas) collection maintained by Laboratório de Tecnologia Biomolecular (LTB) at UFPA, proposing a pipeline to recover genomes free of contaminant sequences. This work presents the first genome of the novel cyanobacterium genus Alkalinema and the first comparative genomic analysis of the genus Limnothrix. For the Alkalinema sp. CACIAM 70d, it was detected 91 genes that are part of the biosynthetic class of secondary metabolites, thus increasing the knowledge about this new genus. Comparative genomic analysis of the cyanobacterial genus Limnothrix highlighted genes unique to each strain and revealed the general characteristics of their metabolism, besides allowing to raise inconsistencies in the taxonomic classification of this genus.

     

    Keywords: Cyanobacteria, Alkalinema, Limnothrix, binning, genome mining, comparative genomics

  • LOUISE NEIVA PEREZ
  • Análise dos mecanismos moleculares da degeneração ocular em Phreatobius cisternarum, modelo emergente para estudos de Evo-Devo

  • Data: 15/07/2019
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  • Dark environment adaptations are observed in many groups of animals. An example of these adaptations is observed in fish which inhabit subterranean streams or caves. These fishes have troglomorphic characteristics which are characterized by loss or gain of features related to perception of luminosity. Some fishes have partial or total loss of eye and skin pigmentation, among them: Phreatichthys, Astyanax e Sinocyclocheilus. These fishes have three different mechanisms of eye degeneration. The subterranean fish P. cisternarum is found in phreatic environment of the Amazon River basin, and represent an interesting model to study troglomorphic characteristics. Fishes of these species have reduction of eyes, loss pigmentation and are miniaturized. In this study, we investigate molecular mechanisms responsible for ocular reduction in P. cisternarum. Using RNA-Seq we have identified genes responsible for eye development, lens and retina maintenance. We observed that some of the genes previously identified in Astyanax with reduced or absent expression, are expressos in in P. cisternarum, suggesting that adaptations to dark environments may have used different ocular reduction mechanisms.

     

    Keywords: Phreatobius; troglomorphic; RNA-Seq; ocular reduction; Evolution.

  • ANDREI SANTOS SIQUEIRA
  • ANÁLISE DA ATIVIDADE ANTIVIRAL DA SCYTOVIRINA E PROSPECÇÃO DE NOVAS LECTINAS ANTIVIRAIS EM CIANOBACTÉRIAS AMAZÔNICAS ATRAVÉS DE ABORDAGENS IN SILICO

  • Data: 25/06/2019
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  • Lectins are proteins of nonimmune origin, which are capable of recognizing and binding to glycoconjugate moieties. Some of them can block the interaction of viral glycoproteins to the host cell receptors acting as antiviral agents. Scytovirin is a lectin isolated from the cyanobacteria Scytonema varium and it acts against HIV, SARS coronavirus and Zaire Ebola virus. Its 95 amino acids are divided in two structural domains (SD), the first spanning amino acids 1-48 (SD1) and the second 49-95 (SD2). Here, we performed Molecular Dynamics (MD) simulations of scytovirin complexed with Man4 from HIV and glycoprotein E carbohydrate (Man3) of DENV. We set up three systems for each ligand: i) ligands were bound to both domains (SD1 + SD2) using the full-length protein; ii) ligands were bound to an incomplete protein, containing only SD1 and iii) ligands were bound to protein containing just SD2. Besides that, we also did a genomic analysis in seven cyanobacterial strains from Coleção Amazônica de Cianobactérias e Microalgas (CACIAM). All binding free energy calculations showed negative values to ∆Gbind of DENV protein carbohydrate complexation to scytovirin. Additionally, these results are similar to the values of scytovirin and HIV gp120 carbohydrate complexation (-32.20 kcal/mol). We also found that mutant G48R has better affinity (-34.10 kcal/mol) for the DENV carbohydrate than the wild type protein (-27.15 kcal/mol). We also found 75 unique CDS presenting one or more lectin domains in CACIAM genomes. Since almost all were annotated as hypothetical proteins. Nostoc sp. CACIAM 19 as well as Tolypothrix sp. CACIAM 22 strains presented cyanovirin-N homologues whose function was confirmed by binding free energy calculations. Asn, Glu, Thr, Lys, Leu, and Gly, which were described as binding residues for cyanovirin, were also observed on those structures. As for other known cyanovirins, those residues in both our models also made favorable interactions with dimannose. Finally, Alkalinema sp. CACIAM 70d presented one CDS, which was identified as a seven-bladed beta-propeller structure with binding sites predicted for sialic acid and N-acetylglucosamine. Despite its singular structure, our analysis suggested this molecule as a new putative antiviral lectin. Overall, identification of new lectins and their homologues is a promising area in antiviral research and Amazonian cyanobacteria present biotechnological potential to be explored in this regard.

     

    Keywords: Cyanobacteria, Lectin, Antiviral activity, Scytovirin.

  • LAÍS REIS DAS MERCÊS
  • VALIDAÇÃO DE RNAS CIRCULARES COMO POTENCIAIS BIOMARCADORES DE RISCO NO CÂNCER GÁSTRICO

  • Data: 17/06/2019
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  • Circular RNAs are noncoding endogenous RNAs that have their 3 ' and 5' ends covalently joined, characterized as remarkably stable, abundant, exonuclease-resistant, and evolutionarily conserved molecules. They present differential expression in several diseases, including gastric cancer; and one of their potential functions is to act
    as RNA binding proteins (RBPs) sponges, preventing them from performing their normal functions in the cell. In a previous study, we found through next-generation sequencing five differentially expressed circular RNAs in gastric cancer, which were selected for further validation in the present study. Thus, the circular RNAs hsa_circ_0000284, hsa_circ_0000211, hsa_circ_0000524, hsa_circ_0004771 and hsa_circ_0001136 were analyzed by qRT-PCR in gastric cancer tissue samples and tumor-adjacent gastric tissue samples, as well as in whole blood samples from both cancerfree individuals and patients with gastric cancer. The results of circular RNAs in gastric tissue indicated that cancer and tumor-adjacent samples have a similar expression profile, revealing shared molecular characteristics between these two tissues, corroborating the findings of our previous study. The analysis in the whole blood samples revealed that the circular RNAs hsa_circ_0000284, hsa_circ_0000211, hsa_circ_0004771 and hsa_circ_0001136 are overexpressed in patients with gastric cancer when compared to those without cancer (P <0.05). When performing the ROC curve, the studied circular RNAs presented high sensitivity and specificity (AUC> 0.7), revealing them to be potential little invasive risk biomarkers for gastric cancer. We also identified that these circular RNAs have multiple confirmed binding sites for RBPs with important roles in the cell, suggesting them as RBPs sponges and indicating their involvement in a complex gene regulation network. Thus, the differential expression profile found in this study suggests that these circular RNAs could potentially be used as little invasive risk biomarkers for gastric cancer, in addition to indicating that these molecules have relevant roles in the epigenetic regulation network.

    Keywords: Circular RNA, gene regulation, biomarker, gastric cancer.

  • GIOVANNA CHAVES CAVALCANTE
  • APOPTOSE NO ADENOCARCINOMA GÁSTRICO: UMA ANÁLISE DE VARIANTES NUCLEARES E MITOCONDRIAIS

  • Data: 03/06/2019
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  • Apoptosis is a type of cell death that may occur as a response to internal (intrinsic apoptosis) or
    external (extrinsic apoptosis) stimuli. Several nuclear genes are involved in this process, such as
    BCL2, CASP3, CASP8, CASP9, FADD, FAS and TP53. In addition, mitochondria also act directly
    and indirectly in the apoptotic process. Thus, nuclear and mitochondrial genetic alterations may
    lead to the deregulation of this process, giving rise to carcinogenesis. Gastric cancer (GC) is one of
    the most frequent and aggressive types of cancer in Brazil, especially in the North region.
    Therefore, the present thesis aimed to investigate different genetic aspects related to apoptosis
    process, regarding nuclear DNA and mitochondrial DNA, and their influence in the development
    of gastric cancer in individuals from a population in northern Brazil. For this, this work used two
    distinct experimental approaches involving GC patients and individuals without cancer: (i) analysis
    of variants and heteroplasmy from whole mitochondrial genome (mtGenome) sequencing; (ii)
    analysis of genotypic distribution of INDEL variants in nuclear genes related to apoptosis. The first
    approach obtained results that point to a great involvement of heteroplasmic mitochondrial variants
    in the development of CG, besides also suggesting the influence of mitochondrial C haplogroup in
    this development. To the best of our knowledge, this work was the first to sequence the whole
    mtGenome from FFPE samples and to apply this kind of analysis in association to GC in Brazil. In
    the second approach, the findings indicate that some variants present in genes involved in
    apoptosis might influence the gastric carcinogenesis. In summary, the obtained results in this thesis
    contribute to the understanding of apoptosis in the context of gastric cancer and reinforce the
    importance of mitochondrial and nuclear genetic variants as potential biomarkers to the
    development of this type of cancer.
    Keywords: Gastric cancer; apoptosis; mitochondria; INDEL; northern Brazil; Genetic ancestry.

  • YAN PATRICK DE MORAES PANTOJA
  • DESENVOLVIMENTO DE UMA PLATAFORMA WEB PARA APRIMORAMENTO DE ANÁLISES DE PAN-GENOMA A PARTIR DA MELHORIA DA MONTAGEM DE GENOMAS

  • Data: 03/06/2019
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  • High-throughput sequencers are capable of producing millions of DNA sequences in a single run, which has provided great strides in genomic studies. These equipments are characterized by generating high performance sequencing with a short time and at a reduced cost per sequenced base, contributing to the significant increase in the amount of genomic data, mainly prokaryotes deposited in public databases, which made it possible to perform comparative analysis, such as pan-genome analysis. Despite the high coverage of sequencing, coverage biases, such as those related to GC content, can hinder the assembly process, and consequently subsequent analyzes, such as pan-genomics. In addition, current approaches to pan-genome analysis focus exclusively on genes, more specifically on regions with the potential to encode a protein, which ends up excluding non-coding regions (Intergenic Regions), which normally occupy about 15% of the genome, and are important because they can directly influence the bacterial phenotype. Thus, it is extremely important to evaluate the intergenic regions, which may contain regulatory elements, such as ncRNAs, that perform several functions in prokaryotic organisms, such as quorum sensing and response to environmental stimuli. In this way, we propose the development of PanWeb2, a Web platform for the reduction of GC bias in the raw data of genomes to be submitted to pan-genome analysis and inclusion of the evaluation of the intergenic regions.

     

    Keywords: Genome assembly, Pan-genome, GC bias, Intergenic regions

  • RAPHAEL LUIZ LOBO DA SILVA SOUZA
  • COMPARAÇÃ ENTRE PIPELINES PARA TRANSCRIPTOMA E METATRANSCRIPTOMA DO CÂNCER GÁSTRICO

  • Data: 31/05/2019
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  • The composition of the gastric microbiota at the level of the genera is dynamically affected by several factors, such as: eating habits, use of medicines, inflammation of the gastric mucosa and colonization by Helicobacter pylori. Gastric cancer is among the 5 most commonly reported cancers in both sexes. Infection by this bacterium, in the long run, leads to gastric atrophy and, consequently, to an increase in gastric pH and the colonization of the stomach by transient bacteria. Additionally, the ammonia and bicarbonate produced by H. pylori, from urea, can serve as substrates for other bacteria. Despite these findings, the relationship between H. pylori and the gastric microbiota is still controversial. Molecular biology intercalated with bioinformatics has progressed gradually, resulting in next-generation sequencers with sequencing technologies. Data from the metatranscriptome analysis complement the metagenomic data, clarifying precisely which genes, noted in the metagenomic analysis, are transcribed. The objective of this work was to perform a genetic and bacterial comparison between two pipelines, with graphical analyzes of transcriptome and metatranscriptoma with different aligners, RSEM and SALMON. For that purpose, 8 samples from patients with confirmed diagnosis of gastric cancer were collected, where the RNA of the materials were extracted and quantified. Thus, the preparation of the libraries for the elaboration of pipelines, quality control, alignment and read counting, and graphical analysis were made. The numbers of transcripts, amount of hypothetical and non-hypothetical proteins, the 30 most important bacteria and genes present in the samples were reported in the taxonomic, functional and graphical analyzes. In gene comparison, among the 30 most abundant genes of the samples, 22 are the same for the two pipelines and 8 are exclusive to each one, in which only 5 genes from the two pipelines were not related to any type of cancer. In the bacterial comparison, among the 30 most abundant relative bacterial taxa of the samples, 20 are the same for the two pipelines, 5 unique to SALMON and 4 unique to SER, in which 13 taxa are related to human diseases. It was concluded that the RSEM pipeline was more effective in human gene analysis and the SALMON pipeline was more effective in bacterial analysis. It was also evidenced that the diffuse type of gastric cancer showed differentiated protein expression.

     

    Key words: Pipeline, RSEM, SALMON, gastric cancer, transcriptome, metatranscriptome, gastric microbiota.

  • IVANETE DE OLIVEIRA FURO
  • EVOLUÇÃO CARITÍPICA E FILOGENIA PSITTACIFORMES E GRUIFORMES

  • Data: 27/05/2019
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  • Apesar das recentes propostas filogenéticas usando o seqüenciamento genômico completo, ainda há questões importantes sobre as relações entre algumas ordens de Aves, bem como entre as espécies dentro de algumas ordens, como em Psittaciformes e Gruiformes. Como o número de espécies de Aves analisadas pela pintura cromossômica ainda corresponder a uma pequena proporção do total de espécies dessa classe, o uso de dados cromossômicos em análises cladísticas é limitado. Assim, considerando que outras abordagens não produziram propostas filogenéticas bem fundamentadas para essas duas ordens, o objetivo deste estudo foi analisar três espécies de Psittaciformes e três espécies de Gruiformes por meio de pintura cromossômica, e usar os resultados em análises filogenéticas. Para atingir este objetivo, foram usadas sondas cromossomo-especificas de Gallus gallus (1-14) e Leucopternis albicollis (1-22), bem como BACs correspondentes aos microchromosomes de Gallus gallus. Os resultados permitiram detectar alguns caracteres cromossômicos correspondentes a sinapomorfias, como as fusões do PAK1p/PKA4 (GGA1p/GGA4q), PAK6/PAK7 (GGA6/GGA7), PAK8/PAK9 (GGA8/GGA9), que apoiaram a posição basal dos gêneros Amazonas e Myiopssita, e uma posição mais derivada às outras araras. No cariótipo ancestral putativo para Psittaciformes, assumimos a presença somente da associação do PAK6/PAK7 (GGA6/GGA7) com uma inversão pericêntrica, os demais cromossomos corresponderiam a apenas um par cromossômico, assim como no cariótipo hipotético do ancestral das aves. Com relação aos Gruiformes, nossos resultados reforçaram   a   proximidade   filogenética   de Eurypiga   helia,   da   América   do   Sul,   e Rhynochetos jubatus, da Nova Caledônia, e daí sua distribuição poderia ser explicada pela vicariância (deriva continental). Além disso, os rearranjos cromossômicos  encontrados em espécies pertencentes ao núcleo Gruiformes parecem ser aleatórios, e alguns deles representam caracteres homoplásticos. Por causa disso, o cariotipo ancestral putativo para esta ordem seria muito similar ao cariótipo ancestral proposto para Aves. Concluindo, embora os caracteres cromossômicos tenham sido úteis para esclarecer algumas questões filogenéticas em Psittaciformes, contudo não identificamos sinapomorfias cromossômicas em Gruiformes. Entretanto, análises cromossômicas permitiram apoiar a proximidade filogenética entre E. helia e R. jubatus, apesar de sua distribuição geográfica descontínua.

  • DANIELSON BAIA AMARAL
  • UM MECANISMO MOLECULAR COMPARTILHADO NA PADRONIZAÇÃO DE NADADEIRAS EM PEIXES PULMONADOS E MEMBROS EM TETRÁPODES

  • Data: 03/05/2019
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  • The first known tetrapods to emerge already display a specifically arranged limb, composed of proximal endoskeletal elements (humerus, radius and ulna) plus distal elements (wrist bones and digits). While limbs with digits have been regarded as an evolutionary novelty, part of their skeletal organization was already in place on fish fins, as the closest relatives to tetrapods, sarcopterygian fishes, possess three proximal bones and a distal endoskeletal region composed of segmented radials. Among modern lungfish, the genus Neoceratodus has retained distal radials whereas Lepidosirenids (Protopterus e Lepidosiren) have lost them. Genetic or pharmacological inactivation of SHH signaling in developing limbs and fins leads to loss of distal endoskeleton, digits or distal radials, respectively. Shh expression during appendage development is controlled by a highly conserved enhancer element termed ZRS, present in all vertebrates including snakes. Here, we investigate the role of SHH signaling during lungfish fin regeneration by: (i) cloning and in silico analysis of ZRS from lungfish species of the three living genera; (ii) Semi-quantitative PCR for Shh, Ptch1 and Gli1 and (iii) pharmacological modulation of SHH signaling during lungfish fin regeneration. Comparative analysis of vertebrate ZRS sequences revealed a 17 bp deletion of a key ETS transcription factor binding site in Lepidosirenid lungfish but not in Neoceratodus. Furthermore, as seen in salamander limb regeneration, SHH signaling is activated and is necessary for lungfish fin regeneration. Last, we SHH activation increases the number of distal radials in lungfish fin. Overall, our data suggests that SHH signaling, a key pathway underlying digit development in tetrapods, also controls distal radial development in lungfish fins, providing support for the homology of digits and distal radials.

     

    Keywords: Lungfish; Shh; Cyclopamine; ZRS; Fin-to-limb.

  • IGOR ANDRADE PESSOA
  • PERFIL MOLECULAR DE GLIOMAS EM UMA AMOSTRA DE PACIENTES ATENDIDOS EM UM HOSPITAL DE REFERÊNCIA EM BELÉM: ALTERAÇÕES NOS GENES TP53, PTEN E CDKN2A E AVALIAÇÃO DE ALTERAÇÕES GENÔMICAS QUANTITATIVAS

  • Data: 30/04/2019
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  • Glioma é o termo utilizado para designar tumores que se originam das células gliais, representando um grupo heterogêneo, variando de benignos para malignos, e apresentando uma variedade de diferenças genômicas e respostas clínicas. Dentre essas, alterações em certos genes têm sido associadas ao prognóstico de tumores, e foram inclusive incorporadas na atual classificação de gliomas. Dessa forma, esse estudo teve como objetivo identificar a presença de alterações genéticas (mutação e deleção) nos genes TP53, PTEN e CDKN2A, correlacionando os resultados obtidos com os dados clínico-patológicos de 69 pacientes, além da análise pormenorizada de alterações do número de cópias (CNA) de DNA em dois casos específicos. As análises dos genes TP53, PTEN e CDKN2A mostraram uma associação das alterações identificadas com o aumento da idade dos pacientes e com o subtipo tumoral dos astrocitomas. Além disso, nossos dados indicam que enquanto alterações do TP53 e PTEN são eventos mutuamente exclusivos nos gliomas, alterações do TP53 e CDKN2A tendem a coexistir nos gliomas de baixo grau, indicando que são eventos iniciais na progressão desses tumores, e que alterações do PTEN e CDKN2A ocorreram simultaneamente principalmente nos gliomas de alto grau. Na análise obtida dos dois estudos de caso, foram observados resultados distintos: enquanto o paciente diagnosticado com glioma de baixo grau apresentou um baixo número de CNAs (13) e um prognóstico favorável, o paciente diagnosticado com glioma de alto grau apresentou um número muito elevado de CNAs (127) e um tumor altamente agressivo, refletindo no prognóstico ruim observado. Adicionalmente, os resultados corroboraram a importância de se utilizar o perfil molecular dos gliomas em sua classificação, como recomendado pela última atualização para tumores de sistema nervoso, visto que um tumor originalmente classificado como oligoastrocitoma, de acordo com classificações anteriores, apresentou perfil e comportamento clínico concordante com oligodendroglioma, conforme a nova atualização. Concluímos que as alterações genéticas observadas nesse estudo contribuem para uma maior compreensão da gênese e progressão desses tumores, e para a identificação de biomarcadores, que gerem uma melhoria nas práticas de diagnóstico, prognóstico e tratamento desses pacientes, possam ser identificados. 

  • JORIANNE THYESKA CASTRO ALVES
  • CARACTERIZAÇÃO DO PERFIL DE RESISTÊNCIA A ANTIBIÓTICOS NO LAGO BOLONHA, MANANCIAL DE BELÉM - PARÁ

  • Data: 29/04/2019
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  • A resistência aos antibióticos é um dos problemas de saúde pública mais relevantes no mundo. Os ambientes aquáticos desempenham um papel importante, pois são considerados um dos principais reservatórios para genes de resistência a antibióticos e cepas resistentes a antibióticos, contribuindo para a disseminação da resistência. Assim, o presente estudo investigou a diversidade e o resistoma através da abordagem metagenômica, e caracterizou as bactérias cultiváveis quanto ao perfil de resistência presente no lago Bolonha, manancial da região amazônica. A análise do metagenoma total e a prospecção in silico de genes de resistência foram realizadas. O isolamento bacteriano foi realizado através de meio de cultura suplementado com antibióticos cefotaxima e imipenem e, posteriormente, os isolados foram analisados quanto ao perfil de suscetibilidade a antibióticos, identificação de genes de resistência por reação em cadeia da polimerase (PCR) e análise taxonômica por sequenciamento do gene 16S rRNA. Os resultados mostraram que os filos mais abundantes foram Protobacteria, Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes e Cyanobacteria. A composição do resistoma demonstrou que os genes que conferem resistência aos beta-lactâmicos foram os mais abundantes em todos os locais de coleta, seguidos pelos aminoglicosídeos e tetraciclinas. No total, 115 bactérias pertencentes aos gêneros Acinetobacter, Pseudomonas, Klebsiella e Enterobacter foram isoladas. Os genes mais abundantes dos isolados de cefotaxima foram blaCTX, blaTEM e blaSHV, e os isolados de imipenem blaVIM e blaIMP, e entre os integrons, o gene intl1. O resultado do antibiograma demonstrou que a maioria dos isolados foi considerada multirresistente a vários antibióticos, principalmente a cefotaxima e imipenem, e também a aztreonam, ácido nalidíxico, amoxicilina e ampicilina. Assim, o presente estudo investigou a diversidade e a presença de genes e linhagens resistentes a antibióticos no lago Bolonha, demonstrando que esse lago pode atuar como reservatório de genes e bactérias resistentes aos antibióticos.

  • PATRICIA NASCIMENTO DA SILVA
  • CARACTERIZAÇÃO DE EXOSSOMAS SECRETADOS POR MACRÓFAGOS DERIVADOS DE THP-1 EM INFECÇÃO IN VITRO POR CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS.

  • Data: 29/04/2019
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  • C. pseudotuberculosis is a facultative intracellular pathogen that develops within macrophages. It mainly infects small ruminants like sheep and goats, causing caseous lymphadenitis (CL). However, it can also infect horses, cattle, buffaloes and, occupationally, humans. Due to the late diagnosis and limitations of treatment, CL causes many economic losses. Besides the pathogenesis of the disease is not fully understood, C. pseudotuberculosis can survive inside the macrophages, which present difficulties in eliminating this pathogen. Within this context, it is fundamental to know better the relation between C. pseudotuberculosis and host macrophages. In this study, exosomes secreted by macrophages derived from THP-1 infected by C. pseudotuberculosis in vitro were characterized by NTA and flow cytometry. The studied exossomas populations were characterized as CD63 +, CD81 + and CD9-. In addition, the exosomal RNAs were extracted and quantified showing a higher concentration of RNAs inside the vesicles when infected by the pathogen. Therefore, the characterization of these exosomes is important because it provides elucidation of the behavior of macrophages during the infection, the effect of exosomal charges on the immune system and information about the genes involved in the infectious process.

    Key words: Corynebacterium pseudotuberculosis; Exosome; THP-1; Exosomal RNA.

  • RONEY SILVA DA SILVA
  • CARACTERIZAÇÃO CARIOTIPICA E EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA EM ESPÉCIES DAS SUPERFAMÍLIAS CAVIOIDEA E ERETHIZONTOIDEA (MAMMALIA, RODENTIA)

  • Data: 05/04/2019
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  • Rodents are the most diverse group within the Mammalia class, presenting a wide diversity of forms and behaviors. Caviomorph rodents are probable descendants of African lineages that arrived in South America in the Eocene period, and presently constitute about 250 species of rodents with distributed throughout Brazil, of which 90 species are registered in Amazonia. This group is represented by eleven families and four superfamilies, and their phylogenetic relationships are still poorly understood. Although Cytogenetic data are important markers in studies of species characterization, and phylogenetic relationship, they are still poorly explored in this group of rodents. In this work, we present classical and molecular cytogenetic data of rodent species representing the superfamilies Cavioidea (families Caviidae, Cuniculidae and Dasyproctidae) and Erethizontoidea (family Erethizontidae), considered the large rodents of South America and important nutritional source for traditional Amazonian communities. Our results demonstrated that Hydrochoerus hydrochaeris presented 2n = 66 and NF = 102, Dasyprocta leporina presented 2n = 64 and NF = 122, Cuniculus paca had 2n = 74 and NF = 84 and Coendou prehensilis presented 2n = 74 and NF = 78. Comparisons with previous data indicate intra-specific variations with respect to NF for all species, except for the genus Hydrochoerus. Telomeric sequence probes revealed distal signals on the chromosomes of all species analyzed. The number and position of 18S rDNA cistrons varied in number, with Hydrochoerus showing only one site while the other species had two. The comparison of the data obtained on the genomic organization in the studied specimens corroborates the current phylogenetic propositions, supporting the basal position of genera Cuniculus and Coendou (families Cuniculidae and Erethizontidae), since their karyotypes are more similar to each other (prevalence of acrocentric chromosomes and same 2n). On the other hand, a different pattern was observed for genera Dasyprocta and Hydrochoerus, with a prevalence of biarmed chromosomes and high FN value. These data indicate that the chromosome variation in 

    the group may have been originated mainly by pericentric inversions and few Robertsonian rearrangements.

    Key Words: Caviomorpha; Citogenética; Cavioidea; Erethizontoidea

  • DEBORA CHRISTINA RICARDO OLIVEIRA FERNANDES
  • ASSOCIAÇÃO DE POLIMORFISMOS miRNAs E INDELs COM A SUSCETIBILIDADE À TUBERCULOSE NA CIDADE DE BELÉM DO PARÁ

  • Data: 25/03/2019
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  • A tuberculose é considerada um problema de saúde global, responsável por elevado número de óbitos entre os adultos, com mais de cinco milhões de casos novos registrados anualmente e cerca de um terço da população mundial é infectada pelo Mycobacterium tuberculosis. Fatores genéticos do hospedeiro têm sido relacionados com a infecção pelo Mycobacterium tuberculosis. O presente estudo foi realizado com o objetivo de investigar a associação de 17 polimorfismos genéticos e a susceptibilidade/severidade à tuberculose. Foram estudados dois grupos de indivíduos, sendo um constituído por 283 pacientes com tuberculose ativa e outro formado por 145 funcionários de um hospital de referência para doenças infectocontagiosas, todos com conhecida exposição profissional ao bacilo, e que não desenvolveram a doença até a conclusão da pesquisa. Os marcadores investigados foram quatro SNPs: MiR-146a (rs2910164), MiR-499 (rs3746444), MiR-196a2 (rs11614913), MiR-149 (rs2292832) e 13 INDELs:  ACE (rs4646994), CCR5 (rs333), SGSM03 (rs56228771), CYP2E1 (sem rs), HLAG (rs371194629), IL1A (rs3783553), IL4 (rs79071878), MDM2 (rs3730485), TP53 (rs17880560), TYMS (rs151264360), UCP2 (sem rs), UGT1A1 (rs8175347), XRCC1 (rs3213239). Além de utilizar um painel de 61 Marcadores do tipo INDEL para estabelecer o controle genômico de ancestralidade, uma vez que a população investigada é miscigenada. A análise molecular dos SNPs foi realizada por Real Time PCR, utilizando o sistema TaqMan. Para a análise dos marcadores INDELs foi utilizado a técnica de PCR multiplex. Para a análise estatística referente à associação dos polimorfismos investigados com a susceptibilidade a tuberculose foi empregado o programa estatísticos Rstudio v.1.3. E o programa STRUCTURE v2.0 para estimar as frequências referentes a subestruturação populacional da amostra. Os resultados obtidos permitiram algumas observações. Quando se comparou a contribuição europeia entre os dois grupos foi possível identificar que a média da contribuição de europeus é menor entre os pacientes do que na amostra controle.  Nós interpretamos esse resultado muito mais como decorrente das diferenças de nível sócio-econômico entre as duas amostras (caso e controle) do que em relação a possíveis diferenças da susceptibilidade à tuberculose entre grupos étnicos distintos. Em relação a análise de suscetibilidade, o marcador ACE (rs4646994) apresentou diferenças significativa entre casos e controles. O genótipo DEL/DEL do marcador ACE configurou um fator de proteção ao desenvolvimento de tuberculose. E em relação as análises de severidade realizadas na amostra estratificada de pacientes, os dados relacionados à localização radiológica mostraram que os genes UGT1A1 (rs8175347) e MDM2 (rs3730485) apresentaram resultados significativos. Para os dados referentes ao padrão cavitário os genes TP53 (rs17880560) e XRCC1 (rs3213239) mostraram significância. E para os dados de baciloscopia os genes significativos foram HLAG (rs371194629) e MiR-149 (rs2292832). Os resultados sugerem que o polimorfismo no marcador ACE está associado a suscetibilidade a tuberculose. E os polimorfismos nos marcadores UGT1A1, MDM2, TP53 e MiR-149 estão relacionados a um aumento do risco da severidade e os polimorfismos nos marcadores HLAG e XRCC1 para a proteção contra a severidade da doença.

2018
Descrição
  • MARCUS DE BARROS BRAGA
  • Uma Nova Abordagem para Detecção e Eliminação de Redundância em Contigs NGS na Finalização de Genomas Procariotos Utilizando Bloom Filter e LSH.

  • Data: 21/12/2018
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  • Sequências repetitivas de DNA são abundantes em muitas espécies, de bactérias a mamíferos. Do ponto de vista computacional, as repetições criam ambiguidades que podem induzir a erros na interpretação dos dados biológicos. Em montagens de novo, repetições mais longas do que o comprimento das leituras acabam gerando gaps na montagem. Além dos gaps, as repetições podem ser erroneamente sobrepostas e causar erros de montagem. Os algoritmos de montagem criam e percorrem grafos para reconstruir o genoma, neste contexto, as repetições criam ramificações nestes grafos e o programa deve decidir qual o caminho a seguir, gerando muitas vezes decisões incorretas que resultam em contigs quiméricos e número errado de cópias. Leituras provenientes de diferentes cópias de uma região repetitiva no genoma podem não ser facilmente distinguidas e acabar montadas em um único contig, chamado de contig repetitivo. Outro problema é uso cada vez maior de montagens híbridas, com dados de diferentes plataformas de sequenciamento, de diferentes tamanhos (curtos e longos) de leitura ou mesmo com dados de diferentes montagens. Estes procedimentos acabam por aumentar significativamente o número de contigs gerados e a posterior redundância destes dados. Assim, esta tese apresenta um método computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem consiste em utilizar Bloom Filter, uma estrutura probabilística eficiente em tempo e memória, que suporta testes de pertinência em grandes conjuntos, para eliminar os contigs repetidos, que podem ser estendidos às leituras, o que pode significar redução da demanda computacional requerida ao processo de montagem de genomas. Adicionalmente, um método de hashing sensível à localidade (LSH) é aplicado para calcular as similaridades entre as sequências para eliminar contigs semelhantes restando apenas as sequências únicas. O método foi aplicado ao dataset GAGE-B. Como o grande número de contigs gerados nas diferentes abordagens de montagem exige consideráveis recursos computacionais e humanos, esta redução facilita a análise posterior dos dados e reduz o tempo necessário para a finalização de montagens genômicas, hoje possível apenas com softwares pagos.

  • TANIA CARLICE LOPES PEREIRA DOS REIS
  • CARACTERIZAÇÃO in silico DAS VARIANTES DE 17 GENES RELACIONADOS ÀS SINDROMES DE CÂNCER HEREDITÁRIO

  • Data: 19/12/2018
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  • As ferramentas de análises in silico têm sido cada vez mais utilizadas na investigação da relação genótipo-fenótipo de várias doenças para o melhor entendimento de seus mecanismos moleculares. Portanto, a utilização de sequências depositadas em bancos de dados como o do 1,000 GENOMES, que é constituída de amostras de indivíduos saudáveis, parece ser uma excelente abordagem de análise principalmente para doenças genéticas como o câncer. O objetivo do presente trabalho é caracterizar as variantes de 17 genes envolvidos diretamente no desenvolvimento de síndromes de câncer hereditário no banco de dados 1,000 GENOMES; assim como identificar mutações ainda não descritas; investigar o padrão de patogenicidade resultante; e descrever as frequências das mutações nos diferentes grupos populacionais. Para o presente trabalho utilizou-se a ferramenta computacional SNPEFF para anotar funcionalmente os dados das 2.504 amostras de sequências do 1,000 GENOMES. A patogenicidade de cada variante de aminoácido foi investigada usando o banco de dados CLINVAR e cinco preditores diferentes de patogenicidade (POLYPHEN, SIFT, PROVEAN, PANTHER e MUTPRED). Foram encontradas 896 mutações diferentes: 870 mutações missenses, 14 mutações de região de splicing, 11 mutações de stop codon e dois (2) de frameshift. O gene BRCA2 foi o que apresentou maior número de mutações e de indivíduos com alteração. Aproximadamente 46% dos indivíduos do banco de dados 1,000 GENOMES possuem pelo menos uma mutação nesse gene. A análise de patogenicidade mostrou que 31% das mutações investigadas foram patogênicas. Cerca de 30% (754) indivíduos apresentaram pelo menos uma mutação patogênica em pelo menos um dos 17 genes investigados. O gene com o maior número de indivíduos com alteração patogênica (6%) foi o RET. A população africana foi a que apresentou maior número de mutações patogênicas, distribuídas em aproximadamente 32% dos indivíduos do 1,000 GENOMES.

  • JEFERSON COSTA CARNEIRO
  • The primates New World are a group of arboreal apes, attributed to to the Parvorder Platyrrhini that occurs from the south of Mexico to the north of Argentina. One of the taxonomic hypotheses recognizes the families Pitheciidae, Atelidae and Cebidae as the platyrrhines representatives. Pitheciidae is divided into two subfamilies, Pithecinae (Pithecia, Chiropotes, Cacajao) and Callicebinae (Callicebus, Plecturocebus and Cheracebus). Additionaly, some primatologists defend that the genus Aotus is also a member of Pitheciidae. Up to date, the Pitheciidae family is the most phylogenetically neglected among the platyrrhines, there are no robust hypotheses of interspecific relationship for any of the genera. Consequently, the biogeographic histories of these primates are totally obscure. From this scenario, the present study had as objective to investigate the evolutionary history of Pitheciidae in the phylogenetic and biogeographical context. To achieve this goal, modern phylogenetic, biogeographic, species delimitation and divergence time estimates were performed from DNA sequence data. The results suggest that the three platyrrhines families separated in a short time ago, about 20 million years ago, Pitheciidae separated first, and then occurred the cladogenesis of Atelidae and Cebidae. The inclusion of Aotus in Pitheciidae was not supported, which restricts to six the genera members of the family. The formation of the Andes Mountains and the consequent changes of forest areas in South America, together with the beginning of the formation of the Amazon basin during the Middle Miocene, were the main events responsible for the cladogeneses that gave origin to the six present genera. The diversifications of these genera occur after the Pliocene, due to a succession of vicarious events and migrations to previously unoccupied areas. Finally, hypotheses of interspecific phylogenetic relationship were inferred for all genera, except for the genus Pithecia, due to sample insufficiency.

    Keywords:Pitheciidae, Phylogeny, Biogeography

  • Data: 18/12/2018
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  • Os primatas do Novo Mundo são um grupo de macacos arborícolas, atribuídos àParvordem Platyrrhini, que ocorre desde o sul do México até o norte da Argentina.Uma das hipóteses taxonômicas reconhece as famíliasPitheciidae, Atelidae e Cebidae como os representantes platyrrhines. Pitheciidae é dividida em duas subfamílias, Pitheciinae (Pithecia, Chiropotes, Cacajao) e Callicebinae (Callicebus, Plecturocebus e Cheracebus). Adicionalmente, alguns primatólogos defendem que o gênero Aotus também é um membro de Pitheciidae. Até o momento, a família Pitheciidae é a mais negligenciada filogeneticamente entre os platyrrhines. Não há hipóteses robustas de relacionamento interespecífico para nenhumdos gêneros dessa família. Consequentemente, as histórias biogeográficas desses primatas são totalmente obscuras. A partir desse cenário, o presente estudo teve como objetivo investigar a história evolutiva dos Pitheciidae no contexto filogenético e biogeográfico. Para alcançar tal meta, foram realizadas modernas análises filogenéticas, biogeográficas, delimitação de espécies e estimativas de tempo de divergência a partir de dados de sequências de DNA. Os resultados sugerem que as três famílias de platirrinos separaram-se em um curto intervalo de tempo,há cerca de 20 milhões de anos. Pitheciidae separou-se primeiro e, em seguida,ocorreu a cladogênese de Atelidae e Cebidae. A inclusão de Aotus em Pitheciidae não foi apoiada em nossas análises, o que restringe a seis os gêneros membros dessa família. A formação da Cordilheira dos Andes e as consequentes mudanças de áreas florestas na América do Sul, somadas ao início da formação da bacia Amazônica,durante o Mioceno Médio, foram os principais eventosresponsáveis pelas cladogêneses que deram origem aos seis gêneros atuais da família Pitheciidae.As análises sugerem que as diversificações desses gêneros ocorrem após o Plioceno, devido a uma sucessão de eventos vicariantes e migrações para áreas outrora não ocupadas. Finalmente, foram inferidas hipóteses de relacionamento filogenético interespecífico para todos os gêneros, com exceção do gênero Pithecia, devido àinsuficiência da amostragem disponível.

  • AMANDA MARQUES DE SOUSA
  • Estudo da atividade antitumoral do Crizotinibe associado ao Mebendazol em um modelo celular de Câncer Gástrico metastático

  • Data: 13/12/2018
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  • O câncer gástrico é no Brasil o quarto tipo de câncer mais frequente em homens e o sexto em mulheres e é a segunda causa mais frequente de morte por câncer no mundo. Mesmo diante desse panorama, o sucesso quimioterapeutico é muito baixo. Nesse contexto, para investigar a possível ação anticâncer de determinados fármacos e combinações, como provaveis novas formas de tratamento, este trabalho objetivou analisar a atividade antitumoral do anti-helmíntico Mebendazol em associação ao uso do Crizotinibe, na linhagem de câncer gástrico (AGP01), obtida a partir de líquido ascítico neoplásico. Para este fim, foram utilizados os testes de viabilidade celular por MTT, ciclo celular por citometria de fluxo, ensaio de apoptose/necrose por meio da diferenciação utilizando corantes fluorescentes, migração por meio da técnica de Wound Healing e avaliação de dano ao DNA por citometria de fluxo. A CI50 para os fármacos Crizotinibe e Mebendazol isolados foi de 4µM e 0,3µM e em associação de  2,34µM para o Crizotinibe e 0,18µM para o Mebendazol. Os resultados de migração demonstraram que somente o tratamento com o Mebendazol isolado, em ambas as concentrações (CI50 e metade), inibiu a migração celular de maneira estatisticamente significativa (p<0,001 e p<0,01, respectivamente), diferentemente do observado nos tratamentos Crizotinibe isolado e em associação ao Mebendazol (p>0,05). No ensaio de ciclo celular por citometria de fluxo foi possível observar que o Crizotinibe apresenta efeito dose-dependente no ciclo celular da linhagem gástrica AGP01, corroborando com a literatura, visto que houve parada na fase G0/G1 após 24h de tratamento com Crizotinibe isolado e em associação ao Mebendazol na metade do CI50. Por outro lado, observou-se que com o aumento da concentração do fármaco, isoladamente e em combinação com o mebendazol, (no tratamento com CI50) ocorreu parada do ciclo em G2/M. No teste de apoptose por coloração diferencial observou-se que o Crizotinibe e o Mebendazol quando isolados, em ambas as concentrações (CI50 e metade do CI50), provocaram morte celular por apoptose (inicial e tardia, p<0,001). Em relação à combinação Crizotinibe com Mebendazol, foi possível observar que houve mais morte celular, tanto por apoptose, em ambas as concentrações (CI50 e metade; p<0,001 e p<0,01, respectivamente), quanto por necrose, na concentração mais alta (p<0,01). No ensaio de dano ao DNA celular por marcação de H2AX por citometria de fluxo, verificou-se que o Crizotinibe na concentração da CI50 (p<0,01) provoca mais dano do que na metade da CI50 (p<0,05), quando comparado ao controle negativo. Por outro lado, os tratamentos com o Mebendazol e com a combinação Crizotinibe e Mebendazol, em ambas as concentrações (CI50 e a metade), não provocaram danos de maneira estatisticamente significativos (p>0,05), embora mantendo suas demais ações anti-neoplásicas. Dessa forma, evidenciou-se que houve sinergia entre o Mebendazol e o Crizotinibe, conforme observado nos testes de ciclo celular, genotoxicidade por marcação da histona H2AX e ensaio de apoptose pois, foi possível constatar que o Crizotinibe teve ação discretamente acentuada quando associado ao Mebendazol. Cabe ressaltar, que o efeito sinérgico não foi detectado sobre a atividade de migração celular. Assim, consideramos que a associação dos fármacos Crizotinibe e Mebendazol pode ser uma estratégia de tratamento para o câncer gástrico, por permitir uma redução de dosagem mantendo-se as atividades desejadas, colaborando na redução de efeitos adversos e na melhorar nas taxas de sobrevida dessa grave doença. Certamente, novos estudos in vivo sobre a associação destes e seus efeitos toxicológicos devem ser encorajados.

  • ANDRÉ MAURÍCIO RIBEIRO DOS SANTOS
  • VARIABILIDADE GENÉTICA HUMANA: APLICAÇÕES POPULACIONAIS, FUNCIONAIS E MÉDICAS

  • Data: 26/11/2018
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  • A crescente disponibilidade de dados genéticos humano tem demonstrado que muitas variantes estão distribuídas entre as populações em função das suas histórias e separação geográfica. Nesse sentido, a caracterização da distribuição dessas variantes e suas consequências biológicas são essenciais para entender a história das populações humanas e desenvolver melhores estratégias para o atendimento clínico. Por outro lado, a maioria dos estudos de associação genética foram desenvolvidos em populações de ancestralidade europeia em detrimento de outras ancestralidades, como a Nativa Americana, e reportam mutações predominantemente não codificantes cuja interpretação dos seus mecanismos complexa. A aplicação destes estudos em populações não europeias são limitados e podem ocasionar interpretações errôneas. Portanto, dados genéticos de Nativo Americanos são essenciais para melhor atender essas populações assim como as populações urbanas fruto da miscigenação com esses povos. Nesse sentido, este trabalho buscou investigar as variantes genéticas de populações Nativo Americanas do leste da Amazônia pelo sequenciamento de seu exoma, assim como desenvolveu estratégias para avaliar a distribuição e efeitos funcionais de mutações não codificantes ao redor do mundo. Os resultados obtidos ajudaram a esclarecer processos migratórios de ocupação do continente sul americano além de identificar milhares de mutações novas nas populações Nativa Americanas. No que tange a investigação das mutações não codificantes também demonstrou alguns eventos de seleção diferencial no genoma humano que contribuíram para a diversidade fenotípica das populações. Por fim, foi desenvolvido uma metodologia para avaliar sistematicamente a ligação alelo-especifica de fatores de transcrição e uma modelo de aprendizado de máquina que permite interpretar e fazer inferências funcionais do impacto de mutações codificantes para diferentes traços e doenças. Todas essas frentes disponibilizaram ferramentas e bases para ampliar futuros trabalhos nos campos de genética de populações, médica e funcional

  • ISABELA CARVALHO BRCKO
  • Keywords: Amazon Basin; Amazon Forest; Neotropical Primates; New World Primates; Taxonomic Reclassification; Subgenus Tamarinus; Subgenus Oedipomidas; Subgenus Marikina; Leontocebus.

  • Data: 08/10/2018
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  • The traditional taxonomy of Saguinus was based on the Hershkovitz study, in which the species were grouped into six distinct groups. The evolutionary relationships between species of the groups were based on coat characteristics and face pigmentation. In a later review, the genus Saguinus was divided in two, and it passed to allocate 18 taxa among species and subspecies organized in five groups of species. Despite the revision and great diversity of the genus, the phylogenetic relationships, nor the evolution of the genus, are fully understood. Therefore, in order to infer a phylogeny with focus on the evolution of the group, was assembled a large molecular dataset by sequencing 37 nuclear and seven mitochondrial loci from 60 termini, including all Saguinus species, representatives from Leontocebus, Saimiri, Aotus e Leontopithecus as external group. Phylogenetic relationships were inferred using concatenated maximum likelihood (ML) and Bayesian (BI) analyses, allowing evaluate the current taxonomic hypothesis for the genus. Additional analysis of species-tree, species delimitation and estimative of divergence time were used to test the consistency of the taxa, and to propose dates for the cladogenetic events involved in the evolutionary process of the group. Results include 1448 sequences of 44 loci, totaling 24,202 bp alignment. All methods of phylogenetic analysis recovered the same phylogenetic tree, revealing Saguinus monophyly with maximum support values (ML = 100%, PP = 1.0), corroborating the recent proposal of division between Saguinus and Leontocebus. Among the 

    genus Saguinus, are recovered three main lineages with maximum statistical support (ML=100%, PP= 1.0). The monophyly of the lineages is reinforced by the genetic divergences (3.0% to 3.5%) and divergence time (7 Ma), which are compatible with observed among other genera of New World primates. Molecular, morphological and biogeographic evidence suggests that Saguinus Hershkovitz`s species group are erected at the subgenus taxonomic level. The classification of diagnosable clades of closely related species uses the category of subgenus, maintaining the taxonomic stability. In this way, the following modifications are suggested: 1) groups S. mystax and S. inustus integrate the subgenus Tamarinus Trouessart 1904; 2) S. oedipus group is referred to as subgenus Oedipomidas Reichenbach, 1840 and, 3) S. bicolor and S. midas groups are unified as Marikina Lesson 1840. Among the interspecific relations it was possible to recover them widely with high values of statistical support (ML>80, PP= 1.0). Intraspecific relationships had the lowest phylogenetic resolutions. It is possible that the inclusion of samples between the extremes of the distribution of species, subspecies or even molecular markers with higher nucleotide substitution rate may raise intraspecific phylogenetic resolutions in Saguinus.
    Keywords: Amazon Basin; Amazon Forest; Neotropical Primates; New World Primates; Taxonomic Reclassification; Subgenus Tamarinus; Subgenus Oedipomidas; Subgenus Marikina; Leontocebus.

  • JESSICA BARATA DA SILVA
  • EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA EM MORCEGOS NEOTROPICAIS DA SUBFAMÍLIA GLOSSOPHAGINAE (CHIROPTERA PHYLLOSTOMIDAE): RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA USANDO PINTURA CROMOSSÔMICA MULTIDIRECIONAL

  • Data: 20/09/2018
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  • Recent molecular studies have been suggesting a convergent origin to the subfamily Glossophaginae (Phyllostomidae) as well as providing evidence of the fastest molecular evolution among Phyllostomidae bats presented by the tribe Choeronycterini (Glossophaginae). The use of comparative genomic mapping by means of multidirectional chromosome painting to explain chromosomic rearrangements can shed a light in the chromosome evolution of this subfamily, inasmuch it provides a better understanding of the processes of cytogenetic diversification within the tribe Choeronycterini. In the present study, we aimed to evaluate chromosome evolution through mapping with whole chromosome probes from Phyllostomus hastatus (PHA) and Carollia brevicauda (CBR) species, applied to Anoura geoffroyi (AGE) 2n=30/NFa=54, Anoura caudifer (ACA) 2n=30/NFa=56 and Lichonycteris degener (LDE) 2n=24/NFa=44, Glossophaginae species collected in Amazonia and Atlantic forest biomes. Multidirectional chromosomic painting by means of PHA and CBR probes revealed 28 and 31 conserved segments in AGE, 28 and 32 in ACA and 27 and 28 in LDE. We demonstrate that the associations “PHA 11p/12p”, “PHA 12q/15” and “PHA 5qinv” constitute chromosomic synapomorphies, occurring in all three studied species, suggesting them as a chromosomic signature for the whole tribe. The phylogeny generated with chromosomic painting data corroborate the monophyly of the tribe Choeronycterini, suggesting that its chromosomic diversification accompanied the pace of molecular evolution. By means of multiple chromosomic rearrangements, we could also evidence a large chromosomic diversity between species within the Glossophaginae subfamily.

     

    Keywords: Chromosome painting, chromossome evolution, Glossophaginae, Choeronycterini

  • EMILY VANESSA NASCIMENTO ARAUJO
  • EXPRESSÃO DIFERENCIAL DE GENES E SEUS REGULADORES MICRORNAS, EM AMOSTRAS DE CÂNCER GÁSTRICO

  • Data: 13/09/2018
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    O câncer, de acordo com a Globocan, 2018, foi responsável por uma taxa de 8,2 milhões de mortes e 14,1 milhões de casos novos. No que diz respeito especificamente à incidência de câncer gástrico (CG), para o estado do Pará, estima-se no ano de 2018 um número de homens afetados de 23,30 e 11,45 de mulheres. No desenvolvimento do adenocarcinoma gástrico foram identificadas alterações moleculares significativamente aumentadas em vias metabólicas. Um desses elementos são os miRNAS, pequenos RNAs não codificantes que atuam na regulação da expressão gênica e podem agir como oncogenes ou supressores tumorais. O objetivo deste estudo foi investigar a possibilidade de genes das amostras tumorais depositadas no banco de dados Atlas Genômico do Câncer (TCGA) de serem modificados por miRNAs diferencialmente expressos. A análise foi realizada por plataforma de sequenciamento, RNA-Seq, e utilizou o software R-peridot na análise de expressão diferencial de microRNAs, o resultado identificou seis miRNAs alterados significativamente. Em seguida a plataforma miRTargetLink Human foi empregada e identificou oito genes alvos desses miRNAs entre amostras tumorais e seus correspondentes tecidos adjacentes no CG. As análises funcionais mostraram genes que participam de três vias metabólicas importantes associadas ao câncer: adesão focal, via de sinalização RAP1 e pela via de sinalização de cálcio. Por fim, a utilização do cálculo Z-Score confirmou os achados significantes.

  • MANUELA GENU CARVALHO
  • CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR PARA A SÍNDROME DO X-FRÁGIL EM PACIENTES COM TRANSTORNO DO ESPECTRO AUTISTA

  • Data: 31/08/2018
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  • Autism spectrum disorder (ASD) is a serious neuropsychiatric disorder. A significant ined by the presence of Fragile X Syndrome (SFX). SXF is caused by a change in expression of the FMR1 gene located on the X
    chromosome resulting from the abnormal expansion of the number of CGG repeats in the
    promoter region. This study aimed at the molecular characterization of the FMR1 gene in
    patients with ASD to define the number of replicates of the triplet type in the promoter
    region of the FMR1 gene and thus be able to diagnose them as SXF carriers or not. Clinical
    screening of patients with ASD was performed by physicians at the Bettina Ferro de Souza
    University Hospital with the assistance of DSM-IV. Fifty mL of blood was collected in tubes
    containing EDTA for further DNA extraction. Initially, the samples of the male patients were
    submitted to a first screening method (low resolution) based on the PCR. The samples of the
    male individuals that indicated some alteration by this method (14) and those of all the girls
    (33), were later submitted to PCR amplification technique and electrophoresis in automatic
    sequencer according to the protocol described in the Amplidex® commercial kit FMR1
    (Asuragen®). In total, 47 individuals with ASD were capillary electrophoresed. Of this total,
    36 (77%) were classified as normal, 2 (4%) intermediate, 5 (11%) with complete mutation
    and 4 (8%) showed discrepancies in the results (Graph 1). Of the 5 patients classified as
    complete mutants, 2 patients are siblings. All 33 women belonging to the universal sample are
    classified as normal. This work is the first one using capillary electrophoresis to diagnose
    SXF in the region of Belém-PA. With it, it was possible to direct future works involving the
    FMR1 gene and the SXF, besides improving the knowledge of this technique that can give us
    many information about syndromes that contain the same mechanism of heredity.
    Key words: TEA; X-FRAGILE; AUTISM; ELECTROFORESIS CAPILLARY.

  • FERNANDO AUGUSTO RODRIGUES MELLO JUNIOR
  • IDENTIFICAÇÃO DE BIOMARCADORES DE DIAGNÓSTICO E DE PROGNÓSTICO EM PACIENTES PEDIÁTRICOS PORTADORES DE LEUCEMIA LINFÓIDE AGUDA

  • Data: 29/06/2018
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  • The pediatric cancer (0-18 years) corresponds between 1% and 3% of all malignant tumors in most populations. Data from population registers by INCA 2011 reveal that acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the leading cancer affecting children and adolescents, representing 39% of cases in the metropolitan region of Belém. Despite advances in treatment, up to a quarter of patients with ALL still presents relapse, having association with recurrent genetic changes. Thus, in recent years, intense efforts have been devoted to identify genetic alterations that contribute to leukemogenesis, influencing the response to treatment and may be applied in the clinic as new tools for prognosis and therapeutic targets. For this purpose, various molecular techniques have been used, among which, polymerase chain reaction (PCR) for identification of gene fusions and copy number alterations (CNAs) in many genes. This study is justified by the fact that the knowledge of molecular characteristics would be useful in determining a more accurate diagnosis at the molecular level, besides help in earlier diagnosis, collaborate with the most appropriate treatment guidance and with a consistent prognostic assessment. This work aims to detect and analyze the main gene fusions (TCF3-PBX1, MLL-AF4, BCR-ABL1, TEL-AML1 and SIL-TAL) and CNAsof DMBT1, PRDM16 and FAM30A genes in pediatric patients with ALL in the State of Pará.Therefore, 155 peripheral blood or bone marrow samples were collected from Ophir Loyola Hospital patients. The isolation of lymphocytes, RNA extraction, RT-PCR, and direct sequencing of all samples was carried out. Of these, 40 samples were selected for CNAs analysis. The results of these analyzes were correlated and evaluated as the association with clinicopathological characteristics and prognostic implications in LLA cases studied. Statistical analysis were based on descriptive analysis, chi square test (p = 0.05). As results, we detected the existence of 86 (55%) of LLA patients with gene fusions and among the 40 patients analyzed for the presence of CNAs, all presented alterations.Patients with TCF3-PBX1 fusion were significantly associated with leukocytosis (p = 0.05). BCR-ABL1 increased significantly with age (p = 0.0001) and had a greater number of patients who died (p = 0.0001). TEL-AML1 fusion was more frequent in younger patients (p = 0.003). Finally, the MLL-AF4 fusion was exclusive of infants (p = 0.0001) and was significantly more present in high-risk patients (p= 0.01). CNAs did not present statistical significance when associated with clinical data and the presence of fusions. It was concluded that the PCR technique proved to be a fast and efficient tool for the detection of gene fusions and copy number alterations in ALL patients, and could be used to direct the allocation of these patients in different risk groups.

    Key words: Acute Lymphoblastic Leukemia; fusion genes; CNAs; PCR.

  • DARLEN CARDOSO DE CARVALHO
  • Não forneceu

  • Data: 25/06/2018
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  • Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) is the most common pediatric malignancy, accounting for 30% of childhood cancers. Mixed children tend to be at a higher risk of developing ALL and worse treatment outcomes than children from relatively homogeneous populations. Few studies in the specialized literature have reported the influence of pharmacogenetic markers and susceptibility to ALL in mixed and Amerindian populations, despite the relevance of this type of investigation. The aim of this study is to investigate the association of 32 polymorphic variants with susceptibility to childhood ALL and the occurrence of serious toxicities in the treatment of the disease. A total of 121 patients treated for ALL in the pediatric oncology sector of the Ophir Loyola Hospital and Octavio Lobo Hospital, 155 unrelated individuals with no cancer, were used as controls in the study and 200 individuals from different indigenous populations of the Brazilian Amazon. The genotyping of the 32 polymorphisms studied was executed at QuantStudio ™ - TaqMan® OpenArray ™ platform. Statistical analyzes were performed using Software R v.3.3.0. All statistical tests were based on a two-tailed probability and a p value <0.05 was considered significant. Regarding toxicity data, the mutant allele rs2306283 (from SLCO1B1) increased the risk of neurotoxicity three-fold and the mutant homozygote genotype rs9895420 (from ABCC3) was associated with a five-fold greater protective effect on severe gastrointestinal toxicity. Regarding the susceptibility results, the variants of the GGH genes (rs1800909, rs3758149), CEBPE (rs2239633), ARID5B (rs10821936), MTHFR (rs1801133) and MTHFD1 (rs2236225) were related to a protective effect on ALL and variant of the ATIC gene (rs4673993) was associated with an effect of risk for the development of the disease. Regarding the genetic data of the Amazonian indigenous populations studied, we found statistically significant differences of allelic frequencies when compared to African, European, American and Asian populations. Based on FST values, the Amerindian population was also the most distinct among populations. We expect that the results found in the present study will help elucidate the genetic aspects related to the development and treatment of childhood ALL in the Brazilian Amazonian population.

     

    KEYWORDS: ALL; Pediatrics; Polymorphisms; Pharmacogenetics; Susceptibility; Admixed

  • ANA PAULA SCHAAN SILVA
  • Dinâmica de Colonização do Nordeste Brasileiro inferida por Marcadores Uniparentais de Ancestralidade

  • Data: 20/06/2018
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  • A população brasileira é o produto da interação de grupos ameríndios, africanos e europeus e pode ser considerada uma das mais miscigenadas do mundo. A região nordeste do país foi o primeiro e principal alvo de migrações durante o período colonial, ao receber um grande número de populações europeias e africanas. Por meio da investigação de polimorfismos em marcadores uniparentais de ancestralidade, é possível fazer inferências acerca da história da interação biológica entre as populações. O objetivo deste estudo foi caracterizar a população do nordeste do Brasil e as dinâmicas demográficas que a formaram por meio do sequenciamento das três regiões hipervariáveis do DNA mitocondrial e de 20 SNPs localizados na região não recombinante do cromossomo Y. Para as análises de DNA mitocondrial, a amostra foi composta por 550 indivíduos não aparentados distribuídos por oito estados da região nordeste, e para análises do cromossomo Y utilizou-se um subconjunto de 322 homens desta amostra. Os resultados demonstraram uma predominância inesperada de marcadores mitocondriais ameríndios na população do nordeste brasileiro, representando 43,5% das amostras. Foi observada uma distribuição heterogênea de haplogrupos ameríndios e africanos no estado do Piauí, o que motivou a criação da hipótese de que a região nordeste pode ser dividida em dois conjuntos baseados na frequência predominante destas linhagens. Tais diferenças proporcionais podem ser explicadas por meio dos registros históricos, que descrevem movimentos migratórios em direção ao interior da região durante o período colonial. Por outro lado, os resultados para as linhagens paternas apresentaram maior contribuição de haplogrupos europeus, os quais são diversificados, porém distribuídos de forma homogênea pelo território brasileiro. Adicionalmente, o sequenciamento de um novo conjunto de SNPs revelou a sub-estruturação destas linhagens, sugerindo que a população de origem europeia do nordeste pode ser oriunda de outros países europeus além dos tradicionais portugueses e espanhóis. Por fim, os resultados mostraram uma grande assimetria de gênero na distribuição dos grupos parentais, padrão que já foi descrito para outras populações sul americanas.

  • JAMILY LORENA RAMOS DE LIMA
  • ANÁLISE DE EXPRESSÃO GÊNICA DURANTE O DESENVOLVIMENTO OCULAR NO PEIXE DE QUATRO OLHOS Anableps anableps

  • Data: 14/06/2018
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  • The vertebrate eye shares highly conserved structure, physiology, and cellular and molecular processes,
    throughout the animal kingdom. Aside from partial or complete loss, few examples of innovations such
    as duplication of eye structures have been studied. In this context, Anableps anableps (four-eyed fish)
    is an Amazon species that consists in a unique non-model organism to study the plasticity of eye
    development. This species is viviparous with full internal embryonic and larval developments. The eye
    of A. anableps is partially divided composed of duplicated pupils and corneas, through which the light
    stimuli from below and above the water enters the eye at the same time. Moreover, the adult fish has a
    retina that is divided into dorsal and ventral regions with asymmetric expression of photoreceptor
    proteins, which allow for simultaneous vision below and above the water. These proteins are visual
    opsins responsible for translating light perception into intracellular signals to be sent to the brain. The
    A. anableps already born with duplicated corneas and pupils, even though, no contact to environmental
    light has happened yet. Thus, this work has two main goals: to identify genes responsible for the
    duplication process of eye structures during the larval development of A. anableps; and to describe the
    gene expression patterns of visual opsins in the retina of developing eyes of this species. Eight genes
    were chosen as candidate genes that may be involved with this innovative feature from in silico
    analysis of eye transcriptomes. Further gene expression analysis through in situ hybridization showed
    that five of these genes are expressed in the developing cornea. Therefore, following functional and
    signaling pathway studies may reveal the molecular changes underlying cornea and pupil duplication
    during A. anableps larval development. Moreover, other ISH experiments revealed that A. anableps
    larvae already display asymmetric expression of visual opsins rh2-1 and lws along the retina even
    before birth. These unique expression patterns have been reported to adult retina of A. anableps.
    Therefore, these results suggest that they are genetically determined as possibly adaptations to this fish
    lifestyle.
    Keywords: Anableps, gene expression, opsin, eyes
    (*) Item

  • ANTONIO MARCIO GOMES MARTINS JUNIOR
  • SISTEMÁTICA MOLECULAR E FILOGEOGRAFIA DOS MACACOS-PREGO (CEBUS E SAPAJUS) E MACACOS-DA-NOITE (AOTUS)

  • Data: 25/05/2018
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  • Over the past 15 years, different studies were made investigating the evolutionary relationships between species of New World monkeys with a series of phylogeographic hypotheses being proposed and with considerable taxonomic reformulations within genera, tending to increase the number of species. Among the different genera of Playtrrhini studied, the capuchin monkeys and night monkeys are still neglected in a phylogenetic and phylogeographic perspective. Recently, it was proposed that the capuchin monkeys should be divided into Cebus (gracile capuchin monkeys) and Sapajus (robust capuchin monkeys). Over the past six years, studies using mitochondrial data have suggested a considerable increase in the number of Cebus species. In contrast, they showed that most Sapajus morphotypes emerged less than 1 million years ago. These studies also proposed the phylogeographic model “Reinvasion of the Amazon” of the origin and diversification of the capuchin monkeys. This model consideres that the emergence of the Cerrado between 7 – 9 million years ago was a vicariance factor for isolation of the gracile and robust capuchin monkeys in the Amazon and Atlantic Forest, respectively. The former originated in the Amazon, while the latter diversified in the Atlantic Forest. The current sympatry between both genera in the Amazon Basin is explained by a recent reinvasion of the Amazon by robust capuchin monkeys in the last 300 thousand years. Night monkeys (Aotus) present one of the most conflicting taxonomies of the New World monkeys. Depending on the author, the diversity of species varies from one, two, seven, eight or nine species. Hershkovitz (1983) splited the genus into two groups of species: the red-necked group distributed South of the Amazon-Solimões river; and the grey-necked group mainly distributed in the North of the Amazon-Solimões river. Virtually, all recent works in the genus using DNA sequence data have employed only mitochondrial markers to understand the evolutionary history of the genus. However, all of them agree in the absence of support for the Hershkovitz’s group proposal, showing Aotus nancymae as belonging to the grey-necked group instead the red-necked one. Here, I used phylogenetic approaches of Maximum Likelihood, Bayesian Inference, and Maximum Parsimony, as well ass recent phylogeographic methods to investigate the molecular systematics and biogeographic history of capuchin monkeys and night monkeys. For the first group, I used sequence data from the Control Region and Cytochrome b gene from the mitochondrial genome. For the second, I used a multiloci approach employing 10 mitochondrial and 10 nuclear markers. Based on the lack of support for the recent proposal to increase the number of species in
    Cebus, I propose that the genus must be maintained with the traditionally recognized species C. capucinus, C. kaapori, C. albifrons and C. olivaceus. The data obtained here, in consonance with morphological, biogeographic, phylogenetic and time of divergence evidences, suggest that Sapajus cay and S. macrocephalus species should be synonymized in S. apella. The biogeographic analysis does not support the “Reinvasion of the Amazon” hypothesis, suggesting that the current sympatry between Cebus and Sapajus in the Amazon Basin exists since the origin of both genera. In Aotus, the eight taxa studied here were recovered as monophyletic. However, our data do not support the Hershkovitz’s groups. Our biogeographic analysis shows that the end of the Andean uplift in the Pliocene was crucial to the origin of Aotus. The data reveal that the genus appeared in the South and North regions of the Central Amazon Basin and that most of the Amazonian rivers were not geographic barriers for the expansion and diversification of night monkeys.
    Keywords: Capuchin monkeys, night monkeys, Aotus, phylogeography, neotropics, molecular systematics.

  • TALITA FERNANDA AUGUSTO RIBAS
  • Citogenômica comparativa em espécies de aves Suboscines das famílias Thamnophilidae e Furnariidae (Passeriformes).

  • Data: 02/05/2018
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  • A Ordem Passeriformes representa uma das maiores radiações adaptativas entre os vertebrados. Ocorrem em todos os
    continentes do globo, exceto a Antártica, e possuem sua maior diversidade nos trópicos. Entretanto, pouco se é
    conhecido do ponto de vista genético e principalmente citogenético desta Ordem. No entanto foram encontrados
    resultados interessantes que demostraram a ocorrência de rearranjos intracromossômicos em Passeriformes, utilizando
    dados in silico. Considerando este cenário, nove espécies de Passeriformes (Willisornis vidua, WVI; Thamnophilus
    aethiops, TAE; Thamnomanes caesius, TCA; Pyriglena leuconota PLE; Phlegopsis nigromaculata, PNI;
    Myrmotherula longipennis, MLO; Myrmoborus myotherinus, MMY; Isleria hauxwelli, IHA (Thamnophilidae) e
    Glyphorynchus spirurus, GSP (Furnariidae), foram estudadas por meio de citogenética clássica e molecular.
    Utilizamos uma combinação de técnicas de citogenética molecular incluindo pintura cromossômica com sondas de
    Burhinus oedicnemus (BOE) e Gallus gallus (GGA) e sondas de Cromossomos Artificiais de Bactéria (BAC), apenas
    em Thamnophilidae. No total, 148 sondas de bibliotecas de BACs de GGA e Taeniopygia guttata (TGU) foram
    testadas, das quais 98 foram de macrocromossomos (1-9) e 40 para microcromossomos (10-28). Todos os cariótipos
    obtidos são semelhante aos cariótipos típicos de Passeriformes, com alto número diploide variando de 2n=80 a 86, com
    poucos macrocromossomos e muitos microcromossomos. Nossos resultados demonstram que a maioria dos
    cromossomos de GGA são conservados nas espécies analisadas, com exceção de GGA-1, 2, 4 e 6 (P. nigromaculata).
    Dados preliminares usando BACs mostraram rearranjos intracromossômicos, principalmente inversões, quando
    comparados Thamnophilidae cariótipos com GGA, e corroboraram as fissões reveladas por pintura. Nossos resultados
    também nos permitiram discutir a possibilidade de um cariótipo ancestral para a Subordem Suboscines.

  • WILLAM OLIVEIRA DA SILVA
  • Evolução Cromossômica em Roedores da Subfamília Sigmodontinae (Rodentia, Cricetidae).

  • Data: 23/04/2018
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  • A subfamília Sigmodontinae faz parte de um dos grupos mais diversificados e complexos dos
    mamíferos do Novo Mundo, estando distribuídos em 84 gêneros e 380 espécies. Com exceção de
    nove gêneros incertae sedis, todas as espécies estão distribuídas em nove tribos. Apesar dos
    estudos de pintura cromossômica nos Sigmodontinae terem incluído apenas 25 espécies
    pertencentes a oito gêneros, tais análises permitiram a compreensão da evolução cariotípica de
    alguns grupos e a proposição de assinaturas filogenéticas. Neste estudo apresentamos três capítulos
    e um apêndice: o primeiro capítulo é voltado para o diagnóstico de duas novas espécies não
    descritas para o gênero Neacomys (Sigmodontinae, Oryzomyini), Neacomys sp. A (2n=58/NF=68)
    e Neacomys sp. B (2n=54/NF=66), através de pintura cromossômica com sondas de Hylaeamys
    megacephalus (HME; Sigmodontinae, Oryzomyini) e sequências do gene mitocondrial Citocromo
    b (Cytb) e Citocromo C Oxidase - Subunidade I (COI), além de propor a atuação dos rios
    Amazônicos como barreiras a distribuição das espécies e potencial agente no processo de
    especiação alopátrica; o segundo capítulo é direcionado para a compreensão dos rearranjos
    cromossômicos no gênero Neacomys, através de pintura cromossômica com sondas de HME em
    Neacomys cf. dubosti (2n=62/NF=60), N. paracou (2n=56/NF=64), N. amoenus (2n=64/NF=68),
    Neacomys sp. C (2n=58/NF=64) e Neacomys sp. D (2n=58/NF=70), estabelecendo padrões
    evolutivos nessas espécies que ocorrem na Amazônia oriental, além de gerar uma filogenia
    cromossômica que foi comparada com a filogenia molecular já disponível para o grupo; o terceiro
    capítulo é voltado para a compreensão dos rearranjos e assinaturas da tribo Akodontini,
    hibridizando sondas de HME em Blarinomys breviceps (2n=28/NF=50) e Oxymycterus amazonicus
    (2n=54/NF=64), comparando com os dados disponíveis na literatura para os Akodontini e
    Oryzomyini hibridizados com sondas de HME. O apêndice refere-se a um projeto paralelo que foi desenvolvido durante o intercâmbio. Neste trabalho foram gerados dois conjuntos de sondas de roedores do gênero Proechimys: P. roberti (2n=30) e P. goeldii (2n=24♀,25♂). Visando entender os eventos de modificação cromossômica nesse grupo, foi realizado o mapeamento cromossômico comparativo de P. roberti, P. goeldii e P. gr. goeldii (2n=16♀,17♂). Foi detectado uma alta plasticidade dos mecanismos que determinaram a evolução cromossômica destes taxa, além de constatar origens independentes dos Neo-X em P. goeldii e P. gr. goeldii, o que evidencia o papel em potencial destes roedores como modelos para estudos de evolução dos cromossomos sexuais.

  • ADENILSON LEAO PEREIRA
  • “Oncogenômica: microRNAs no Câncer Gastrico”

  • Data: 06/04/2018
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  • Gastric cancer (GC) when diagnosed late is aggressive and difficult to manage. The
    absence of biomarkers from the early stages of the GC reduces the therapeutic
    possibilities and the survival of the patients. The miRNAs have a good
    sensitivity/specificity relationship, which makes them potential biomarkers of GC. In
    this study, we evaluated the relationship and biomarker potential of the miRNAs in the
    field cancerization. We analyzed the expression profile of miRNAs in non-cancer (NC),
    tumor-adjacent (ADJ) and GC tissues. For this, two analysis strategies were used: Next
    Generation Sequencing (NGS) and qRT-PCR. The two strategies of analysis revealed
    that the studied miRNAs are differentially expressed among the groups analyzed.
    However, ADJ and GC tissues showed similar expression profile suggesting that they
    share the deregulation of many miRNAs. These data corroborate the existence of field
    cancerization in GC. Eleven tumor-suppressors miRNAs (TS-miRs) were found to be
    significantly overexpressed exclusively in ADJ tissue, which we believe to be a likely
    antitumor mechanism. The discriminatory analysis selected three groups of biomarkers
    with AUC>85%: six miRNAs were selected as biomarkers of advanced disease; five as
    biomarkers of the early stages of disease; and ten as biomarkers of early and advanced
    stages of GC. We have shown that the miRNAs studied are closely related to field
    cancerization in CG. We show a new aspect of the molecular biology of the field
    cancerization in GC, where the overexpression of TS-miRs is used as a likely antitumor
    mechanism. Finally, this study shows the potentiality of miRNAs as biomarkers of GC.
    In this context, the studied miRNAs are potentially useful as biomarkers, predictors and
    therapeutic targets in GC.

     

    Keywords: miRNAs, Gastric Cancer, Field Cancerization, Biomarkers.

  • INGRYD NAYARA DE FARIAS RAMOS
  • ATIVIDADE ANTINEOPLÁSICA DE NAFTOQUINONA SINTÉTICA (MF15) EM CÉLULAS DE MELANOMA METASTÁTICO HUMANO

  • Data: 06/04/2018
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  • Cancer consists in a set of more than 100 diseases, characterized by uncontrolled cell growth wich can invade the adjacent tissue and move to sites far from the originally affected organ. Among the different types of neoplasias, melanoma is a malignant tumor that originates from melanocytes and represents the most aggressive form of skin cancer, standing out by its increasing incidence, high invasiveness and low survival because of its high capacity to generate metastases. Its treatment remains a major challenge, since at an advanced stage it usually becomes resistant to current therapies. Thus, recent discoveries about cell signaling provide a greater understanding of the biology of melanoma and these advances are being explored to provide more targeted drugs and new therapeutic approaches. Considering the already proven antitumor activity of different naphthoquinones in experimental models, the present study aimed the in vitro evaluation of the possible mechanisms of action of synthetic naphthoquinone (MF15) on the cytotoxicity, cell viability, genotoxic capacity, mechanism of cell death, the motility and invasive capability in human metastatic melanoma cell lines. The results of the performed assays indicated that MF15 went cytotoxic to all tested cell lines, with IC 50, after 72 hours, between 1.82 - 5.80 μM, besides to a selectivity towards tumor cells, with the SK-Mel 19 lineage being the most sensitive to the compound what motivated the selection of this for subsequent tests. MF15 naftoquinone also showed genotoxic potential, leading to a significant increase in the DNA damage index, just as induced cell death by apoptosis in the SK-Mel 19 cell lineage. The other tests emphasized that the MF15 naphthoquinone inhibited the cell migration process, with significant decrease in motility after 15 hours of treatment at 2 μM concentration and after 30 hours of treatment at concentrations of 2 μM and 4 μM and decreased significantly the cells 

    invasive capacity, also at the concentrations of 2 μM and 4 μM. The data obtained in this study brought new aspects about the action of the synthetic naphthoquinone MF15 in melanoma cells and have allowed to indicate this molecule as a potential therapeutic agent, motivating the interest in the elucidation of its complete mechanism of action.

     Keywords: Melanoma, naphthoquinone, cytotoxicity, invasion, migration.

  • HÉLBER GONZALES ALMEIDA PALHETA
  • ANÁLISE DE VARIANTES DO GENE CDH1 NO BANCO DE DADOS 1,000 GENOMES: Desenvolvimento de uma ferramenta para análise de distribuição das mutações

  • Data: 05/04/2018
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  • In silico analyses are a very efficient computational tool for the study of genotype-phenotype relationships. The use of these tools has been an excellent approach for the characterization of molecular variants deposited in databases. One of these databases is from the 1,000 GENOMES project, which has sequenced an expressive number of phenotypically healthy individuals. The aforementioned project allows for a greater understanding of the variations in the human genome and increases knowledge about them among populations. In this way, the study of data from this project assists in the better understanding of the mechanisms of action of several diseases. However, manipulating the files in this data source is not easy for researchers who do not master computing. Thus, the objective of the present study is to develop a platform to investigate nucleotide variability present in the CDH1 gene in the "1,000 Genomes" database, as well as characterize the observed variations and investigate their pathogenicity in an automated way. In the present research, data in the .VCF format of the 1,000 GENOMES ftp was used. These data were annotated using the SNPEFF program and were stored in a database created using the Mysql database manager system. A module called VCFextract was developed, which makes a selection of the annotated data and stores it in the created database. For the visualization of the results, a web application, Simple 4 Prediction (S4P), was developed, which has a user-friendly interface. Simple 4 Prediction (S4P) allows the user to choose the chromosome where they want to work and apply filters of their interest. This also allows the user to carry out the pathogenicity investigation of the variants in different predictors and in the CLINVAR database. The annotated data of chromosome 16 were submitted to Simple 4 Prediction (S4P) and the result was presented in a tabulated form to facilitate its interpretation. A simulation was performed with the CDH1 gene and the results demonstrated that the program allows the user to have the annotated data of the 1,000 GENOMES database and variant pathogenicity in a simplified, organized and fast way, facilitating the search by users who do not dominate the area of computing. In this way, it can be concluded that the platform developed can be very useful for non-programmers who want to explore data from 2504 samples from healthy individuals deposited in the 1,000 GENOMES database.

     

    Keywords:Bioinformatics, CDH, 1000 Genomes

  • AILTON LOPES DE SOUSA
  • PHAGEWEB – INTERFACE WEB PARA RÁPIDA IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE PROFAGOS EM GENOMAS BACTERIANOS

  • Data: 04/04/2018
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  • A utilização das ferramentas de bioinformática cresceu consideravelmente nos últimos anos. Tais ferramentas têm contribuído amplamente para o melhor entendimento de processos biológicos associados a diversos microrganismos e, com isso, o surgimento de novos e mais eficientes métodos e programas para responder diversas perguntas biológicas, como a identificação de regiões de fagos presentes nos genomas bacterianos. Para tanto, este estudo propõe O desenvolvimento de uma ferramenta computacional com uma interface gráfica que permite identificar regiões de fagos e realizar a caracterização funcional destas, por meio de buscas por homologia e da integração de informações dos fagos pelos serviços de webservices de outras aplicações. O desempenho do PhageWeb foi comparado a outras ferramentas usando testes de Sensibilidade (Sn), representando a proporção de indivíduos ou elementos com classificação positiva e usando o Valor Preditivo Positivo (PPV), que descreve o número de verdadeiros positivos. Como referência para os testes, foram utilizados mais de 80 genomas anotados manualmente e, nessas análises, o PhageWeb apresentou um índice Sn igual a 86,1% e PPV de aproximadamente 87%, enquanto a segunda melhor ferramenta apresentou valores de Sn e PPV de 83,3% e 86,7%, respectivamente. Esses índices nos permitiram observar uma maior precisão nas regiões identificadas pelo PhageWeb em comparação com outras ferramentas de previsão submetidas aos mesmos testes. Além disso, o Phageweb foi substancialmente mais rápido do que as outras alternativas computacionais, diminuindo o tempo de processamento para aproximadamente um sexto do tempo exigido pelo segundo melhor software.

  • LAINE CELESTINO PINTO
  • MODULAÇÃO DE GENES ENVOLVIDOS NA RESISTÊNCIA A QUIMIOTERAPIA PELA MEBENDAZOL EM MODELO DE CÂNCER GÁSTRICO

  • Data: 29/03/2018
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  • O câncer gástrico (CG) é a terceira causa mais comum de mortalidade por neoplasia ao redor do mundo, principalmente devido ao início tardio dos sintomas clínicos e do diagnóstico, sendo um dos principais motivos que levam a doença a ser frequentemente diagnosticada em um estágio avançado, limitando as abordagens terapêuticas. A desregulação do MYC é um evento comum na carcinogênese gástrica e pode ser um potencial biomarcador no desenvolvimento de novos alvos para terapia do CG. Além disso, a regulação desse gene pode estar relacionada à resistência a quimioterápicos, assim como genes transportadores de drogas e são responsáveis pela falha na resposta ao tratamento, impedindo o sucesso na terapia do CG. Assim, o desenvolvimento de estratégias que modulam a expressão desses genes podem ser mais efetivas e menos tóxicas que as estratégias terapêuticas convencionais. Nesse sentido, o redirecionamento clínico de uma droga já estabelecida como o Mebendazol (MBZ), que já demonstrou atividade anticâncer em modelos tumorais in vivo e in vitro, pode ser uma estratégia terapêutica para o CG, principalmente por ser um medicamento de baixo custo, com perfil de segurança aceitável e toxicidade reduzida em células normais. Com base nisso, o objetivo do nosso estudo foi investigar a capacidade do MBZ causar dano ao DNA e morte celular, através da atividade do gene MYC e genes transportadores de drogas envolvidos na resistência a quimioterápicos em modelo de CG. O ensaio cometa foi utilizado para avaliar os efeitos genotóxicos do MBZ em AGP01 e a análise do ciclo celular da AGP01 após o tratamento com MBZ foi realizado através da citometria de fluxo. O efeito apoptótico do MBZ na AGP01 foi testado através da coloração diferencial de brometo de etídio/laranja de acridina e a amplificação gênica do MYC, expressão do mRNA do gene MYC e a expressão proteica do MYC foram avaliadas pelos ensaios de FISH, RT-qPCR e Western blotting, respectivamente. A expressão dos genes transportadores de drogas ABCB1, ABCC1 e SLC47A1 e da proteína MDR1 foram avaliadas por RT-qPCR e Western blotting, respectivamente. Observou-se que o MBZ aumentou significativamente o índice de dano na AGP01 em todas as concentrações testadas comparado ao controle negativo. O MBZ induziu parada no ciclo celular em G2/M na maior concentração testada após 24h de tratamento e desencadeou apoptose de forma significativa nas concentrações mais elevadas no mesmo período de tratamento. O MBZ reduziu os sinais de amplificação do MYC e reduziu a expressão do mRNA e a expressão proteica do MYC em AGP01. Além disso, o MBZ reduziu significantemente o nível de expressão de mRNA dos genes ABCB1 e ABCC1 na maior concentração testada e a expressão de mRNA do gene SLC47A1 em todas as concentrações de MBZ quando comparado ao controle negativo. O nível de expressão da proteína MDR1 signicantemente reduziu na maior concentração testada de MBZ, assim como o encontrado na expressão gênica. Assim, nosso estudo demonstrou que o gene ­C-MYC é uma das importantes vias pelas quais o MBZ induz morte celular em células gástricas e pode auxiliar na redução da resistência a quimioterápicos através da modulação de genes transportadores de drogas, sendo potencial na terapia do CG. No entanto, estudos adicionais sobre toxicologia, farmacocinética e o efeito antitumoral da MBZ in vivo devem ser realizados para comprovar a sua eficácia como medicamento alternativo em pacientes com CG.

  • MAURO LUCIO FERREIRA SOUZA JUNIOR
  • Associação de polimorfismos do gene FTO (rs9939609 e rs8050136) com o Índice de Massa Corporal e Circunferência Abdominal em Populações de Comunidades Quilombolas do Estado do Pará

  • Data: 28/03/2018
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  • As comunidades quilombolas são agrupamentos étnicos que se auto definem por meio das relações com a terra, o parentesco, o território, a ancestralidade e práticas culturais próprias. Estas comunidades resultaram inicialmente da resistência da escravidão que foi imposta durante séculos no país. Ainda hoje, estão espalhadas por todo território brasileiro, principalmente nas áreas rurais, possuindo um certo grau de isolamento geográfico, acesso restrito aos serviços de saúde e educação. No que diz respeito à saúde dos indivíduos quilombolas, há uma situação de profundo agravo devido à falta de políticas públicas para estas áreas. Há poucos estudos realizados sobre as condições de vida nos remanescentes de quilombos no Pará, visto que eles estão localizados em áreas de difícil acesso e não há o devido olhar de preocupação por parte do governo. Hoje, é notório o crescimento do sobrepeso e obesidade nas comunidades quilombolas. Isso se deve à transição nutricional que ocorre nos remanescentes de quilombos. Tal transição decorre de mudanças econômicas, demográficas e sociais, resultando em uma tendência de modificação do consumo, produção e comercialização dos alimentos. Definida como um distúrbio metabólico, a obesidade se apresenta como um grande problema mundial de saúde pública, juntamente com o Diabete Mellitus tipo 2 (DM2). A obesidade é induzida por uma dieta hipercalórica e/ou má nutrição e hábitos de vida inadequados que resultam em um aumento do acúmulo de gordura corporal e aumento no risco de muitas doenças crônicas, como câncer, e Doença Cardiovascular. Atualmente, os estudos genéticos concentram-se em encontrar variantes que possam estar associadas à algum tipo de doença, seja transmissível ou não. Uma das técnicas mais utilizadas nesse tipo de busca é o Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS - Genome-Wide Association Study) que tem como objetivo identificar associações entre fenótipos e um ou mais marcadores genéticos. Os primeiros estudos com GWAS foram publicados há vários anos e, ainda hoje, esta é uma ferramenta importante para ajudar a compreender a variabilidade humana e o papel que variantes genéticas desempenham na doença. Vários são os SNPs encontrados no gene FTO. Um dos mais estudados é o SNP rs9939609, fortemente associado com a obesidade. Outro SNP também muito estudado e associado com a obesidade é o rs8050136 e um estudo demonstrou que a atividade física e o consumo alimentar podem modificar a associação que há entre a variante FTO rs8050136 e traços ligados à obesidade. O presente trabalho tem por objetivo investigar as frequências alélicas e genotípicas do gene FTO rs8050136 e rs9939609, e suas influências sobre o Índice de Massa Corporal e o aumento da Circunferência da Cintura dos indivíduos que vivem nas comunidades quilombolas dos municípios de Oriximiná, Óbidos, Moju, Inhangapi e Concórdia, todos localizados no estado do Pará.

  • HAIALA SOTER SILVA DE OLIVEIRA
  • GENOTIPAGEM DA GLICOSE-6-FOSFATO DESIDROGENASE (G6PD) E DO SISTEMA SANGUÍNEO DUFFY EM COMUNIDADES AFRODESCENDENTES DO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 27/03/2018
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  • A Glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PD) é uma enzima que participa da via das pentoses-fosfato que resulta, entre outros, em um poder redutor importante para os eritrócitos maduros. O gene da G6PD encontra-se no cromossomo X, logo a maior incidência da deficiência funcional é em homens. O grupo sanguíneo Duffy codificado pelo gene FY, localizado no cromossomo 1, é caracterizado por três alelos principais: FY*A, FY*B e FY*BES e quatro fenótipos Fy(a+b-), Fy(a-b+), Fy(a+b+) e Fy(a-b-). Duffy e G6PD têm relação direta com a malária. Este estudo teve como objetivo analisar as frequências alélicas e genotípicas da deficiência de G6PD e do sistema sanguíneo Duffy nas populações de remanescentes quilombolas do estado do Pará.

  • AMANDA DE NAZARE COHEN PAES
  • INVESTIGAÇÃO DE GENES METABOLIZADORES DE XENOBIÓTICOS NA SUSCEPTIBILIDADE AO CÂNCER GÁSTRICO OU COLORRETAL

  • Data: 19/03/2018
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  • O câncer gástrico (CG) e o colorretal (CRC) são duas das principais causas de morte por câncer em todo mundo, devido sua prevalência e mal prognóstico. No Norte do Brasil, a incidência destes tipos neoplásicos é elevada em relação à média apresentada no restante do país. Investigamos a associação entre 32 polimorfismos funcionais em genes que codificam enzimas envolvidas em vidas metabolizadoras e a susceptibilidade ao CG e CRC. O estudo investigou um total de 95 pacientes com CG ou 121 com CRC, tratados em dois hospitais de referência em tratamento oncológico no estado do Pará, e 140 indivíduos sem câncer, incluídos como controles nas analises de susceptibilidade genética aos tipos tumorais aqui estudados. As variantes genéticas foram investigadas por Sequenciamento em tempo real, utilizando tecnologia TaqMan Open Array Genotyping (Applied Biosystems, Life Technologies, Carlsbad, USA). Foi utilizado um painel de 61 Marcadores Informativos de Ancestralidade (MIAs) como método de controle da ancestralidade genômica no estudo. Foram encontradas associações significativas em oito dos polimorfismos analisados, com base na comparação de genótipos entre grupos de caso e controle. Um aumento no risco de desenvolvimento das neoplasias colorretais e gástricas foi encontrado em associação com os polimorfismos dos genes ABCG2 (rs2231142), DPYD (rs17376848, rs1760217, rs1801159, rs3918290, rs55886062 e rs67376798) e TP53 (rs1042522). Em dois casos, no entanto, os do rs1128503 do gene ABCB1 (p = 0,000352; OR = 0,265; IC 95% = 0,128-0,549) e o rs17116806 do gene DPYD (p = 0,000005; OR = 0,223; CI 95% = 0.117-0.425), a probabilidade de desenvolver CRC ou GC foi significativamente reduzida. Nossos sugerem que a investigação de variantes genéticas em genes componentes de vias metabolizadoras pode ajudar a determinar susceptibilidade genética ao CG e CRC, e, assim, auxiliar na redução dos índices de incidência e mortalidade destas neoplasias em uma população altamente miscigenada do Norte do Brasil.

  • JAQUELINE DINIZ PINHO
  • ANÁLISE DA EXPRESSÃO DOS MICRORNAS MIR-223-3P, MIR-145-5P, MIR-21-5P E MIR-107 EM AMOSTRAS DE PACIENTES COM CÂNCER DE PÊNIS E SUA RELAÇÃO COM A INFECÇÃO DO HPV E FATORES DE PIOR PROGNÓSTICO

  • Data: 15/03/2018
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  • O câncer de pênis continua sendo um problema de saúde pública em países em desenvolvimento, como o Brasil. Apesar da alta prevalência de câncer peniano, dados epidemiológicos, parâmetros clínicos, evolução da doença e resposta aos tratamentos, ainda são incipientes, dificultando o diagnóstico, prognóstico e tratamento desta neoplasia. Em virtude desta exiguidade de informações, faz-se necessário identificar marcadores moleculares, a fim de auxiliar no prognóstico e tratamento adequado. Os microRNAs possuem grande potencial em serem biomarcadores de prognóstico e diagnóstico. Em virtude disto, o objetivo deste estudo foi analisar o perfil de expressão de microRNAs em amostras de pacientes com câncer de pênis e sua relação com a infecção por HPV e o comprometimento linfonodal, entre outros fatores de pior prognóstico.  A expressão dos microRNas foi realizada por qRT-PCR, em amostras de tumor primário de pacientes com diagnóstico anátomo-patológico de câncer de pênis, além disso foi feita a identificação e genotipagem de HPV. MiR-145 foi, significantemente, menos expresso nas amostras de tumor primário positivos para HPV. Os microRNAs com expressão aumentada, estatisticamente associada a fatores de pior prognóstico, foram miR-223-3p e miR-107, o primeiro em pacientes com metástase linfonodal, e o segundo em pacientes com grau histológico II e III, tumores maiores que 2.0 cm e estadiamento III e IV. Estes achados, indicam que estes microRNAs possuem potencial como biomarcadores para diagnóstico e prognóstico, além de regular genes que podem ser alvos úteis, assim como os microRNAs avaliados na elaboração de novas estratégias terapêuticas contra o câncer de pênis.

  • GLEN JASPER YUPANQUI GARCIA
  • Pipeline para análise funcional de metagenomas sequenciados com a plataforma Ion Torrent

  • Data: 22/02/2018
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  •             A biomassa terrestre é formada principalmente por micro-organismos, que evoluíram há cerca de 3.8 bilhões de anos, encontrando-se em qualquer lugar da terra, tanto em ambientes moderados quanto em ambientes extremos. O número estimado dos procariotos na terra é cerca de 9.2-31.7x1029 células (Kallmeyer et al., 2012). Segundo estimativas, somente 1-2% das bactérias são viáveis para o isolamento e cultivo in vitro. O termo não cultivável significa que a tecnologia atual ainda não é suficiente para caracterizar certos micro-organismos, devido à impossibilidade de cultivá-los ou porque não conhecemos suas necessidades metabólicas. Os avanços tecnológicos dos Sequenciadores de Nova Geração (NGS) revolucionaram a forma de estudar os micro-organismos, possibilitando que os sequenciamentos, ao longo dos anos, sejam cada vez mais baratos e rápidos. Os NGS possibilitaram o sequenciamento da matéria escura, ou micro-organismos não cultiváveis, permitindo estudá-los em seus ambientes naturais, pudendo dar respostas sobre os micro-organismos que estão presentes e principalmente as funções dos genes na comunidade. Os programas da bioinformática são essenciais na análise de metagenomas, mas requerem certos conhecimentos computacionais que podem ser limitações para usuários com pouco conhecimento de bioinformática, sobre tudo em análises que requerem a utilização de várias ferramentas. Neste trabalho apresenta-se um pipeline automatizado, em Python, para a caracterização gênica de metagenomas oriundos da plataforma Ion Torrent. O workflow do pipeline segue como etapas, o controle de qualidade, detecção e correção de erros de sequenciamento, remoção de leituras contaminantes, predição do melhor k-mer, montagem de novo, predição de genes, anotação funcional através dos serviços web NCBI BLAST+ (REST) ou UFPa REST e análise dos termos GO com GO Slim. O pipeline foi testado com cinco metagenomas coletadas do lago da Usina Hidrelétrica de Tucuruí, sequenciados com a plataforma Ion Proton.

2017
Descrição
  • BENILSON SILVA RODRIGUES
  • ANÁLISE DA EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA NA FAMÍLIA TYRANNIDAE (PASSERIFORMES–AVES): MAPEAMENTO DE GRUPOS SINTÊNICOS, DE SEQUÊNCIAS TELOMÉRICAS E DNA RIBOSSOMAL. 

  • Data: 21/12/2017
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  • The order Passeriformes is divided in two suborders, one of them including birds with song learning capacity, Passeri (Oscines), and the other, Tyranni (Suboscines), without such hability. The latter is one of the largest families of birds of the Neotropical region. Despite of this, there are few cytogenetic studies dealing with their chromosome evolution and phylogenetic relationships. Thus, to understand the evolutionary mechanisms that led to the diversification of the karyotype of the species belonging to family Tyrannidae, as well as for a better understanding of their phylogenetic reactions, cytogenetic studies using C banding and chromosome painting with probes of G. gallus (GGA) and L. albicollis (LAL), as well as 18S rDNA and telomeric sequences (TTAGGG)n probes were applyied in five species of this group: Serpophaga subcristata (subfamily Elaeniinae), Pitangus sulphuratus and Myiozetetes cayanensis (subfamily Tyranniinae), Satrapa icterophrys and Lathrotriccus euleri (subfamily Fluvicolinae). The results indicated that, although this family is characterized by a wide karyotype variation, the diploid number of these species varied slightly, S. subcristata (2n = 82), P. sulphuratus (2n = 80), M. cayanensis (2n = 80), S. icterophrys (2n = 82) and L. euleri (2n = 78). C-banding pattern indicated the presence of heterochromatin near the centromere in many chromosomes, with more intense signals in the microchromosomes. Sequence probes (TTAGGG)n were identified only in the telomeric regions, as in other Neoaves, and the 18S rDNA genes were found in only one pair of microchromosomes, with the exception of S. subcristata, which presented them in two pairs, which seems to be a typical feature of Elaeniinae. GGA and LAL probes revealed the presence of a pattern of paracentric and pericentric inversions very similar in the five species, which is also in agreement with the one observed in other Passeriformes. Thus, tyrannids present the karyotype similar to other species of Passeriformes, confirming that the intrachromosomal rearrangements detected must have occurred before the separation process occurred between Passerini and Tyranni.

     

    Keywords: Tyrannidae. FISH. Chromosomes. Evolution. Phylogeny. 

  • CARLOS FABRICIO PINTO DE MEDEIROS
  • ANÁLISE DE POLIMORFISMOS NO GENE NOS EM PACIENTES COM ANEMIA FALCIFORME NO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 21/12/2017
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  • A anemia falciforme é uma doença hemolítica e hereditária, causada pela polimerização das moléculas de hemoglobina dentro dos eritrócitos fazendo com que assumam forma de foice. Isso se dá por devido uma troca de bases no sexto códon do gene da globina β, alterando as propriedades químicas da cadeia proteica ocasionando hemólises, crises vaso-oclusivas, episódios de AVE, ulceração nas pernas, primarismo entre outros sintomas. O óxido nítrico tem um papel importante na melhora clínica da doença; atuando no processo de vasodilatação, ajudando a prevenir as crises vaso-oclusivas, além de estar relacionado a síntese de HbF. Os genes NOS1 e NOS2A participam da síntese de NO a partir da L-arginina sendo dois SNPs rs816361, do gene NOS1, e rs1137933, do gene NOS2A, estão relacionados a um aumento na produção de NO no organismo e possível melhora clínica na anemia falciforme. Os objetivos desse trabalho são investigar polimorfismos nos genes NOS1 (rs816361) e NOS2A (rs1137933) e possíveis associações com elevação dos níveis de hemoglobina fetal e diminuição da gravidade clínica nos pacientes com anemia falciforme do estado do Pará. Foram estudados 200 pacientes com anemia falciforme atendidos na Fundação Centro de Hemoterapia e Hematologia do estado do Pará (HEMOPA). O levantamento clínico desses pacientes foi feito em nível de prontuário, incluindo histórico das manifestações clínicas, evolução e condutas terapêuticas adotadas para cada paciente. De cada indivíduo foram obtidos 5ml de sangue periférico, em sistema de coleta a vácuo, utilizando EDTA como anticoagulante. Os níveis de HbF foram dosados por método de HPLC (Cromatografia Líquida de Alta Performance), seguindo protocolo descrito pelo fabricante, utilizando-se o equipamento D10 (BioRad). A extração de DNA foi feita segundo método descrito por Old&Higgs (1993) com algumas modificações. A genotipagem para todos os fatores genéticos investigados no projeto ocorreram por PCR em Tempo Real, pelo sistema TaqMan, utilizando o aparelho 7500 real-time PCR da applied biosystems. A análise estatística foi feita por simples contagem para a determinação das frequências genotípicas e alélicas dos polimorfismos investigados as frequências obtidas foram compoaradas as referencias reportadas no HapMap do projeto 1000 genomas e as frequências foram comparadas utilizando o teste do Qui-Quadrado e uma análise multivariada foi feita para relacionar fatores clínicos e/ou laboratoriais com fatores genéticos investigados. No rs816361 o alelo selvagem C apresentou frequência de 0,52 e o alelo mutante G de 0,48, as frequências genotípicas foram CC= 0,045 e CG= ,955, para o rs1137933 o alelo selvagem G teve frequência de 0,87 e o mutante A de 0,23, para os genótipos GG=0,74; GA=0,25 e AA=0,01. Na comparação com as populações do HapMap, os alelos do NOS1 apresentaram diferença estatística com todas as populações, já para o NOS2A a diferença se mostrou apenas para a população Europeia. Foi observado a influência do alelo C do rs816361 e do alelo A do rs1137933 um quadro de melhora clínica com elevação dos níveis de NO e HbF e menor média de transfusões.

  • JULIANA CARLA GOMES RODRIGUES
  • Perfil Farmacogenômico das Fluoropirimidinas e Potenciais Implicações em Terapias Oncológicas em Populações Ameríndias Amazônicas

  • Data: 18/12/2017
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  • As fluoropirimidinas, representadas pelo 5-Fluorouracil (5-FU) e seus derivados orais, são um dos fármacos mais amplamente utilizados em diferentes esquemas terapêuticos no combate às neoplasias no mundo. Entretanto, apesar do seu amplo uso na prática clínica, tratamentos à base de 5-FU ainda são considerados desafiadores devido à grande variabilidade nas taxas de eficácia e toxicidade apresentadas. As variabilidades individuais ao padrão de tratamento podem ser determinadas geneticamente pela investigação de biomarcadores preditivos de toxicidade e resposta a diversas terapias, definindo o campo de atuação da farmacogenômica. Devido ao grande avanço nas pesquisas em farmacogenômica, diversas agências responsáveis pela regulamentação de fármacos mundialmente têm estabelecido protocolos de tratamento para diversos tipos de terapias, com o intuito de estabelecer uma medicina mais eficiente e personalizada. Entretanto, esses protocolos são desenhados, majoritariamente, para populações de origem europeia, não sendo adequadamente empregados em populações brasileiras, já que está é resultante de um complexo processo de miscigenação envolvendo a contribuição, principalmente, de europeus, africanos e ameríndios. Estudos farmacogenômicos em populações ameríndias são escassos, particularmente aqueles que abordam a farmacogenética de terapias oncológicas. Investigações genômicas capazes de analisar a heterogeneidade genética de biomarcadores associados com a resposta e toxicidade às fluoropirimidinas em populações ameríndias e miscigenadas são de grande impacto científico e podem refletir positivamente na saúde pública destas populações. Baseado nestes princípios, o objetivo do presente estudo foi investigar o perfil farmacogenômico de 32 biomarcadores preditivos de toxicidade e resposta em 16 genes (MTHFR, GGH, FPGS, RRM1, ABCG2, CYP2A6, ABCC2, ABCC4, SLC22A7, TP53, SLC29A1, ITGB5, UMPS, ABCB1, DPYD e TYMP) associados ao metabolismo de fluoropirimidinas em 148 indivíduos de três populações Ameríndias Amazônicas: Asurini do Trocará, Asurini do Koatinemo e Kayapó-Xikrin. O material genético foi extraído a partir de sangue periférico dos indivíduos estudados utilizando-se o método estabelecido por Sabrook et al., com modificações. As genotipagens dos polimorfismos foram realizadas por ensaios Taqman® em OpenArray®, utilizando o aparelho QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System. As análises estatísticas foram realizadas pelos programas Arlequin v. 3.5.2.2, SPSS v. 12.0 e pacote estatístico do R. Nossos resultados demonstraram frequências alélicas e distribuições de genótipos significativamente diferentes (P≤1.56E-03) em muitos marcadores de estudo nas populações ameríndias em comparação com populações africanas, europeias, americanas e asiáticas. Com base nos valores de FST, a população ameríndia também foi a mais diferente das demais (média de FST = 0,09917). Especificamente com relação ao perfil de resposta e eficácia dos ameríndios a tratamentos com fluoropirimidinas, eles apresentam altas frequências de polimorfismos deletérios (quando comprados com as demais populações continentais) em genes responsáveis por papeis importantes no metabolismo do fármaco, dentre eles o gene DPYD, o qual é biomarcador de rotina clínica para avaliar toxicidade a 5-FU. Esses dados destacam o perfil genético único da população indígena da região amazônica brasileira, o que é potencialmente importante do ponto de vista farmacogenético. Compreender a diversidade de marcadores genéticos relacionados ao processo ADME de fármacos é crucial para a implementação de protocolos de tratamento farmacogenômico individualizado em populações ameríndias, bem como em populações com alto grau de mistura com este grupo ético, como a população brasileira em geral.

    4.

  • MILLA DE ANDRADE MACHADO
  • ESTUDOS DA DIVERSIDADE CROMOSSÔMICA DE GYMNOTUS (Gimnotidae, Gymnotiformes) POR CITOGENÉTICA CLÁSSICA E MOLECULAR

  • Data: 15/12/2017
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  •  

    Gymnotiformes possuem a habilidade de gerar e utilizar campos elétricos, tanto para
    eletrolocalização de objetos e outros organismos, quanto para a interação social. Dentro da ordem,
    Gymnotus é um gênero monofilético facilmente distinguido de outros Gymnotiformes por possuir a
    boca voltada para cima, os olhos dispostos na posição lateral da cabeça e uma cavidade do corpo
    longa. Estes peixes distribuem-se extensamente pela região Neotropical, com registros desde o sul
    do México até o norte da Argentina, sendo a maior diversidade encontrada na super-bacia
    amazônica. Atualmente o gênero apresenta 37 espécies descritas, divididas em 6 clados: G.
    pantherinus, G. coatesi, G. anguillaris, G. tigre, G. cylindricus e G. carapo. Gymnotus é o gênero
    de Gymnotiformes mais estudados citogeneticamente. O número diplóide em Gymnotus varia de
    2n=34 a 2n=54, apresentando uma grande diversidade cariotípica. Estudos mais recentes utilizando
    a técnica de Hibridização in situ Fluorescente (FISH) mostram resultados importantes quanto à
    diversidade de sequencias repetitivas e reorganização genômica no gênero. A analise do cariótipo
    da espécie Gymnotus coatesi indentificou um numero diploide de 50 cromossomos com formula
    cariotipica 24 m/sm +26 st/a, a presença de um único par portador do rDNA 5S e a presença de
    NOR múltipla, com blocos de rDNA 18 distais colocalizados com blocos de sequencias
    telomericas. A Pintura cromossômica em G. arapaima identificou um cariótipo rearranjado, com
    apenas seis pares homeologos com o cariótipo de G. carapo utilizado para a produção das sondas
    de cromossomo total. Esses resultados corraboram com uma alta dinâmica de reorganização
    genômica característica do grupo, além de também mostrar a importância de estudos citogeneticos
    no genero, que possuem varias espécies morfologicamente parecidas, incluindo a presença de
    espécies crípticas.

  • JAIME VIANA DE SOUSA
  • AVALIAÇÃO IN SÍLICO DO EFEITO DAS MUTAÇÕES NOS GENES HBB E CFTR EM INDIVÍDUOS DEPOSITADOS NO 1000 GENOMES DATABASE

  • Data: 04/12/2017
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  • O Projecto dos 1.000 Genomas realizou uma descrição da variação genética humana através da reconstrução dos genomas de 2.504 indivíduos saudáveis de 26 populações distribuídas ao redor do mundo e para discutir as implicações e estudos de doenças comuns. Usando dados disponíveis da base de dados do referido projeto, realizou-se uma análise comparativa de todos os seus genomas no gene regulador de condutância transmembrana da fibrose cística (CFTR) e o Gene Beta globina (HBB), com o gene de referência e HG19. Analisaram-se os escores de severidade das mutações nos 27 exões do gene CFTR e nos 6 exões do gene HBB, usando alterações na sequência de aminoácidos (AA) e comparações com as bases de dados CFTR-2, Hbvar, ClinVar , e preditores de patogenicidade (POLYPHEN, PROVEAN, SIFT, FATHMM, Panther, nsNPA e MutPred ). Além de utilizar métodos de aprendizagem de máquinas (Redes Neurais e Random Forest) para gerar um escore compatível com o gerado pelo ClinVar e investigar qual detas técnica melhor se adaptam a predição de patogenicidade nas mutações do tipo SNP dos aminoácidos. Relatou-se também um modelo de homologia de CFTR humano de comprimento completo para melhorar a compreensão da estrutura e mutações patológicas.

  • JOSE AUGUSTO DO NASCIMENTO MONTEIRO
  • EFEITOS MUTAGÊNICOS E HISTOPATOLÓGICOS DO CROMO HEXAVALENTE EM GIRINOS DE Lithobates catesbeianus (SHAW, 1802) (ANURA, RANIDAE)

  • Data: 17/11/2017
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  • Urban and industrial growth is one of the main factors for increasing the quantity and complexity of the waste that are released in aquatic ecosystems. Among the chromium species, Cr (VI) represents the least stable form, the most biologically reactive, toxic and a threat to the environment. Potassium dichromate (K2Cr2O7) presents several applications in industry, such as being a component in cement, chrome-plated objects, fabric dyeing and leather tanning. The species Lithobates catesbeianus (Shaw, 1802) (Anura, Ranidae) is important to raniculture and used in several universities for research. The aim of this work was to evaluate the mutagenic, cytotoxic and histopathological effects of hexavalent chromium in tadpoles of the bullfrog L. catesbeianus, through the micronucleus test, flow cytometry and liver and kidney histopathological analyzes. The tadpoles were submitted to concentrations of 4 mg.L-1 (n= 11), 12 mg.L-1 (n= 11) and 36 mg.L-1 (n= 11) K2Cr2O7. One non-exposed group (n=11) was used as a negative control (NC) and another group of tadpoles (n= 11) exposed to 5 mg.L-1 of cyclophosphamide as a positive control (PC). The data were submitted to variance analysis using the ANOVA one way test (flow cytometry) and Kruskal-Wallis test (micronucleus test). The significance level considered was 5%. Results showed that, in general, the micronuclei (MNs) were less frequent than the morphonuclear alterations (AMNs); there was a significant difference in the frequency of MNs between the NC and all treated groups (p < 0.05), in addition the PC did not differ from the chromium treatments. It was also observed that only PC and the group treated with 36 mg.L-1 showed significantly higher frequencies of AMNs than NC (p < 0.05). Chromium treatments promoted cell retention in the Sub-G1 phase and decrease of cells in the S and G2/M phases indicating inhibition of the cell cycle. All treatments with chromium led to liver and kidney histopathological lesions, especially with 36 mg.L-1 (greater number of lesions). The results found confirm the toxic effects of hexavalent chromium.

    Key-words: Micronucleus test; Flow cytometry; Histopathological analyzes; Lithobates

  • GLORIA TATIANA VINASCO SANDOVAL
  • piRNAs E RNA CIRCULARES NO CÂNCER GÁSTRICO: UMA COMPLEXA REDE EPIGENÉTICA DE RNAS NÃO CODIFICANTES NA REGULAÇÃO GÊNICA 

  • Data: 05/10/2017
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  • O câncer gástrico é uma das doenças malignas mais prevalentes e a terceira causa de morte relacionada ao câncer no mundo. O genoma não codificante no câncer tem sido principalmente estudado no contexto da regulação da expressão gênica exercida pelos microRNAs (miRNAs). No entanto, outros RNAs não codificantes (ncRNAs), como piRNAs e RNAs circulares estão emergindo como elementos potenciais da homeostase celular, e junto com os miRNAs, a sua desregulação está sendo encontrada como relevante para a tumorigênese. O objetivo deste trabalho foi analisar o perfil de expressão global dos piRNAs em amostras de câncer gástrico, e avaliar in silico a possível função dos piRNAs e RNAs circulares diferencialmente expressos. Nós encontramos 703 piRNAs expressos em tecido gástrico e identificamos 14 novos piRNAs diferencialmente expressos no câncer gástrico. Destes, três piRNAs (piR-48966, piR-49145 e piR-31335) reforçam a hipótese do campo de cancerização, mostrando-se diferencialmente expressos no tecido de tumor e tecido adjacente ao tumor quando comparados com tecido sem câncer. Os RNAs circulares considerados neste estudo (hsa_circ_0001136, hsa_circ_0000284, hsa_circ_0000211, hsa_circ_0004771 e hsa_circ_0000524) foram apresentados anteriormente por nosso grupo de pesquisa como diferencialmente expressos nas mesmas amostras, e junto com os piRNAs demonstram que o tecido adjacente não deve ser considerado um tecido sem malignidade. Os piRNAs e os RNAs circulares diferencialmente expressos foram descritos como reguladores de genes ou miRNAs envolvidos em vias de sinalização relacionadas ao câncer, indicando o potencial biomarcador destes ncRNAs no câncer gástrico.

  • REYDSON RAFAEL ROSA REIS
  • FILOGEOGRAFIA E ESTRUTURA POPULACIONAL DE Scinax ruber (Anura: Hylidae) NA FLORESTA AMAZÔNICA

  • Data: 22/09/2017
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  • Phylogeography is the study of the principles and processes that associate the genealogical relationships with geographical distribution of the populations of organisms. Current the main character used in the analyzes this kind of studies are the molecular markers, since they are conducted with a greater precision on a taxa evolutionary history and the morphological divergence is not always concomitant with the genetic diversity. The Amazon forest has been an extensively explored area in philobiogeographic studies due to its complexity and extreme diversification. One of the several taxa studied is the anurans, but few studies contemplate species with wide distribution, in the context, a Scinax ruber species presents distribution, phylogeographic pattern and evolutionary history poorly resolved. Thus, the present study has as main proposal the evaluation of genetic diversity, evolutionary history and population structure of S. ruber. For this, we analyzed the DNA sequences of specimens from several biological collections and Genbank database, sampled in different locations in the Amazon rainforest. For the molecular analyzes, 12S, 16S and COI mitochondrial markers were used to evaluate the diversification of S. ruber according to the rivers as barriers and forest refuges hypothesis. The results revealed a complex history of S. ruber diversification, with seven possible divergent populations throughout the Amazon Forest, but according to the results, the population of S. ruber in Colombia is possibly to be a distinct species. The other populations were strongly structured with no gene flow possibility. The populations demonstred in the phylogenetic analysis are largely associated as areas of endemism, justified by the geological and climatic events that occurred between the Miocene and the Pleistocene, which acted in the main divergences in the evolutionary history of S. ruber. Finally, the populations of the endemism areas Inambari and Rondônia have demonstred an evolutionary history and recent population expansion. It can be concluded that the molecular tools were useful to contribute of information on an evolutionary and phylogeographic history of S. ruber, since these data are still very scarce in the literature.

     

    Keywords: Phylogeography, Biodiversity, Amazonian Forest, Gene flow, Scinax ruber

  • BRUNO DUSTAN ANDRADE DE SOUZA
  • GUIwebSeq: Sistema em Ambiente Web para Análise de Dados de RNA-Seq

  • Data: 15/09/2017
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  • A introdução de Sequenciadores de Nova Geração tem um papel de extrema importância na evolução observada nos útlimos anos na área da génetica, a utilização dessas novas plataformas de sequenciamento possibilitou uma redução nos custos por corrida, fazendo com que cada vez mais dados fossem gerados, impossibilitando assim que uma análise completa dos mesmos fosse feita sem a ajuda de inúmeros softwares. Esses softwares em geral são de difícil instalação, não podem ser utilizados em qualquer sistema operacional, não possuem interface gráfica – fazendo com que seja necessária a descrição de extensas linhas de comando para que uma simples análise seja feita à respeito dos dados gerados – e por último, mas não menos importante uma grande parte desses softwares necessitam de computadores com grande capacidade de processamento. Levando em consideração essas questões levantadas, essa pesquisa se consolida na criação de uma ferramenta Web com o objetivo de juntar diversas ferramentas utilizadas para essas análises em um só local e oferecer uma interface gráfica de fácil aprendizado com rapidez e acurácia nos resultados.

  • KARLA BEATRIZ CARDIAS CEREJA PANTOJA
  • Investigação de polimorfismos em genes de metabolismo de fármacos e ancestralidade genética em associação com a resposta ao tratamento de pacientes com Leucemia mieloide crônica na região Norte do Brasil

  • Data: 01/09/2017
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  • A Leucemia Mielóide Crônica (LMC) é a proliferação excessiva das células de linhagem granulocítica do sistema hematopoiético e a principal característica associada a ela é a presença do cromossomo Filadélfia, que consiste na translocação recíproca dos braços longos dos cromossomos 9 e 22 [t(9;22) (q34; q11)], levando à formação da proteína BCR-ABL com atividade enzimática tirosina-quinase constitutiva e desregulada. O tratamento de primeira linha para LMC é realizado com o Imatinibe, um inibidor de Tirosina-quinase. A literatura relata variações na resposta de alguns pacientes durante o tratamento da LMC, apontando que pode haver falha na resposta em cerca de 15% dos casos, o que pode estar associado com a variabilidade genética que cada indivíduo possui. Desta forma, o presente estudo buscou analisar polimorfismos de genes que estão envolvidos no metabolismo de fármacos quimioterápicos em relação a resistência ao tratamento com imatinibe e a associação da ancestralidade genética com a toxicidade causa da pelo imatinibe em pacientes com LMC. O objetivo deste trabalho foi analisar 18 polimorfismos de 10 genes em 105 pacientes com diagnóstico de Leucemia Mielóide Crônica submetidos ao tratamento com Imatinibe em um hospital de referência em tratamento oncológico do estado do Pará. As genotipagens dos polimorfismos foram realizadas por PCR em tempo real, utilizando o aparelho QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System (Applied Biosystems®, Foster City, Califórnia, EUA). E para a análise de ancestralidade foi utilizado um painel de 61 Marcadores Informativos de Ancestralidade (IAMs). Nossos resultados evidenciaram uma associação significativa entre o polimorfismo rs9524885 do gene ABCC4 e a resistência ao imatinibe, onde indivíduos com o genótipo mutante TT (p= 0,04; OR= 6,833; IC= 1,033-45,186) possuem um risco maior de falha na resposta ao tratamento em pacientes do que pacientes com outro genótipo. Em relação à toxicidade, nossos resultados mostraram que pacientes com maior contribuição ameríndia têm maior risco de desenvolver toxicidade ao imatinibe. Concluimos com esse estudo que o gene ABCC4 pode ser um potencial biomarcador aliado a outros marcadores de transporte e que a ancestralidade ameríndia têm influência no desenvolvimento de toxicidade em pacientes com LMC tratados com imatinibe. Destacamos a importância dessa investigação, visto que é a primeira realizada na população brasileira e da Amazônia.

  • ADONNEY ALLAN DE OLIVEIRA VERAS
  • NOVA ABORDAGEM PARA VIABILIZAR ANÁLISES PANGENÔMICAS A PARTIR DE GENOMAS NÃO FINALIZADOS

  • Data: 31/08/2017
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  • Tem-se observado um crescimento exponencial no depósito de genomas não finalizados em banco de dados públicos, o que atualmente prejudica estas análises. Segundo GOLD (https://gold.jgi.doe.gov), somente no ano de 2016, o número de genomas completos e rascunhos depositados em banco de dados públicos chegou a 1.626 e 26.624, respectivamente. Assim, o desenvolvimento de uma abordagem de bioinformática que permita utilizar genomas não finalizados em análises comparativas é necessária. Neste trabalho apresentamos o PAN4DRAFTS - pipeline for comparative analysis of prakaryotic draft genomes

  • FABIO DANIEL FLORENCIO DA SILVA
  • Não forneceu a informação

  • Data: 11/08/2017
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  • Não forneceu a informação

  • BRUNO MOREIRA SOARES
  • DIVERSIDADE E FILOGENIA DOS GENÓTIPOS DE HPV DETECTADOS EM AMOSTRAS DE NEOPLASIA CERVICAL MALIGNA NO ESTADO DO PARÁ, AMAZÔNIA, BRASIL

  • Data: 16/06/2017
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  • Os papilomavírus humanos (HPV) dependem de células epiteliais para se replicar, seu genoma é formado por uma molécula de DNA circular dupla fita de aproximadamente 8 kb de tamanho, onde geralmente estão situados oito genes. As espécies do gênero Alphapapilomavírus que estão associados com o câncer cervical invasivo são filogeneticamente agrupados em um único clado. A prevalência de infecção por HPV no mundo não ocorre uniformemente entre os continentes, bem como a incidência de câncer cervical. Além disso, as variações nas sequências de nucleotídeos dos vírus desempenham uma importante função entre o genótipo-fenótipo. Neste trabalho foi estimada a prevalência do câncer do colo uterino nas diferentes mesorregiões do Estado Pará. A partir de sequências parciais da região do gene L1 provenientes de amostras de HPV extraídas de tumores cervicais, obtidas de pacientes residentes neste Estado, foi possível determinar a diversidade dos genótipos associados ao desenvolvimento da doença, bem como sua distribuição pelas mesorregiões paraenses. Com base nestes dados e nas variáveis epidemiológicas, faixa etária e estadiamento clínico, pôde-se estabelecer uma relação entre os genótipos identificados e a progressão do câncer. A partir das mesmas sequências utilizadas para fazer a genotipagem dos vírus e de sequências referências da mesma região genômica, obtidas no banco genômico Papillomavirus Episteme (PaVE), foi possível compreender as relações filogenéticas entre os genótipos de HPV identificados nas amostras de câncer do colo uterino.

  • DIONISON PEREIRA SARQUIS
  • ASSOCIAÇÃO DO PERFIL DE piRNAs E DE EXPRESSÃO GÊNICA COM A METILAÇÃO NO CÂNCER GÁSTRICO

  • Data: 10/06/2017
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  • O câncer gástrico é uma doença maligna com alta incidência e com a terceira maior taxa de mortalidade no mundo. Devido a este fato, faz-se necessário melhor entender a respeito dos processos de regulação e transcrição dos genes que estão associados a esta doença. Para isso, investigou-se os piRNAs (PIWI-interacting RNA) que são uma classe peculiar de pequenos RNA não codificantes de 23 a 36 nucleotídeos que interagem com a proteína PIWI na embriogênese em células germinativas, células tronco e alguns trabalhos reportam interação com células somáticas. Os dados de piRNAs foram obtidos de Martinez et al., 2015, onde publicaram 156 piRNAs diferencialmente expressos em células somáticas do câncer gástrico de amostras armazenadas na base do TCGA. Ao utilizar as ferramentas piRBase, piRNAQuest, piRNABank, GeneCards, UCSC Gene Browser e BLAST, identificou-se 46 piRNAs de sítio de transcrição único e co-localizados a genes. Diante disso, obteve-se informações complementares referente à expressão gênica e de metilação das amostras armazenadas do TCGA. Com esses dados, fez-se análise diferencial de expressão gênica e de metilação, para assim associar a expressão entre eles. Como resultado não foi possível identificar uma relação entre expressão de piRNA e expressão gênica, assim como não foi possível identificar a relação entre a expressão de piRNA e expressão de metilação.

  • PRISCILLA CRISTINA MOURA VIEIRA
  • AVALIAÇÃO DA IMPLANTAÇÃO DO TESTE DE AMPLIFICAÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS (NAT) HIV/HCV BIO-MANGUINHOS® NA

    TRIAGEM DE DOADORES DE SANGUE DO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 09/06/2017
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  • Uma das maiores preocupações relacionadas à segurança transfusional são as infecções transmissíveis por transfusão (ITTs). A triagem laboratorial é uma medida de segurança fundamental para proteção dos receptores e prevenção da propagação de ITTs perigosas, como infecções pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) e pelo Vírus da Hepatite C (HCV). O risco de transmissão destas infecções deve-se principalmente a doações de sangue realizadas durante o período de janela imunológica/diagnóstica (WP), intervalo entre a exposição do doador ao vírus e a produção/detecção de anticorpos. Com o objetivo de reduzir essa problemática e aumentar a segurança transfusional, em junho de 2012, o Teste de Ácidos Nucleicos (NAT) HIV/HCV Bio-Manguinhos® começou a ser utilizado na triagem de doadores da Fundação HEMOPA. O NAT HIV/HCV Bio-Manguinhos®, tecnologia nacional, detecta diretamente o RNA viral em baixos níveis, reduzindo consideravelmente o WP do HIV e do HCV e garantindo uma sensibilidade muito mais elevada para a detecção desses agentes. Desta forma, o presente estudo tem por objetivo avaliar o impacto da inclusão do NAT HIV/HCV Bio-Manguinhos® na triagem de doadores de sangue do estado do Pará, através da estimativa do risco residual de transmissão tranfusional do HIV e do HCV, e do rendimento do NAT (yield). O risco residual será calculado pelo método incidência/periodo de janela, descrito por Schreiber et al. (1996) nos períodos pré (2009-2011) e pós (2012-2014) a implementação do NAT. Além disso, será avaliada a sensibilidade do NAT Bio-Manguinhos® na detecção de HIV e HCV. As análises estatísticas serão realizadas utilizando o pacote estatístico SPSS v18.0. A Regressão de Poisson será utilizada para avaliar as diferenças de risco residual de transmissão de HIV e HCV, entre os dois períodos do estudo. Um p valor menor ou igual a 0,05 será considerado estatisticamente significativo.

  • TOM JHORAMY OLIVEIRA DA ROCHA
  • Estrutura e diversidade genética de populações continentais e insulares da espécie Rhinella jimi (Anura: Bufonidae) no Nordeste brasileiro.

  • Data: 02/06/2017
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  • Nos Neotrópicos diversas questões evolutivas ainda permanecem obscuras e sem uma resposta conclusiva. Nesse sentido, torna-se interessante pesquisar e elucidar alguns dos mecanismos evolutivos pelos quais passam os organismos neotropicais. Para tanto, faz-se necessário a utilização de ferramentas moleculares. Neste estudo foram investigados os padrões de diversidade genética de populações naturais da espécie Rhinella jimi em sua área distribuição, assim como em populações insulares. Os resultados obtidos pelo presente estudo mostraram que o maior nível de diversidade genética está contido dentro do grupo do continente e os menores níveis de diversidade nas populações insulares, Itamaracá e Fernando de Noronha. As análises de estruturação genética foram todas consistentes na apresentação de três clusters bem definidos e correspondentes as três regiões geográficas: continente, ilha de Itamaracá e ilha de Fernando de Noronha. Para as populações insulares foram detectadas reduções populacionais significativas ao longo do tempo mostrando que a ilha de Itamaracá passou, de fato, por um gargalo populacional, assim como a ilha de Fernando de Noronha. As análises que testam a ocorrência de endogamia nas populações estudadas, identificaram que somente as populações insulares apresentaram, de forma significativa, elevados coeficientes de endogamia, demonstrando assim uma relação direta com as altas taxas de deformação observada nos indivíduos de R. jimi dentro da ilha de Fernando de Noronha descrito na literatura. Desta forma, o presente estudo oferece uma importante contribuição para a investigação de processos naturais que comumente ocorrem em ilhas, tais como divergência incipiente e/ou eventos subjacentes à formação, adaptação e manutenção das populações insulares.

  • VERGIANA DOS SANTOS PAIXÃO
  • MAPEAMENTO GENÔMICO COMPARATIVO ENTRE Rhipidomys emiliae E Rhipidomys mastacalis (RODENTIA, CRICETIDAE) EVIDENCIADO POR ZOO-FISH.

  • Data: 02/05/2017
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  • O gênero Rhipidomys (Rodentia, Cricetidae, Sigmodontinae, Thomasomyini) é composto por 23 espécies, das quais 11 podem ser encontradas no Brasil. Estudos citogenéticos revelam três números diploides (2n) descritos para o gênero: 44, 48 e 50 cromossomos. O número diploide 44 é o mais comum entre as espécies analisadas que divergem quanto a estrutura cariotípica, com Número Fundamental autossômico (NFa) variando de 46 a 80. Dados da literatura demonstram que inversão pericêntrica é o principal rearranjo responsável pela diferença no NFa entre as espécies com mesmo 2n. Neste estudo realizamos a análise comparativa dos cariótipos de duas espécies com 2n=44, R. emiliae com NFa baixo (2n=44/NFa=48) e R. mastacalis com NFa alto (2n=44/NFa=74), por pintura cromossômica utilizando sondas de cromossomos totais de Hylaeamys megacephalus (HME, 2n=54/NFa=62). Os resultados foram organizados em um artigo voltado para a compreensão dos rearranjos cromossômicos responsáveis pelas diferenças de NFa entre essas espécies com inferência de hipóteses de evolução cromossômica adicionais que complementam as já existentes. E adicionalmente, os resultados mostraram as sintenias cromossômicas presentes nesse grupo que são compartilhadas com outros Sigmodontinae.

  • MAYARA NATALIA SANTANA DA SILVA
  • INFLUÊNCIA DA DELEÇÃO APOBEC3B EM INDIVÍDUOS ACOMETIDOS POR HEPATITE VIRAL TIPO C E HANSENÍASE.


  • Data: 02/05/2017
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  • Estima-se que as doenças infectocontagiosas levem ao óbito cerca  de trinta e cinco mil pessoas ao redor do mundo diariamente. A relação hospedeiro-parasita em infecções é bastante complexa, sobretudo em casos de infecções crônicas. No Brasil, duas das principais doenças infectocontagiosas que acometem a população são as hepatites e a hanseníase. Dentre os diversos tipos de hepatites, a hepatite viral tipo C (HCV) é responsável por 48% das mortes totais relacionadas a esta doença. A hanseníase é uma doença infectocontagiosa crônica causada pelo bacilo Mycobacterium leprae, que afeta a pele e os nervos periféricos. A família AID/APOBEC (Apolipoprotein B Mrna - editing enzyme catalytic polypeptide-like protein) são enzimas que possuem a capacidade de inserção mutações no DNA/RNA e funções importantes ligadas ao sistema imune inato em doenças infectocontagiosas. A isoforma  APOBEC3A_B gerada da deleção de um segmento 29.5kb entre o éxon 5 de APOBEC3A e o éxon 8 de APOBEC3B, tem sido demonstrada por gerar um por prognóstico em portadores de doenças infectocontagiosas como HIV e também em câncer.  O presente trabalho testou a correlação entre a presença de genótipos portadores da deleção de segmentos dos genes APOBEC3A_B e o prognóstico de evolução em pacientes de HCV e Hanseníase, na região Sudeste e norte do Brasil, respectivamente. Não encontramos associação significativa entre o genótipo da deleção APOBEC3A_B, assim constatamos que este polimorfismo não interfere na resposta ao tratamento de pacientes infectados pelo vírus da hepatite C na população sudeste do Brasil. Em relação à hanseníase, também não encontramos diferenças significativas entre a deleção APOBEC3A_B e os pacientes acometidos por hanseníase na região Norte do país. Este foi o primeiro estudo investigando a associação entre a deleção APOBEC3B e os diferentes pólos da hanseníase e grupo controle no Norte do Brasil.

  • CARLOS AUGUSTO DE LIMA CARVALHO
  • PINTURA CROMOSSÔMICA NAS ESPÉCIES NEOTROPICAIS DE HARPIINAE (ACCIPITRIFORMES, ACCIPITRIDAE): ANÁLISE DA EVOLUÇÃO CARIOTÍPICA E DA FILOGENIA

  • Data: 26/04/2017
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  • As aves de rapina da Ordem Accipitriformes são extremamente interessantes do ponto de vista citogenético, por apresentarem cariótipos incomuns quando comparados à grande maioria das aves, caracterizando-se por números diploides mais baixos, entre 54-68, e uma pequena quantidade de microcromossomos. Atualmente a Ordem Accipitriformes é composta por quatro famílias, sendo a família Accipitridae a mais diversa em quantidade de espécies. As relações filogenéticas dentro das 14 subfamílias de Accipitridae ainda são um tema controverso. A subfamília Harpiinae é composta por três gêneros monotípicos, sendo dois deles de distribuição Neotropical, representados pelas espécies Harpia harpyja (HHA) e o Morphnus guianensis (MGU), com 2n=58 e 54 respectivamente. A Harpia foi a primeira ave de rapina a ter seu mapeamento cromossômico descrito com a utilização de sondas cromossomo-específicas de Gallus gallus (GGA). No entanto, os resultados isolados com esse conjunto de sondas não são capazes de responder todas as perguntas impostas pela intensa reorganização nos cariótipos das aves de rapina. Logo, o objetivo desse trabalho foi realizar o mapeamento cromossômico por meio de FISH com sondas de GGA, juntamente com sondas cromossomo-específicas de Leucopternis albicollis (LAL) de Harpia harpyja e Morphnus guianensis, com o intuito de identificar sinapomorpfias cromossômicas e entender sua evolução cariotípica. O uso desses dois grupos de sonda possibilita a detecção de rearranjos que antes passavam despercebidos somente com sondas de GGA, além de identificar pontos de quebra envolvidos nesses rearranjos. Os resultados obtidos mostram que HHA e MGU não compartilham nenhum rearranjo do tipo fusão/fissão apesar de manterem seus pontos de quebra conservados em relação à LAL. O uso das sondas de LAL permitiu determinar o cariótipo ancestral de Harpiinae Neotropicais em 2n=66, no qual 2 fusões em Harpia e 7 em Morphnus, além duas fissões independentes homólogas à GGA2 em ambas espécies, se apresentam como autapomorfias adquiridas após a divergência das espécies.

  • ROBERTA REZENDE DE CASTRO
  • Genes Biossintéticos e Sistema CRISPR-Cas em Synechocystis salina LEGE 06099 a partir do genoma isolado de minimetagenoma.

  • Data: 26/04/2017
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  • A competência das cianobactérias em realizar a fotossíntese oxigênica as torna incontestavelmente
    importantes protagonistas ecológicos. A sobrevivência desses microrganismos até os dias de hoje
    foi garantida pela capacidade de se adaptarem aos diversos ambientes e climas. Os mecanismos
    responsáveis por esse sucesso adaptativo envolvem a aquisição de genes e plasticidade do genoma,
    sistemas de defesa imune, produção de metabólitos secundários e benefícios resultantes de
    associações com outros organismos. O gênero Synechocystis compreende picocianobactérias
    cocóides muito utilizadas como modelo fotossintético. Contudo, ainda são poucos os genomas
    sequenciados para esse gênero da mesma maneira que poucos são os estudos sobre seu potencial na
    biossíntese de produtos naturais. A linhagem S. salina LEGE 06099 despertou interesse quanto a
    sua capacidade em produzir novos metabólitos. Foi demonstrado que ela produz o ácido
    desidroabiético e as recém descritas bartolosidas A, E-K. Assim, o objetivo desse trabalho foi
    investigar a composição genômica da linhagem Synechocystis salina LEGE 06099, coletada na
    costa norte de Portugal, dando ênfase à caracterização dos grupamentos gênicos envolvidos na
    síntese de metabólitos secundários bem como na caracterização do seu sistema imune CRISPRCas.
    O genoma rascunho desse organismo apresentou 25 sequências contíguas. A comparação do
    genoma com espécies próximas mostra que ela é muito similar a linhagem modelo Synechocystis
    sp. PCC 6803. Os genes envolvidos na biossíntese das bartolosidas foi evidenciado, apresentando
    dez fases de leitura aberta, implicados na formação do dialquil-resorcinol, adição do açúcar e de
    íons cloros. A produção do ácido desidroabiético parece envolver enzimas tanto da cianobactéria
    quanto do organismo associado Hoeflea sp. (Alphaproteobacteria, Rhizobiales). Quanto ao sistema
    CRISPR-Cas, dois sistemas foram evidenciados, classificados como tipo I e III, considerando
    apenas as enzimas Cas, e superclasses E e F, considerando as repetições do CRISPR. Fortes
    indícios demonstram que uma nova enzima Cas está presente no grupamento de tipo I. Este
    trabalho evidenciou o potencial não apenas da S. salina LEGE 06099 na produção de novos
    produtos naturais, mas o envolvimento de uma comunidade microbiana, salientando a importância
    da metagenômica em ecologia microbiana. Ademais a caracterização de genes Cas poderá
    contribuir para o conhecimento do sistema imune adaptativo em cianobactérias.

  • LUANA FRANCA CALANDRINI DE AZEVEDO
  • Libidibia ferrea (JUCÁ): UMA AVALIAÇÃO IN VITRO DA TOXICIDADE, POTENCIAL ANTIOXIDANTE E CAPACIDADE DE INIBIÇÃO DA MIGRAÇÃO CELULAR DE EXTRATOS DO FRUTO DESTA PLANTA MEDICINAL BRASILEIRA.

  • Data: 13/04/2017
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  • O metabolismo secundário de plantas leva a produção de diversos constituintes de interesse para a saúde do homem. Isso torna a investigação científica um fator relevante na procura de compostos que possam vir a ser úteis na produção de fármacos. Por outro lado, qualquer substância em potencial para utilização pelo homem requer uma avaliação prévia a respeito dos efeitos adversos. Bioensaios in vitro constituem como uma importante alternativa neste contexto para garantir a segurabilidade de extratos a base de plantas medicinais. Este trabalho objetiva avaliar o potencial antioxidante e citotóxico de quatro extratos à base de jucá: hidroalcoolico (HA), acetato de etila (ACO), clorofórmico (CLO) e hexânico (HEX), bem como avaliar a atividade genotóxica, mutagênica e o potencial de inibição da migração celular do extrato HA de jucá. Para avaliação do potencial antioxidante e citotóxico foram realizados os testes do DPPH e MTT nas concentrações de 6,25 µg/mL a 400 µg/mL. Para avaliar a genotoxicidade e mutagenicidade foram realizados o ensaio cometa e o teste do micronúcleo; na avaliação do potencial de inibição da migração celular foi realizado o teste de migração celular, todos em concentrações de 6,25 µg/mL a 200 µg/mL. No teste MTT o extrato ACO aumentou a sobrevivência em 24h; possivelmente a predominância de ácidos orgânicos que impedem a oscilação do pH manteve condições da cultura favoráveis para o bom crescimento das células. O extrato HEX também aumentou a sobrevivência em 24h, talvez devido à presença predominante de ácidos graxos na composição química, que permitem a entrada de fatores de crescimento na célula. Porém, a exposição em período de tempo mais prolongado desse constituinte pode induzir morte celular, o que pode explicar a redução da viabilidade em 72h nos extratos CLO e HEX. O teste do DPPH revelou a atividade antioxidante dos extratos HA e ACO, sendo a maior atividade detectada no extrato HA com EC50 de 74,36 µg/mL. Isso provavelmente se deve a presença de compostos fenólicos como constituinte predominante. Os ensaios cometa e micronúcleo indicam a ausência de genotoxicidade e mutagenicidade do extrato HA e o teste de migração celular demonstra o potencial antimetastático do extrato HA. A alteração da morfologia celular indica que possivelmente o extrato modifica o citoesqueleto de actina e impede a capacidade de invasão e motilidade das células. Os resultados indicam segurabilidade quanto à genotoxicidade e mutagenicidade do extrato HA, podendo atuar como antioxidante UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR exógeno. Tendo em vista seu potencial de inibir a migração celular, atentamos para a realização de mais estudos que levem a compreender o processo, considerando a possibilidade de desenvolvimento de formulações à base de jucá no tratamento de tumores secundários.

  • AMANDA FERREIRA VIDAL
  • RNA CIRCULAR NO CÂNCER GÁSTRICO: UMA CLASSE EMERGENTE DE BIOMARCADOR.

  • Data: 31/03/2017
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  • Circular RNAs comprise a new class of long noncoding RNAs characterized by their
    5’and 3’covalently joined ends. Studies have demonstrated that some circular RNAs
    act as microRNA sponges, and are associated with cellular proliferation in cancer. We
    analyzed the global expression of circular RNAs in samples of patients without
    gastric cancer, gastric cancer samples, and matched tumor-adjacent gastric tissue. We
    identified annotated 736 circular RNAs by RNA-Seq. The tumor-adjacent tissue
    presented the highest abundance of circular RNAs, and cannot be considered as a
    normal tissue, reinforcing the notion of field effect in gastric cancer. We also
    identified five differentially expressed circular RNAs that may be potential
    biomarkers of this type of cancer (hsa_circ_0001136, hsa_circ_0000284,
    hsa_circ_0000211, hsa_circ_0004771 e hsa_circ_0000524). We predict candidate
    microRNAs targets of the highest expressed circular RNAs and found five miRNAs
    (hsa-miR-452-5p, hsa-miR-145-5p, hsa-miR-375, hsa-miR-224-5p e hsa-miR-1) that
    may be regulated by five circular RNAs. Overall, our results support the hypothesis of
    circular RNAs representing a novel factor in the dynamic epigenetic network of gene
    regulation, which involves the microRNAs and its mRNAs targets and the circular
    RNAs-derived genes. Further studies are needed to elucidate the roles and the
    functional relevance of the circular RNAs in human diseases.

  • FELIPE PANTOJA MESQUITA
  • COMPOSTO BENZOTIAZOL AFN01 EXIBE ATIVIDADE ANTITUMORAL EM MODELO IN VITRO DE CÂNCER GÁSTRICO DO TIPO DIFUSO ATRAVÉS DA INTERAÇÃO COM DNA E SUPRESSÃO DO GENE MYC.

  • Data: 20/03/2017
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  • O câncer gástrico é considerado um problema de saúde pública, com incidência e mortalidade significativas no mundo e no Brasil. Frequentemente diagnosticado em estágios avançados, o câncer gástrico possui limitações terapêuticas que diminuem a sobrevida dos pacientes. A quimiorresistência, por exemplo, tem sido relatada como uma barreira para o tratamento eficaz dessa neoplasia. Portanto, é nítida a necessidade do desenvolvimento de novas drogas quimioterápicas com boa eficácia e menos efeitos adversos no tratamento. Os benzotiazois são descritos na literatura como excelentes agentes terapêuticos com atividade anticâncer. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo avaliar e caracterizar o potencial anticâncer do composto (E)-2-((2-(benzo[d]tiazo-2- ila)hidrazono)metil)-4-nitrofenol) (AFN01) em linhagens de câncer gástrico obtidos de pacientes brasileiros. Os resultados mostraram excelente atividade anticâncer do composto contra as células de câncer gástrico AGP01 (CI50 = 1,9 μM), ACP02 (CI50 = 1,0 μM) e ACP03 (CI50 = 1,8 μM) e menor atividade em célula não maligna gástrica MN01 (CI50 = 3,4 μM). O ensaio do comela alcalino revelou que este composto foi significativamente mais genotóxico na linhagem de câncer gástrico em comparação com a linhagem não maligna. Então, o dano ao DNA produzido induz bloqueio do ciclo celular na fase S conduzindo as células de câncer para a via de morte celular programada (apoptose). Além disso, o composto AFN01 foi capaz de inibir propriedades metastáticas como a migração de forma significativa. A análise de expressão gênica mostrou que o composto também suprime a expressão do gene MYC significativamente na célula tumoral gástrica que exibe níveis de expressão aumentado deste gene. Portanto, este composto benzotiazólico AFN01 pode ser considerado um agente anticâncer promissor no tratamento de câncer gástrico. Contudo, ainda há a necessidade de estudos pré- clínicos para explorar a segurança e eficácia em modelo animal a fim de que possa seguir para testes clínicos em pacientes.

  • KARINA MOTTA MELO
  • ANÁLISE DO PERFIL TOXICOLÓGICO E INVESTIGAÇÃO DO POTENCIAL PROTETOR DO ÓLEO E NANOEMULSÃO DE ANDIROBA (Carapa guianensis AUBLET) EM CAMUNDONGOS DA LINHAGEM SWISS.

  • Data: 07/03/2017
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  • Carapa guianensis é uma espécie vegetal que oferece benefícios importantes às populações locais da Amazônia, principalmente devido às propriedades medicinais do óleo extraído das suas sementes. Muitos estudos feitos nos últimos anos têm encontrado compostos em plantas que apresentam papel importante na saúde humana, podendo estar envolvidos com propriedades farmacológicas importantes. É nesse contexto que o interesse para o desenvolvimento de novas tecnologias envolvendo insumos da Amazônia tem sido cada vez mais recorrente. A nanotecnologia possui uma abordagem interessante porque o dimensionamento de partículas em escalas nanométricas pode atribuir vantagens no processo de absorção, solubilidade e biodisponibilidade de um composto para as células do corpo. O objetivo do presente trabalho foi verificar o perfil toxicológico do óleo (OA) e da nanoemulsão de andiroba (NA), assim como seu possível efeito protetor contra os efeitos causados pela administração de um quimioterápico, a doxorrubicina (DOX). Para tanto, foram utilizados uma série de marcadores hematológicos, bioquímicos, genéticos (cometa e micronúcleo), histológicos e imunohistoquímicos, de modo a possibilitar a maior quantidade de informações possíveis para entender a dinâmica e os efeitos causados pelas substâncias estudadas ao interagir com o organismo. A andiroba não mostrou toxicidade para nenhum dos parâmetros analisados em suas duas formas de admistração: óleo e nanoemulsão. Quanto ao perfil protetor, mostrou bons resultados atuando na prevenção de danos no DNA e formação de micronúcleos, diminuição da citotoxicidade em células do sangue, recuperação de danos histológicos e na incidência de apoptose. O uso da nanotecnologia mostrou-se uma metodologia adequada acoplada a substâncias de natureza lipídica mostrando por muitas vezes uma ação eficaz em relação ao OA quando administrado sozinho. Entre os fatores que podem ter beneficiado a ação da andiroba contra eventuais danos patológicos no organismo, destacam-se: 1) captura de radicais livres devido ao seu potencial antioxidante; 2) fornecimento de suplementação lipídica para a composição da membrana plasmática das células e recuperação quando degradadas; 3) fonte de energia metabólica e de ácidos graxos essenciais como ω6, ω7 e ω9. O conjunto dos resultados ressalta a importância da andiroba como recurso da biodiversidade amazônica e desperta para novos estudos visando o bom aproveitamento de suas propriedades terapêuticas.

  • ANA KARYSSA MENDES ANAISSI
  • AVALIAÇÃO IMUNOFENOTÍPICA DA EXPRESSÃO DE PROTEÍNAS PIWIL1 E PIWIL2 EM TECIDO GÁSTRICO COM GASTRITE, METAPLASIA INTESTINAL E ADENOCARCINOMA GÁSTRICO

  • Data: 21/02/2017
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  • Gastric cancer is one of the most frequent and the second leading cause of cancer death in the world. Understanding tumor heterogeneity and identifying new molecular targets may reduce mortality with new therapies. The Argonauta protein family is divided into two major AGO and PIWI subfamilies which interact with specific classes of small RNAs important in post-transcriptional regulation implicated in physiological processes. The PIWI subfamily interacts with piRNA (21-33 nt), forming a piRISC complex that participates in transposon silencing, germline maintenance and carcinogenesis. The objective of this study was to identify the expression profile of PIWIL1 and PIWIL2 proteins. Tissue samples were collected from patients attending at João de Barros Barreto University Hospital, Federal University of Pará, in Belém from 2008 to 2016. Two groups were analyzed, one (cancer group) diagnosed with intestinal and diffuse Lauren gastric adenocarcinoma and another (non-cancer group) with tissues gastric lesions diagnosed with gastritis and/or gastritis and intestinal metaplasia. The expression of the proteins were detected by immunohistochemistry in the constructed tissue microarray (TMA). The clinical, pathological, and TCGA data were compared with the expression findings using the SPSS v2 statistical package and statistical software R 3.2.3. A difference with a value of p<0.05 was considered statistically significant. In the results the PIWIL1 and PIWIL2 markers showed only cytoplasmic immunoreactivity, with no membrane and/or nucleus location in cases series. Only PIWIL1 was detected in the cytoplasm of malignant cells of gastric adenocarcinoma, 6% in the intestinal type of Lauren and 5% in the diffuse type of Lauren. The immunoreactivity of PIWIL1 was more significant in the tumor group when compared to PIWIL2. In the non-cancer group immunoreactivity was detected 19% for PIWIL1 and 6% for PIWIL2, predominating in foveolar epithelial cells in the antrum region and parietal cell in the gastric body samples. There was no association between PIWIL1 and PIWIL2 immunohistochemical expression with clinicopathological data in the cancer and gastritis group. There was balance in the total sample with immunoreactivity between the two markers in the gastritis group. PIWIL1 was important in MI group with immunoreactivity in 63% samples. In particular, parameters like chronic inflammation (p = 0.03) and H. pylori infection (p = 0.0006) was significant. No association was found between immunohistochemical expression of PIWIL1 and PIWIL2 with patient gender and age in all subgroups. PIWIL2 was immunoreactive in primitive mesenchymal stem cell, Cajal cell, and immunoreactive for CD117.

2016
Descrição
  • MARIANNE RODRIGUES FERNANDES
  • FARMACOGENÔMICA DAS FLUOROPIRIMIDINAS NA MEDICINA DE PRECISÃO DO CÂNCER GÁSTRICO E COLORRETAL

  • Data: 29/12/2016
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  • Cancer has become an obvious public health problem worldwide. The
    fluoropyrimidine-based regimen has been the most widely used chemotherapy
    regimen worldwide in several types of solid tumors, including gastric and colorectal
    cancer. Few studies in the specialized literature have reported the influence of
    pharmacogenomic markers in mixed populations such as the Brazilian population.
    The aim of this study was to investigate the pharmacogenomic variability of
    different biomarkers in pharmacogenes involved in the metabolism pathway of
    fluoropyrimidines in patients with gastric cancer or colorectal cancer, which are
    substructured according to response and toxicity to treatment. To perform the
    research were used 216 patients with colorectal or gastric cancer who received
    fluoropyrimidine chemotherapy treatment. Were investigated 33 genetic
    polymorphisms in 17 pharmacogens (ABCB1, ABCC2, ABCC4, ABCG2, CYP2A6,
    DPYD, FPGS, ITGB5, MTHFR, SLC22A7, SLC29A1, TP53, TYMS, UMPS, GGH,
    RRM1, TYMP) involved in the metabolism pathway of fluoropyrimidines. The
    results showed that 77,3% of the patients presented some type of toxicity related
    to fluoropyrimidines treatment, of which 22% presented severe toxicities classified
    in grade 3 and 4. Of the patients investigated in the study, 23 died during
    treatment, where three cases were associated with chemotherapy toxicity.
    Diarrhea was the most frequent toxicity event reported in the study with 129 cases
    (59,7%). Population substructuration was not influential in the association results
    for pharmacogenetic polymorphisms with the use of fluoropyrimidines. Among the
    biomarkers studied, the rs4451422 polymorphism in the gene FPGS showed
    significant results associated with a protective effect of the occurrence of overall
    toxicity and toxicity combined (p=0,0052; OR 0,32/p=0,0004; OR 0,22). The
    polymorphism rs148551 of the ABCC4 gene showed a significant association with
    a resistance effect to the chemotherapy treatment around 70% (p=0,0056; OR
    0,28). The rs760370 polymorphism in the SLC29A1 gene was shown to be
    significant in association with grade 3 and 4 severe toxicities (p=0,0033; OR 4,73).
    In conclusion, three polymorphisms present in the genes ABCC4(rs148551),
    FPGS(rs4451422) and SLC29A1(rs760370) have been shown to be important
    biomarkers predictive for precision medicine in the therapy with fluoropyrimidines.

  • ROBERTA BORGES ANDRADE
  • PERFIL GENÉTICO DA POPULAÇÃO JAPONESA RESIDENTE NA REGIÃO NORTE DO BRASIL QUANTO A DISTRIBUIÇÃO ALÉLICA DE 19 MARCADORES PREDITORES DE CÂNCER E A VALIDAÇÃO DE UM PAINEL DE 61 MIA (MARCADORES DE ANCESTRALIDADE)

     

     

  • Data: 30/09/2016
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  • O Brasil abriga a maior comunidade japonesa fora do Japão, estimada em 1,5 milhões de pessoas, dos quais 4% são japoneses nativos, e um terço são da primeira geração, indivíduos nascidos no Brasil que são filhos de japoneses. Apesar da chegada não recente dos japoneses à Região Norte do país, estes são uma população que está inserida no grupo que resiste à miscigenação intensa, formando grupos relativamente isolados, do ponto de vista genético, sendo possível identificar descendentes ainda não miscigenados, o que representa importante fonte para reconstituir a variabilidade genética presente entre os primeiros imigrantes japoneses que ocuparam a região Norte do Brasil. O objetivo geral desse trabalho foi traçar o perfil genético de uma amostra da população japonesa residente no Norte do Brasil quanto à distribuição alélica de polimorfismos presentes em genes relacionados ao câncer, assim como validar um painel de 61 MIA, previamente desenvolvido no Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM) da Universidade Federal do Pará (UFPA), para estimar a contribuição da população japonesa em populações miscigenadas do Brasil. Foram utilizadas amostras de sangue periférico de 203 japoneses residentes na região norte do Brasil. A extração de DNA foi baseada no método de fenol-clorofórmio e a genotipagem foi realizada por PCR multiplex seguida de análise de fragmentos. A ancestralidade da população foi mensurada através do painel de 61 MIA. Os dados apresentados indicam claramente que o painel de 61 MIA pode ser empregado para estimar mistura interétnica com japoneses em indivíduos de populações miscigenadas. Além disso, nossos resultados mostram que a população japonesa possui uma maior proporção de portadores de alelos potencialmente deletérios dos marcadores investigados aqui, associados ao câncer, em comparação aos outros quatro grupos populacionais (BR, AMR, AFR e EUR), o que sugere que esta população pode ter um maior risco de desenvolver (ou pior prognóstico para doenças) associados a estes alelos. Nossos dados podem ser úteis para futuros estudos sobre a associação entre esses polimorfismos e câncer nessas populações.


  • PABLO DIEGO DO CARMO PINTO
  • BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA À HANSENÍASE:ESTUDO DE PARÂMETROS GENÉTICOS E EPIGENÉTICOS EM UMA AMOSTRA DO ESTADO DO PARÁ.

  • Data: 02/09/2016
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  • A hanseníase é causada pelo Mycobacterium leprae e os indivíduos acometidos pela hanseníase podem ser classificados, em Paucibacilares e Multibacilares. Alternativamente, segundo Ridley-Jopling (1966), com base em critérios clínicos e imuno-hitológicos em outros dois pólos: (i) o pólo Tuberculóide (TT); e (ii) pólo Lepromatoso (LL), e seus intermediários. Independente de sua classificação, este espectro parecer ser inflluenciado por moléculas moduladoras da resposta imune, como os genes que codificam estes mediadores, e por um grupo de pequenos RNAs (microRNAs) que são responsáveis pela regulação destes genes, portanto essas investigações podem adensar o conhecimento sobre o mecanismo de resposta ao processo infecsioso, assim como possibilitar a identificação de novos biomarcadores no auxilio ao diagnóstico da hanseníase. O objetivo foi investigar oito polimorfismos do tipo INDEL nos genes CYP19A1, NFKβ1, IL1α, CASP8, UGT1A1, PAR1, CYP2E1, e IL4, para identificar possiveis marcadores de susceptibilidade e a influência da ancestria genética neste risco, além disso foi realizado o primeiro miRnoma da hanseníase por sequenciamento massivo em plataforma de alto desempenho, afim de elucidar o perfil epigenético presente na hanseníase. Nosso estudo revelou que os genes NFΚβ1, CASP8, PAR1 e IL4, são potenciais marcadores de susceptibilidade para a hanseníase, enquanto que NFΚβ1, CASP8, PAR1 e CYP19A1 são potenciais marcadores da forma clínica multibacilar. Adicionalmente, a análise da ancestralidade genômica mostrou que a contribuição Européia elevou o risco ao desenvolvimento da doença, enquanto a contribuição Africana aumentou proteção. No que diz respeito a análise diferencial do perfil de expressão dos microRNAs de pacientes com hanseníase, por meio da análise de biopsias de pele, revelaram-se 67 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 43 apresentavam um padrão de expressão downregulated e 24 upregulated. Quando analisamos amostras de sangue desses mesmos pacientes, observaram-se 10 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 9 com padrão de expressão downregulated e 1 upregulated. Os alvos pesquisados, em análise in silico, a partir desses resultados sugeriu os genes (IL1β, IL6, IL8, IL12, TLR2, TLR4, IL17RB, IFNGR1, TGFBR1, NFκβ, família SMAD, STAT3, CASP8, CYP19A1, BCL-2, entre outros) como envolvidos na patologia da hanseníase. Por fim, monstrou-se pela primeira vez o perfil de microRNAs em genome wide da Hanseníase.


  • PABLO HENRIQUE GONCALVES MORAES
  • Análise in silico do genoma da cianobactéria Tolypothrix sp. CACIAM 22: identificação ecaracterização de clusters de genes biossintéticos de metabólitos secundários e identificação de bactérias heterotróficas associadas

  • Data: 31/08/2016
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  • Cyanobacteria are a prolific source of natural products and secondary metabolites with a broad
    range of biological activity, whose identification has been greatly facilitated by the identification
    and characterization of the genes clusters responsible for their biosynthesis, which can be achieved
    by mining genomes. Aiming to expand the knowledge of the genetic potential for the production of
    secondary metabolites in cyanobacteria, as part of this research was carried out the sequencing of
    genomic DNA obtained from the CACIAM 22 non-axenic culture followed by its assembly,
    binning, annotation and genomic in silico analysis of the cyanobacterium Tolypothrix sp. CACIAM
    22 isolated from Amazonian enviroment. This study identified fourteen heterotrophic bacteria
    genomes associated with cyanobacteria of which, in descending order of relative population
    abundance, belong to the Phylum Proteobacteria, Bacteroidetes and Planctomycetes. In silico
    analysis of the genome of Tolypothrix sp. CACIAM 22 resulted in the identification of
    biosynthetic gene clusters for structurally diferente metabolites, including non-ribosomal peptides
    (NRPS), polyketide (PKS) and ribosomal peptides such as bacteriocins and cyanobactins. Among
    these, putatives gene clusters encoding lantipeptides, tenueciclamide and trichamide were
    identified. Belongin to NRPS/PKS gene clusters, it was observed the presence of a candidate gene
    cluster for the biosynthesis of nostopeptolide (a nonapeptide), cylindrospermopsin (a cyanotoxin),
    heterocyst glycolipids (N2 fixation), as well as a number of orphan NRPS/PKS gene clusters.
    Furthermore, a gene cluster encoding the biosynthesis of scytonemin, a UV-absorbing compound,
    was also identified and compared to the literature. Since this strain is potentially producing
    structurally novel secondary metabolites, this study has revealed biosynthetic genes clusters that
    had not already been described and/or associated to the Tolypothrix genre.

  • ANA CRISTINA OLIVEIRA BRAGA
  • ASSOCIAÇÃO DE NOVE POLIMORFISMOS GENÉTICOS COM A SUSCETIBILIDADE À TUBERCULOSE PULMONAR E EXTRAPULMONAR NA CIDADE DE BELÉM DO PARÁ

  • Data: 18/08/2016
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  • A tuberculose é considerada um problema de saúde global, responsável por elevado número de óbitos entre os adultos, com mais de cinco milhões de casos novos registrados anualmente e cerca de um terço da população mundial infectada pelo Mycobacterium tuberculosis. Fatores genéticos do hospedeiro têm sido relacionados com a infecção pelo Mycobacterium tuberculosis. O presente estudo foi realizado com o objetivo de investigar a associação nove polimorfismos com a suscetibilidade à tuberculose. Foram estudados dois grupos de indivíduos, sendo um constituído por 136 pacientes com tuberculose ativa e outro formado por 145 funcionários de um hospital de referência para doenças infectocontagiosas, todos com conhecida exposição profissional ao Mycobacterium tuberculosis, e que não desenvolveram a doença até a conclusão da pesquisa. Os marcadores investigados foram CYP19A1 (rs11575899), NFΚβ1(rs28362491), CASP8 (rs3834129), PAR1 (rs11267092), IL1B1(rs1143629, rs1143627, rs16944), IL12A (rs568408) e IL12RB1 (rs11575934). Os resultados obtidos permitiram algumas observações. O marcador PAR1 (rs11267092) apresentou diferença significativa entre casos e controles. Os portadores de alelo A do gene da IL12A (rs568408) e os portadores do alelo DEL do gene CYP19A1 (rs11575899) mostraram associação com formas moderadas e graves da tuberculose, enquanto os portadores do alelo DEL do gene CASP8 (rs3834129) e do alelo T do gene do Receptor da Interleucina 12 Beta 1 (IL12RB1; rs11575934) foram relacionados com manifestação leve da doença. As análises relativas às associações com haplótipos dos polimorfismos de Interleucina 1 Beta 1(IL1B1) mostraram dados muito significativos entre os grupos estudados.  Os resultados sugerem haver associação dos genes PAR1, da Interleucina 12A e CYP19A1 com uma maior suscetibilidade à tuberculose e dos genes CASP8, da Interleucina 12Rβ1 e, principalmente da Interleucina 1β1, com a proteção contra a doença.

  • NATALIA KARINA NASCIMENTO DA SILVA
  • Evolução Cromossômica e Mapeamento Genômico Comparativo em Morcegos da Subfamília Phyllostominae
    (Mammalia, Chiroptera).

  • Data: 11/07/2016
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  • Os morcegos representam um grupo amplamente distribuído e diversificado. A variedade de hábitos alimentares faz da ordem Chiroptera uma das mais bem-sucedidas entre os mamíferos. A família Phyllostomidae constitui a terceira maior família em número de espécies dentro da Ordem Chiroptera. Entre as representantes neotropicais é a mais numerosa, sendo encontrada em florestas tropicais da América do Sul, particularmente, concentrada na Amazônia que é a região com maior diversidade de morcegos do mundo. No presente trabalho foram analisados por citogenética clássica e molecular oito espécies representantes de seis gêneros da subfamília Phyllostominae: Phylloderma stenops (2n=32 NF=58), Lophostoma brasiliense (2n=30, NF=56), L. carrikeri (2n=26, NF=46), L. schulzi (2n=28, NF=36) (Tribo Phyllostomini), Trachops cirrhosus (2n=30 NF=56) e Macrophyllum macrophyllum (2n=34 NF=62) (tribo Macrophyllini) e Chrotopterus auritus (2n=28 NF=52) e Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) (tribo Vampyrini). Utilizando técnicas de bandeamentos cromossômicos e hibridização in situ  luorescente (FISH) com sondas de DNA ribossomal 18S e 45S, sequências teloméricas e sondas cromossomo totais. Descrevemos um novo citótipo para M.macrophylum (2n=34 NF=62) e L. schulzi (2n=26, NF=36). Phyllostominae, que constitui um clado diversificado, com relações filogenéticas não resolvidas. Utilizamos pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo totais de Phyllostomus hastatus e Carollia brevicauda para investigar a evolução cariotípica intergenérica na subfamília e construir uma filogenia de caracteres  croomossômicos. A análise comparativa entre elas sugere um extenso grau de diferenciação cromossômica, com poucos cromossomos compartilhados entre os seis gêneros. Nossos resultados de pintura cromossômica mostram grande reorganização cromossômica entre os gêneros, em particular para o gênero Lophostoma que é caracterizado por grande número de rearranjos difericiando o cariótipo das espéceis que o compõe, demostrando que rearranjos não-Robertsonianos foram responsáveis pela evolução cromossômica desses genomas quando comparados a condição ancestral.

  • LAYANNA FREITAS DE OLIVEIRA
  • Perfil de Expressão de microRNAs em Tecido Hepático na Dengue Hemorrágica

  • Data: 30/06/2016
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  • A dengue é a arbovirose mais prevalente entre humanos, a infecção pelo Vírus dengue (Dengue virus – DENV) produz um quadro clínico varia de formas brandas, como a Dengue Clássica e quadros graves chamados Febre Hemorrágica da Dengue (DHF), caracterizada por extravasamento plasmático que frequentemente pode levar à morte. Diferenças apresentadas entre infecções assintomáticas e diferentes níveis de gravidade da doença podem ter causa imunopatológica, grande parte da sintomatologia da dengue deve-se à resposta do hospedeiro contra o vírus. miRNAs são moléculas de RNA que atuam no cenário modificação do microambiente citoplasmático durante a infecção, interferindo ativamente na expressão gênica e na resposta imune. Os microRNAs podem ser usados como marcadores de alterações (biomarcadores), possivelmente como mecanismos de tratamento com uso de mimics e antimiRs, além de esclarecimento da patogenia da doença. Foi identificado o perfil de expressão de miRNAs por sequenciamento de nova geração em amostras de fígado de 10 indivíduos com óbito por dengue hemorrágica e 5 com morte por infarto agudo do miocárdio, sem danos hepáticos. Foram geradas em média 5,2 milhões de leituras por amostra e após o processamento, a média de 2,5 milhões de leituras foram utilizadas nas análises posteriores. O mapeamento realizado no miRDeep2 seguido da análise de expressão diferencial, foram identificados 53 miRNAs diferencialmente expressos com valor de p e FDR significantes estatisticamente obtidos por GLM (FDR<0,00001). Entre as amostras de DHF haviam dois subgrupos distintos divididos pela idade entre menores de 30 anos e maiores de 40, esse subestruturamento foi confirmado por análises de componentes principais e pelos valores de FDR < 0,00001 dessa forma, as quatro amostras do grupo < 30 anos foi removida das análises de identificação de miRNAs diferencialmente expressos. O hsa-miR-122-5p foi o principal miRNA, expresso em maior abundância em controles, confirmando os extensos dados que relatam essa molécula associada a maior proteção contra replicação do DENV e outros vírus, além de associação a um menor tamanho de tumores em hepatocarcinomas. O hsa-miR-126 foi detectado super expresso noas amostras de DHF, esse microRNA está envolvido em controle da angiogênese e crescimento endotelial, de acordo com as características clínicas da dengue, por ter uma patogenia essencialmente vascular, esecialmente nos casos graves, confirma esses resultados tem importancia significativa na dengue e merecem ser estudados mais detalhadamente a nível experimental e possivelmente clínico como um possível alvo terapêutico nos casos de dengue.

  • MARY HELEN PESTANA DA COSTA
  • AVALIAÇÃO DO POTENCIAL CITOTÓXICO DE EXTRATOS OBTIDOS DE ESPONJAS E MICRORGANISMOS ASSOCIADOS A ESPONJAS DULCÍCOLAS DO GÊNERO Drulia (PORIFERA: METANIIDAE) COLETADAS NO RIO TAPAJÓS

  • Data: 29/06/2016
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  • Os organismos aquáticos são uma emergente e promissora fonte de produtos naturais com uma considerável prolificidade farmacológica. Nesse contexto, surgem as revolucionárias implicações dos estudos com metabólitos secundários de organismos aquáticos, tanto pela surpreendente diversidade química e biológica quanto pela terapêutica associada, que vem sendo comprovada em estudos recentes. O presente estudo tem por objetivo a pesquisa, inédita no estado do Pará, de moléculas com aplicações biomédicas oriundas de esponjas de água doce do gênero Drulia e de suas bactérias associadas. As esponjas foram coletadas na Praia do Maracanã, margem do rio Tapajós, no município de Santarém, Pará. Obtiveram-se os extratos brutos metanólico e acetato de etila de esponja e procedeu-se o cultivo de bactérias provenientes dela. Após o cultivo, foi realizada a fermentação de cepas isoladas de bactérias para posterior obtenção de seus extratos brutos. Dessa forma, avaliou-se a citotoxicidade dos extratos brutos em células tumorais da linhagem HCT-116 de carcinoma colorretal humano por meio do ensaio do MTT. Os extratos brutos obtidos de esponja Drulia não tiveram atividade citotóxica contra células da linhagem HCT-116. Os extratos das duas cepas de bactérias (DRT1 e DRT2) isoladas a partir de esponja Drulia apresentaram atividade citotóxica moderada. O resultado para a cepa DRT2 esteve próximo de permitir sua seleção para ter suas frações e moléculas testadas. Tal resultado, portanto, mostra-se promissor para estudos futuros de bioprospecção com esponjas de água doce.

  • SERGIO ANTONIO BATISTA DOS SANTOS
  • Blood donors’ selection is a major problem in Blood Banks, because many infectious diseases are difficult to identify and can be transmitted by blood transfusion, such as malaria, especially donors with very low parasitic densities. In the present study, molecular diagnosis of malaria by mitochondrial qPCR was performed, using specific probes of cytochrome oxidase III gene(COX -III) for the mitochondrial genome of P. vivax and P. falciparum to identify blood donors infected with malaria parasites. Samples of 2.324 blood donors were collected and evaluated from 10 Blood Banks of the Brazilian Amazon, all of them with different areas of risk of malaria transmission. The analytical sensitivity of mitochondrial qPCR method was defined and compared with the molecular reference technique: nested-PCR. Additionally, an evaluation of the results was done, comparing qPCR to other methodologies available for malaria in the literature. The assay identified 10 patients infected with P. vivax 10/2324 (1.34%) and identified no P.falciparum. The detection limit achieved was 0,024 parasites/uL. When compared to nested PCR, mitochondrial qPCR showed 100% of similarity. Mitochondrial qPCR showed the best sensitivity among the methodologies available for malaria in the literature. Mitochondrial qPCR enabled the identification of P. vivax in a high proportion of clinically healthy donors, highlighting the potential risk for malaria transmitted by transfusion. Furthermore, this high performance molecular diagnostic tool describes their use as an excellent laboratory screening method in transfusion medicine.

  • Data: 27/06/2016
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  • Não Fornecidas

  • JOSE AROLDO ALVES ARRAES
  • INVESTIGAÇÃO DE POSSÍVEIS ASSOCIAÇÕES ENTRE POLIMORFISMOS DOS GENES NFKB1 CYP19A1 E CASP8 COM O RISCO DE SUSCETIBILIDADE AO DESENVOLVIMENTO DO MELANOMA CUTÂNEO, EM UMA POPULAÇÃO DO SUL DO BRASIL

  • Data: 07/06/2016
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  • O melanoma é um tumor específico de melanócitos e corresponde a forma mais grave de câncer cutâneo. A incidência mundial do melanoma tem aumentado nas últimas décadas. Embora represente apenas 3% dos cânceres de pele, ele é responsável por 75% de todas as mortes por câncer cutâneo. Os polimorfismos nos genes NFKB1 (rs28362491), CYP19A1 (rs11575899), CASP8 (rs3834129), são citados na literatura científica como variantes genéticas associadas a diferentes tipos de câncer. O objetivo do estudo foi examinar os polimorfismos rs28362491 (NFKB1), rs11575899 (CYP19A1) e rs3834129 (CASP8) e suas correlações com a susceptibilidade ao melanoma em uma amostra significativa de pacientes e controles originários de uma populaçãodo sul do Brasil. Foi incluído nesta investigação um total de 117 pacientes com melanoma cutâneo, diagnosticados entre setembro de 2007 e novembro de 2008, no Hospital de Clínicas de Porto Alegre e 116 indivíduos considerados como do grupo controle. O grupo de pacientes foi composto por 26 casos de melanoma familiar ou múltiplos melanomas primários e 91 pacientes com melanomas esporádicos. Foram analisados os fototipos, índices de Breslow e níveis de Clark, localização do tumor, classificação pelo tipo histológico e a frequência dos genótipos. No presente trabalho, associações significativas foram observadas em relação aos polimorfismos de CYP19A1 e NFKB1. Homozigotos para a Deleção (DEL/DEL) do gene CYP19A1 têm maior probabilidade de desenvolver melanoma (P=0.030), do que indivíduos do grupo controle. No que se refere ao polimorfismo de NFKB1 foi observado que portadores do alelo Inserção (INS) têm risco aumentado de desenvolver melanoma e que este risco tem efeito de dose, isto é, o risco aumenta com o aumento do número de alelos portadores da inserção (OR=1.51; 95%CI: 1.08-2.11; p=0.017). Todos os dados aqui levantados são importantes para futuras pesquisas que objetivem esclarecer possíveis associações entre esses marcadores e câncer.

  • ROSANY DE OLIVEIRA LISBOA
  • Investigação da história familiar e análise de mutações no éxon 4 do gene IRF6 em uma família com características fenotípicas de Síndrome de Van der Woude

  • Data: 03/06/2016
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  • A Síndrome de Van der Woude (SVW) é uma rara desordem do desenvolvimento craniofacial que apresenta herança autossômica dominante, elevada penetrância e expressividade váriavel, sendo as fissuras orofaciais e as fístulas congênitas de lábio inferior os aspectos fenotípicos mais marcantes. A causa desta síndrome tem sido atribuída a mutações no gene IRF6 (Interferon Regulatory Factor 6), gene essencial para o desenvolvimento embrionário. O objetivo do presente foi investigar a história familiar e alterações nucleotídicas no éxon 4 do gene IRF6 em uma família com características fenotípicas da Síndrome de Van der Woude. A metodologia consistiu na aplicação do heredograma tabulado para obtenção de história familiar. A coleta de sangue foi realizada para posterior extração de DNA. A análise molecular foi realizada por meio da técnica de sequenciamento direto do éxon 4 do gene IRF6, incluindo uma região adjacente de 23 pares de bases upstream ao ínicio do éxon. A história familiar foi analisada com o auxílio do programa PEDINFO disponível em S.A.G.E. (Statistical analysis for genetic epidemiology) versão 6.3. Os dados obtidos foram analisados por estatística descritiva e com uso do teste Qui-Quadrado, no programa BioEstat 5.0 conforme apropriado. No heredograma foram registrados 80 indivíduos pertencentes a cinco gerações, sendo 36 (45%) do gênero feminino, 41 (51%) do gênero masculino, em três casos não foi possível especificar o gênero e a presença de quaisquer manifestações da SVW. Características fenotípicas da SVW foram relatadas para 35% (28/80) dos membros familiares, destes 57% (16/28) apresentaram fístulas congênitas de lábio inferior, 36% (10/28) apresentaram tanto fístulas congênitas quanto fissuras orofaciais e somente 7% (2/28) apresentaram fissuras orofaciais. O tipo de fissura mais prevalente entre os membros familiares afetados foi a fissura de lábio e palato bilateral, presente em 50%. A maioria dos parentes afetados apresentou consanguinidade em linha colateral (21; 78%). A análise de sequenciamento do éxon 4 do gene IRF6, realizado para 4 membros familiares (mãe e quatro filhos) todos com fístulas congênitas, a mãe apresentou  FLP unilateral esquerdo, a filha mais nova e o filho mais novo ambos com FLP bilateral e o filho mais velho com excesso de lábio inferior, revelou a presença do SNP rs7552506 (c.175-5C>G) localizado cinco pares de bases antes do início do éxon. A análise do éxon 4 do gene IRF6 também revelou uma nova mutação, c.269G>C (p.Ser90Thr), que ocasiona a troca do resíduo de aminoácido Serina para o resíduo Treonina. O tipo de transmissão genética apresentado pela família do estudo configura-se como um traço autossômico dominante e expressão variável intrafamilial dos fenótipos estava presente. A mutação c.269G>C (p.Ser90Thr) além de poder influenciar na interação com o DNA, também pode interferir na conformação da proteína que será ligeiramente desestabilizada, pelo fato de apresentar um resíduo de aminoácido mutante maior que o resíduo do tipo selvagem.

  • THAIS BRILHANTE PONTES
  • Identificação de miRNAs como biomarcadores de lesões de armazenamento e qualidade plaquetária em bolsas estocadas em banco de sangue

  • Data: 01/06/2016
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  • As plaquetas têm um papel importante na prevenção de hemorragia e são amplamente utilizados na medicina, especialmente durante as grandes cirurgias ou trombocitopenia. No entanto, durante o armazenamento em bancos de sangue, as plaquetas enfrentam mudanças na sua estrutura e função, o que pode comprometer a eficácia do tratamento transfusão. Estas alterações são chamadas lesões de armazenagem (LA) e são a principal causa de descarte de bolsas de concentrado de plaquetas (CP) em banco de sangue. Apesar das plaquetas serem células anucleadas, elas têm miRNA, que são de fundamental importância na regulação da expressão do gene. Assim, este estudo teve por objetivo identificar e validar microRNA plaquetários, como potenciais biomarcadores que podem, no futuro, ser utilizados como indicadores de qualidade CPs. Para isso, foi realizado o sequenciamento do miRnoma das plaquetas durante seis dias de estocagem, seleção de miRNAs com potencial para biomarcador de LA e validação por qRT-PCR. Nossos resultados mostram que os miRNAs podem sofrer

    alterações significativas na expressão durante os dias de armazenamento, em comparação com o primeiro dia de estocagem, mostrando seu potencial como biomarcador molecular.

  • TAISSA MAIRA THOMAZ ARAUJO
  • ALTERAÇÕES GENÔMICAS QUANTITATIVAS COM POTENCIAL CLÍNICO NO ADENOCARCINOMA GÁSTRICO

  • Data: 31/05/2016
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  • O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença.

  • PATRICIA CORREA DA SILVA
  • INTEGRAÇÃO DOS ESTUDOS CROMOSSÔMICOS E DNA BARCODING EM RHAMPHICHTHYS (PISCES: GYMNOTIFORMES)

  • Data: 16/05/2016
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  • A Ordem Gymnotiformes é composta por 219 espécies válidas, que estão distribuídas em cinco famílias. Os gêneros mais investigados são Eigenmannia e Gymnotus. Nosso trabalho concentrou-se na família Rhamphichthyidae, gênero Rhamphichthys que, assim como os demais Gymnotiformes, apresentam maior abundância e diversidade na região Amazônica. Foram realizadas coletas nos municípios de Abaetetuba, Barcarena e Belém (Pará) e em Tefé, Reserva Ecológica de Mamirauá (Amazonas), com objetivo de melhor definir as espécies, através da integração de dados citogenéticos clássicos, citogenômicos (através das sondas de sequências repetitivas de DNA) e do DNA Barcoding e assim compreender a evolução deste gênero de peixes na Amazônia. Foram identificados um novo citótipo para o gênero R. rostratus com a presença de cromossomos B e fórmula cariotípica FC=48m/sm+2st/a+(5-10)B, um novo citótipo da região do Amazonas, Rhamphichthys sp. FC = 44m/sm +6st/a, e também de R. marmoratus, FC = 46+4st/a no estado do Pará. A análise das sequências repetitivas nos novos citótipos demonstrou que as sondas de 18S são coincidentes com as regiões de constrição secundárias que são marcadas com nitrato de prata na técnica de coloração clássica da NOR. As sondas de DNA 5S marcam sítios múltiplos, deixando evidente que a evolução da família de genes ribossomais ocorre de maneira independente, pelo menos no gênero Rhamphichthys. Os retroelementos REX1 e REX3 marcaram de forma dispersa pelo genoma, como já foi descrito na literatura para outros peixes. O elemento REX1 marca ainda a região de constrição secundária em R. rostratus, o que também já foi descrito em outras espécies de peixes que habitam ambientes poluídos, expostos a estresses ambientais e também em indivíduos híbridos. A análise de DNA barcoding permitiu a construção de uma árvore bayesiana, que está de acordo com os dados de citogenética. Assim, as populações de R. rostratus com e sem cromossomos B constituem taxa distintos. Por sua vez, a amostra de Mamirauá, aqui denominada Rhamphichthys sp. por não haver sido descrita formalmente, é mais similar tanto nos dados cariotípicos como na análise de barcoding a R. hanni do Sudeste brasileiro. Nossos dados apontam para um número subestimado de espécies em Rhamphichthys, o que reforça a necessidade de uma revisão taxonômica para o gênero.

  • PABLO HENRIQUE CARACCIOLO GOMES DE SÁ
  • MONTAGEM DO GENOMA DO SABIÁ-LARANJEIRA (TURDUS RUFIVENTRIS): A AVE SÍMBOLO DO BRASIL.

  • Data: 13/05/2016
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  • .Dentre as espécies de aves conhecidas, várias produzem complexa vocalização decorrente de aprendizado vocal, um traço cognitivo associado a um alto grau de encefalização e um melhor conhecimento da genética relacionada à este mecanismo será essencial para compreendê-lo. Assim, o sequenciamento do Sabiá-laranjeira, Turdus rufiventris, é de particular interesse para a compreensão dos circuitos cerebrais associados ao aprendizado vocal.

  • REGIANE SILVA KAWASAKI FRANCES
  • RECONSTRUÇÃO E MODELAGEM IN SILICO DA VIA DE BIOSSÍNTESE DE ÁCIDOS GRAXOS DA BACTÉRIA PSICOTRÓFICA Exiguobacterium antarticum LINHAGEM B7

  • Data: 04/04/2016
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  • A modelagem matemática in silico baseada em restrições é uma abordagem adotada pela Biologia de Sistemas para analisar redes metabólicas. A bactéria Gram-positiva Exiguobacterium antarticum B7 é um extremófilo capaz de sobreviver em ambientes frios como gelo glacial e permafrost. A capacidade de adaptação ao frio desses micro-organismos vem despertando grande interesse biotecnológico. Um fator importante para o entendimento do processo de adaptação ao frio está relacionado à modificação química de ácidos graxos que constituem a membrana celular das bactérias psicotróficas. A finalidade é manter a fluidez da membrana para evitar o congelamento da bactéria. Neste trabalho, a via metabólica de biossíntese de ácidos graxos da bactéria E. antarticum B7 foi reconstruída a partir do genoma anotado disponível. As ferramentas de software KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) e RAST (The Rapid Annotation Server) foram utilizadas para gerar o modelo preliminar da rede. O passo seguinte foi a etapa de cura manual baseada na combinação de informações genômicas, bioquímicas e fisiológicas disponíveis em diversos bancos de dados e literatura especializada. Durante este processo, as enzimas FabZ e DesK, responsáveis por adicionar insaturações na cadeia carbono-carbono ao longo da síntese de ácidos graxos, foram identificadas no genoma, entretanto de forma truncada. O fluxoma da via metabólica foi definido com a descrição das rotas das principais reações, desde o metabólito de entrada, o Acetil-CoA, até o produto final, o ácido Hexadecenóico. A modelagem computacional foi feita com o uso do software MATLAB® juntamente com toolboxes e funções específicos para biologia de sistemas. A quantificação de metabólitos produzidos pela via foi realizada por meio do método baseado em restrições Análise de Balanço de Fluxos (ABF). Para avaliar a influência da expressão gênica na análise do fluxoma, o método ABF foi calculado usando os valores de log2FC obtidos na análise transcriptoma a 0ºC e 37ºC. A via de biossíntese de ácido graxos possui um total de 13 rotas identificadas pelo método Modo Elementar, quatro das quais apresentam caminhos para a produção de ácido hexadecenóico. A via reconstruída demonstrou a capacidade da E. antarcticum B7  em produzir moléculas de ácidos graxos. Sob a influência do transcriptoma, o fluxoma foi alterado, estimulando a produção de cadeia curta em ácidos graxos. Os modelos obtidos contribuem para um melhor entendimento da adaptação bacteriana a ambientes frios.

  • JÉSSICA ALMEIDA BATISTA
  • Identificação de alterações genômicas quantitativas em pacientes com leucemia linfoblástica aguda (LLA) com ausência de fusões gênicas clássicas

  • Data: 31/03/2016
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  • A LLA é caracterizada pela presença de anomalias cromossômicas, numéricas e/ou estruturais, como as aneuploidias e translocações. Entretanto, muitas dessas alterações sozinhas não induzem leucemia, e muitos casos não apresentam grandes alterações cromossômicas, o que sugere que alterações genéticas submicroscópicas adicionais contribuem para a leucemogênese. Análises de variação no número de cópias do DNA em LLA, auxiliadas pelas tecnologias de array, tem permitido a identificação de inúmeras alterações, o que pode fornecer informações importantes sobre a gênese das leucemias, colaborando na melhor estratificação de risco e na adequação da conduta terapêutica dos pacientes. Desta forma, amostras de pacientes com LLA-B pediátrica com ausência de fusões gênicas clássicas foram analisadas por hibridização genômica comparativa por array (aCGH) com o objetivo de identificar eventuais alterações quantitativas que envolvam genes com possível papel na leucemogênese. Alterações no número de cópias (CNA) foram detectadas em todas as amostras, e incluem ganhos e perdas além de perdas de heterozigose (LOH). A análise revelou que as CNAS englobaram vários genes relacionados à leucemia – CDKN2A, CDKN2B, PAX5 e RUNX1 além de outros genes relacionados ao câncer, porém até então não associados à LLA-B. A amplificação dos genes NOTCH1, PRDM16 e DMBT1, bem como, a deleção de TARP e MTAP, podem estar envolvidas na gênese ou progressão da LLA sem fusões gênicas.

     

  • FABRICIO ALMEIDA ARAUJO
  • ESTUDO DA INFLUÊNCIA DA QUALIDADE DO SEQUENCIAMENTO EM MAPPING BY SEQUENCING EM PLANTAS

  • Data: 30/03/2016
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  • Avanços recentes nas tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) reduziram o tempo necessário para a identificação de mutações em genética forward, uma das principais formas para caracterização da função de genes em plantas.  A metodologia utilizada para a identificação de mutações induzidas por agentes mutagênicos físicos ou químicos em uma população de mapeamento é conhecida como mapping-by-sequencing. Dentre as várias técnicas que utilizam esta metodologia, Next-generation mapping (NGM) ganha destaque por necessitar de um número pequeno de mutantes na população de mapeamento. Entretanto, nos trabalhos publicados, não fica claro o porquê da utilização dos parâmetros utilizados para formação da população assim como a influência da qualidade do sequenciamento feito nos experimentos. Dessa forma, este trabalho busca desenvolver um pipeline que possibilite analisar a influência dos parâmetros de qualidade das plataformas de sequenciamento de nova geração na utilização da técnica de NGM na planta modelo Arabidopsis thaliana. Esta análise será feita com simulações de diferentes populações de mapeamento e corridas NGS.

  • DEYVID NOVAES MARQUES
  • Expressão heteróloga, purificação, avaliação funcional e modelagem molecular da MeTCTP de mandioca (Manihot esculenta CRANTZ).

  • Data: 28/03/2016
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  • A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma cultura de grande importância socioeconômica para milhões de pessoas, especialmente em virtude de seu grande potencial energético. Para o aumento da produção e produtividade em áreas de cultivo de mandioca, a busca por novos conhecimentos sobre componentes fisiológicos que contribuam aos mecanismos de defesa endógenos é de extrema relevância. Nesse contexto, a prospecção de produtos gênicos que contribuem para a resposta a estresses constitui etapa fundamental para a geração de plantas tolerantes. A TCTP (Proteína tumoral controlada traducionalmente) é uma família proteica altamente conservada em organismos eucariontes que tem sido associada ao desempenho de diversas funções a nível celular, como aquelas relacionadas ao crescimento, desenvolvimento e a respostas contra estresses abióticos. Estudos prévios identificaram na mandioca o gene MeTCTP, o qual apresentou expressão aumentada em resposta ao estresse salino. Além disto, células bacterianas (Escherichia coli) expressando a MeTCTP recombinante apresentaram tolerância a este tipo de estresse. Desta forma, no presente trabalho foi avaliada a habilidade da MeTCTP recombinante em favorecer a tolerância de células bacterianas ao estresse térmico, bem como o seu potencial em atuar na manutenção da atividade de digestão da enzima de restrição NdeI sob condições de desnaturação proteica. Também foi realizada a análise estrutural da MeTCTP por meio da modelagem comparativa e da dinâmica molecular. Neste trabalho foi relatado pela primeira vez o aumento da tolerância de células de E. coli contra o estresse térmico por meio da superexpressão da MeTCTP, a purificação desta proteína, bem como sua propriedade de chaperona molecular, sua modelagem comparativa e ligação ao cálcio por meio da dinâmica molecular.

  • MARCOS ANTONIO TRINDADE AMADOR
  • Perfil Genético de Potenciais Biomarcadores Associados ao Câncer na População Brasileira e Parentais.

  • Data: 21/03/2016
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  • Os polimorfismos IL1A (rs3783553), IL4 (rs79071878), NFKB1 (rs28362491), PAR1 (rs11267092), CYP2E1 (INDEL - 96pb), CYP19A1 (rs11575899) e UGT1A1 (rs8175347) são associados a diferentes tipos de câncer e/ou maior toxidade durante o tratamento medicamentoso. Suas frequências alélicas variam entre populações de diferentes origens étnicas e geográficas. Considerando que a população brasileira é geneticamente heterogênea e dada a importância de dados de distribuição alélica em estudos de associação a doenças, o objetivo deste trabalho foi descrever a distribuição alélica e genotípica desses sete marcadores em indivíduos das cinco regiões geográficas brasileiras e em populações nativas americanas, africanas e europeias. De um modo geral, demonstramos que das sete variantes investigadas, somente os polimorfismos rs3783553, rs79071878, rs28362491, rs11267092 e rs8175347 apresentam frequências significantemente distintas em todas as comparações envolvendo as populações de nativos americanos, africanos e europeus. A população brasileira não apresenta diferenças regionais quanto à distribuição desses polimorfismos, com exceção da região Norte para os polimorfismos rs3783553, rs79071878 e rs28362491. Em relação à proporção de alelos potencialmente deletérios, observamos que esta é maior em amostras de nativos americanos (38%) e africanos (38%) que em amostras de brasileiros (32%) e europeus (31%). Considerando apenas indivíduos portadores de sete ou mais alelos de risco, notamos maior proporção desses indivíduos em amostras de nativos americanos (20%) e africanos (20%) que em amostras de brasileiros (11%) e europeus (7%). Entre as regiões geográficas brasileiras essa proporção é moderadamente diferenciada, variando de 8% no Sudeste, 10% no Nordeste, 11% na região Sul, 13% no Centro-Oeste a 14% na região Norte. Todos os dados aqui levantados são importantes para futuras pesquisas que objetivem esclarecer associações entre esses marcadores e câncer, bem como diferenças interindividuais na resposta à terapia medicamentosa.

  • LEANDRO LOPES DE MAGALHÃES
  • Modulação da Expressão de hsa-miR-29c e hsa-miR-135b em Linhagens Celulares de Câncer Gástrico.

  • Data: 21/03/2016
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  • O câncer gástrico (CG) é o quarto tipo de câncer mais frequente em homens e o quinto em mulheres. Apesar de ter havido um decréscimo em sua incidência nos últimos 30 anos, este câncer ainda representa uma das principais causas de morte por este tipo de doença. Inúmeras alterações genéticas e epigenéticas estão relacionadas ao desenvolvimento do CG, dentre elas o perfil alterado da expressão de microRNAs (miRNAS), pequenos RNAs não codificantes que regulam negativamente a expressão de centenas de genes, incluindo oncogenes e genes supressores de tumor. O nosso grupo de pesquisa identificou em trabalhos prévios alguns miRNAs que se encontram diferencialmente expressos no CG, quando comparados ao tecido gástrico sem câncer. O presente estudo teve como objetivo principal modular a expressão de dois miRNAs, hsa-miR-29c e hsa-miR-135b por meio da transfecção de mimics e antimiRs, respectivamente; assim como avaliar a consequência desta modulação por meio da mensuração da expressão das proteínas codificadas pelos genes CDC42, DNMT3A (alvos do hsa-miR-29c) e APC (alvo do hsa-miR-135b) em três linhagens celulares de CG estabelecidas de tumores primários de pacientes do Estado do Pará. Os resultados mostraram que a transfecção de mimics e antimiRs alterou significativamente a expressão dos dois miRNAs, elevando a expressão do hsa-miR-29c e reduzindo a expressão do hsa-miR-135b, principalmente na cultura 3D das linhagens celulares. Em relação a análise da expressão das proteínas foi constatado que as linhagens transfectadas com mimics tiveram uma redução nos níveis de CDC42 e DNMT 3A, enquanto as linhagens transfectadas com antimiRs tiveram um aumento na expressão da proteína APC. Os resultados sugerem que os dois miRNAs são importantes no processo da carcinogênese gástrica, regulando os genes APC, CDC42 e DNMT3A e suas respectivas vias de sinalização.

  • ANDRÉ LUÍS FONSECA FAUSTINO
  • Integração de dados genomicos na identificação de
    vias tumorigênicas: Uma perspectiva de biologia
    de sistemas.

  • Data: 18/03/2016
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  • O câncer é uma doença complexa e heterogênea, a qual é caracterizada pela desordem na
    profileração celular. Recentemente, o avanço nas tecnologias de alto rendimento tem
    fornecido diversos dados géneticos e epigénicos, permitindo o entendimento de vários
    mecanismos relacionados à tumorigênese. Entretanto, a interpretação de dados em larga
    escala é uma atividade laboriosa e demanda de um forte componente interdisciplinar. Nessa
    perspectiva, as redes biológicas surgem como fundamento para integração e análise de
    diversos dados em larga escala. Nesse trabalho, são propostos dois métodos baseados em
    redes biológicos para auxiliar na prospecção de vias tumorigénicas e sua possível aplicação
    clínica.

  • VANDECLÉCIO LIRA DA SILVA
  • Análise evolutiva dos sítios de ligação a fatores de transcrição específicos do genoma humano

  • Data: 16/03/2016
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  • Acredita-se que o ganho de sítios de ligação aos fatores de transcrição (TFBS) representa uma das maiores causas da inovação biológica. Neste trabalho foi utilizada uma estratégia original baseada em genômica comparativa, com dados públicos de alinhamento de genomas, para identificar 27.285 TFBS específicos da linhagem humana (TFBS-HS), quando comparado com os genomas de chimpanzé e gorila. Com o auxilio de ferramentas de bioinformática, foi identificado que quarenta por cento (11.093) destes TFBS-HS estão na vizinhança de 1.449 genes. Genes associados com TFBS-HS foram enriquecidos em categorias ontológicas relacionadas à regulação transcricional, sinalização, diferenciação/desenvolvimento e sistema nervoso. Várias abordagens de analise de expressão e funcionalidade foram utilizadas sobre este conjunto de genes (1.449). Uma comparação do padrão de expressão desses genes e dos correspondentes ortólogos em chimpanzé e gorila identificou genes diferencialmente expressos em tecidos humanos. Estes genes mostram um padrão mais divergente em tecido de cérebro e testículo humanos, sugerindo uma a ação de seleção positiva na fixação do ganho de TFBS. Além do mais, foi visto que genes associados com TFBS-HS apresentam um padrão de amplitude de expressão alto quando comparados com todos os genes do genoma humano. Esta tendência de distribuição é devido a um ganho preferencial de TFBS em genes com amplitude de expressão alta ao invés de uma mudança de expressão após o ganho de TFBS.

  • CAMILE DE BARROS LOPES
  • PERFIL DE EXPRESSÃO DE MICRORNAS NO CÂNCER ORAL


  • Data: 11/03/2016
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  • O carcinoma de células escamosas oral (CCEO) é uma doença mutifatorial que
    envolve fatores genéticos, epigenéticos e ambientais. Caracteriza-se por um padrão de
    crescimento agressivo, altamente metastático e elevadas taxas de mortalidade. Apesar dos
    avanços da tecnologia nos tratamentos cirúrgicos, radio e quimioterápicos, a taxa de
    sobrevivência de cinco anos não houve melhora significativa nos últimos anos. Através da
    regulação da expressão de genes alvos, os microRNAs desempenham papel importante na
    iniciação e progressão em cânceres humano, consequentemente, são uma ferramenta
    promissora para investigação de biomarcadores de identificação de risco, prognóstico e
    alvos terapêuticos. Com objetivo de investigar o perfil de expressão dos miRNAs no
    câncer gástrico, dez tecidos de CCEO foram caracterizados a partir de dados gerados de
    sequenciamento de alto desempenho. Além disso, por qRT-PCR avaliamos o tecido
    adjacente ao CCEO para quatro miRNAs. Os resultados mostraram 17 miRNAs
    diferecialmente expressos, os quais foram capazes de discriminar o tecido CCEO do sem
    câncer. Dentre esses, encontramos sete novos miRNAs (hsa-let-7c, hsa-miR-10a, hsa-miR-
    199a, hsa-miR-381, hsa-miR-501, hsa-miR-654 e hsa-miR-941), os quais ainda não estão
    descritos na literatura suas participações no CCEO. Adicionalmente, verificamos que os
    quatro miRNAs hsa-miR-221, hsa-miR-21, hsa-miR-135b e hsa-miR-29c foram
    hiperexpressos no tecido adjacente, confirmando o efeito de campo de cancerização. Os
    resultados revelaram que esses miRNAs são potenciais biomarcadores de ocorrência no
    CCEO com a capacidade de identificar indivíduos com maior risco de desenvolver este
    câncer, e indicam sua utilidade como possíveis alvos terapêuticos.

2015
Descrição
  • ALEX RANIERI JERÔNIMO LIMA
  • POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DE CIANOBACTÉRIAS AMAZÔNICAS PARA A PRODUÇÃO DE HIDROCARBONETOS: DA MONTAGEM DE GENOMAS À MODELAGEM MOLECULAR COMPARATIVA

  • Data: 20/11/2015
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  • As cianobactérias constituem um grupo singular de bactérias com capacidade para ocupar diversos nichos ecológicos demonstrando uma vasta diversidade morfológica, fisiológica e metabólica. A despeito de sua diversidade metabólica, todas as cianobactérias possuem a capacidade de produzirem hidrocarbonetos, principalmente os de cadeia longa, os quais têm sido especulados como promissores substitutos para os derivados combustíveis fósseis. Neste estudo, foi investigada a presença do gene codificador da proteína aldehyde-deformylating oxygenase (ADO) em dados genômicos de duas linhagens cianobacterianas isoladas de ambientes amazônicos e utilizadas as sequencias obtidas para realizar a modelagem comparativa e ancoragem molecular do substrato no sítio catalítico dos modelos construídos, contribuindo assim para o conhecimento da diversidade molecular da enzima ADO de cianobactérias. Desta forma, foi possível obter três sequências, que foram utilizadas na modelagem comparativa e cujas estruturas preditas foram validadas com sucesso. A comparação das interações realizadas com o substrato no sítio catalítico dos modelos construídos com a dos moldes utilizados revelou diferentes frequências de aminoácidos presentes que interagem com o substrato.

  • ANDREI SANTOS SIQUEIRA
  • Biotecnologia e a aplicação das ciências ômicas no

    aproveitamento econômico de microalgas e

    cianobactérias da Amazônia brasileira

  • Data: 20/11/2015
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  • A Ribulose-1,5-Bifosfato Carboxilase/Oxigenase (RuBisCO) catalisa o primeiro passo da via de fixação do carbono ligando o gás carbônico à ribulose 1,5-bifosfato. Modificações genéticas para aumentar a eficiência da atividade carboxilase da rubisco têm um grande interesse para agronomia e para biotecnologia, uma vez que isto pode levar a um aumento da produtividade de plantas e biomassa de cianobactérias e algas para a produção de biocombustíveis. Dessa forma este estudo objetivou caracterizar in silico o domínio catalítico da rubisco de Cyanobium sp. CACIAM14. Foi o utilizado o software MODELLER para a construção do modelo, foram gerados 100ns de dinâmica molecular com o pacote AMBER12 e a energia livre foi calculada através dos métodos de MM-PBSA, MM-GBSA e SIE. O modelo obtido apresentou 15 beta folhas e 19 alfa hélices, mantendo o sítio catalítico altamente conservado, incluindo os resíduos Lys175, Lys177, Lys201, Asp203, Glu204. A energia livre do complexo enzima-substrato apresentou valores em torno -10kcal/mol na análise através do método SIE tanto para o molde de Synechococcus PCC6301 quanto para o modelo de Cyanobium sp. CACIAM14. O resíduo que mais contribuiu para a interação foi Arg295. O modelo foi construído e validado com sucesso, permaneceu estável na dinâmica molecular e demonstrou características similares às do molde e de outras cianobactérias que possuem alta taxa de carboxilase.

  • KLEBER ROBERTO DA SILVA GONCALVES DE OLIVEIRA
  • PERFIL DE CRIANÇAS EXPOSTAS AO ETANOL NO PERÍODO PRÉ - NATAL ATENDIDAS NO SERVIÇO DE REFERÊNCIA EM BELÉM - PA

  • Data: 25/09/2015
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  • Introdução: O etanol age no Sistema Nervoso Central (SNC) causando alterações genéticas e epigenéticas que resultam em problemas estruturais e de funcionamento cerebral. Um de seus principais mecanismos está relacionado à alterações na migração neuronal, acarretando disfunções que podem ser somáticas e/ou apenas funcionais definidas como Síndrome Alcoólica Fetal ou Transtornos do Espectro Álcool Fetal, esta última situação relacionada a conjunto de alterações comportamentais sem dismorfologia. Objetivo: Associar a exposição ao álcool no período pré-natal com alterações de linguagem, função motora e de comportamento em crianças atendidas no Hospital Universitário Betina Ferro de Souza (HUBFS) no período de agosto de 2007 a agosto de 2013. Material e Métodos: Foi realizado um estudo retrospectivo, transversal com registros de 89 crianças de zero a doze anos que apresentaram história de exposição pré-natal ao etanol atendidas no Hospital Universitário Bettina Ferro de Souza (HUBFS) entre agosto de 2007 a agosto de 2013. Dessas uma foi excluída por apresentar síndrome de down. Foram utilizados para diagnóstico critérios do CID- 10. Esse trabalho foi aprovado pelo Comitê de Ética e Pesquisa (CEP) do Instituto de Ciências da Saúde (ICS) conforme parecer 771.830, obedecendo à resolução do Conselho Nacional de Saúde (CNS) 466/12. Resultados: As alterações funcionais de linguagem, motora e comportamento foram as alterações mais frequentes deste estudo, sendo a alteração de linguagem a mais encontrada (79,5% dos casos). Dentre os diagnósticos estabelecidos segundo critério do CID -10, o Transtorno do Espectro Autista (TEA) e Transtorno Misto do Desenvolvimento apresentaram maior frequência (13,63%). Conclusão: Pode-se sugerir, pelo próprio mecanismo de ação do etanol no SNC, sua participação nas alterações funcionais encontradas nestes casos, bem como para os diagnósticos estabelecidos, como TEA, TEL, Transtorno do Déficit de Atenção e Hiperatividade (TDAH), Transtorno Misto do Desenvolvimento, dentre outros.

  • NATALLE DO SOCORRO DA COSTA FREITAS
  • Desenvolvimento de um painel de SNPs para análises farmacogenéticas de associação à resposta terapêutica do 5-FU em pacientes oncológicos da região norte do Brasil.

  • Data: 25/09/2015
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  • 5-fluorouracil (5-FU) é  um dos agente terapêuticos mais prescritos  para tratamento de vários tipos de câncer, principalmente do trato gastrointestinal. Entretanto, diversos tipos de reações adversas, de leves a graves, têm sido descritas entre pacientes que recebem este quimioterápico. Desta forma o objetivo da nossa investigação foi criar um painel de SNPs associados a reações adversas ao tratamento com fluoropirimidinas e avaliar a associação desses polimorfismos com os resultados clínicos de pacientes oncológicos da região norte do Brasil para identificar possíveis preditores a toxicidades. Foram analisadas 166 amostras de indivíduos com câncer do trato gastrointestinal utilizando  8 SNPs dos genes DPYD, ABCB1, GSTP1, TP53, OPRT e MTHFR. A genotipagem foi realizada pela técnica de SNaPshot minisequencing, o que nos permitiu ter todos os marcadores em uma reação multiplex. Em nossos resultados, de maneira geral tivemos entre os pacientes 15% de toxicidades graves e como reação adversa  mais frequente a diarréia (59,7%).  As toxicidades hematológicas foram mais frequentes entre os pacientes de ancestralidade africana. Obtivemos associações significantes para os polimorfismos dos genes MTHFR com mucosite entre os pacientes que fizeram uso de 5-FU ou capecitabine em monoterapia e DPYD com toxicidade hematológica, entre os pacientes que fizeram uso de 5-FU combinado com oxaliplatina.  Os marcadores analisados necessitam de novos estudos com grandes grupos  para confirmação de nossos resultados e identificação de marcadores que podem ser potenciais preditores a toxicidade ao quimioterápico 5-FU identificando desta forma pacientes que irão ter um maior benefício do tratamento com fluoropirimidinas.

  • CARLOS EDUARDO DE MELO AMARAL
  • Estudo de Polimorfismos Candidatos no Gene da Subunidade 6 do receptor Kainato (GluR6) e Caracterização Clínica-Epidemiológica de uma Amostra de Pacientes com Transtorno do Espectro Autista 

  • Data: 11/09/2015
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  • O transtorno do espectro autista (TEA) é uma desordem do desenvolvimento neuropsiquiátrico grave. Os critérios diagnósticos mais recentemente publicado no Manual Diagnóstico e Estatístico de Transtorno Mentais, 5a Ed. (DSM-5) incluem duas áreas principais: déficits de comunicação social e comportamento fixo ou repetitivos. Sabe-se que o TEA apresenta um significativo componente hereditário embora o modo exato de transmissão não seja conhecido. Estudos anteriores sugerem que TEA é uma distúrbio neurológico complexo resultante da interação de múltiplos fatores genéticos e ambientais. O gene que codifica a subunidade 6 do receptor kainato do glutamato (GluR6 ou GRIK2) localiza-se na região 6q21. Este gene tem sido sugerido como candidato associado à etiologia do TEA com base no envolvimento da proteína do receptor em funções cognitivas, como aprendizagem e memória. Este estudo teve o objetivo de determinar as frequências e verificar a possibilidade de associação dos SNPs: rs3213607, rs2227281, rs2227283, rs2235076, rs4839797, rs2518261 no gene GluR6 com o TEA. A amostra estudada consistiu de 279 indivíduos, sendo 49 trios (pai e mãe não-afetados e filho afetado), 57 duplas (mãe ou pai não-afetados e filho afetado) e 18 afetados sem as amostras de seus genitores. O diagnóstico de TEA foi realizado por uma equipe treinada, seguindo os critérios do DSM-IV. A hipótese de associação foi verificada por método baseado em famílias, através dos programas PLINK e FBAT. Foram encontrados transmissões preferenciais do alelo C no SNP: rs4839797 (χ 2 = 5, p = 0,02535) e do alelo G no SNP: rs2227283 (χ 2 = 8,333, p = 0,003892), demonstrando que estes polimorfismos estão associados ao TEA em uma amostra de pacientes brasileiros. Além disso, foi demonstrado que o alelo A do SNP: rs3213607(C/A) pode conferir menor risco às comorbidades convulsão e ataque de pânico (p=0,040 e p=0,041 respectivamente). Por ser o primeiro estudo que relata a associação entre um polimorfismo do gene  GluR6 e cormobidades em pacientes brasileiros com TEA, estudos adicionais são necessários para replicar esse achado.

  • AYLLA NÚBIA LIMA MARTINS DA SILVA
  • CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DA TALASSEMIA BETA NO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 27/08/2015
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  • A talassemia beta é um dos distúrbios monogênicos autossômicos recessivos mais amplamente distribuídos no mundo. Na maioria dos casos, essa desordem é resultante de mutações pontuais que alteram a expressão e regulação do gene da globina beta, tendo como consequência molecular o desequilíbrio entre as cadeias globínicas alfas e betas e desencadeando uma série de alterações fisiopatológicas no indivíduo. Estudos têm demostrado que diversos determinantes genéticos exercem seus efeitos reduzindo esse desequilíbrio, resultando em menor precipitação de cadeias alfas e, consequentemente, em curso clínico mais brando. Polimorfismos no promotor do gene HBG2 (11p15, XmnI), BCL11A (2p16) e na região intergênica entre HBS1L e MYB (6p23, HMIP) têm sido associados com aumentos nos níveis de HbF, desempenhando um importante papel na apresentação clínica, tanto na anemia falciforme como na talassemia beta. Os objetivos do presente trabalho consistiram em caracterizar a prevalência das principais mutações beta-talassêmicas de origem europeia e africana e a presença de polimorfismos associados com a variação nos níveis de HbF em indivíduos portadores de talassemia beta atendidos no Centro de Hematologia e Hemoterapia do Estado do Pará. A quantificação de HbA2 e HbF foi realizada utilizando a técnica de cromatografia líquida de alta performance (HPLC- BIO-RAD). A investigação molecular da talassemia beta foi realizada por sequenciamento direto de parte do gene da globina beta, onde localizam-se as principais mutações que resultam na patologia. A genotipagem dos polimorfismos foi realizada por meio de PCR em Tempo Real (RQ-PCR). Os indivíduos analisados tinham entre 1 a 62 anos de idade e apresentavam média de HbA2 e HbF em torno de 4,9% e 4,73%, respectivamente. Foram encontradas 10 mutações pontuais diferentes para talassemia beta em um total de 37 cromossomos
    estudados, dos quais 22 (59,5%) eram portadores de mutações beta-talassêmicas do tipo β+, 14 (37,8%) portadores de mutações do tipo β0 e um (2,7%) cromossomo portador de uma deleção [Cd77-78 – (c)] associada aos dois tipos de talassemia beta (β+ e β0 ). Duas mutações beta-talassêmicas incomuns e que não tinham sido notificadas anteriormente no Brasil foram encontradas no presente estudo [IVSII-2 e a deleção 77/78 – (c)]. A mutação IVSI-5 (G>A) apresentou a maior frequência no Norte do Brasil, 27%, seguido de 21,6% da mutação no códon 39 (C>T), 16,2% da -88 (C>T) e 10,8% das mutações IVSI-1 (G>A) e IVSI-6 (T>C). Quanto aos seis SNPs associados com variação nos níveis de HbF investigados no presente estudo, o alelo C para o SNP rs11886868 no gene BCL11A foi o mais frequente (59,3%). Os níveis de HbF demonstraram associação negativa com o polimorfismo rs28384513 no lócus HMIP. Concluímos que a mutação mais frequentemente observada no presente estudo, IVSI-5 (G>A), mostrou uma possível maior contribuição espanhola para os genes de beta talassemia na Amazônia brasileira. E a presença do alelo C do polimorfismo rs28234513 no lócus HMIP está associado a uma diminuição nos níveis de HbF.

  • CARLOS MURILO TENORIO MACIEL
  • Transcriptomas do Macrobrachium amazonicum desenvolvidos no Sequenciador Ion TorrentTM

  • Data: 17/08/2015
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  • O camarão-da-amazônia é o mais explorado pela pesca artesanal no Brasil, garantindo segurança alimentar e renda para milhares de famílias. Apresenta ampla distribuição na América do Sul e é considerada atualmente a espécie nativa com maior potencial para a carcinicultura. Nos últimos anos tem havido investimento em pesquisas para desenvolver o pacote tecnológico para o seu cultivo. No entanto, o crescimento heterogênio é um problema zootécnico presente em machos e fêmeas. As gônadas estão envolvidas em processos reprodutivos e influenciam diretamente no crescimento. Estudos relacionados aos órgãos sexuais são escassos para a espécie, sendo conhecidas apenas as estruturas morfológicas desses órgãos. Transcriptomas são ferramentas recentes que permitem a mineração massiva do genoma funcional do tecido na fase em que há a prospecção. O Ion TorrentTM é uma máquina robusta que identifica os nucleotídeos por diferenças de pH e que permite a preparação das bibliotecas de cDNA até o sequenciamento em menos de uma semana. Desse modo, constitui-se em uma plataforma econômica com potencial aplicação genômica aplicada à aquicultura. Os objetivos das pesquisas desenvolvidas nessa tese abordaram três etapas: 1 – otimização das análises in silico com o desenvolvimento de um software para expurgar sequências de RNA ribossomais (rRNA) - Hunter; 2 – transcriptoma do aparelho reprodutor masculino e 3 – transcriptoma do ovário das fêmeas. O software Hunter caça os genes rRNA e remomove de bancos de dados (BD) em formato fastQ ou fasta. Isso permite a depuração dos BD antes ou após o assembly, otimizando os processos in silico. Os trancriptomas dos tecidos de machos e fêmeas foram obtidos no Ion TorrentTM utilizando o chip 318. Posteriormente os leituras foram montados com o auxílio do software Trinity. Foram obtidos ~ 42 milhões de reads, que contribuíram com a mineração de ~19 mil genes com CDS, dos quais, ~9 mil identificados como genes putativos nos bancos de dados públicos. Para os machos foram pareados ~3 mil genes putativos, dos quais 45 foram imputados com suporte na literatura relacionados com a reprodução e desenvolvimento. Destacaram-se genes envolvidos na ativação acrossomal, ativação dos espermatozoides, maturação dos gametas e comportamento de cópula. Para as fêmeas foram minerados ~6 mil genes putativos, dos quais, 37 foram corroborados pela literatura para crustáceos e insetos com envolvimento na reprodução e desenvolvimento embrionário. Houve destaque para os genes relacionados ao acumulo do vitelo, rearranjos envolvidos na maturação dos ovócitos (cathepsinas e ubiquitinas), presença de hormônios esteroides e da enzima responsável pela metilação do hormônio juvenil (Farnesoic acid O-methytransferase - FaMET). Além disso, foram imputados mais de 200 microssatélites e delineados iniciadores para futuras validações. O produto obtido permitirá o desenvolvimento de marcadores para subsidiar experimentos, legitimando a plataforma Ion TorrentTM para seu uso em aquicultura. Essa foi a maior iniciativa em obter informações massivas sobre a expressão gênica em gônadas de machos e fêmeas do camarão-da-amazônia. Em adição foi observada a presença de fragmentos que compreenderam a região codificante (ORF) de genes que poderão ser caracterizados e delineados para uso em qPCR e aplicações imediatas em experimentos de produção para a espécie. 

  • GERALDO ISHAK
  • ESTUDO GENÉTICO DO ADENOCARCINOMA DE VESÍCULA BILIAR

  • Data: 14/08/2015
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  • O câncer da vesícula biliar é uma neoplasia rara e apresenta mau prognóstico. MYC e TP53 foram previamente implicados em sua carcinogênese, entretanto os mecanismos moleculares envolvidos em suas regulações são pouco conhecidos. Nesta investigação foram avaliados o número de cópias de MYC e de TP53e sua relação com as respectivas expressões proteicas. Adicionalmente, foi investigado se, nesta neoplasia, MYC poderia ser controlado por mutações ou por metilação do DNA em sua região promotora. Foram estudados 15 amostras de carcinoma invasivo da vesícula biliar e seis controles, constituídos por vesículas biliares, sem câncer. As expressões de MYC e TP53 foram mais frequentes nos carcinomas do que nos controles (p=0.002, p=0.046, respectivamente). Ganhos de cópias de MYC e TP53 foram detectados nas amostras de carcinoma da vesícula biliar em 86.7% e 50%, respectivamente. Além disso, o número de cópias de MYC e TP53 foi associado à imunorreatividade de suas proteínas (p=0.029, p=0.001, respectivamente). A hipometilação do gene MYC foi detectada exclusivamente nas amostras neoplásicas e relacionou-se com a sua expressão proteica(p=0.029). Foram detectadas mutações no gene MYC em 80% das amostras tumorais. A presença do alelo G na rs117856857 foi associada à ocorrência desta neoplasia(p=0.019) e com a expressão de MYC(p=0.044). A mutação patogênica rs28933407, no éxon 2 do gene MYC, foi identificada em dois tumores. Em conclusão, os resultados demonstram que ganhos de cópias de MYC e de TP53 parecem ser achados frequentes no carcinoma da vesícula biliar, e a expressão aumentada da proteína MYCnesta neoplasia pode resultar do ganho de número de cópias gênicas da hipometilação de sua região promotora e de mutações pontuais. bordagem alvo específica, reduzindo a possibilidade de efeitos indesejáveis, quando considerado o uso clínico.

     

  • MONICA BARAUNA DE ASSUMPCAO
  • AVALIAÇÃO DE PLMORFISMOS GENÉTICOS COMO FATORES DE RISCO DE OCORRÊNCIA DE CÂNCER GÁSTRICO NO ESTADO DO PARA.

  • Data: 14/08/2015
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  • Não obstante o adenocarcinoma gástrico despontar entre as neoplasias de maior mortalidade no mundo e apresentar elevada incidência, o conhecimento sobre sua carcinogênese permanece limitado. Em consequência, a translação de marcadores moleculares ou mesmo alvos terapêuticos à prática clínica é ainda incipiente. Dentre os potenciais marcadores moleculares com participação nas etapas de malignização e eventual possibilidade de uso clínico, os miRNAs vêm ganhando destaque na literatura científica especializada. miRNAs constituem RNAs não codificantes de proteínas, que exercem importante função regulatória bloqueando a tradução de mRNAs. Objetivando avaliar a potencial utilização de perfis de expressão de miRNA no câncer gástrico, realizou-se sequenciamento completo dos miRNAs expressos no adenocarcinoma gástrico, na mucosa gástrica adjacente a estes tumores, e na mucosa do antro gástrico de um paciente sem câncer. Inicialmente foi realizado e publicado o sequenciamento completo (mirnoma) dos miRNAs expressos no antro gástrico, o qual permitiu demonstrar-se a existência de assinaturas de órgão e de tecido, por meio do estabelecimento de perfis de expressão de miRNAs. Comprovou-se, ao comparar o mirnoma do antro ao da cárdia, previamente estabelecido pelo mesmo grupo de pesquisadores, que um grupo de miRNAs tem expressão conservada entre as duas regiões do estômago, caracterizando a assinatura de órgão, enquanto outros grupos definem cada uma das regiões, constituindo a assinatura de tecido. Adicionalmente, foi demonstrado que a assinatura molecular por perfil de miRNA também ocorreria no adenocarcinoma gástrico, capacitando sua diferenciação em relação aos tecidos sem câncer. Ainda mais relevante, em função da possível repercussão sobre a metodologia atualmente empregada na investigação de biomarcadores no câncer gástrico, a qual usualmente emprega tecidos adjacentes ao câncer
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    como referências de normalidade, a serem comparados ao câncer: trata-se da comprovação de que estes tecidos não representam a expressão do tecido normal de indivíduo sem câncer, mas constituem situação intermediária entre os padrões do câncer e do tecido verdadeiramente normal. Os resultados alcançados representam comprovação da teoria do campo de cancerização, por meio de perfis de expressão de miRNAs. Investigar biomarcadores capazes de identificar alterações epigenéticas no tecido adjacente ao câncer poderia ser útil para um melhor entendimento da carcinogênese, podendo refletir melhor o risco de câncer, e contribuir para políticas de prevenção, reduzindo a morbidade e a mortalidade por câncer gástrico.

  • CAROLINA BARAÚNA DE ASSUMPÇÃO
  • Análise da expressão de piRNAs no adenocarcinoma gástrico e em mucosa gástrica não neoplásica.

  • Data: 14/08/2015
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  • O câncer gástrico permanece como uma neoplasia de alta incidência e mortalidade, especialmente em países em desenvolvimento como o Brasil. Não obstante a gravidade da doença, o conhecimento relativo à carcinogênese gástrica ainda é incipiente e o uso clínico de biomarcadores muito limitado. Os marcadores moleculares usualmente investigados no câncer gástrico são descobertos em decorrência de expressões diferenciais em situações clínicas específicas, ou mais comumente, ao comparar-se o tumor com sua amostra pareada de tecido a ele adjacente. Considerando a hipótese do campo de cancerização, o tecido adjacente ao câncer, diferente do usualmente concebido, não representa a normalidade a ser comparada ao câncer, gerando possíveis vieses e reduzindo a capacidade de identificar alterações moleculares possivelmente relacionadas a eventos iniciais da transformação do tecido normal ao campo de cancerização e ao câncer. Recentemente, pequenos RNAs não-codificantes (ncRNAs), foram incorporados ao arsenal de biomarcadores em oncologia, por suas expressões diferenciais entre tecidos, incluindo o câncer. Dentre os ncRNAs, os piRNAs surgem como uma nova perspectiva para uso clínico, pois desempenham papel regulatório transcricional e pós transcricional e tem alterações de expressão no câncer Objetivando estudar o papel dos piRNAs no câncer e suas possíveis implicações clínicas realizou-se extensa revisão bibliográfica , análise crítica do estado da arte do conhecimento e dos possíveis desdobramentos decorrentes das novas descobertas sobre a biogênese e funções destes ncRNAs, procurou-se interpretar o papel dos piRNAs no contexto da regulação epigenética e ,em especial, das suas potenciais aplicações médicas, resultando na publicação de um manuscrito no periódico Epigenomics, na sessão de perspectivas, sob título “The role of piRNA and its potential clinical implications in câncer” Adicionalmente,
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    objetivando analisar a expressão de piRNAs no adenocarcinoma gástrico, no estômago sem câncer, e em tecido adjacente ao câncer gástrico, realizou-se sequenciamento completo dos piRNA em sequenciador de alto desempenho (plataforma SOLID). Bibliotecas de RNA de quatro amostras de adenocarcinoma gástrico, quatro amostras não tumorais adjacentes ao tumor e uma amostra de tecido gástrico de paciente sem câncer foram sequenciadas. As leituras foram normalizadas, filtradas e alinhadas aos bancos de dados de piRNAs Expressões dos piRNAs foram comparados entre as amostras e as diferenças foram definidas pelo fold change de 5 e p ≤ 0,05. O perfil digital de expressão gênica (DGE) foi realizado com base na abundância de leitura e demonstrou que nove piRNAs foram expressos em todas as amostras independente da origem do tecido, se normal, de câncer ou adjacente ao câncer, caracterizando uma assinatura tecidual. Adicionalmente, nove piRNAs foram hipoexpressos nos tumores gástricos quando comparados ao antro normal. Doze piRNAs encontravam-se hipoexpressos nas amostras adjacentes sem câncer, quando comparadas ao antro normal, inferindo a presença de campo de cancerização no estômago e destacando-os como possíveis biomarcadores de campo de cancerização. Concluiu-se que piRNAs participam da carcinogênese gástrica, confirmam a ocorrência de campo de cancerização e produzem assinaturas moleculares do estômago, da mucosa gástrica sem câncer, e do campo de cancerização, e tem levado potencial para utilização clínica, inclusive como biomarcadores de eventos iniciais da carcinogênse gástrica.

  • LARISSA LUZ GOMES
  • Perfil de Expressão Diferenciada de miRNA no Câncer Gástrico usando Redes Neurais Artificiais Self Organizing-Maps (SOM).

  • Data: 28/07/2015
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  • Para este trabalho foi criada uma artificial neural network, do tipo Self-Organizing Maps (SOM), que identificou uma assinatura específica, a partir da expressão diferencial de miRNAs (hipo ou hiperexpressão), encontradas em tecidos gástricos normal ou com câncer. A rede analisou 514 miRNAs de tecido gástrico que apresentavam expressão diferenciada significativa nos diferentes tipos de tecidos analisados. O resultado sugeriu uma assinatura específica de expressão com nove miRNAs (hsa-mir-21, hsa-mir-29a, hsa-mir-29c, hsa-mir-148a , hsa-mir-141, hsa-let-7b, hsa-mir-31, hsa-mir-451 e hsa-mir-192) todos com valores estatísticos significativos (p-value < 0.01 e fold change > 5), que clusterizaram as amostras em dois grupos: normal e com câncer gástrico. O resultado obtido “in silico”, no futuro, pode ser usado como fator de risco ao desenvolvimento do câncer gástrico.

  • DANILLO DOS SANTOS SILVA
  • EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA NO GÊNERO EIGENMANNIA: DESCRIÇÃO DE ESPÉCIES E EVOLUÇÃO DOS CROMOSSOMOS SEXUAIS

  • Data: 09/07/2015
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  • Nesta tese analisamos as espécies de Eigenmannia da bacia Amazônica por meio de estudos cromossômicos e análise do DNA barcode. Eigenmannia é um gênero de peixe Neotropical da ordem Gymnotiformes, família Sternopygidae, com distribuição nas principais bacias de água doce do Sul do México ao Norte da Argentina. Em relação a sistemática e taxonomia, poucos estudos têm estabelecido os caracteres diagnósticos e o status das espécies permanece mal compreendido, havendo a necessidade de revisão do gênero. Atualmente, Eigenmannia está representado por oito espécies, porém esse número é ínfimo e pode ser considerado subestimado. As informações citogenéticas disponíveis apontam para a descrição de 19 cariótipos para o gênero com o número diploide variando de 2n = 28 a 2n = 40 cromossomos, com descrições de sistemas de cromossomos sexuais dos tipos simples XX/XY e ZZ/ZW e multiplos X1X1X2X2/X1X2Y. Buscamos investigar a evolução dos cromossomos indicando quais eventos estariam envolvidos na diferenciação das espécies, bem como na diferenciação dos cromossomos sexuais em Eigenmannia. Para isso, foram coletadas 141 amostras de populações oriundas de várias localidades da Região Amazônica, abrangendo os Estados do Pará e Amazonas. As técnicas empregadas foram: Coloração convencional, bandeamentos C, Ag-NOR, coloração com os Fluorocromos DAPI e CMA3 e Hibridização in situ Fluorescente (FISH) com sondas de sequências teloméricas (TTAGGG)n e sequencias de DNA ribossomal 18S. Os resultados estão em formato de artigos divididos em quatro capítulos. Os dois primeiros artigos foram publicados e os dois últimos estão em preparação para a submissão. As populações de Eigenmannia virescens da região da Amazônia Oriental apresentaram o 2n = 38 cromossomos e com sistema cromossômico do sexo ZZ/ZW diferenciado. Eventos de adição de heterocromatina e rearranjo do tipo inversão pericêntrica estariam envolvidos nas etapas de diferenciação do sistema ZZ/ZW com ocorrência independente entre as populações de diferentes bacias hidrográficas Amazônia e São Francisco e Paraná. Os processos envolvidos na diferenciação dos cromossomos sexuais ainda não estão completamente esclarecidos. Analisamos também, três populações de Eigenmannia com ocorrência em igarapés de terra firme localizados no nordeste da Amazônia oriental, integrando os dadosde morfometria, dados merísticas, dados osteológicos e dados cromossômicos. As espécies divergiram em caracteres morfológicos, merísticos e citogenéticos o que revelam a existência de duas espécies crípticas,porém separadas, no qual foram denominadas Eigenmannia sp. A e Eigenmannia sp. B de ocorrência no oeste da Amazônia. Descrevemos também, uma nova ocorrência de cromossomos sexuais do tipo XX/XY para a espécie Eigemannia sp. B. Realizamos também, descrevemos os cariótipos de tres espécies do gênero Eigenmannia por meio de citogenética classica e molecular. A espécie E. limbata apresentou o 2n = 38, E. nigra com o 2n = 40 e E. macrops com o 2n = 36 cromossomos, aumentando ainda mais os conhecimentos a respeito da estrutura dos cromossomos das espécies do gênero da bacia Amazônica. Por fim, Analisamos as sequencias do gene mitocondrial da citocromo oxidase 1 - COI (DNA barcode) de 134 amostras do gênero. Um grande número de linhagens foi possível distinguir (>2% divergência), no qual podemos identificar três clados principais: um clado representado por E. limbata as espécies próximas e os outros dois clados compõem as espécies identificadas como Eigenmannia aff. virescens. Os resultados revelam a existência de espécies crípticas para Eigenmannia. Os dados apresentados são significativos e demonstram a grande importância das análises citogenéticas na diferenciação de espécies do gênero.

  • BRUNO RAFAEL RIBEIRO DE ALMEIDA
  • Estudos Citogenéticos em escorpiões amazônicos do
    gênero Tityus, com ênfase no mapeamento
    cromossômico do DNA repetitivo.

  • Data: 06/07/2015
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  • A Ordem Scorpiones compreende cerca de 1950 espécies descritas atualmente, com ocorrência em
    quase todos os continentes. Na região Neotropical, o gênero Tityus (Scorpiones, Buthidae) destacase
    por possuir grande importância em saúde. Do ponto de vista citogenético, os Tityus, assim como
    os demais butídeos, apresentam números diplóides baixos (2n = 5 até 27), cromossomos
    holocêntricos, meiose masculina aquiasmática e ausência de cromossomos sexuais heteromórficos.
    Além disso, alta variabilidade do 2n e complexas configurações meióticas foram observadas em
    vários integrantes deste gênero. No presente estudo, análise citogenética foi realizada em quatro
    espécies amazônicas de Tityus, com o objetivo de verificar os mecanismos responsáveis pela sua
    extensa variação cariotípica e meiótica, bem como analisar a organização do DNA repetitivo em
    sistemas holocêntricos de escorpiões. Preparações cromossômicas obtidas de tecidos gonadais e
    embrionários foram corados com Giemsa e seqüencialmente submetidas às técnicas de
    Bandeamento C, coloração por fluorocromos base-específicos, e FISH com sondas de algumas
    classes de DNAs repetitivos. Os resultados demonstraram 2n = 36 em T. strandi, 2n = 23, 24 em T.
    silvestris, 2n = 18 em T. metuendus, e 2n = 11, 12, 13, 14 e 16 em T. obscurus. A análise meiótica
    revelou associações multivalentes resultantes de fusões e translocações heterozigotas em alguns
    citótipos de T. obscurus. No indivíduo portador da translocação, o pareamento é mantido por
    heterosinapses, e a segregação ocorre de forma alternada. A heterocromatina constitutiva (HC) rica
    em pares de bases AT, se apresentou distribuída sobre a região terminal de um único par de
    cromossomos em T. silvestris; porém, em T. obscurus, T. metuendus e T. strandi blocos de HC
    foram registrados na região terminal da vários cromossomos; para os exemplares de T. obscurus
    UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ
    INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
    PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM
    GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR
    com 2n = 11, 12 e 13 foi observado uma marcação intersticial no maior cromossomo destes
    cariótipos. Clusters terminais do gene rDNA 45S foram observados em apenas um par de
    homólogos em T. silvestris, e em dois pares nos indivíduos de T. strandi, T. metuendus e T.
    obscurus. A sequência TTAGG foi mapeada apenas nas extremidades cromossômicas em todas as
    espécies, mesmo no indivíduo com 2n = 12 de T. obscurus, e no cariótipo 2n = 23 de T. silvestris,
    portadores de fusões em heterozigose. Em T. obscurus 2n = 16, os genes U2 snDNA e 5S rDNA
    estão presentes nos pares 1 e 6, respectivamente, enquanto o gene Histona H3 foi observado na
    região terminal de todos os cromossomos. Por sua vez, o transposon Mariner apresentou
    distribuição dispersa em quase todos os espécimes, com exceção de T. strandi e do indivíduo com
    2n = 16 de T. obscurus, nos quais se registrou acentuado acúmulo deste transposon em região de
    HC. A natureza da variação cromossômica encontrada em T. obscurus, e a ausência de ITSs em
    cromossomos originados por fusões, são discutidas nesta dissertação. Nossos dados nos permitem
    concluir que: (1) fusões/fissões são os principais rearranjos responsáveis pela modificação do
    número diploide em Tityus; (2) o padrão de distribuição cromossômica do transposon Mariner
    pode estar sendo fortemente influenciado pela ausência de recombinação meiótica; (3) a ocorrência
    de recombinação ectópica entre regiões terminais, parece ser o principal mecanismo envolvido na
    dispersão do rDNA 45S e Histona H3 no gênero Tityus.

  • HELEM FERREIRA RIBEIRO
  • O SILENCIAMENTO DE MYC POR siRNA REVELA A REGULAÇÃO DOS GENES CDC25B E YWHAE EM MODELOS IN VITRO E EM TUMORES GÁSTRICOS

  • Data: 22/06/2015
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  • O câncer gástrico (CID-10 C16) é o quinto tumor maligno mais frequente e a terceira principal causa de morte por câncer no mundo. No norte do Brasil, esta neoplasia é a segunda mais frequente para homens e a terceira para mulheres e o estado do Pará apresenta taxas de mortalidade acima da media brasileira. A sobrevivência após cinco anos de diagnóstico é de 21% mundialmente, enquanto no Pará não passa de 10%, sendo um importante problema de saúde pública. Alguns fatores de risco para o câncer de estômago incluem o uso de alimentos excessivamente salgados e a infecção pelo vírus de Epstein-Barr e pela bactéria Helicobacter pylori. Geneticamente, o câncer gástrico apresenta alterações nos padrões de metilação de DNA, instabilidade cromossômica e desregulação de vias de sinalização, mas não há consenso sobre quais alterações genéticas e epigenéticas são responsáveis pela iniciação da malignidade. A amplificação e o aumento da expressão do gene MYC é um dos principais achados genéticos do câncer gástrico e a desregulação da expressão de MYC pode promover instabilidade genômica e replicação autônoma de DNA. O bloqueio da expressão de MYC por RNA de interferência foi usado para identificar genes regulados por MYC que possam ser utilizados como biomarcadores de diagnóstico e/ou prognóstico na carcinogênese gástrica. A técnica de short hairpin RNA (shRNA) não apresentou resultados satisfatórios para o silenciamento de MYC nas linhagens celulares de câncer gástrico AGP01, ACP02 e ACP03. O uso de small interference RNA (siRNA) contra o gene MYC diminuiu significativamente a expressão deste gene e revelou uma regulação negativa com o gene YWHAE e positiva para o gene CDC25B. O crescimento celular das três linhagens analisadas neste estudo foi significativamente menor nas células tratadas com siRNA contra MYC, além de atravessarem o ciclo celular mais lentamente. A expressão gênica e proteica de MYC, YWHAE e CDC25B foi analisada em 138 amostras clínicas e cruzadas com dados clínico-patológicos em busca de associações. Foi detectado um aumento de MYC em 100% das amostras, uma diminuição de YWHAE em 68,1% e um aumento de CDC25B em 62,3%. O aumento da expressão de MYC esteve associado ao tipo histológico intestinal, tumores de estadiamento avançado, invasivos e com metástase à distância. A diminuição de YWHAE era mais pronunciada em tumores precoces, menos invasivos e do tipo histológico difuso. Quantidades maiores de CDC25B estavam associadas a tumores com estadiamento precoce. A quantidade da proteína MYC aumenta gradualmente conforme a progressão tumoral, enquanto os níveis de YWHAE e CDC25B diminuem, podendo ser usados em conjunto como marcador de progressão da tumorigênese gástrica. Os resultados encontrados por esta tese aumentam o conhecimento sobre o gene MYC nos tumores gástricos e propõe novos genes-alvo que podem ser utilizados para desenvolvimento de novas drogas ou métodos de diagnóstico e determinação de prognóstico nesta neoplasia.

  • SAVIO PINHO DOS REIS
  • Isolamento e caracterização de genes de resposta a estresses biótico e abiótico em plantas.

  • Data: 19/06/2015
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  • Na natureza as plantas estão sujeitas a diferentes tipos de estresses abióticos, como extremos de temperatura e alta salinidade, e bióticos, como ataques por pragas e patógenos. A compreensão dos mecanismos bioquímicos e moleculares, pelos quais estes organismos respondem a estes estresses, é essencial para a obtenção de culturas tolerantes a estresses abióticos e bióticos. Neste contexto, a prospecção de genes de resposta a estresses bióticos e abióticos é importante para o entendimento destes mecanismos, bem como para a produção de culturas geneticamente melhoradas para estas características. Dentre as espécies de plantas agronomicamente importantes, a mandioca (Manihot esculenta Crantz) é cultivada principalmente em países tropicais em desenvolvimento, uma vez que ela não tolera baixas temperaturas, e sua raiz é uma grande fonte de calorias para pessoas de baixa renda devido a sua alta produtividade e resistência a diferentes tipos de estresses. Outra espécie importante é a pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.), uma das mais importantes da família Piperaceae, sendo o Estado do Pará o principal produtor brasileiro. Porém, nos últimos anos houve uma redução na produção devido ao fungo patogênico de solo Fusarium solani f. sp. piperis. Estudos anteriores identificaram seqüências parciais de cDNA que codificam para uma proteína do tipo dedo de zinco expressa na raiz da mandioca, e para uma Superóxido Dismutase (SOD) expressa na pimenteira durante a infecção por F. solani. As proteínas dedo de zinco RING são um tipo especializado de proteína do tipo dedo de zinco. Seus motivos são definidos pela presença de uma sequência consenso com resíduos de cisteína e histidina, que formam um sítio de ligação para dois átomos de zinco. Já as SODs são membros de um sistema enzimático complexo que protege as plantas do estresse oxidativo. Este estresse é causado por altos níveis de espécies reativas de oxigênio (ROS). O aumento de ROS pode ser causado por diferentes patógenos vegetais e as SODs podem converter os radicais superóxido em peróxido de hidrogênio. O objetivo principal deste estudo foi isolar e caracterizar os genes das proteínas dedo de zinco RING e SOD da mandioca e da pimenteira, respectivamente. Para isto, a seqüência de cDNA de RZF foram sintetizadas a partir de RNA de raízes de mandioca, e a de SOD a partir de amostras de RNA total isoladas de raízes de pimenteira infectadas por F. solani. Foi utilizada a combinação dos métodos 5’ e 3’ RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) com iniciadores desenhados de acordo com as seqüências parciais de cDNA previamente conhecidas. Os produtos amplificados foram clonados no vetor pGEM-T Easy (Promega, EUA) e seqüenciados usando o kit Big Dye Terminator  (Applied Biosystems, EUA). As seqüências de cDNA completas de MeRZF e PnSOD foram montadas a partir dos fragmentos 5’ e 3’ com auxílio do programa BioEdit version 7.0.5.2. Foi realizada a caracterização in silico das seqüências de nucleotídeos e das proteínas deduzidas para a identificação de domínios funcionais, entre outros.  Com o objetivo de avaliar os níveis de expressão do gene MeRZF durante o estresse salino, foram realizados  ensaios de RT-PCR semi-quantitativo em folhas de mandioca tratadas com 200mM de cloreto de sódio. Para a PnSOD, foi realizada também a expressão heteróloga em sistema bacteriano  utilizando-se o vetor de expressão pET29a (Novagen, EUA), sendo a  proteína recombinante purificada por meio de uma coluna de afinidade em níquel. Por último, a PnSOD recombinante foi avaliada funcionalmente por meio de ensaio enzimático fotoquímico com o NBT (nitroblue tetrazolium). Em relação a RZF, foi obtido um cDNA com 739 pb, com 72 and 142 pb de sequências não codificantes nas extremidades 5’e 3’, respectivamente. A ORF encontrada continha 525 pb, que codificam um polipeptídeo de 174 aa. A análise com a ferramenta BLAST mostrou que esta proteína possui um alto nível de similaridade com proteínas da família RZF. A MeRZF exibiu altos valores de identidade em relação a sequência proteica com Arabidopsis thaliana (93%), Populus trichocarpa (91%) e Zea mays (81%). A proteína MeRZF contém um motivo RING zinc finger na sua região C-terminal. Além disso, esta proteína mostrou um resíduo de histidina no quinto sítio do domínio, inferindo-se que faz parte do subgrupo RING-H2. Por último, os ensaios de RT-PCR semi-quantitativo mostraram que a expressão de MeRZF aumenta em folhas tratadas com NaCl, indicando um papel potencial na resposta ao estresse salino. Em relação a SOD,  foi obtido um cDNA com 739 pb, com 71 e 212 pb de sequências não codificantes nas extremidades 5’e 3’, respectivamente. A ORF encontrada continha 456 pb, que codificam um polipeptídeo de 152 aa. A análise com a ferramenta BLAST mostrou que esta proteína possui um alto nível de similaridade com proteínas da família CuZnSOD, isto porque exibiu altos valores de identidade em relação a sequência proteica com Sandersonia aurantiaca (90%), pertencente a família CuZnSOD. Além disso, análises adicionais de bioinformática sugerem fortemente que nossa proteína pertence à família Cu/Zn SOD por possuir em sua sequência polipeptídica o domínio de ligação aos átomos de cobre e zinco. Quanto aos ensaios de expressão de PnCu/ZnSOD em Escherichia coli, a proteína expressa foi visualizada em gel SDS-PAGE e purificada com sucesso em coluna de afinidade em níquel, apresentando um peso molecular aproximado de 15 kDa. Finalmente, na análise funcional, foi verificada a atividade de SOD, com uma quantidade estimada em 1,5ug, e a mesma foi inativada a 100ºC, mostrando sua sensibilidade a temperaturas elevadas. Estes resultados auxiliam nos estudos de resposta a estresses em mandioca e pimenteira-do-reino, fornecendo novas informações a respeito das estruturas e funções de proteínas importantes nesses mecanismos de defesa das plantas, permitindo futuros estudos funcionais nos próprios vegetais.

  • IGOR BRASIL COSTA
  • Detecção e caracterização molecular do Vírus Epstein-Barr e de Helicobacter pylori em amostras de adenocarcinoma gástrico no Estado do Pará, Brasil.

  • Data: 12/06/2015
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  • O câncer gastrico é a segunda causa de mortes por cancer em todo o mundo, com aproximadamente 738.000 mortes anualmente. Cerca de 95% dos casos da doença são de adenocarcinomas gástricos. O processo de carcinogênese gástrica não é completamente compreendido, entretanto, muitos fatores podem contribuir para sua gênese e progressão. Dentre os principais, estão susceptibilidade genética, perfil inflamatório, infecções e dieta. Foram avaliadas, em amostras de adenocarcinoma gástrico, as infecções por EBV e H. pylori, assim como a genotipagem para ambos. Para EBV foram realizados dois testes de detecção do vírus com metodologias distintas (HIS e qPCR), determinação de EBV1 e EBV2, além de caracterização da região c-terminal da oncoproteína LMP1. Para H. pylori foram feitos a detecção da bactéria, do gene cagA e a genotipagem das regiões “s” e “m” de vacA. Foram também avaliados os SNPs de região promotora de IL-10 e IL-8, além do polimorfismo do códon 72 de TP53. Dentre as amostras obtidas, 55,8% foram do tipo histológico intestinal e 40,3% situavam-se na região proximal do estômago. A prevalência de EBV por HIS foi de 0,8% e 55,9% por qPCR, demonstrando discordância entre as metodologias. Dos positivos na qPCR, 82,4% foram de EBV1, 14,7% de EBV2 e 2,9% de ambos. A região c-terminal de LMP1 mostrou-se extremamente variável e as cepas se agruparam em distintas variantes/protótipos, sendo mais prevalentes as variantes China3. As variantes Med foram associadas à presença de metástases. A prevalência de H. pylori foi de 32%, onde 80% das cepas possuíam o gene cagA. Para o gene vacA, 98,8% eram s1 e 1,2% s2, 63,6% m1, 2,3% m2 e 34,1% m1/m2. Dos casos genotipados, 53% foram de cagA+s1m1, o genótipo conhecido como mais virulento. Foi observado 22,7% de co-infecção pelos dois agentes infecciosos. A presença de um dos agentes estudados aumenta em 4,2 vezes o risco da infecção pelo outro e a infecção por EBV e/ou H. pylori esteve relacionada com pacientes mais idosos e com a presença de metástases. A presença apenas do H. pylori, com EBV indetectável, foi relacionada à localização tumoral distal. Os SNPs da região promotora de IL-10 apresentaram desequilíbrio de ligação. Os polimorfismos rs1800896 (IL-10), rs4073 (IL-8) e rs1042522 (TP53) não estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg e destoaram das frequências alélicas e genotípicas encontradas na população em geral. O genótipo TT de rs4073 foi mais frequente no sexo masculino, enquanto que o genótipo CC de rs1800896 foi mais presente em pacientes mais jovens. A presença do EBV (qPCR) foi associada com o alelo A do SNP rs4073, podendo agir sinergicamente, pois ambos possuem relação com o desenvolvimento de câncer gástrico no terço superior do estômago. A avaliação da coinfecção demonstrou depleção da força estatística na associação com o estadiamento, localização tumoral e presença de metástases quando comparado com as análises envolvendo apenas um dos agentes, o que pode significar que não há ação sinérgica, mas sim ações distintas que direcionam para um mesmo fim: o desenvolvimento tumoral. Fazem-se necessários novos estudos envolvendo o acompanhamento dos pacientes e a expressão dos genes ora estudados para um melhor entendimento da dinâmica, ainda obscura, da carcinogênese gástrica e a sua interação com as infecções.

  • ACÁCIO FREITAS NOGUEIRA
  • CARACTERIZAÇÃO MORFOLÓGICA E MOLECULAR DA REGENERAÇÃO DA NADADEIRA EM PIRAMBÓIAS (LEPIDOSIREN PARADOXA).

  • Data: 21/05/2015
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  • As salamandras são os únicos tetrápodes capazes de regenerar seus membros durante qualquer período do ciclo de vida. O início da regeneração é caracterizado pela formação de uma epiderme cobrindo o local da amputação, chamada de epiderme da ferida. Em seguida, há um espessamento dessa epiderme, formando um epitélio específico de regeneração, denominado de capa epitelial apical (CEA). Abaixo da CEA ocorre a formação do tecido chamado de blastema que através de proliferação celular repõe as partes do membro que foram perdidas. A regeneração é dependente de genes Fgf, Wnt, Msx e Agr. A capacidade de regeneração do endoesqueleto da nadadeira em peixes pulmonados africanos (Protopterus) e em bichirs (Polypterus) sugere que a regeneração de apêndices seja uma característica ancestral de vertebrados. Em contrapartida a recente descoberta do gene Prod1, encontrado exclusivamente em salamandras e essencial para a regeneração, sugere que a regeneração de membros seja uma característica derivada. Neste trabalho, foi feita a análise da regeneração das nadadeiras peitorais do peixe pulmonado sul-americano Lepidosiren paradoxa. Nadadeiras com 1 semana de regeneração de L. paradoxa formam uma epiderme da ferida cobrindo a superfície de amputação. A partir de 2 semanas, forma-se o blastema e ocorre o espessamento da epiderme da ferida. Com 3 semanas de regeneração, o blastema cresce distalmente através de proliferação celular. A análise do RNA-seq do blastema de 3 semanas revela que os transcritos expressos em maior quantidade estão associados ao desenvolvimento do sistema esquelético e a morfogênese, e os menos expressos estão associados ao desenvolvimento e a atividade muscular, semelhante ao que é observado na salamandra axolote. Não foi encontrado ortólogo do gene Prod1 no transcriptoma do blastema de L. paradoxa. Entretanto, genes das famílias Fgf, Wnt, Msx, fundamentais para regeneração em salamandras, são super-expressos na regeneração em L. paradoxa. Nossos resultados revelam semelhanças morfológicas e genéticas significativas entre a regeneração em salamandras e peixes pulmonados, apontando para uma origem ancestral da regeneração em sarcopterígios.

  • DIEGO DI FELIPE AVILA ALCÂNTARA
  • Estudo genético da Polipose Adenomatosa Familial do cólon em pacientes do Norte do Brasil ENOMATOSA DO COLON EM PACIENTES DA REGIÃO NORTE DO BRASIL.

  • Data: 14/05/2015
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  • Nas últimas décadas, o câncer ganhou uma dimensão maior, convertendo-se em um evidente problema de saúde pública mundial. A organização mundial de saúde (OMS) estimou que, no ano de 2030, podem-se esperar 27 milhões de casos incidentes de câncer, 17 milhões de mortes por câncer e 75 milhões de pessoas vivas, anualmente, com a doença. O maior efeito desse aumento incidirá em países de baixa e média renda, como o Brasil. O câncer resulta de desordens genéticas, a partir das quais diversas alterações proporcionam vantagens proliferativas às células cancerígenas. Os tumores gastrointestinais são um dos grupos mais incidentes no Brasil e um grave problema de saúde pública, especialmente nas regiões Norte e Nordeste. Cerca de 90% dos casos de câncer são esporádicos, ou seja, são decorrentes de alterações que ocorrem nas células somáticas. Estudos demonstram que cerca de 10% dos casos de câncer têm um indicativo de origem familial, com as alterações genéticas ocorrendo nas células da linhagem germinativa. Tumores hereditários ocorrem a partir de uma predisposição herdada, que tem como origem alterações germinativas que conferem a seu portador um risco de câncer significativamente maior que o da população. A síndrome do câncer colorretal hereditário se subdivide em dois tipos: polipose e não polipose, que juntos são responsáveis por cerca de 6% dos casos de câncer colorretal. As principais síndromes hereditárias de cada subtipo são: a Polipose Adenomatosa Familial (PAF), responsável por menos de 1% dos casos, e o Câncer Colorretal Hereditário sem Polipose ou Síndrome de Lynch, responsável por cerca de 5% dos casos. A PAF é uma síndrome de predisposição hereditária ao câncer com herança autossômica dominante, com alta penetrância gênica, causada por mutações, principalmente no gene APC, e menos frequentemente no gene MYH, além da presença de anormalidades citogenéticas e perdas alélicas, alterações típicas da via supressora de instabilidade genética. A identificação de um indivíduo afetado por câncer hereditário é fundamental para o aconselhamento genético dos familiares em risco e para sua inclusão em programas de redução de risco e/ou prevenção do câncer. O estudo genético desta síndrome faz-se necessário também, principalmente, pela falta de métodos efetivos de screening. A identificação das mutações responsáveis pelo aparecimento da PAF possibilita o diagnóstico molecular de familiares portadores dessas alterações e que se encontram em risco de desenvolvimento da doença. Ressalta-se que diferentes mutações germinativas são identificadas em famílias de etnias distintas, demonstrando a necessidade de identificação das alterações responsáveis por essa síndrome na população brasileira e, em especial, nas regiões Norte e Nordeste, onde uma alta incidência de tumores gastrointestinais é observada.

  • JANAINA MOTA DE VASCONCELOS MASSAFRA
  • Emergência e potencial propagação do Chikungunya vírus (CHIKV) no Brasil

  • Data: 13/05/2015
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  • O Chikungunya virus (CHIKV) é um arbovírus pertencente à família Togaviridae, gênero Alphavírus, antigenicamente classificado como membro do complexo Semiliki forest e relacionado aos vírus Ross River, O'nyong'nyong e Mayaro. Em dezembro de 2013, um surto de vírus Chikungunya (CHIKV), causado pelo genótipo asiático foi notificado no Caribe, desde então, o surto se espalhou para 38 regiões das Américas. Em setembro de 2014, foram confirmadas as primeiras infecções associadas ao CHIKV consideradas autóctones no Oiapoque, região norte do Brasil e, em Feira de Santana, no Nordeste Brasileiro. Dois casos importados e quatro casos autóctones foram selecionados para a propagação de vírus, isolamento do RNA viral em laboratório, sequenciamento do genoma completo pela plataforma PGM, análise filogenética e predição de mapa de risco. Este é o primeiro relato detalhado do surgimento do CHIKV no Brasil. Notavelmente, também a primeira detecção da transmissão contínua do genótipo ECSA nas Américas. Com a transmissão CHIKV estabelecida em regiões altamente conectadas no norte e nordeste do Brasil e com a temporada apropriada se aproximando rapidamente, agora é o momento para a ação preventiva. Medidas eficazes, dirigidas e sustentadas de vigilância de casos e controle do vetor tem o potencial de evitar invasão de CHIKV, e evitar a potencial disseminação da epidemia.

      

  • ALINE GRASIELLE COSTA DE MELO
  • CARACTERIZAÇÃO E VARIABILIDADE DE GENES DAB DO COMPLEXO PRINCIPAL DE HISTOCOMPATIBILIDADE (MHC) DE CLASSE II EM DUAS ESPÉCIES DE AVES MIGRATÓRIAS DO GÊNERO Calidris (SCOLOPACIDAE, CHARADRIIFORMES).

  • Data: 11/05/2015
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  • Aves migratórias são capazes de atravessar distâncias continentais e representam uma preocupação devido à sua capacidade de espalhar patógenos ao longo do globo, incluindo alguns que podem infectar humanos. O reconhecimento de patógenos é o principal atributo de algumas moléculas codificadas pelos genes do complexo principal de histocompatibilidade (MHC), os quais têm sido pouco estudados em aves migratórias. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade de genes MHC de classe II B no maçarico rasteirinho (Calidris pusilla, n=47) e no maçarico-de-papo-vermelho (C. canutus rufa, n=10) usando uma estratégia baseada em PCR seguida de sequenciamento e clonagem de fragmentos de DNA para identificar alelos. Foram encontrados 25 alelos em C. pusilla (Capu-DAB) e 12 alelos em C. canutus rufa (Caca-DAB), os quais foram classificados em linhagens I, II ou III, baseados nas análises filogenéticas e de sequências de aminoácidos do domínio β1. Foi verificado polimorfismo trans-específico entre as linhagens I e II das duas espécies de Calidris, sendo que também foi verificado polimorfismo trans-específico entre a linhagem II de Calidris e alguns alelos de Philomachus pugnax. A linhagem III, identificada somente em C. pusilla, foi filogeneticamente mais semelhante a alguns alelos de Limosa limosa. Recombinações parecem ter desempenhado um importante papel na geração de diversidade em Capu-DAB; por outro lado, as sequências do íntron 1 de diferentes linhagens, dentro de cada espécie, revelaram alta homologia entre si, o que é evidência de evolução em concerto. Em alelos de Caca-DAB da linhagem I, a alta razão de dN/dS em PBR demonstrou seleção positiva para o polimorfismo. No entanto, as sequências das linhagens II de Calidris mostraram-se bastante conservadas, apresentando baixa diversidade nucleotídica, o que poderia ser explicado pela presença de patógenos similares, em hábitats comuns entre as duas espécies, exercendo pressões seletivas similares naquelas espécies. A estrutura genética de genes DAB determinadas para C. pusilla e C. canutus rufa mostrou sítios conservados observados em outros genes de MHC de classe II, apoiando a hipótese de que esses genes são expressos.

  • GABRIELA NEIVA FROTA LIMA
  • ANÁLISE MOLECULAR DO DESENVOLVIMENTO DE MEMBROS DE Ambystoma mexicanum

  • Data: 08/05/2015
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  • O surgimento do membro tetrápode durante o período Devoniano, cerca de 360 milhões de ano atrás, representa uma das questões clássicas sobre a evolução de vertebrados. Desde o seu surgimento, o membro tetrápode vem adaptando-se às variadas formas e funções, como andar, nadar, voar, pular, etc. Estudos de morfologia mostram que os membros são formados por três segmentos: o estilopódio que corresponde à região mais proximal (braço e coxa), o zeugopódio (antebraço e perna) e o autopódio (compreendendo os ossos das mãos, pés, pulso e tornozelo). Os elementos esqueléticos são formados de maneira bastante conservada entre os tetrápodes aquáticos ou terrestres, dentre outras características, duas são fundamentais: (i) a ossificação ocorre no sentido posterior-anterior, começando pelos ossos posteriores (ulna/fíbula), seguido dos elementos zeugopodiais anteriores (rádio/tíbia). Do mesmo modo, a formação do arco digital começa com a condensação dos dígitos IV, seguido de dígitos III e V, depois o dígito II e por fim o dígito I (polegar); (ii) o autopódio resulta da formação de uma “placa digital”, na qual os dígitos se formam unidos e são subseqüentemente separados uns dos outros. A única exceção a este padrão são as salamandras. Em salamandras, a ossificação ocorre no sentido anterior-posterior, ou seja, os elementos zeugopodiais anteriores (rádio/tíbia) são formados antes dos posteriores (ulna/fíbula). A formação dos dígitos também ocorre obedecendo a uma polaridade pré-axial, onde os dígitos I e II precedem a formação dos dígitos III, IV e V. Além disso, em espécies de salamandras que passam por estágio larval livre (como o axolote – Ambystoma mexicanum), a formação de dígitos ocorre por brotamento, um dígito após o outro, formando primeiramente dígitos pré-axiais e depois os pós-axiais. Os mecanismos genéticos envolvidos neste padrão único e distinto de desenvolvimento de membros é desconhecido, mas pode estar associado à genes cruciais para o estabelecimento da polaridade anteroposterior do broto do membro como genes Shh, Ets1, Etv4, Patched1, Alx4 e Irx3. Neste trabalho, foi feita uma análise abrangente de expressão gênica e de cis-regulação na espécie de salamandra conhecida popularmente como axolote a fim de elucidar potencial associação entre a atividade destes genes e as inovações evolutivas observadas exclusivamente em membros de salamandras.

  • ADRIANO MARQUES VIEGAS
  • OTIMIZAÇÃODA MONTAGEM DE NOVO DE TRANSCRIPTOMA DE
    PLANTAS NÃOMODELO
  • Data: 08/05/2015
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  • RNA-seq é uma nova e eficiente ferramenta para explorar transcriptomas de plantas, inclusive de plantas não modelo sem prévio conhecimento genético. O passo limitante para o sequenciamento de novo é a montagem de milhões de leituras curtas para reconstruir as sequências de um transcriptoma. Com o objetivo de otimizar a montagem de novo, abordagens híbridas foram desenvolvidas para combinar extensos conjuntos de dados de diferentes plataformas NGS, como Illumina e SOLiD. A abordagem clássica (CA) é formar supercontigs usando os contigs obtidos pela montagem de novo de cada conjunto, mas devido a química de sequenciamento da plataforma SOLiD, baseada em leituras color-space, esta abordagem não é totalmente otimizada e integra parcialmente as informações genéticas dos conjuntos SOLiD. Este trabalho é sobre uma nova abordagem para montagem de ambos os conjuntos, codificados em color-space e usando o método de k-mer aditivo, uma abordagem hybrid color-space read-additive (HCRA). Estas abordagens (CA e HCRA) foram testadas usando corridas simuladas de SOLiD e Illumina, geradas a partir de 41.392 sequências cDNA de Arabidopsis, somando 64,8 Mpb e com N50 de 1913 pb. Os métodos CA e HCRA geraram, respectivamente, 225.811 e 172.835 transcritos com N50 de 931 e 1617 pb. Comparando com o conjunto inicial de Arabidopsis, 35.960 transcritos foram reconstruídos com CA, somando 35,5 Mpb, e 35.240 com HCRA, somando 52,4 Mpb. O método HCRA gerou transcritos maiores que CA, com ganhos de 50% no valor de N50 e 60% de transcritos completamente anotados, 40% mais que o obtido com método CA. O pipeline proposto aqui foi aplicado em um conjunto real de transcriptoma de P. nigrum, gerando 60.645 unigenes com N50 de 1653 pb e representando cerca de 71 Mpb do seu transcriptoma. Este método otimiza a integração de dados SOLiD com outras plataformas NGS e deve abrir novas perspectivas para adicionar conjuntos color-space a corridas de Illumina para melhorar a montagem de novo de transcriptoma de organismos não modelo.

  • RAFAEL LIMA RESQUE
  • Caracterização dos haplogrupos de Y-DNA em populações urbanas brasileiras.

  • Data: 06/05/2015
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  • A população brasileira atual é uma das mais heterogêneas do mundo tanto do ponto de vista sociocultural quanto do ponto de vista genético. Isso pode ser considerado resultado de cinco séculos de um complexo padrão de miscigenação. Por serem estáveis e distribuídos geograficamente com tamanha especificidade, os Y-SNPs são ferramentas valiosas para ajudar no entendimento da origem e migração das populações humanas. Várias estratégias de genotipagem de Y-SNPs têm sido descritas para elucidar o histórico de migrações humanas. Nesse estudo, 46 Y-SNPs foram investigados em 1218 indivíduos não aparentados das cinco regiões geopolíticas do país, com o objetivo de revelar a estrutura genética masculina da população Brasileira. Comparações populacionais baseada em distância genética (Fst) não revelaram diferenças significativas na distribuição da frequência dos haplogrupos nas amostras das cinco populações investigadas. No entanto, as diferenças genéticas observadas entre as regiões geopolíticas estão de acordo com os dados históricos do país. A amostra da região Norte apresentou a maior contribuição ancestral de Nativos Americanos (8.4%), enquanto que a contribuição Africana mais pronunciada foi observada na população da região Nordeste (14.9%). No Centro-Oeste e Sudeste foram observadas as maiores contribuições Europeias (95.2% e 93.6% respectivamente). A região Sudeste apresentou significativas contribuições Europeia (86%) e Africana (12.1%). A subtipagem das linhagens Europeias mais frequentes na população Brasileira (R-207) permitiu, pela primeira vez, a investigação das diferenças na contribuição Europeia nas cinco regiões.

  • ALVINO MAESTRI NETO
  • INFLUENZA A(H1N1)pdm09: Estudo da influencia de variantes genéticas do hospedeiro em indivíduos doentes pela cepa pandêmica nas regiões Norte e Nordeste do Brasil.

  • Data: 04/05/2015
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  • No dia 21 de Abril de 2009 o Center for Disease Control anunciou 2 casos de infecção por uma nova cepa de Influenzavirus ocorridos na Califórnia, EUA, que rapidamente espalhou-se pelo mundo, culminando com o anúncio, em 11 de Junho de 2009, pela  Organização Mundial de Saúde da primeira pandemia de gripe do século 21, que matou 12.799 de pessoas naquele ano. Há uma grande variabilidade na gravidade da doença resultante a partir da infecção pelo vírus Influenza A(H1N1)pdm09, e existem três principais determinantes dessa variabilidade: a patogenicidade do vírus; a resposta imunológica do hospedeiro frente a infecção; e a suscetibilidade intrínseca do hospedeiro. Variantes genéticas dos vírus da gripe e a resposta inflamatória do hospedeiro são determinantes no desenvolvimento e desfecho da infecção, entretanto, a relevância da variabilidade genética do indivíduo ainda não é completamente compreendida. Nesse contexto, no presente estudo foram  investigados  variantes genéticas em 7 genes humanos e sua influência na evolução da infecção pelo vírus Influenza A(H1N1)pdm09  nas regiões Norte e Nordeste do Brasil. Foram investigados 436 indivíduos com diagnóstico de gripe pela cepa A(H1N1)pdm09 avaliados em serviços de saúde nos estados das regiões norte e nordeste do Brasil, no período de junho de 2009 a agosto de 2010, distribuídos em um grupo de pacientes que evoluíram com doença leve e outros com evolução grave ou óbito. A confirmação diagnóstica, para a cepa pandêmica foi realizada no Laboratório de Vírus Respiratórios, na Seção de Virologia do Instituo Evandro Chagas, em Ananindeua, Pará, por meio de kit comercial. A coleta de material foi acompanhada do preenchimento da ficha de notificação do Sistema Nacional de Atendimento Médico, de onde foram retirados os dados epidemiológicos do estudo. A determinação das variantes genéticas dos genes ST3GAL1 (rs113350588 e rs1048479), CCR5 (rs333) e FCGR2A (rs1801274) foi realizada por sondas Taqman e PCR em tempo real. As variantes alélicas dos genes HLAG (rs371194629), IL1A ( rs3783553), IL4 (rs8179190) e NFKB1 (rs28362491) foram discriminadas por uma reação de PCR multiplex seguida por eletroforese capilar. A determinação das proporções de ancestralidade genéticas africana, européia e ameríndia de todos os pacientes foi realizada com a utilização de um painel de 48 marcadores informativos ascendência. O projeto obteve a aprovação do comitê de ética em pesquisa do Núcleo de Medicina Tropical da Universidade Federal do Pará. Os polimorfismos rs113350588 e rs1048479 do gene ST3GAL1 apresentaram um desequilíbrio de ligação na população estudada (D’ = 0,65) e a predição de funcionalidade dessas variantes demonstrou que ambas variantes podem alterar o splicing do transcrito. O haplótipo GC foi associado a um risco aumentado para morte em indivíduos com gripe (OR = 4,159 e 95% CI = 1,55;11,12) e o haplótipo AT foi associado ao risco aumentado para a severidade e morte causada por essa doença (OR = 1,959 e 95% CI = 1.09;3,52; e OR 2,856 e 95% CI = 1,41;5,77, respectivamente). O polimorfismo rs8179190 no gene IL4 apresentou uma diferença estatisticamente significativa na sua frequência genotípica entre os pacientes com doença leve e grave (p=0,042). Os homozigotos para o alelo inserção desse polimorfismo apresentam um risco aumentado para a severidade da doença comparados com os demais genótipos (OR = 2,121, CI 95% 1,21 a 3,70, p = 0,008). Os demais polimorfismos estudados, nos genes CCR5, FCGR2A, HLAG, ILI1A e NFKB1 não foram associados a severidade ou desfecho dessa infecção. Foi observado nos pacientes com influenza pandêmico que a ancestralidade européia está associada a um menor risco a severidade da doença (OR = 0,773, 95% CI 0.639 a 0.934, p = 0,008), enquanto ancestralidade africana está associada a um risco maior de desenvolver casos severos da doença (OR = 1.320 e 95% CI 1.031 a 1.689, p = 0,028). A presente tese demonstra pela primeira vez a influência da ancestralidade genética e de variantes genéticas dos genes ST3GAL1 e IL4 na severidade e desfecho da infecção pelo vírus Influenza A(H1N1)pdm09. Esses resultados reforçam que a variabilidade genética em receptores celulares e componentes do sistema imunológico do hospedeiro possuem grande importância para o apresentação dessa doença. Os nossos resultados contribuem de forma significativa para a compreensão da etiologia das infecções pelo vírus Influenza A(H1N1)pdm09.

  • IVANETE DE OLIVEIRA FURO
  • CITOGENÉTICA EVOLUTIVA EM QUATRO ESPÉCIES DE PSITACÍDEOS NEOTROPICAIS: INFERÊNCIAS A PARTIR DE DADOS DE PINTURA CROMOSSÔMICA COMPARATIVA  S: INFERÊNCIAS A PARTIR DE DADOS DE PINTURA CROMOSSÔMICA COMPARATIVA  

     

  • Data: 10/04/2015
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  • Quatro espécies de Psitacídeos Neotropicais (Aves, Psittaciformes), de gêneros distintos (Ara chloroptera, Anadorhynchus hyacinthinus, Amazona aestiva e Myiopsitta monachus), foram estudadas por meio de técnicas de citogenética clássica e pintura cromossômica com a utilização de sondas cromossômico-específicas derivadas de Gallus gallus e Leucopternis albicollis. As espécies Amazona aestiva e Myiopsitta monachus também foram estudadas através de Banda C e G, além de sondas de microssatélites CA, CAA, CAG, GC e CAT. Os resultados obtidos demonstraram que, contrariamente à idéia geral de cariótipo das conservação sintênica elevada entre as espécies de Aves, a família Psittacidae apresenta uma alta taxa de rearranjos cromossômicos. Três espécies apresentam 2n=70, assim como na maioria dos Psitacídeos Neotropicais, e com W apresentando-se morfologicamente distinto do Z. Já a espécie Myiopsitta monachus apresentou um cariótipo atípico para a classe das aves, com número diplóide relativamente baixo de 2n=48 e também com os cromossomos sexuais ZW homomórficos. Os principais rearranjos encontrados envolveram os pares cromossômicos ancestrais 1, 2, 4, 6, 7, 8 e 9. De uma forma geral, o estudo mostrou que fissões e fusões, em conjunto com inversões, desempenharam um importante papel na evolução do cariótipo de Psittaciformes. A fusão de GGA1p com GGA4q  até o momento foi observada apenas em espécies de cauda longa - A. chloropterus, A. hyacinthinus e A. macao. Apesar de ser incluído nesse grupo, M. monachus não apresentou esta assinatura cromossômica, corroborando desta forma com a proposta baseada em análise de DNA mitocondrial que considera que esta espécie não deve ser agrupada com os demais táxons de cauda longa. Além disso, foi possível propor, após comparações com dados previamente publicados, o suposto cariótipo hipotético do ancestral em comum dos Psittaciformes, que divergiu de G.gallus há aproximadamente 100 milhões de anos, durante o Cretáceo em Gondwana.

  • MICHELLY DA SILVA DOS SANTOS
  • ANÁLISE DE REARRANJOS INTRACROMOSSÔMICOS EM OSCINES (AVES, PASSERIFORMES): COMPARAÇÃO ENTRE DADOS DE SEQUENCIAMENTO E CITOGENÉTICA MOLECULAR 

  • Data: 10/04/2015
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  • Quatro espécies da ordem Passeriformes, duas do Velho mundo (Taeniopygia guttata e Serinus canaria) e duas do Novo mundo (Saltatorsimilis e Saltator aurantiirostris), foram estudadas por meio de coloração convencional e pintura cromossômica com a utilização de sondas cromossômicas derivadas de Gallus gallus e Leucopternis albicollis. Além disso, utilizaram-se bandeamentos C, e hibridização com sondas de sequências repetitivas (18S e 5S rDNA e teloméricas). A análise citogenética nas quatro espécies estudadas neste trabalho demonstrou uma grande similaridade cariotípica, observando-se em todas um número diploide igual a 80, e morfologias cromossômicas similares. Entretanto, observaram-se algumas diferenças nas morfologias do primeiro par, na distribuição da heterocromatina constitutiva e dos sítios ribossomais. A pintura cromossômica com sondas de Gallus gallus demonstrou que todas apresentaram a fissão do cromossomo  1 ancestral e a conservação dos cromossomo 2-10. Contudo, as sondas de Leucopternis albicollis demonstraram a ocorrência de inversões paracêntricas e pericêntricas no cromossomo 2 (GGA1q) das 4 espécies, no cromossomo 5 (GGA1p) do mandarim e do canário e uma inversão no cromossomo 1 (GGA2) do mandarim. A complexa reorganização cromossômica do cromossomo correspondente ao GGA1q foi similar ao proposto para duas espécies do gênero Turdus (Oscines) e em uma espécie do gênero Elaenia (Suboscines). O rearranjo encontrado no cromossomo 5 do mandarim e do canário também foi encontrado na espécie do gênero Elaenia, entretanto, não foi observado nas duas espécies do gênero Turdus. O rearranjo envolvendo o cromossomo 1 do mandarim, não foi encontrado em nenhuma espécie de Passeriformes estudadas até o momento. Por fim, propõe-se que os rearranjos ocorridos no cromossomo correspondente ao GGA1q ocorreram no início da radiação adaptativa dos Passeriformes, visto que foram encontrados em Oscines e Suboscines. Os resultados apresentados e discutidos neste trabalho mostram alguns dos rearranjos cromossômicos ocorridos ao longo da evolução cariotípica dos representantes da família Thraupidae e também da ordem Passeriformes. Além disso, confirmam as propostas feitas a partir de estudos de sequenciamento e montagem de genomas in silico, que propuseram a ocorrência de um alto número de rearranjos intracromossômicos entre as diferentes espécies de Aves.

     

  • IGUARACY PINHEIRO DE SOUSA
  • IMPLICAÇÕES FARMACOGENÉTICAS EM PACIENTES HIPERTENSOS DO ESTADO DO PARÁ

  • Data: 27/03/2015
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  • A Hipertensão arterial sistêmica (HAS) é caracterizada por uma elevação da pressão arterial, acima dos valores de referência para a população em geral. Atualmente, considerada uma das doenças mais comuns do mundo moderno, constitui-se um dos problemas para saúde pública. No presente

    estudo, foram investigados quatro polimorfismos no gene CYP2D6 em 104 indivíduos diagnosticados com HAS, na Unidade de Saúde – Sacramenta, do município de Belém-PA, com objetivo de verificar o efeito fenotípico do gene CYP2D6 na eficácia do tratamento da HAS utilizando o captopril. Os pacientes foram acompanhados por 24 semanas, e medições da pressão arterial sistólica e diastólica foram registradas durante esse período. Os resultados mostraram que os fenótipos de metabolizadores pobres (MP) e metabolizadores intermediários (MI) do gene CYP2D6 não responderam adequadamente ao tratamento com captopril. MP permaneceram com a PAS elevada por todo o acompanhamento, enquanto MI responderam bem durante 12 semanas, entretanto, no final do acompanhamento suas mediadas da PAS estavam acima do valor limítrofe de 140 mmHg. Além disso, o tamanho de efeito foi calculado, mostrando um grande tamanho de efeito (d=0.84), reforçando o efeito deste gene durante o período de tratamento com captopril. Nossos resultados mostraram pela primeira vez a influência do fenótipo do gene CYP2D6 na eficácia do tratamento anti-hipertensivo com captopril em uma população miscigenada do Brasil.

  • EDIVALDO COSTA SOUSA JUNIOR
  • Modelagem Comparativa e Dinâmica Molecular da Proteína NS2B/NS3 da Cepa BeH413820 (JF912181) do Vírus da Febre Amarela Isolado de um caso humano em Porto Velho, RO, 1983.

  • Data: 18/03/2015
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  • A febre amarela (FA) é uma doença hemorrágica viral, transmitida pela picada de mosquitos infectados com o vírus amarílico. A FA é endêmica nas regiões da África e América, causando cerca de 200.000 casos e 30.000 mortes todos os anos. No Brasil, a FA está associada a surtos e epidemias transmitidas pelos mosquitos silvestres dos gêneros Haemagogus e Sabethes, porém a presença do mosquito Aedes aegypti nas áreas urbanas situadas às proximidades ou em áreas endêmicas, traz a preocupação da reurbanização da febre amarela. Devido a esta doença não possuir tratamento específico e aos efeitos adversos da vacina, os estudos sobre as propriedades moleculares das proteínas deste vírus servem como suporte para compreensão da replicação viral e desenho de inibidores que possam ser utilizados como fármacos no tratamento desta patologia. O objetivo deste estudo é elucidar a estrutura tridimensional do complexo protéico NS2B/NS3 do vírus da febre amarela, bem como estudar o seu comportamento, estabilidade e regiões de maior flexibilidade através da dinâmica molecular. Neste estudo, foi utilizada a sequencia da cepa BeH413820 (JF912181), isolada em 1983 de um caso fatal, no município de Porto Velho (RO), que foi gentilmente cedida pela Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas do Instituto Evandro Chagas. A busca de moldes tridimensionais foi realizada com o programa BLASTp, obtendo os melhores valores de similaridade e resolução 2FP7 e 2FOM, para a modelagem comparativa da NS2B/NS3, utilizou-se o software MODELLER 9.11 para gerar 1000 modelos que foram posteriormente validados com o softwares PROCHECK e VERIFY3D, sendo o melhor modelo submetido a dinâmica molecular com o pacote de programas GROMACS, que permitiu a preparação da estrutura, minimização de energia, dinâmica de equilibração e dinâmica de produção. A validação dos 1000 modelos gerados, demonstrou que o melhor modelo possui 96% dos aminoácidos nas regiões mais favoráveis do gráfico de Ramachandran e 100% de compatibilidade da estrutura tridimensional com a sua sequencia primária e um RMSD de 0.213 com 2FP7 e 0.754 com 2FOM. Após 50 ns de dinâmica molecular o complexo protéico NS2B/NS3 mostrou-se estável com uma variação de RMSD em torno de 0.15. 

  • JAQUELINE CONCEIÇÃO MEIRELES GOMES
  • Montagem e Análise Comparativa do Genoma da Bactéria Psicrotrófica Psychrobacter sp. ENNN9_III

  • Data: 16/03/2015
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  • O gênero Psychrobacter inclui Gram-negativo cocobacilos não-pigmentado, oxidase-positivo, não-móveis, psicrofílicos ou psicrotolerantes e halotolerante. A maioria das espécies descritas até agora têm sido isoladas de ambientes frios, incluindo Ártico e mar gelo da Antártida. A linhagem ENNN9_III foi isolada de água de superfície do Rio de Aveiro, Portugal, um sistema de estuarinos temperado, contaminados com hidrocarbonetos. Sendo assim, o objetivo deste trabalho é realizar a montagem e análise do draft genômico desta estirpe, o que poderá nos fornecer importantes conhecimentos sobre a adaptação de bactérias psicrotolerantes às temperaturas mais elevadas e também sobre o seu potencial de degradação de hidrocarboneto. Sendo assim, este organismo foi submetido ao sequenciamento utilizando a plataforma SOLiD 5500xl e Ion Torrent PGM, logo após, foi realizado a montagem de novo utilizando uma abordagem híbrida. Posteriormente, foi feito a anotação automática e funcional com os programas RAST e Blast2Go, respectivamente. RNAmmer e tRNAscan foram utilizados para a predição de RNAs ribossomais e RNAs transportadores. O draft do genoma de Psychrobacter sp. ENNN9_III, foi depositado com 3,000,094 pb (3 Mb), 3 rRNA, 29 tRNA e 42,7 % de conteúdo de G+C. Em análises realizada com o sistema Blast2GO, foi observado a presença de vários genes, entre eles genes de degradação de compostos aromáticos, que no caso da linhagem em estudo, possivelmente, esses genes estejam associados à adaptação ao ambiente onde a mesma foi isolada. Dentre esses compostos, temos os genes relacionados a degradação de benzoato, Catecol da via beta-ketoadipate e o ramo protocatecuato de beta-ketoadipate, sendo que este último composto, de acordo com os estudos, não foi localizado no metabolismo das duas espécies do gênero psychrobacter com genoma completo depositadas.

  • ANA PATRÍCIA BARROS CORDEIRO
  • POTENCIAL CITOTÓXICO, GENOTÓXICO E MUTAGÊNICO DA Luffa operculata.

  • Data: 20/02/2015
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  • A infusão da Luffa operculata (buchinha ou cabacinha) é usualmente utilizada no tratamento de rinosinusites e como abortiva. Considerando a carência de estudos sobre o assunto, este trabalho tem como objetivo determinar o potencial toxicológico da espécie e inferir sobre a segurança da sua utilização. Utilizando o ensaio do MTT e avaliação qualitativa na linhagem Hep-2 e Mrc-5 nossos resultados evidenciam que a infusão do fruto da cabacinha apresenta efeito citotóxico, citostático estimulante e genotóxico in vitro.  Medicamentos a base do fruto vendidos no Brasil - Sinustrat e Gotas Nasais de Cabacinha – também apresentam elevada citotoxicidade mesmo em baixas concentrações. Por outro lado, as sementes da espécie não tem potencial citotóxico. O Sistema-teste Allium cepa confirma que a infusão do fruto tem efeito citotóxico e genotóxico in vivo. A elevada ocorrência de c-metáfases, poliploidia e pontes anafásicas sugerem que a erva altera a polaridade da célula e origina fusos mono e/ou multipolares, o que pode iniciar um processo carcinogênico. Considerando que o fruto da cabacinha bloqueia a progressão do ciclo celular provavelmente por ativação do checkpoint metafásico não podemos concluir com segurança se a ausência de Micronúcleos indica que a droga não tem efeito mutagênico. Baseado em nossos resultados, o uso da infusão do fruto da buchinha no tratamento de rinissinusites é desaconselhado. Novos estudos estão sendo realizados para confirmação do seu potencial carcinogênico e anticarcinogênico.

  • GIOVANNA CHAVES CAVALCANTE
  • INVESTIGAÇÃO DE POTENCIAIS MARCADORES DE SUSCEPTIBILIDADE AO CÂNCER DOS TIPOS GÁSTRICO E COLORRETAL, EM UMA AMOSTRA DA POPULAÇÃO DA REGIÃO NORTE DO BRASIL

  • Data: 06/02/2015
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  • O câncer é uma das principais causas de morte em todo o mundo. Entre os tipos mais incidentes e agressivos na região Norte do Brasil, destacam-se o câncer gástrico (CG) e o câncer colorretal (CCR). O prognóstico de evolução dessas neoplasias malignas normalmente não é favorável, parcialmente devido ao diagnóstico tardio da doença. O objetivo geral do presente trabalho é identificar o perfil genético de pacientes de câncer gástrico ou colorretal atendidos em centros de referência regional do tratamento oncológico para um painel de 12 marcadores potencialmente envolvidos com a susceptibilidade ao desenvolvimento de câncer, compará-lo com o perfil genético de indivíduos saudáveis da mesma população e testar se existe um padrão de genótipos relacionado a uma maior susceptibilidade de desenvolvimento desses tipos de câncer. Foram utilizadas amostras de sangue periférico de 125 pacientes de câncer gástrico, 66 pacientes de câncer colorretal e 291 indivíduos sadios, todos da população de Belém do Pará. A extração de DNA foi baseada no método de fenol-clorofórmio e a genotipagem foi realizada por PCR multiplex seguida de análise de fragmentos. A ancestralidade da população foi mensurada através de um painel de 48 Marcadores Informativos de Ancestralidade, previamente desenvolvido no Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM) da Universidade Federal do Pará (UFPA). Dois marcadores (rs28362491 e rs8175347) apresentaram diferenças estatisticamente significativas na comparação entre pacientes (CG+CCR) e controles. Na análise considerando apenas pacientes de CCR e controles, os mesmos marcadores permanecem significativos para o desenvolvimento desse tipo de câncer; na análise considerando apenas pacientes de CG e controles, os marcadores rs28362491 e rs3834129 foram estatisticamente significativos para o desenvolvimento desse tipo de câncer. Foi encontrada uma associação positiva entre alelos considerados raros (*36 e *37 no marcador rs8175347) e um risco elevado de desenvolvimento de CCR (isolado ou em conjunto com CG). Além disso, foram encontradas relações positivas entre a ancestralidade africana e um maior risco de desenvolver CG e entre a ancestralidade europeia e um risco mais elevado de se desenvolver CCR. Os resultados obtidos na presente investigação importantes para o conhecimento crescente dos possíveis fatores de risco no desenvolvimento de câncer gástrico e de câncer colorretal.

  • ALINE MARIA PEREIRA CRUZ
  • ANÁLISE DO PERFIL DE EXPRESSÃO DE MIRNAS EM BIOFLUÍDOS DE PACIENTES COM ADENOCARCINOMA GÁSTRICO

  • Data: 30/01/2015
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  • O adenocarcinoma gástrico é uma doença  complexa  com importante heterogeneidade molecular e de difícil manejo, tornando-o a segunda maior causa de morte por câncer no mundo.  Recentemente, pequenos reguladores de RNA, os miRNAs  vêm sendo uma alternativa promissora e não invasiva, quer seja como fator de risco, quer seja no auxilio ao diagnóstico precoce da doença,  devido  apresentar maior sensibilidade, especificidade    e estabilidade  em diversos tipos de condições experimentais    e  amostras clínicas, ou seja, uma promissora ferramenta.

    Nesta pesquisa, houve adaptação e simplificação dos protocolos existentes para isolamento de RNA total em biofluidos (aplicada às fezes) e a aplicação de novas tecnologias de coleta para  extração  de RNAs circulantes (Paxgene). Modificações necessárias devido esta ser a primeira abordagem de miRNAs fecais em pacientes com adenocarcinoma gástrico e não haver kit especifico para isolamento de miRNAs fecais.As análises mostraram que a expressão do  hsa-miR-135b  foi elevada  nas fezes quando comparadas aos resultados das amostras de fezes: (i) de pacientes no momento pré-operatório  vs.  controle;  (ii)  pacientes com doença avançada (T3-T4)  vs.  controle;  (iii) pacientes no momento pós-operatório  vs.  controle;  (iv)  pacientes submetidos a gastrectomia total  vs.  controle; e  (v)  pacientes com subtipo intestinal  vs.  difuso.

    Adicionalmente, o hsa-miR-31 apresentou expressão reduzida  no sangue de pacientes submetidos  à  gastrectomia subtotal, elevado no  subtipo intestinal e  acima  de 60 anos, enquanto que  o hsa-miR-17  foi hipoexpresso no sangue de pacientes com adenocarcinoma gástrico  em relação ao controle.  Esta pesquisa conclui que foi possível a detecção da expressão de miRNAs  proveniente de biofluidos de pacientes com adenocarcinoma gástrico, sugerindo    os  hsa-miR-135b  e  hsa-miR-31  como promissores biomarcadores  do câncer gástrico.

2014
Descrição
  • DANIELLE COSTA CARRARA COUTO
  • PREDIÇÃO DE PRODUTOS NATURAIS UTILIZANDO TÉCNICAS DE MINERAÇÃO DE DADOS E UM BANCO DE DADOS INTEGRADO DE GENÔMICA COMPARATIVA SOBRE CIANOBACTÉRIAS: CYANOBR.

     


  • Data: 17/12/2014
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  • Ascianobactériasganhamcadavezmaisatençãoporsuacapacidadedeproduzir
    umagrandevariedadedesubstânciasdeinteressebiotecnológico.Entretantodados
    biológicosadvindodoconhecimentogenômicosãorelativamentecomplexosem
    comparaçãoaosprovenientesdeoutrasáreascientíficas.Nestecontextoosistema
    Cyanobr promoveu a integração de bancos de dados heterogêneos de domínio público
    esistemasdebuscas,paraautomatizarpesquisassobreCianobactérias.Aprincipal
    inovação dosistemaéapresentar dadosrelativosdegenomascomprodutosnaturais,
    atualmenteindisponíveisparaqualquerbancodedadosexistentesobre
    cianobactérias. As informações sobre os produtos naturais e suas fragmentações
    foramobtidasapartirdeliteraturadisponível,numtotalde945registrosdeprodutos
    naturais.Alémdisso, ainformaçãogenômicafoiobtidaapartir de90genomas
    disponíveis para download no NCBI. A implementação do banco de dados foi realizada
    usandooMySQL,apoiandoaelaboraçãodeumpipelinedeprediçãopara
    agrupamentosdegenesbiossintéticosusandotécnicasdemineraçãodedadospor
    homologia.Identificou-secomdadosdesequenciamentodeSOLID5500queuma
    amostra de Nostoc piscinale CENA21 apresenta um cluster de biossíntese da
    dinemicina,umpotenteantitumoralatéentãonãodescritoemcianobactérias. O
    pipeline de predição de clusters gênicos analisou as sequências submetidas
    procurandoaconfiguraçãomínimadosdomíniosenzimáticosdepeptídeosintetases
    não-ribossomais (NRPS) e policetídeo sintetases (PKS) para caracterizar o cluster
    alvo. Foiimplementado tambémumrepositório dearquivos .fastae .gbksincronizados
    automaticamentecom oNCBI,optou-sepelouso dabibliotecaApache Software
    Foundation para controlar a transferência via FTP através de API JDBC Java
    Database Connectivity e a interface foi desenvolvida na linguagem PHP. Concluiu-se
    queesteestudo proporcionaumdirecionamento inicial paradiminuir custoseesforços
    nabuscademetabólitosinovadoresequeaintegraçãodefontesheterogêneasde
    dadosbiomolecularescontribuiparamelhorarsignificativamenteodesempenhodos
    métodoscomputacionaisedemineraçãodedadosparaainferênciade
    conhecimentos biológicos.
  • DANUTA SASTRE PHIPPS
  • Avaliação Funcional de MicroRNAs Sobre a Proliferação e Morte Celular: Implicações para a Indução de Pluripotência e para o Câncer

  • Data: 15/12/2014
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  • MicroRNAs (miRNAs) são moléculas curtas de RNA, contendo 18-22 nucleotídeos, que têm como função principal o silenciamento de mRNAs através do pareamento com regiões de complementaridade nestes. Os miRNAs estão envolvidos em muitos processos celulares fisiológicos e patológicos. Devido à grande importância na determinação do destino celular, os miRNAs vêm sendo estudados na regulação e indução de fenótipos específicos. Os miRNAs podem ser usados para modular características fundamentais de células-tronco para viabilizar a indução de pluripotência. O ciclo celular de células-tronco pluripotentes é caracterizado pela curta duração da fase G1 e reduzida duração total do ciclo. MiRNAs podem induzir alterações no ciclo celular e na taxa de proliferação de interesse na manutenção da pluripotência. Além de modular a identidade de células-tronco, a desregulação de miRNAs pode levar à patologias como o câncer. O câncer colorretal é a terceira maior causa de mortalidade por neoplasias no mundo. Vários miRNAs já foram implicados na patologia desta doença. Tendo em vista que miRNAs são fundamentais na regulação dos fenótipos de células-tronco pluripotentes e no câncer, este trabalho teve como objetivo fazer uma avaliação funcional dos efeitos de uma biblioteca contendo 28 miRNAs (miRNAs sintéticos e respectivos inibidores) sobre a proliferação, viabilidade, ciclo celular e expressão gênica de fibroblastos humanos (BJ) e de uma linhagem de câncer colorretal (HCT116). A transfecção de miRNAs revelou 15 e 20 miRNAs que alteraram a taxa de proliferação de BJ e HCT116, respectivamente. Os miRNAs 20b, 101, 181d e 371-3p induziram significativa redução na proliferação, enquanto que seus respectivos inibidores tiveram efeito contrário. miR-101 e miR-181d alteraram significativamente o ciclo celular de BJ. Os mRNAs de CTNNB1, MYC e PTEN foram induzidos pelo miR-181d. Os miRNAs 21, 92a e 222 atuaram como indutores de proliferação em HCT116. miR-22, 24, 101 e 145 atuaram como supressores de proliferação. Estes resultados comparados aos da literatura indicam que miRNAs pouco expressos em CCR diminuíram e proliferação e possivelmente atuam como supressores de tumor, enquanto que miRNAs superexpressos nessa doença atuam aumentando a proliferação. Dessa forma este estudo forneceu evidencias funcionais das possíveis vantagens adaptativas da expressão diferencial observada em estudos prévios. miR-101 é um dos principais supressores de tumor em CCR. A avaliação da expressão gênica global por microarray em resposta a este miRNA revelou que vias associadas a câncer são significativamente reprimidas. Em suma, este estudo forneceu evidencias de que os miRNAs podem ser utilizados com moduladores do ciclo celular e proliferação de células diferenciadas como uma forma de ajudarem no processo de reprogramação. Por outro lado, este estudo também revelou efeitos funcionais de miRNAs sobre a proliferação e morte celular de células de CCR, fornecendo dados inéditos sobre a participação de miR-101 como supressor de tumor nesta doença.

  • MARIA ELISABETE SILVA SANTOS
  • TRIAGEM MOLECULAR DE ALTERAÇÕES GENICAS NO EXON 4 DO GENE IRF6 PARA A INVESTIGAÇÃO DA SINDROME DE VAN DER WOUDE EM UMA AMOSTRA DE PACIENTES COM FISSURAS ORAIS

  • Data: 12/12/2014
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  • As Fissuras Orais (FO) são as anomalias faciais mais comumente encontradas. Apresentam incidência de aproximadamente 1 a cada 700 nascidos vivos. Essa incidência, no entanto, pode variar de acordo com a localização geográfica, etnia, gênero e status socioeconômico da populações. As fissuras Orais (FO) são provocadas pelo não fechamento dos processos palatinos durante a sexta e décima semana de desenvolvimento embrionário. A etiologia consta da associação de fatores ambientais e genéticos, portanto são de origem multifatorial. As FO podem ocorrer de forma isolada (FO/NS) ou associada a uma síndrome (FO/sindrômica). A SVW é a forma sindrômica mais frequentemente associada às FO, contribuindo com cerca de 2% á 6% dos casos. O gene IRF6 é frequentemente associado as FO/NS e SVW, estima-se que aproximadamente 70% dos casos de SVW são causadados por mutações no gene IRF6, sendo que grande parte das mutações estão presentes no exón 4. A amostra foi composta por 107 portadores de FO todos do estado de Pará. Os participantes responderam um questionário para a coleta de dados epidemiológicos e exposição a fatores ambientais. A coleta de sangue foi realizada para posterior extração de DNA. A analise molecular foi realizada através da técnica de sequenciamento direto do éxon 4 do gene IRF6. Na análise estatística foi utilizado o programa SPSS Statistcs. Base para realizar o teste de Qui-quadrado (χ2) ou o teste exato de Fisher conforme apropriado. No presente trabalho encontramos o SNP rs7552506 cinco pares de bases antes do exon 4. Não foi encontrada associação direta entre rs7552506 e a ocorrência das FO. No entanto, observamos uma possível contribuição do rs7552506 juntamente com o uso de medicamentos na ocorrência das FO. Apenas uma paciente apresentou FL associada as fistulas congênitas nos lábio inferiores características fenotípicas da SVW, analise molecular do exon 4 do gene IRF6 evidenciou a mutação Y111C previamente descrita na literatura. Esta mutação é resultante da substituição de A para G na posição 332 da sequência de nucleotídeos do exon 4 do gene IRF6. Um maior tamanho amostral e estudo caso - controle se faz necessário para uma melhor analise da influência do rs7552506 e fatores ambientais na etiologia das FO/NS. O sequenciamento completo do gene IRF6 se faz necessário uma vez que outros polimorfismos e mutações possam estar contribuindo para o fenótipo das FO e SVW na presente amostra.  

  • ADRIANA MARIA ROCHA BASTOS
  • APLICAÇÃO DE TÉCNICAS DE GEOPROCESSAMENTO NA DISTRIBUIÇÃO DO HIPOTIREOIDISMO CONGÊNITO NO ESTADO DO PARÁ NO PERÍODO DE 2002 A 2012 

  • Data: 10/12/2014
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  • O Programa Nacional de Triagem Neonatal (PNTN) foi implantado no Brasil em outubro de 2001, por meio da portaria 822 do Ministério da Saúde, sendo implementado no Pará a partir do ano de 2002. Dentre as patologias triadas no programa, o hipotireoidismo congênito (HC) afeta cerca de 1 em cada 4000 crianças nascidas, podendo estar relacionado a genes essenciais responsáveis pela formação do eixo hipófise-hipotálamo-tireoide e seus hormônios. Este estudo teve por objetivo identificar o padrão de distribuição do HC diagnosticado no Serviço de Referência em Triagem Neonatal do Estado do Pará (SRTN-PA). A metodologia aplicada se baseou nas informações registradas nos prontuários dos pacientes diagnosticados pela triagem neonatal no Estado. Estes dados foram analisados por técnicas de geoprocessamento. Foram incluídos no estudo os pacientes com Hipotireoidismo Congênito diagnosticados no PNTN do Pará de 2002 até 2012, sendo excluídos os pacientes triados em outros laboratórios de triagem neonatal. Os dados obtidos ao longo do desenvolvimento da pesquisa, bem como os já existentes no SRTN-PA, foram georreferenciados em relação ao local de residência do paciente, associados a bases cartográficas do IBGE, para que fosse possível a avaliação da sua distribuição geográfica no Estado. Após este processo foi desenvolvido, uma análise geoestatística para avaliar a densidade da distribuição dos casos, e assim observar a existência de “cluster” ou alguma “tendência” espacial do estabelecimento do agravo em alguma área/ município/ região do Estado. Para tal, foi utilizada a técnica de Kernel, disponível nos ambientes de geoprocessamento ArqVien 3.3 e TerraView 4. 2. Foi possível se identificar padrões de distribuição dos casos de hipotireoidismo congênito triados no SRTN-Pa. Além de se criar um banco de dados a partir dos registros nos prontuários clínicos dos pacientes com HC, favorecendo maiores análises epidemiológicase geoestatísticas. Avaliando-se a densidade dessa distribuição observou-se a existência de um cluster na Região Metropolitana de Belém, uma tendência na formação de agregados epidemiológicos na Região Nordeste do Pará, além de duas tendências espaciais do estabelecimento do agravo acompanhando as grandes estradasdo Estado, representadas pela Rodovia Transamazônica e a Rodovia Belém-Brasília e duas áreas de silêncio epidemiológico na Região Sudoeste e Baixo Amazonas.

  • FELIPE TUJI DE CASTRO FRANCO
  • CARACTERIZAÇÃO CLÍNICA, BIOQUÍMICA E MOLECULAR DE PACIENTES COM DOENÇA DE GAUCHER DO ESTADO DO PARÁ.

  • Data: 28/11/2014
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  • A doença de Gaucher (DG) é uma doença autossômica recessiva causada pela deficiência da enzima B-glicosidase por mutações no gene GBA, que codifica a enzima. A quitotriosidase é uma quitinase humana secretada por macrófagos ativos e usados como biomarcada nomonitoramento da DG, a mais comum entre doença lisossômica de depósito. O objetivo deste trabalho foi genotipar os genees GBA e CHIT1 em pacientes com DG do estado do Pará. As mutações nos genes GBA e CHIT1 foram detectadas através do método da PCR seguido de sequenciamento direto. Foram identificadas 3 novas mutações nunca descritas anterior do gene GBA: S(-24)G (g.1872A>G), L(-25)S (g.1870T>C) e a H419Y (g.6874C>T) e 15 mutações já relatadas anteriormente em outros estudos. 

  • ISABELA GUERREIRO DINIZ
  • Investigação da relação de 11 marcadores moleculares com parâmetros bioquímicos e antropométricos em indígenas da Amazônia brasileira.

  • Data: 24/10/2014
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  • Observa-se atualmente a transição epidemiológica e nutricional entre os indígenas. Apesar de doenças infecciosas e parasitárias permanecerem como principal causa de mortalidade, a emergência das doenças crônicas não transmissíveis (DCNT), como desnutrição, anemia, obesidade e diabetes mellitus tipo 2 (DM2) é uma realidade. Mudanças alimentares, com redução do consumo de alimentos tradicionais e aumento do consumo de alimentos industrializados, explicam parte desses achados. Além disso, em consequência de alterações significativas nas estratégias de subsistência e nos padrões de assentamento, observa-se a tendência à redução da frequência e intensidade de atividades físicas, agravando a situação. Assim como a obesidade, o DM2 é uma doença multifatorial e apresenta padrões de herança muito complexos onde a contribuição cumulativa de genes diversos resulta em maior ou menor suscetibilidade do indivíduo a certos fatores ambientais. Nesse sentido, buscou-se investigar, em onze grupos populacionais indígenas da Amazônia brasileira, a relação com o perfil bioquímico (glicose, colesterol total e triglicerídeos) e índice de massa corporal (IMC) de onze polimorfismos (ABCA1 rs9282541; ABCC8 rs1799854; ADRB3 rs4994; CAPN10 rs3792267, rs5030952 e rs3842570; FTO rs8050136; KCNJ11 rs5219; PPARG rs1801282; e TCF7L2 rs7901695 e rs12255372) citados na literatura como associados à obesidade e ao diabetes mellitus tipo 2 em populações ao redor do mundo. Foram estudados 590 indivíduos, 306 mulheres e 284 homens, com idades entre 18 e 88 anos (média de 39,44 anos ± 16,83), residentes em 11 aldeias indígenas das etnias Arara, Gavião, Kayapó (subgrupos Kararaô e Xikrin), Asurini, Araweté e Parakanã. A glicemia e o colesterol apresentaram relação com os SNPs rs1799854 e rs8050136. O colesterol total também estava relacionado com os polimorfismos rs5219 e rs12255372. Houve associação dos níveis de triglicerídeos com rs5219, rs9282541 e rs3792267. Já o IMC apresentou-se associado com rs1799854, rs4994, rs7901695, rs1801282 e rs9282541.

  • ANTONETTE SOUTO EL-HUSNY
  • ANÁLISE DE MUTAÇÕES NO GENE CDH1 POR SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO EM PACIENTES COM ADENOCARCINOMA GÁSTRICO DO ESTADO DO PARÁ.

  • Data: 08/10/2014
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  • O câncer de estômago alcança o quinto lugar entre os tumores mais frequentes no mundo e ocupa o terceiro lugar entre os tumores de maior mortalidade. As regiões menos desenvolvidas concentram maior número de casos que são atribuídos, na sua maior parte, às causas ambientais. No entanto, há muito a investigar sobre a influência de fatores genéticos nestas regiões, um destes fatores, o gene da E-caderina, recebeu enfoque nesta tese. Mutações em CDH1 têm sido descritas em indivíduos com câncer gástrico em todo o mundo, especialmente entre os casos familiares e de diagnóstico em idade jovem. Neste estudo, foi realizada análise molecular do gene CDH1 por sequenciamento de nova geração em diferentes grupos de pacientes com adenocarcinoma gástrico dos principais tipos histológicos de Láuren divididos conforme agregação familiar de tumores e a idade de diagnóstico (jovem ou avançada). Foram detectadas três mutações que conferem alteração na tradução de E-caderina em diferentes éxons de CDH1: c.808T>G, c.1023T>G; c.1849G>A. Apenas indivíduos com câncer gástrico do tipo difuso tiveram mutações identificadas, sendo uma família com critérios clínicos para síndrome de predisposição ao Câncer Gástrico Difuso Hereditário, um caso com diagnóstico em idade jovem e um caso com diagnóstico em idade avançada. Por tratar-se de técnica molecular de sequenciamento em larga escala, também foram identificados diversos polimorfismos já descritos e muitas variações em regiões flanqueadoras desconhecidas até então. Embora grandes avanços nos conhecimentos moleculares relacionados ao câncer gástrico estejam sendo descritos, em especial relacionados ao gene CDH1, ainda há muito a ser estabelecido sobre a relação de suas variações com a susceptibilidade ao câncer.

  • AMANDA FERREIRA VIDAL
  • PERFIL DE EXPRESSÃO DIFERENCIAL DOS microRNAs hsa-miR-29c E hsa-miR-135b EM AMOSTRAS GÁSTRICAS QUE INTEGRAM A CASCATA DE CORREA

  • Data: 03/10/2014
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  • A carcinogênese do adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal éum processo complexo e prolongado, de múltiplos estágios. Segundo a Cascata de Correa, os estágios do processo pré-canceroso são: gastrite não-atrófica, gastrite atrófica, metaplasia intestinal e displasia. Apesar das lesões gástricas serem bem determinadas patologicamente, ainda não existe um biomarcador que seja capaz de determinar o impacto de lesões gástricas no processo de carcinogênese. Neste contexto, os microRNAs têm se destacado como promissores biomarcadores. Estudos demonstraram que os miRNAs hsa-miR-29c e hsa-miR-135b são prováveis biomarcadores do adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal. O objetivo deste trabalho foi analisar e comparar o perfil de expressão dos microRNAs hsa-miR-29c e hsa-miR-135bem amostras de gastrite crônica, metaplasia intestinal, mucosa gástrica normal e adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal, por meio da técnica de PCR em Tempo Real. Os resultados demonstraram que para ambos os miRNAs hsa-miR-29c e hsa-miR-135b, as lesões gástricas apresentam perfil de expressão significativamente diferente do mucosa gástrica normal. O miRNA hsa-miR-29c apresentou-se hipoexpresso nas lesões gástricas, e parece estar envolvido na proliferação celular e apoptose. O miRNA hsa-miR-135b mostrou-se hiperexpresso nas lesões gástricas e, provavelmente, estárelacionado com a resposta imune associada àinfecção por Helicobacter pylori. Portanto, os resultados indicam que os miRNAs hsa-miR-29c e hsa-miR-135b podem ser promissores biomarcadores do processo de carcinogênese gástrica.

  • LARYSSE SANTA ROSA DE AQUINO PEDROZA
  • EXPRESSÃO DIFERENCIAL DO COMPLEXO ABC EM CÉLULAS CD34+ E CD66B + NA LEUCEMIA MIELÓIDE CRÔNICA

  • Data: 29/09/2014
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  • Além de mutações, a expressão de transportadores de efluxo de mesilato de imatinib (MI) é apontada como uma das causas da resistência ao tratamento e da persistência de células tronco  leucêmicas (CTL) de longo termo em pacientes com leucemia mieloide crônica (LMC) em resposta molecular maior (RMM). Este artigo descreve a expressão diferencial (|6,65|-|9,23| fold) de 12 transportadores ABCs ente células CD34+;menos responsivas ao tratamento, de pacientes de LMC-RMM e controles. E 15 ABCs diferencialmente  expressos (|6,45|-|8,64| fold) entre as células CD66b+; mais responsivas. Discutindo a relevância;  para a resposta ao tratamento ; dos transportadores ABC diretamente envolvidos no transporte de imatinib, como ABCB1,G2,A3, e de ABCs envolvidos em processos fisiológicos que podem contribuir para persistência das CTL ou para o sucesso do tratamento como ABCB6, A4, C4, C5, F1, A7. Esses genes estão associados a funções como proteção contra o estresse oxidativo, diferenciação, proliferação e apoptose. Este estudo demonstra pela primeira vez a expressão de todos os genes ABCs expressos em células CD34+ e CD66b+ de pacientes de LMC-RMM  responsivos ao tratamento com MI, revelando um painel com 28 genes diferencialmente expressos (|2|-|9| foldchange).

  • RAFAEL AZEVEDO BARAUNA
  • Proteoma diferencial e caracterização da proteína reguladora da síntese de ácidos graxos em Exiguobacterium antarcticum B7.

  • Data: 19/09/2014
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  • Apesar da sua distribuição ubíqua, bactérias do gênero Exiguobacterium são principalmente isoladas de ambientes frios como gelo glacial e permafrost. Proteínas expressas por organismos psicrotróficos em baixas temperaturas são produtos de interesse biotecnológico devido a relação entre sua atividade, flexibilidade e estabilidade. Uma grande versatilidade metabólica foi observada no repertório gênico recentemente seqüenciado da E. antarcticum B7, uma bactéria psicrotrófica isolada da Antártica. Neste trabalho, foi utilizada uma abordagem proteômica para caracterizar o perfil de expressão protéico da bactéria cultivada a 0°C e 37°C. Além disso, o regulador da síntese de ácidos graxos FapR foi clonado e expresso em E. coli BL21 para sua posterior caracterização funcional. Foram detectados 73 spots diferencialmente expressos pela bactéria a 0°C. Destes, 48 foram menos expressos e 25 mais expressos. Vinte e cinco spots foram identificados e correspondiam a 13 diferentes proteínas. Das seis proteínas de choque frio descritas no genoma da bactéria, somente a Csp1 foi detectada em quatro diferentes spots do gel e, portanto, se mostrou a principal proteína de aclimatação da E. antarcticum B7 a baixas temperaturas. Sua distribuição em quatro spots diferentes deve-se provavelmente a modificações pós-traducionais da proteína. Onze das treze proteínas diferenciais identificadas foram corroboradas por dados transcriptômicos. Chaperonas classificadas como proteínas de choque quente foram menos expressas em 0°C e enzimas que combatem o estresse oxidativo também foram hipoexpressas, já que a geração de radicais superóxidos cai drasticamente no frio, onde o metabolismo aeróbio e a taxa de crescimento bacteriana são baixos. A proteína reguladora da síntese de ácidos graxos após ser clonada, expressada e purificada, foi analisada por filtração em gel no intervalo iônico de 50 mM a 300 mM, comportando-se em todos os casos como uma molécula trimérica. O regulador foi capaz de se ligar à região promotora dos operons fapR-plsX-fabD-fabG e fabH1-fabF amplificados por PCR (cerca de 263 pb), mas não foi capaz de se ligar na mesma região sintetizada somente até o palíndromo de ligação 5’-TTAGTACCAGATACTAA-3’ (cerca de 53 pb). Isto demonstra que toda a sequencia do promotor é necessária para o reconhecimento e interação proteína-DNA e não somente seu sítio de ligação.

  • DIEGO ASSIS DAS GRACAS
  • MICRO-ORGANISMOS NO RESERVATÓRIO DA USINA HIDRELÉTRICA DE TUCURUÍ: DIVERSIDADE GENÉTICA E GENÔMICA
  • Data: 18/09/2014
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  • A matriz energética brasileira é composta principalmente por usinas hidrelétricas, e que sempre envolvem a formação de grandes reservatórios. Esses reservatórios são de grande importância ambiental uma vez que são considerados fontes de gases do efeito estufa. O processo de produção desses gases é basicamente microbiano e compreender como estas comunidades atuam no ambiente é foco de intensas pesquisas. Neste trabalho foram utilizadas diversas tecnologias como Cromatografia Líquida de Alta Performance Desnaturante (DHPLC), seqüenciamento de nova geração e de Sanger para analisar a diversidade dos micro-organismos presentes no reservatório da Usina Hidrelétrica (UHE) de Tucuruí. São apresentados três capítulos resultantes de trabalhos que foram publicados em periódicos internacionais. O primeiro capítulo reporta a diversidade de bactérias e arqueias ao longo de uma coluna d’água usando DHPLC. Este trabalho mostra que essas comunidades permanecem com a mesma estrutura no intervalo de 0-35 metros, com aumento da diversidade nas camadas mais profundas. O segundo capítulo reporta a diversidade bacteriana ao longo da mesma coluna, porém usando seqüenciamento por semicondução e no período mais cheio do reservatório, quando atinge 70 m de profundidade. O grupo mais abundante foi o de Proteobactérias, entretanto o padrão de diversidade não foi o mesmo observado no trabalho usando DHPLC. No terceiro e último capítulo reportamos o seqüenciamento genômico da arqueia metanogênica Methanosarcina mazei TUC01 obtida de amostras do sedimento do reservatório da UHE-Tucuruí. O DNA genômico foi obtido através de seqüenciamento por ação de DNA ligase. O genoma de M. mazei TUC01 tem 3,4 Mpb, conteúdo GC de 42,5% e cerca de 3.252 seqüências codificantes preditas automaticamente.
  • ANDRÉ MAURÍCIO RIBEIRO DOS SANTOS
  • Diversidade de INDELs em sítios de ligação de fatores de transcrição humanos
  • Data: 02/09/2014
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  • A avaliação da diversidade genética humana pode clarificar a história da espécie e os padrões clínicos e farmacológicos. Até o presente, a maioria dos estudos focam-se em marcadores neutros, cuja variação não afeta o genótipo, ou marcadores gênicos, cujo o efeito é extenso. Por outro lado, mutações em regiões regulatórias, como sítios de ligação de fatores de transcrição provocam mudanças sutis ou especificas para determinado tipo celular ou condição. Diversos trabalhos exploraram mutações pontuais nestas regiões e identificaram padrões interessantes de seleção e conservação. Mas pouco explorou-se da variabilidade de marcadores do tipo INDEL. Este trabalho buscou identificar e avaliar a distribuição de INDEL em sítios de ligação de fatores de transcrição nos principais grupo humanos (europeus, asiáticos e africanos) para estimar seus potenciais efeitos fenotípicos e buscar por evidências de seleção. Os resultados obtidos auxiliaram na compreensão do mecanismo de funcionamento e organização dos TFBS humanos e indicaram a elevada sensibilidade de suas porções centrais. Não foram encontrados indícios de maior importância das regiões compartilhadas por muitos fatores de transcrição, como sugerido anteriormente. Muitos potenciais marcadores foram identificados ao longo deste trabalho que podem ajudar a explicar os padrões de doenças e mecanismos de seleção atuando sobre a espécie humana. Isto foi demonstrado pela identificação da mutação rs139999735 como potencial marcador de resposta ao tratamento do câncer e a infecção.
  • FABIANO CORDEIRO MOREIRA
  • Análise in Silico da Expressão Ddiferencial de microRNAs no Câncer Gástrico
  • Data: 02/09/2014
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  • O Câncer Gástrico (CG) é uma doença complexa e heterogênea que resulta de múltiplas alterações epigenéticas e genéticas, com alta incidência e mortalidade; no entanto, o uso de biomarcadores para o seu manejo clínico permanece limitado. MicroRNAs são pequenas sequências não-codificantes de nucleotídeos que regulam a expressão gênica e formam uma complexa rede de sinalização e regulação celular. Essas estruturas são fundamentais para vários processos biológicos e são biomarcadores com aplicações potenciais na identificação do risco, prognóstico e alvos terapêuticos. Com o objetivo de investigar a expressão dos miRNAs no Câncer Gástrico, nove tecidos da região do antrum do estômago humano foram caracterizados a partir de dados gerados de sequenciamento de alto desempenho. A análise diferencial foi executada para a identificação de biomarcadores e os resultados foram validados por qRT-PCR. Para o estudo de genes alvos in silico foram desenvolvidas ferramentas usando Redes Neurais Artificiais e linguagem de programação Java. Após a caracterização dos tecidos, observou-se que um pequeno conjunto de miRNAs foram responsáveis por aproximadamente 80% do total de expressão de miRNAs em todos os tecidos estudados, o que pode representar uma assinatura tecido microRNA. Além disso, foram identificados vários miRNAs significativamente diferenciados em tecidos de câncer quando comparado com o antro sem câncer, sugerindo potenciais biomarcadores, e notou-se uma diferença significativa entre o antro sem câncer e os tecidos adjacentes ao câncer. As ferramentas desenvolvidas foram capazes de identificar, in silico, genes alvos simultâneos, reduzindo substancialmente o número de genes putativos. Adicionalmente, a ferramenta agrupou miRNAs que possuem funções regulatórias mais próximas baseado no conjunto de genes alvos simultâneos.
  • WENDEL DE OLIVEIRA CASTRO
  • DRAFT DO GENOMA HALOFERAX SP. ISOLADO NO SOLO BRASILEIRO DA CAATINGA

  • Data: 04/08/2014
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  • Os organismos do gênero Haloferax são halofílicos extremos, crescendo em ambientes de salinidade que variam de 10% a 37%, valor de pH entre 4 e 12, e temperatura de 0ºC até 60ºC. Devido às características descritas, é um potencial modelo a ser utilizado em astrobiologia. A Haloferax sp. ATB1 utilizada no presente estudo foi isolada no solo da região do Cariri no bioma Caatinga (Paraíba - Brasil), o genoma foi sequenciado pela plataforma de sequenciamento de terceira geração Ion Torrent PGM utilizando o chip 318 com biblioteca de “mate-paired”. A análise de qualidade dos dados brutos foi feita no qual as leituras com valor de qualidade Phred superior a 20 foram mantidas, resultando em 8.480,874 leituras (224x de cobertura genômica) considerando o tamanho do genoma de referência Haloferax volcanni DS2 que possui 4.1 Mb. A montagem foi feita através de uma abordagem híbrida com o uso de quatro montadores. Os resultados foram integrados gerando um único conjunto de sequências, que posteriormente foi processado pelo programa CISA a fim de finalizar os gaps, resultando no “draf” do genoma com 120 contigs com N50 de 36.538, e 4.223.705 pb. Os “contigs” foram anotados, no qual foram identificados 4517 CDS (sequências codificantes), 33 RNAs, com conteúdo GC de 61%.

  • CAMILA INAGAKI DE ALBUQUERQUE
  • ESTUDO DA INFLUÊNCIA DO USO DE AGROTÓXICOS E DE POLIMORFISMOS DOS GENES ABCB1, AHR, EPHX1 E PON1 NA ETIOLOGIA DE FISSURAS OROFACIAIS EM PACIENTES DO ESTADO DO PARÁ
  • Data: 24/04/2014
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  • As Fissuras Lábio Palatinas (FLP) são as anomalias congênitas da face mais frequentes no mundo, pelo fato de este tipo de malformação não impedir completamente o desenvolvimento da criança. No Norte e Nordeste do Brasil observam-se baixas incidências desse tipo de anomalia, fato que pode ser atribuído às falhas de notificações dos casos, pois boa parte do norte do Brasil é rural e sua principal atividade de trabalho envolve a utilização de agrotóxicos, o que nos faz perceber a importância de investigar características genéticas que possam influênciar no biometabolismo destes compostos e assim, procurar elucidar que variantes gênicas possam estar envolvidas em mecanismos de teratogênese, mais especificamente na gênese de fendas orofaciais. Baseando-se nisso os genes com seus respectivos polimorfismos, escolhidos no nosso trabalho foram: ABCB1 (rs1128503), AHR (rs2066853), EPHX1 (rs1051740) e PON1 (rs662 e rs854560). Os objetivos desse trabalho foram verificar a incidência de fissuras labiopalatais em indivíduos com parentais expostos e não expostos a agrotóxicos, avaliar as frequências das diferentes variantes polimórficas dos genes ABCB1, AHR, EPHX1 e PON1 (rs1128503, rs2066853, rs1051740, rs662 e rs854560 respectivamente) em indivíduos portadores de fendas orofaciais e correlacionar as diferentes variantes alélicas e genotípicas dos respectivos genes, de origem materna e/ou do probando, com a gênese e com os aspectos clínicos das FLP. Em função disso, foram coletadas 83 amostras de sangue de pacientes com fissura lábio palatina oriundos do estado do Pará e 83 amostras de sangue das mães desses pacientes. As técnicas realizadas foram Reação de Cadeia em Polimerase (PCR) e SNaPshot. Em nossos resultados encontramos que o polimorfismo do gene PON1 (rs662), o genótipo AA foi mais frequente na população de acometidos quando comparado a população africana e asiática. Este genótipo também foi associado às fissuras do tipo Labiopalatina (p=0,009). No polimorfismo do gene PON1(rs854560), o genótipo AA, foi mais frequente tanto na população de mães quanto dos acometidos em relação à população global. Adicionalmente, este genótipo teve prevalência maior em pacientes com fissura do tipo palatina (p=0, 039). O Genótipo TT, também teve uma diferença significativa e foi mais frequente somente na população de acometidos, quando comparadas com as populações africanas e asiáticas. Em relação ao polimorfismo do gene EPXH1, entre o grupo de mães expostas ao agrotóxico a maioria era homozigoto AA (p = 0, 019). No gene ABCB1, a frequência do genótipo TT foi significativamente maior para população de acometidos e mães quando comparado a população africana. Na análise do gene AHR, a população de mães houve maior frequência do genótipo GG quando comparada as populações africana e asiática, e uma menor frequência desse mesmo genótipo quando comparado a população caucasiana. Neste trabalho concluímos que estes polimorfismos nestes genes podem estar relacionados de alguma forma com a dificuldade de metabolizar xenobióticos e consequentimente aumentando o risco de gerar uma FLP.
  • THAYSE CRISTINE MELO BENATHAR
  • CITOTAXONOMIA E EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA EVIDENCIADA POR ZOO-FISH EM MORCEGOS DA SUBFAMÍLIA MICRONYCTERINAE
  • Data: 22/04/2014
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  • A subfamília Micronycterinae (sensu Baker et al., 2003) é constituída pelos gêneros Lampronycteris Sanborn, 1949 e Micronycteris Gray, 1866 (stricto sensu), possuindo uma e doze espécies respectivamente, estando distribuída em diversos habitats na região neotropical. Esta subfamília representa um grupo basal dentro de Phyllostomidae, configurando-se pela sua acentuada variabilidade cariotípica e com relações filogenéticas controversas. Dados cromossômicos podem contribuir significativamente para a compreensão das relações evolutivas. Com o auxílio da citogenética clássica atrelada ao uso da pintura cromossômica, podem ser proporcionadas comparações mais detalhadas entre taxa e a identificação de rearranjos entre espécies e/ ou gêneros, permitindo assim uma boa resolução de questões filogenéticas e citotaxonômicas. Dessa forma, nós investigamos as relações cariotípicas entre espécies da subfamília Micronycterinae empregando os bandeamentos cromossômicos e Hibridização In Situ Fluorescente (FISH), utilizando rDNA 18S e sondas teloméricas, bem como a pintura cromossômica multidirecional, afim de estabelecer um mapeamento cromossômico comparativo entre os gêneros que compõe esta subfamília. Os dados evidenciaram que poucos segmentos cromossômicos são compartilhados entre os gêneros Lampronycteris e Micronycteris, como também entre as espécies de Micronycteris, sugerido uma alta taxa de evolução cariotípica dentro deste grupo de morcegos. Rearranjos como translocações, inversões, fissões e fusões devem ter desempenhado um papel essencial na reorganização dos segmentos nos cariótipos desses morcegos. Um novo citótipo foi descrito para M. megalotis com 2n=42 e NF=70 originado por uma fissão do par 4. As associações sintênicas PHA 12q/8p e a fissão do PHA 8 podem ser consideradas como assinaturas cromossômicas que definem a subfamília Micronycterinae e as associações PHA 4q/3q dist e 11p/3p e as fissões do PHA 7, 10, 11 as que definem o gênero Micronycteris. A nossa proposta filogenética mostra-se de acordo com as filogenias prévias usando dados morfológicos e moleculares, corroborando com relação de parentesco entre os gêneros que compõem a subfamília Micronycterinae, assim como a monofilia do gênero Micronycteris.
  • AMANDA BRAGA BONA
  • ANÁLISE GENÔMICA DE FAMÍLIAS PORTADORAS DE CÂNCER GÁSTRICO DIFUSO HEREDITÁRIO DO NORTE E NORDESTE DO BRASIL

  • Data: 22/04/2014
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  • Os tumores gastrointestinais são um dos grupos mais incidentes no Brasil, aparecem em quarto lugar em incidência entre homens e em sexto lugar entre as mulheres, e são um grave problema de saúde pública, especialmente nas regiões Norte e Nordeste. Cerca de 10% destes tumores são de origem familial, com as alterações ocorrendo nas células da linhagem germinativa. Dentre as síndromes de câncer hereditário destacam-se as que ocorrem no estômago, como o câncer gástrico difuso hereditário (CGDH). O CGDH é um tumor infiltrativo que se caracteriza pela presença de alterações no gene CDH1. Os estudos dos fatores genéticos e epigenéticos responsáveis por esta síndrome faz-se necessário devido sua alta penetrância gênica, a idade precoce de desenvolvimento da doença e, principalmente pela falta de métodos efetivos de screening. Para identificar as principais alterações responsáveis pelo desenvolvimento destes tumores foram utilizadas, neste estudo, as técnicas de seqüenciamento direto e array-CGH. A identificação e caracterização das mutações responsáveis pelo aparecimento das síndromes hereditárias gastrointestinais em famílias das regiões Norte e Nordeste do Brasil torna-se essencial, possibilitando o diagnóstico molecular de familiares portadores dessas alterações em risco de desenvolvimento da doença e permitindo o aconselhamento genético dos mesmos, além de culminar com a implementação de um centro de referência em tumores hereditários do trato gastrointestinal nas regiões supracitadas. Um total de 27 pacientes, com histórico de CGDH, provenientes de quatro famílias distintas da região Norte (Amazonas) e Nordeste (Maranhão, Ceará e Piauí) do Brasil, foram analisados geneticamente. Foram realizados experimentos de microarranjo de alta densidade de sondas (array-CGH) para análise de CNV (copy number variation), avaliando o genoma completo dos pacientes e familiares, e nenhum ganho ou perda de DNA foi encontrado em nenhum dos pacientes testados. É possível que em regiões com altas taxas de incidência de câncer gástrico, como o norte e nordeste do Brasil, fatores ambientais ou outros mecanismos moleculares possam induzir alterações genéticas diferentes das alterações analisadas neste estudo. Duas das quatro famílias avaliadas neste estudo apresentaram mutações na linhagem germinativa do gene CDH1, as famílias dos estados do Amazonas e do Piauí. Nas outras duas famílias do estudo, pertencentes aos estados do Maranhão e Ceará, nenhuma mutação para os exons de CDH1 foi encontrada. Analisando a ancestralidade dos pacientes, as mutações detectadas, aparentemente, são originadas da Ásia e Europa, porém é possível que fatores ambientais possam ter causado essas mesmas mutações nos membros afetados das famílias analisadas.

  • LUCIANO CHAVES FRANCO FILHO
  • ANÁLISE PAN-GENÔMICA DO GÊNERO DESULFOVIBRIO
  • Data: 14/04/2014
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  • O gênero Desulfovibrio pertence ao grupo de bactérias sulfato-redutoras (SRB) formado por organismos procarióticos anaeróbicos estritos, os quais usam sulfato como receptor final de elétrons para a degradação de compostos orgânicos. Este gênero pode ser encontrado em uma variedade de ambientes como drenos de água de minas ácidas, esgotos, lagos, sedimentos marinhos, chaminés marinhas, solo e rejeito de água de campos de petróleo. Este táxon possui grande importância, pois está envolvido em diversos processos de interesse ambiental e industrial como: O processo de biocorrosão (através da produção de H2S), o qual causa diversos prejuízos principalmente para indústria petrolífera; e a associação desses organismos com as arqueias metanogênicas, no processo de produção de metano (metanogêneses), onde o metano é o segundo gás de efeito estufa mais prejudicial para a atmosfera. Portanto o trabalho teve como objetivo realizar uma análise geral com uma abordagem pan-genômica de todas as espécies do gênero Desulfovibrio que já possuem o genoma totalmente sequenciado depositados no banco de dados do NCBI. A partir das análises do Pan-genoma, foi possível observar que o grupo de isolados de água salgada não apresentam uma diferença na diversidade genômica quando comparado com o grupo de água doce. Provavelmente essa diferença está ligada com a grande diversidade do grupo e a sua capacidade de adaptação nos dois ambientes. Além disso foi possível observar, na análise filogenética, que as linhagens se agruparam de forma relativamente próxima de acordo com o ambiente de isolamento. Entretanto não foi observado um padrão compartilhado entre os grupos em relação as ilhas genômicas preditas e os três subsistemas que englobam a via do substrato, mostrando que tanto a nível de gênero como de espécie existe uma grande diversidade genômica.
  • MARIA SUELY BEZERRA FERNANDES
  • PERÍMETRO CEFÁLICO NO AUTISMO, NAS DOENÇAS GENÉTICAS E NAS DIFICULDADES DE APRENDIZAGEM: UM ESTUDO EM CRIANÇAS DE UM SERVIÇO DE REFERÊNCIA EM CRESCIMENTO E DESENVOLVIMENTO EM BELÉM/PARÁ
  • Data: 11/04/2014
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  • O perímetro cefálico (PC) é um parâmetro antropométrico altamente correlacionado com o tamanho cerebral, sendo que a antropometria do perímetro cefálico, após os dois primeiros anos de vida, no pré-escolar, escolar e na idade adulta, reflete o estado nutricional do início da vida, e pode ser um preditor de saúde e qualidade de vida, apontando as populações de risco para um desenvolvimento neuromotor inadequado. O propósito deste estudo é associar perímetro cefálico com Transtorno do Espectro Autista e Dificuldade de Aprendizagem, nos ambulatórios de autismo e dificuldade de aprendizagem, e descrever a proporção de alterações do PC em doenças genéticas atendidas no ambulatório de genética, em crianças de 0 a 12 anos acompanhadas no Serviço Caminhar do Hospital Bettina Ferro de Souza e estabelecer uma análise comparativa com grupo controle de crianças na mesma faixa etária atendidas em uma Unidade Básica de Saúde. Foi realizado estudo transversal, retrospectivo e prospectivo no qual foram revisados 663 prontuários/fichas de atendimento de crianças de 0 a 12 anos, que foram atendidas entre Dezembro de 2012 a Outubro de 2013, sendo 445 cadastradas no Serviço Caminhar e 218 pacientes atendidos em ambulatório do CSE do Marco/UEPA. No ambulatório de Autismo, foi significativa a proporção de crianças com macrocefalia, chegando a 26% das crianças selecionadas para estudo, porém esta proporção aumenta para 30% nas crianças com diagnóstico estabelecido como Transtorno do Espectro Autista e 18% nos casos suspeitos. Os casos de microcefalia prevaleceram no ambulatório de Genética entre as alterações de PC com 27%, que foram mais significativos que o grupo controle que foi de 5% , com maior contribuição das cromossomopatias entre as quais destacou-se no estudo a Sindrome de Down com 35%. Enquanto a macrocefalia foi encontrada em 12%, próxima aos valores do grupo controle com 8% e no ambulatório de Aprendizagem, onde foi encontrado uma proporção significativa do gênero masculino em 71%, a macrocefalia alcançou valores de 18% com significância estatística de p=0.044 se comparados ao grupo controle.
  • FRANCILIA DE KÁSSIA BRITO SILVA
  • AVALIAÇÃO NUTRICIONAL DE PACIENTES COM SINDROME DE DOWN
  • Data: 28/03/2014
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  • : A SD é uma cromossomopatia decorrente da trissomia do cromossomo 21. O diagnóstico pode ser realizado durante o pré-natal ou logo após o nascimento. As principais características clínicas são hipotonia, fenda palpebral obliqua, prega palmar transversal, déficit de crescimento de tendência ao excesso de peso. Objetivos: Realizar avaliação nutricional nos indivíduos com Síndrome de Down em acompanhamento da APAE de Belém-PA. Matérias e métodos: Estudo transversal envolvendo 50 indivíduos com SD em acompanhamento na APAE de Belém-Pa, aprovado pelo CEP-NMT/UFPA. A coleta de dados foi realizada por meio de preenchimento de um questionário com perguntadas sobre dados socioeconômicos, clínicos e familiares, assim como avaliação antropométrica e QFA simples. A análise dos dados realizada no programa SPSS versão 20.0 por estatística descritiva simples. Resultados: dos 50 indivíduos avaliados 28 foram meninos e 22 meninas, a maioria pertencente a faixa etária de menores de 5 anos. A Renda familiar mensal referida foi até 2 salários mínimos (80%). Apenas 18% referiam SD na família, mas cerca de 60% possuíam casos de DCNT’s. Pneumonia (49%), infecções frequentes (46%) e problemas cardíacos (52%), foram referidos como patologias associadas. Cerca de 100% realizam as terapias de estimulação, no entanto apenas 20% faz acompanhamento nutricional. Sobre o estado nutricional segundo as curvas da OMS a maioria encontra-se eutrófico, mas um percentual elevado apresenta déficit de crescimento e excesso de peso. Analisando pelas curvas para SD, a maioria cerca de 80% está eutrófico em relação ao peso e altura. No que diz respeito o consumo diário de verduras e legumes é baixo, e existe uma frequência elevada de consumo semanal de alimentos não saudáveis. Conclusão: é necessário o desenvolvimento de curvas de crescimento especificas para SD de âmbito nacional e mundial. Assim como é urgente realizar uma ação de promoção e conscientização da importância do acompanhamento nutricional para indivíduos com SD na APAE de Belém-PA.
  • MARLYSON JEREMIAS RODRIGUES DA COSTA
  • ESTRUTURAÇÃO BIOGEOGRÁFICA DOS CARIÓTIPOS DE Proechimys goeldii (RODENTIA: ECHIMIYDAE) NA AMAZÔNIA ORIENTAL

  • Data: 28/03/2014
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  • Os ratos espinhosos do gênero Proechimys (Rodentia-Echimyidae) possuem ampla distribuição na região amazônica, sendo a taxonomia desse grupo bastante complexa devido à grande similaridade fenotípica entre as espécies. As relações filogenéticas entre os indivíduos desse gênero ainda permanecem incertas. A partir de cinco áreas amostrais na Amazônia Oriental, verificamos a presença de duas formas cariotípicas associadas à espécie Proechimys goeldii, 2n=24/25, NF=42, para populações ocorrentes ao Leste do Rio Xingu e 2n=26/27 NF=42 para populações ocorrentes a Oeste do mesmo. Ambas apresentam sistema de determinação sexual múltiplo do tipo XX/XY1Y2, oriundo de uma fusão cêntrica entre um autossomo acrocêntrico pequeno e X ancestral, sendo esta uma característica sinapomórfica para os dois citótipos. Análises de sequências do gene mitocondrial citocromo b demonstram que essas amostras pertencem à espécie Proechimys goeldii. Os cariótipos apresentados aqui são diferentes do cariótipo já descrito para esta espécie (2n=24 NF=42, XX/XY). Com esses dados, essa representa a segunda espécie com sistema de determinação sexual cromossômico múltiplo para o gênero. O cromossomo X translocado difere no tamanho e morfologia em relação ao descrito para Proechimys cf. longicaudatus (2n=14/15/16/17), pois o autossomo translocado para o X na nossa amostra é um acrocêntrico pequeno e no do P. cf. longicaudatus é um acrocêntrico grande. Os resultados da análise molecular mostram que P. cf. longicaudatus com sistema múltiplo diverge em média, na sequência nucleotídica do gene citocromo b, 11.2% em relação a P. goeldii com 2n=24/25 e 9.3% em relação a P. goeldii com 2n=26/27, enquanto que a média de divergência entre as espécies do Grupo goeldii é superior a 13%. Esses resultados demonstram o quão heterogêneas são as espécies do gênero Proechimys. Do ponto de vista citogenético, as espécies P. goeldii do presente estudo e P. cf. longicaudatus descrito na literatura, ambos com sistema múltiplo de determinação sexual, constituem espécies diferentes. Se estas espécies pertencem ou não ao mesmo grupo é uma questão a ser resolvida. 

  • CASSIO CALDATO
  • ANÁLISE DE MUTAÇÕES GERMINATIVAS NO GENE SUPRESSOR DE TUMOR MEN1 EM PORTADORES DE ADENOMAS HIPOFISÁRIOS

  • Data: 28/03/2014
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  • Introdução: As Neoplasias Endócrinas Múltiplas (MEN) são síndromes autossômicas dominantes que acometem dois ou mais tumores em órgãos diferentes no mesmo paciente, com variabilidade de penetrância e incidência específica para cada tipo de tumor. Na MEN1, o acometimento é predominante em paratireoides, hipófise e pâncreas, podendo acometer ainda duodeno, córtex adrenal, tireoide, tumores carcinoides, tumores cutâneos, dentre outros. O gene MEN1 é um gene supressor de tumor, localizado no cromossomo 11q13 e possui 10 éxons. Codifica a proteína menin, que apresenta-se sob duas isoformas. Interage com várias genes e proteínas da divisão e proliferação celular e na estabilidade genômica, interferindo no processo de apoptose celular. Objetivos: Avaliar presença de mutações no gene MEN1 em pacientes portadores de adenomas hipofisários, identificando o tipo de mutação e caraterísticas clínicas. Resultados: 22 pacientes (15 acromegálicos, três portadores de Doença de Cushing e quatro, prolactinomas) foram considerados suspeitos da síndrome MEN1 e convidados a participar do estudo genético. 14 pacientes acromegálicos, três portadores de doença de Cushing e um prolactinoma, além de um adenoma adrenal e um portador de hiperparatireoidismo (HPT) isolado também foram estudados totalizando 20 análises genéticas do gene. 15 pacientes eram do sexo feminino (75%). 18 pacientes tinham tumores de hipófise (14 acromegalia, 03 com Doença de Cushing e 01 Prolactinoma), sendo 55,5% macrodenomas. Acromegalia esteve presente em 70% dos casos e o HPT em 60% dos pacientes pesquisados. Em 40 alelos, encontrou-se 10 alterações diferentes e cinco pacientes não apresentaram alteração. Nos demais, entre uma a quatro mutações foram encontradas.  Ao se comparar os grupos com e sem mutações detectadas, não houve diferença na idade e no sexo, mas Doença de Cushing e pólipos intestinais só estavam presentes no grupo com mutação. Um elevado percentual de síndrome metabólica foi encontrado. Na população estudada, não foi identificada correlação genótipo-fenótipo.

  • ANTONIO MARCIO GOMES MARTINS JUNIOR
  • Estudo da História Evolutiva dos Gêneros Cebus (Platyrrhini, Cebidae) e Sapajus (Platyrrhini, Cebidae) com base em elementos Alu e região controle do genoma mitocondrial
  • Data: 21/03/2014
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  • Os macacos-prego são um dos grupos de mamíferos neotropicais mais controversos taxonomicamente e com ampla área de distribuição no Novo Mundo. Há pouco mais de uma década um amplo debate acerca da real diversidade de espécies e gêneros de macacos-prego tem sido estabelecido. Recentemente, foi proposto que estes primatas estariam divididos em dois gêneros distintos (Cebus e Sapajus). Porém, ainda não há um consenso acerca desta assertiva e novos estudos, principalmente moleculares, mostram-se necessários para testar esta hipótese. Além disto, estudos moleculares visando entender a diversidade de macacos-prego robustos na região Sul da Bacia Amazônica são ainda inexistentes. Este estudo, foi dividido em dois capítulos distintos visando testar se os macacos-prego estão divididos em dois gêneros e contribuir com o entendimento acerca da diversidade de macacos-prego robustos na região Sul da Amazônia. No segundo capítulo, foram analisadas cinco regiões do genoma nuclear (Alus), enquanto que no primeiro foi analisada a região controle do genoma mitocondrial. Diferentes análises populacionais, filogenéticas e filogeográficas foram feitas para estimar as relações evolutivas entre diferentes linhagens e espécies de macacos-prego, bem como entender o seu histórico de dispersão e diversificação. Para o segundo capítulo, além de confirmar a presença de elementos Alu previamente descritos, foi identificada a existência de uma inserção da subfamília AluSc8 na região genômica Cebidae4 exclusiva dos macacos-prego e uma outra inserção AluSc8 da região genômica Cebidae5 exclusiva do gênero Cebus. As reconstruções topológicas de ambos os capítulos apoiam a separação dos macacos-prego nos gêneros Cebus e Sapajus. No capítulo 1 foram encontradas 10 diferentes linhagens de macacos-prego robustos distribuídos ao longo dos Rios Tocantins, Xingu e Jamari no Sul da Amazônia. Os dados sugerem que o Rio Tocantins é uma barreira geográfica efetiva para os macacos-prego, enquanto que os Rios Jamari e Xingu não são. Foi encontrado que a região Sul da Amazônia teve um importante papel como centro de origem de todos os macacos-prego. Ainda, foi evidenciado que a diversificação das diferentes linhagens sofreu influência das mudanças climáticas do Pleistoceno, apoiando a Teoria dos Refúgios. Por fim, é sugerido aqui que os S. apella do Sul da Amazônia são parafiléticos, sendo oriundos de dois eventos distintos de diversificação: 1. Uma radiação há ~ 2,3 Ma que culminou na origem de nove linhagens de S. apella ao longo dos três rios e 2. um retorno para a Amazônia, após diversificar na Mata Atlântica, a partir do corredor leste há cerca de 0,95 Ma. Portanto, são necessários novos estudos taxonômicos nesta região.
  • ANDERSON JOSE BAIA GOMES
  • EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA E FILOGENIA EM MORCEGOS PERTENCENTES A FAMÍLIA PHYLLOSTOMIDAE (MAMMALIA, CHIROPTERA)
  • Data: 17/03/2014
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  • A família Phyllostomidae é a terceira maior família dentro da ordem Chiroptera, apresentando uma grande diversidade de caracteres morfológicos que, de certa forma, tem dificultado o estabelecimento das relações de parentesco entre os mais diversos níveis taxonômicos. Diferentes conjuntos de dados foram utilizados como intuito de estabelecer as afinidades filogenéticas entre seus integrantes, entretanto poucos trabalhos utilizando caracteres cromossômicos estabelecidas pela pintura cromossômica foram utilizadas nesta família. Neste sentido, a presente tese aprensenta tanto dados de bandeamentos cromossômicos em diferentes citótipos de Rhinophylla pumilio, bem como uma análise através da pintura cromossômica multidirecional em representantes de oito das onze subfamílias de morcegos filostomídeos, objetivando estabelecer as relações de parentesco, tanto ao nível especifico, como uma análise abrangente envolvendo representantes de diferentes subfamílias de Phyllostomidae. Os resultados obtidos permitiram supor que Rhinophylla pumilio provavelmente constitui-se como um complexo de espécie, sendo que o citótipo com 2n= 34 e NF= 62 provavelmente seria o percursor das demais variantes geográficos para espécie. A analise por bandeamentos e pintura cromossômica em representantes de todos os gêneros da subtribo Vampyressina (subfamília Stenodermatinae) permitu estabelecer a monofilia do grupo, corroborar dados prévios quanto a parafilia do gênero Vampyressa e inferir sobre a evolução do sistema cromossômico de determinação do sexo nesta subtribo. A partir de uma análise global dentro da família Phyllostomidae foi possível estabelecer que as subfamílias Micronycterinae, Desmondontinae, Carolliinae e Stenodermatinae apresentaram varias assinaturas cromossômicas (autapomorfias), no entanto a relação entre a maioria das subfamílias não foi possível estabelecer em decorrência de poucos caracteres sinapomórficos existentes. Por outro lado, a relação filogenética entre as subfamílias Carolliinae e Glyphonycterinae pode ser observada, corroborando assim uma perspectiva filogenética amplamente apoiada pelas filogenias moleculares. Finalmente, através da integração dos dados de mapeamentos das espécies analisadas neste trabalho com as associações segmentais de cromossomos humanos, foi possível relacionar as nossas espécies com representantes de outras famílias de morcegos com ocorrência noVelho Mundo e assim propor um cariótipo ancestral para família Phyllostomidae com 2n=46 e NF=60.
  • TALITA FERNANDA AUGUSTO RIBAS
  • Variação cariotípica e mapeamento genômico comparativo em morcegos filostomídeos (Chiroptera – Phyllostomidae)
  • Data: 14/03/2014
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  • Esta dissertação está dividida em três partes: Introdução, Capítulo I e Capítulo II. Introdução. A Introdução faz uma breve revisão da literatura sobre a família neotropical Phyllostomidae, suas classificações taxonômicas propostas, os principais trabalhos filogenéticos, incluindo os preferencialmente utilizados pelos grupos de pesquisa nacionais e internacionais em citogenética, biologia evolutiva e molecular e aspectos morfológicos dos morcegos neotropicais. É dado ênfase aos estudos citogenéticos realizados nesta família, principalmente os estudos de citogenética molecular, e um foco preferencial é dado as subfamílias Phyllostominae, tribo Phyllostomini e Micronycterinae, gênero Micronycteris. Capítulo I. No capítulo I estudei uma espécie do gênero Micronycteris, M. hirsuta, por citogenética clássica e molecular, e descrevi pela primeira vez dados citogenéticos desta espécie na Amazônia brasileira. Com o intuito de investigar a variação cariotípica encontrada em M. hirsuta, os bandeamentos clássicos C, G e NOR, foram realizados, assim como coloração com fluorocromos, Hibridização in situ por Fluorescência - FISH, com sondas de sequencias de DNA ribossômico 18S e telomérico, além de pintura cromossômica com sondas de cromossomos totais dos morcegos filostomídeos Carollia brevicauda e Phyllostomus hastatus. Descrevi dois novos cariótipos para M. hirsuta com 2n=25 e 26 cromossomos, que diferem entre si por uma fusão Robertsoniana. Os resultados de pintura cromossômica mostraram que todo o complemento cromossômico autossômico de M. hirsuta é derivado, corroborando a hipótese de megaevolução cariotípica, em relação a outras espécies de morcegos filostomídeos comparadas no estudo (Desmodus rotundus, Diaemus yongui, Dhyphylla eucaudata, P. hastatus, C. brevicauda, Artibeus obscurus, Uroderma bilobatum e U. magnirostrum). Os cariótipos descritos neste trabalho, adicionados a evidências que sugerem alguma diferenciação geográfica baseada em marcadores morfológicos, moleculares e cromossômicos, reforçam a hipótese de que M. hirsuta não representa um taxon monotípico. Os resultados deste trabalho foram publicados na revista BMC Genetics (2013), 14:119. Capítulo II. No Capítulo II fiz um estudo de filogenia cromossômica em quatro espécies da subfamília Phyllostominae, tribo Phyllostomini: Tonatia saurophila (TSA), Phyllostomus hastatus (PHA), P. discolor (PHA) e Lophostoma silvicola (LSI), com o objetivo de reconstruir as relações filogenéticas desta tribo pelo método da máxima parcimônia. O cariótipo das espécies foram analisados por citogenética clássica (Bandeamentos C, G e NOR) e molecular (FISH com sondas de sequencias de DNA ribossômico e telomérico, e pintura cromossômica com sondas de cromossomos totais de C. brevicauda e P. hastatus). Utilizei os rearranjos cromossômicos como caracteres, codificando em 0 (ausência) e 1 (presença), com base na premissa de que rearranjos cromossômicos tem iguais chances de ocorrer e que são eventos de ocorrência rara no genoma com baixo índice de homoplasia. Todas as espécies possuem 2n constante, embora sejam amplamente distribuídas pela região neotropical. TSA possui um cariótipo altamente rearranjado em relação aos seus congêneres, diferindo por números rearranjos de vários tipos, caracteristíco de megaevolução cariotípica. Por outro lado, Phyllostomus e Lophostoma apresentam extensa similaridade cromossômica, diferindo por somente três pares cromossômicos. Sugiro que a forma acrocêntrica do par 15 é sinapormórfica entre os gêneros Phyllostomus e Lophostoma, e que a forma de dois braços encontrada em PDI e nos demais membros de Phyllostomidae em subfamílias distintas, possuem origens independentes, podendo ser decorrente de hemiplasia ou homoplasia, não tendo portando valor filogenético. Poucas sintenias ancestrais foram conservadas sem rearranjo e a maioria das associações sintênicas são autoapomorfias para TSA ou simplesiomorfias (PHA-11, 14 and 15) para todos os gêneros analisados. A filogenia cromossômica obtida está de acordo com as filogenias moleculares propostas, confirmando a parafilia do gênero Lophostoma em relação a Tonatia, sendo uma prova independente da monofilia da tribo Phyllostomini usando pintura cromossômimca. Este trabalho será submetido à revista Chromosome Research.
  • FERNANDO AUGUSTO RODRIGUES MELLO JUNIOR
  • ANÁLISE MOLECULAR DE FUSÕES GÊNICAS ASSOCIADAS À LEUCEMIA LINFÓIDE AGUDA EM PACIENTES PEDIÁTRICOS NO ESTADO DO PARÁ
  • Data: 14/03/2014
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  • O câncer pediátrico (de 0 a 19 anos) corresponde entre 1% e 3% de todos os tumores malignos na maioria das populações. No Brasil, para 2012∕2013, estimam-se 4.570 casos novos de leucemia em homens e 3.940 em mulheres. Dados de registros populacionais do INCA de 2011 revelam que a leucemia linfóide aguda (LLA) é a principal neoplasia que acomete crianças e adolescentes, representando 39% dos casos na região metropolitana de Belém. Até um quarto dos pacientes com LLA ainda apresentam recaída, tendo associação com alterações genéticas recorrentes. O presente estudo se justifica pelo fato de que o conhecimento de características moleculares, como as fusões gênicas, seria de grande utilidade na determinação de um diagnóstico mais preciso e precoce, na colaboração com o direcionamento terapêutico mais adequado e com a avaliação prognóstica mais coerente. Assim, este trabalho teve como objetivo investigar as principais fusões gênicas (TCF3-PBX1, MLL-AF4, BCR-ABL, TEL-AML1 e SIL-TAL) associadas à leucemia linfóide aguda (LLA) em pacientes pediátricos no Estado do Pará. Para isso, foram coletadas 40 amostras provenientes de pacientes do Hospital Ophir Loyola. Foram realizados o isolamento de linfócitos, extração de RNA, RT- PCR, PCR-multiplex e, por fim, a eletroforese em gel de agarose para a possível visualização de produtos amplificados, evidenciando ocorrência de fusão. Foi observado que 50% dos pacientes apresentaram esse rearranjo, sendo que destes 65% SIL-TAL, 20% BCR-ABL, 5% TEL-AML1, 5% TCF3-PBX1 e 5% TEL-AML1 e SIL-TAL simultaneamente. Essas frequências não tiveram associação estatisticamente significativa com os dados clínicos, gênero, idade e resposta ao tratamento, porém teve associação com os grupos de risco, observando-se que essas alterações são mais frequentes em pacientes classificados como grupo de alto risco, sendo a fusão SIL-TAL a mais prevalente nesse grupo. Adicionalmente, tivemos êxito na elaboração de um teste RT-PCR-multiplex, que se mostra uma ferramenta rápida, barata e eficiente para se identificar fusões gênicas, o que é de grande utilidade no auxílio de diagnóstico, prognóstico e tratamento de pacientes de LLA.
  • DARLEN CARDOSO DE CARVALHO
  • INVESTIGAÇÃO DE POLIMORFISMOS ASSOCIADOS À SUSCEPTIBILIDADE E FARMACOGENÉTICA DA LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA, NA REGIÃO NORTE DO BRASIL
  • Data: 13/03/2014
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  • A região Norte do Brasil apresenta maiores percentuais de incidência da Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), acima de 39% e é a região com pior taxa de resposta terapêutica no tratamento da LLA infantil, cerca de 70% dos pacientes não respondem ao tratamento convencional para LLA. Dessa forma, eles apresentam uma baixa taxa de sobrevida e séries complicações toxicológicas devido à quimioterapia, o que contribui para um maior índice de mortalidade, se comparado com outras regiões do Brasil e do mundo. Investigamos a relação entre susceptibilidade à LLA infantil, risco de recidiva e toxicidades em pacientes tratados para LLA em 13 polimorfismos funcionais em genes que codificam enzimas metabolizadoras, de reparo do DNA, apoptose e de resposta imune sendo: CYP19A1(rs11575899), NFKβ1 (rs28362491), TYMS (rs16430), IL-1α (rs3783553), CASP8 (rs3834129), UGT1A1 (rs8175347), TP53 (rs17878362), MDM2 (rs3730485), PAR1 (rs11267092), XRCC1 (rs3213239), CYP2E1 deleção 96 pares de base, MTHFR (rs1801133) e ITPA (rs1127354). O estudo abrangeu um total de 148 pacientes com LLA tratados em um hospital de referencia em tratamento Oncológico do Estado do Pará, e 125 indivíduos saudáveis, incluídos como controles nas analises de suscetibilidade genética a LLA. As variantes genéticas dos genes MTHFR e ITPA foram genotipados por PCR em tempo real utilizando ensaios Taqman, enquanto os demais polimorfismos foram investigados por análise de fragmento utilizando o sequenciador automático ABI PRISM 3130. Foi utilizado um painel de 48 Marcadores Informativos de Ancestralidade (MIAs) como método de controle genômico no estudo. Os resultados referentes à suscetibilidade genética mostraram que o risco de desenvolver LLA infantil foi significativamente associado com polimorfismo dos genes CYP19A1 (P<0.0001; OR=7.3072; 95%CI =3.1638– 16.8766) e XRCC1 (P=0.0009; OR=5.1785; 95%CI =1.9618-13.664). Em relação aos aspectos clínicos dos pacientes, o genótipo dominante CC para o polimorfismo do gene MTHFR foi associado a um efeito de proteção de recidiva em crianças em tratamento para LLA (P=0.0401; OR=0.3225; 95%IC=0.1095 – 0.9504). As variantes dos genes MTHFR, TP53, CYP19A1 e IL-1α foram previamente associadas a toxicidades, incluindo neurotoxicidade e infecções, descritas durante o tratamento da LLA infantil. Nossos resultados sugeriram que pacientes infantis com maior contribuição étnica ameríndia têm maior suscetibilidade para desenvolver LLA, assim como maiores taxas de mortalidade e/ou recidiva no tratamento para LLA. Nossos resultados sugerem que a determinação de polimorfismos genéticos e a origem étnica de um paciente são importantes tanto para determinar a suscetibilidade da doença, como para ajudar na previsão clínica no tratamento da LLA infantil.
  • GEISON LUIZ COSTA DE CASTRO
  • ESTUDO CLÍNICO E ANÁLISE DAS PRINCIPAIS MUTAÇÕES NOS GENES LRRK2 E GBBA EM INDIVÍDUOS COM DOENÇAS DE PARKINNSON
  • Data: 13/03/2014
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  • A doença de Parkinson é a segunda desordem neurodegenerativa mais comum e trata-se de uma desordem neurodegenerativa caracterizada pela morte de neurônios dopaminérgicos da parte comparta da substancia negra. Tem seu início por volta da sexta década de vida, porém existem casos precoces que acometem indivíduos até 45 anos e casos juvenis que acomete indivíduos abaixo de 21 anos. Histopatologicamente a doença é caracterizada pela presença de corpúsculos de Lewy. Hoje acredita-se que a doença é causada pela associação de fatores ambientais e genéticos. Vários loci gênicos já foram identificados, apontados como loci PARK, alguns padrão de herança autossômica dominante, como o SNCA e LRRK2, outros com padrão autossômico rcessivo. Além destes, genes não associados aos loci PARK, como o GBA. O trabalho tem como objetivo a identificação das mutações mais frequentes dos genes GBA e LRRK2 e fazer associações com características clínicas e fatores ambientais. Para isto, os será feito um questionário acerca dos fatores clínicos e ambientais. Depois será extraído DNA a partir de sangue periférico pelo método fenol-clorofórmio. Será feita a amplificação dos exons 9 e 10 do gene GBA e dos exons 31 e 41 do gene LRRK2. A identificação das mutações L444P e N370S do gene GBA será feita através de técnica de RFLP. Já as mutações R1441C, R1441G e R1441H e a mutação G2019S do gene LRRK2 serão identificadas através de sequenciamento direto.
  • MARICELI BAIA LEAO BARROS
  • Análise de Mutações e do Padrão de Metilação do gene CDH1 em Pacientes com Câncer Gástrico Difuso Hereditário na População do Norte e Nordeste do Brasil 

  • Data: 12/03/2014
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  • O câncer gástrico (CG) é uma doença com alta prevalência, sendo a quarta neoplasia mais frequente e o segundo tumor maligno mais comum no mundo. A maioria dos casos desse tipo de câncer é esporádico, no entanto em 10% dos casos existe agregação familial e destes, 1-3% surgem como um resultado de síndromes de predisposição hereditária ao carcinoma gástrico, chamado Câncer Gástrico Difuso Hereditário (CGDH). O CGDH é associado a mutações germinativas no gene CDH1 (E-caderina), sendo a hipermetilação do seu promotor o evento epigenético mais associado com a perda da expressão desse gene durante a progressão e invasão tumoral. Com base nesses dados o objetivo geral deste trabalho é avaliar as alterações genéticas, através de um screening molecular, e epigenéticas, através da técnica de Bissulfite Sequencig-PCR , em pacientes com CGDH e seus familiares, provenientes de quatro famílias nas regiões Norte e Nordeste do Brasil. Das 27 amostras analisadas novve (33,4%) eram de pacientes previamente diagnosticados com câncer gástrico do tipo difuso. Duas das quatro famílias analisadas apresentaram mutações na linhagem germinativa do gene CDH1. A família do Norte do Brasil (A) apresentou dois indivíduos, pai e filho, portadores de uma mutação familial no gene CDH1 na posição nucleotídica 185 da sequência precursora do gene (c.185 G>T). A mutação altera a matriz de leitura de aminoácidos de Glicina para Valina. Na família do Nordeste do Brasil (B), foi possível também identificar uma mutação familial de CDH1 em dois irmãos submetidos à análise genética. A mutação em questão foi na posição nucleotídica 1018 (c.1018 A>G) do gene, alterando assim a matriz de aminoácidos de Treonina para Alanina. Não foi observada hipermetilação na região promotora do gene CDH1 em nenhum dos indivíduos das famílias estudadas, pois nenhuma amostra alcançou 20%, dos sítios metilados do fragmento analisado. Apesar disso, 12 amostras apresentaram ao menos um sítio metilado. A frequência de hipermetilação observada em CDH1 varia de acordo com a população estudada ou até mesmo dentro da mesma população, como mostram alguns estudos na população européia e asiática. Essa variação pode ser explicada pela diferença na metodologia aplicada foi utilizada a técnica de MSP (methylation-specific PCR), e esta apesar de ser uma técnica poderosa e sensível para a detecção de hipermetilação do promotor é susceptível a resultados falso-positivos. Também não foi observada nenhuma associação entre o padrão de metilação e as mutações germinativas do gene CDH1. Este é o primeiro estudo que avalia mutações germinativas e hipermetilação do promotor do gene CDH1 em famílias com CGDH no Brasil. É possível que em regiões com alta incidência de CG, como o Norte e Nordeste do Brasil, fatores ambientais ou outros mecanismos moleculares provoquem alterações genéticas diferentes das analisadas neste estudo. Sugerimos também que o processo de metilação não seja o principal responsável pelo desenvolvimento do CGDH nas amostras de pacientes e seus familiares analisados em nosso estudo. Dessa forma, outras alterações genéticas e epigenéticas devem ser investigadas no gene CDH1 ou em outros genes com papel importante na carcinogênese gástrica e relacionados com predisposição hereditária, na tentativa de explicar os mecanismos do CGDH.

  • MICHEL PLATINI CALDAS DE SOUZA
  • ANÁLISE DA VARIAÇÃO DE NÚMERO DE CÓPIAS EM CARCINOMAS PAPILÍFEROS DA TIREOIDE 

  • Data: 06/03/2014
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  • Os tumores da tireoide são os mais comuns do sistema endócrino e dentre estes, os carcinomas papilíferos da tireoide (CPT) são os mais frequentes. Como uma doença multigênica, os CPTs precisam acumular durante o seu desenvolvimento um conjunto de mutações que lhe dêem vantagens seletivas em relação as células normais. Além de mutações nas sequencias de bases do genoma, essas alterações incluem muitas vezes perda e ganho de material genômico, originando as variações no número de cópias (CNVs). O modelo clássico de evolução clonal do câncer propõe que este acúmulo de mutações se dê de forma gradativa, podendo assim levar muitos anos. Porém, pesquisas recentes vem mostrando que o grande número de alterações em células cancerígenas pode surgir a partir de um evento de quebras múltiplas e reordenação em um ou alguns cromossomos, um fenômeno chamado de cromotripse. Seja de maneira gradativa ou não, CNVs no genoma podem acarretar a gênese ou desenvolvimento do câncer. Neste trabalho, avaliamos a ocorrência de CNVs em CPTs ecomparamos os resultados obtidos àqueles de tumores benignos, hiperplasias de tireóide, e de de tecido de tireóide normal. Utilizamos a técnica de aCGH com o uso de arranjos contendo cerca de 160 mil sondas para CNVs, englobando todo o genoma. Ao todo, 24 amostras foram utilizadas, das quais 16 eram de CPT tipo clássico. Destas, 4 amostras (20%) mostraram um alto número de CNVs, com valores de 180 a 335, a maioria delas deleções. Um grande número de CNVs também foi observado em três das quatro amostras de tumores benignos (adenomas foliculares), embora em menor número que nos carcinomas. Alterações em algumas regiões, como por exemplo as deleções de 5q31.2 e 3p25.1, podem ter relevância em uma rota de desenvolvimento de CPTs. As regioes1p35.3 e 3q29 por sua vez, revelaram ser possíveis portadoras de  genes relacionados com a idade de inicio da doença, uma vez que foram as únicas a mostrar diferença estatística quando comparamos pacientes abaixo de 45 anos com aquelas acima de 45 anos. A análise dos resultados de tumores malignos e benignos nos leva a inferir que não apenas um evento de alterações genômicas, mas pelo menos dois ciclos de rearranjos múltiplos podem ocorrer em uma rota de desenvolvimento de CPT. Ressalta-se porém, que mecanismos diferentes (seja no nível gênico ou epigenético) também devem estar envolvidos na gênese e desenvolvimento de tumores de tireoide.

    Palavras-chave: câncer, array-CGH, rearranjos, mutações

  • WILLAM OLIVEIRA DA SILVA
  • EVOLUÇÃO CROMOSSÔMICA EM ROEDORES DO GÊNERO Neacomys (CRICETIDAE, SIGMODONTINAE), DA AMAZÔNIA ORIENTAL BRASILEIRA
  • Data: 06/03/2014
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  • Neacomys é um gênero da subfamília Sigmodontinae composto por oito espécies, com distribuição predominantemente amazônica. Os escassos estudos citogenéticos somados à alta convergência de caracteres entre as diferentes espécies fazem a identificação de exemplares deste grupo um desafio, sendo necessárias abordagens multidisciplinares para elucidação de questões taxonômicas e melhor delineamento de suas espécies e sua história evolutiva. Neste estudo fizemos duas abordagens: a primeira voltada para a diversidade cariotípica, com a descrição de cinco novos cariótipos para o gênero (Neacomyssp. 1, 2n=58/NFa=64 e 70; N. paracou, 2n=56/NFa=62 e 66; N. dubosti, 2n=64/NFa=68) através de citogenética clássica e molecular. Além de elaborar uma filogenia com oito espécies (sete já descritas e uma nova espécie, Neacomyssp. 1), utilizando sequências parciais do gene mitocondrial Citocromo b, na qual plotamos os dados cromossômicos. A análise da distribuição dos cariótipos na filogenia molecular sugere que o 2n=56 e um grande número de pares acrocêntricos são traços ancestrais para o gênero. Essas condições são encontradas no ramo mais basal (N. paracou) e pode ter sido retido pelas formas ancestrais de outras espécies aqui estudadas (N. spinosus, N. dubosti,Neacomyssp. 1, N. tenuipes, N. guianae, N. musseri e N. minutus), com um aumento em 2n ocorrendo independentemente em N. spinosus e N. dubosti. Alternativamente, um aumento no 2n pode ter ocorrido no táxon ancestral das outras espécies aqui estudadas, seguido por eventos independentes de redução do 2n em Neacomyssp. 1 e na espécie ancestral de N. tenuipes, N. guianae, N. musseri e N. minutus. Finalmente, um evento de redução drástica no número diplóide ocorreu na espécie ancestral de N. musseri e N. minutus, que apresentam os valores mais baixos de 2n para o gênero. As variações cariotípicas (intra e interespecíficas) encontradas em ambas as amostras, associados à filogenia molecular, sugerem uma evolução cromossômica com amplificação/deleção de heterocromatina constitutiva e rearranjos, incluindo fusões, fissões e inversões pericêntricas. Nossa segunda abordagem foi voltada para o mapeamento genômico comparativo dos cariótipos de N. paracou(NPA-A, 2n=56/NFa=62 e NPA-B, 2n=56/NFa=64), Neacomyssp. 1 (NSP-A, 2n=58/NFa=64) e Neacomyssp. 2 (NSP-B, 2n=54/NFa=66), utilizando sondas cromossomo-totais de Hylaeamysmegacephalus (HME). Além de confirmar que as diferenças cromossômicas são decorrentes de fusões, fissões e inversões peri e paracêntricas, as associações 20/[13,22]/4, 12/[16,17] e a fissão do 1 (em 1a e 1b) são sinapomorfias para Neacomys, suportando a monofilia do gênero, enquanto que as associações 6/21, 7/[9,10] e 20/[13,22] são provavelmente traços ancestrais da tribo Oryzomyini. Além disso, cada espécie apresentou uma série de autapomorfias. A partir desses dados uma filogenia cromossômica foi elaborada, onde Cerradomyslangguthi (CLA) foi utilizado como grupo externo. Nessa filogenia NSP-A ocupa a posição mais basal do gênero, enquanto que NSP-B e NPA (A e B) estão mais proximamente relacionados por possuírem mais sinapomorfias entre si, do que com NSP-A. NPA (A e B) ocupam o ramo mais derivado.
  • KAUÊ SANTANA DA COSTA
  • ANÁLISE ESTRTURAL DO FATOR DE INFECÇÃO VIRAL E SUA INTERAÇÃO COM AS PROTEÍNAS ELOB, ELOC E A3G
  • Data: 24/02/2014
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  • O Fator de infecção viral (Vif) é uma proteína acessória, essencial para o ciclo de vida do HIV em células hospedeiras. A Vif apresenta diversas funções importantes para o HIV, no entanto a principal corresponde à neutralização das proteínas antirretrovirais APOBECs através do recrutamento do complexo E3 ubiquitina ligase. Neste estudo cinquenta mil modelos foram gerados usando o protocolo ab initio Relax do Rosetta que utiliza um conjunto fragmentos de três e nove de resíduos, e realiza a montagem destes através de pesquisa que emprega o algorítimo Monte Carlo; na modelagem utilizou-se também um arquivo de aproximação que definiu a relação espacial entre as cadeias laterais dos resíduos Cys /His e o íon zinco que, juntos, formam um motivo zinc-finger essencial para a atividade da Vif. Para a seleção dos modelos foi realizado análise de centroides e também análise estrutural com relação à formação do zinc-finger e disposição dos resíduos nos domínios de ligação às proteínas do complexo E3 ubiquitina ligase. Dinâmica molecular, análise mutacional e docagem molecular foram utilizados para analisar o modelo teórico. A ligação do zinco ao domínio HCCH altera significativamente o dobramento da Vif e muda a dinâmica estrutural da região HCCH. O zinc-finger da Vif possivelmente exibe geometria tetraédrica, tal como sugerido inicialmente por Mehle et al. (2006). Mutações de alguns resíduos conservados da região N-terminal alteram o mapa eletrostático da Vif e estas alterações podem explicar a interrupção das interações entre os subtipos F1 e F2 com A3H, previamente verificados experimentalmente. O presente modelo demonstrou também que o motivo BC-box liga-se à EloC através dos resíduos Leu146 e Leu149 por interações hidrofóbicas como previamente demonstrado experimentalmente. Este trabalho apresenta o primeiro modelo completo da Vif desenvolvido por modelagem ab initio, bem como sua interação com as proteínas APOBEC3 e o complexo E3 ubiquitina ligase. Esse modelo poderá, portanto, fornecer futuramente informações estruturais para o desenho racional de fármacos antagonistas da Vif.
  • IGOR ANDRADE PESSOA
  • ANÁLISE DE ALTERAÇÕES MOLECULARES DOS GENES TP53, PTEN, IDH1 E IDH2 EM AMOSTRAS DE GLIOMAS
  • Data: 18/02/2014
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  • Glioma é o termo utilizado para designar os tumores derivados das células da glia. São divididos em subgrupos baseados na morfologia histológica e similaridade das suas células com células da glia diferenciadas. Desta forma, são classificados, segundo a Organização Mundial da Saúde, em: astrocitomas, oligodendrogliomas, oligoastrocitomas e ependimomas. Como a maioria dos cânceres, gliomas se desenvolvem como resultado de alterações genéticas que se acumulam com a progressão do tumor. Tendo em vista a importância das mutações nos gene TP53, PTEN, IDH1 e IDH2 nas diferentes propostas da gênese e progressão de gliomas, este trabalho teve como objetivo geral analisar a ocorrência de mutações nesses genes através de PCR/SSCP seguida de sequenciamento direto, comparando os resultados obtidos entre tumores de diferentes graus de malignidade e avaliando a presença de associações estatísticas entre as diferentes variáveis estudadas. O gene TP53 apresentou mutação em 12,2% (6/49) das amostras, cometendo principalmente os éxons 5 e 7. Não houve associação estatística entre a presença de mutação nesses genes e as variáveis sexo, idade e gradação tumoral. No entanto, todas as mutações foram identificadas nos astrocitomas, evidenciando assim um importante papel na gênese e progressão desse subtipo tumoral. O gene IDH1 se apresentou mutado em 17,6% (6/34) dos casos, enquanto que nenhuma mutação no gene IDH2 foi identificada. Os testes estatísticos não mostraram relação significante entre as mutações identificadas em IDH1 e as variáveis estudadas. Em relação ao PTEN, apenas uma mutação no íntron 4 foi identificada em 1 caso. Considerando-se o estadiamento dos casos que apresentaram mutações, sugere-se que mutações nos genes TP53 e IDH1 são eventos precoces na progressão dos gliomas, o que pode ser útil do ponto de vista clínico no que se diz respeito ao acompanhamento dos pacientes e desenvolvimento de estratégias terapêuticas mais específicas.
  • ADJANNY ESTELA SANTOS DE SOUZA
  • INVESTIGAÇÃO DE MARCADORES GENÉTICOS ASSOCIADOS AO DIABETES MELLITUS TIPO 2 EM SANTARÉM-PARÁ
  • Data: 20/01/2014
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  • O diabetes mellitus (DM) é a doença metabólica mais comum no mundo e é considerado um grave problema para a saúde. Estudos de associação genômica ampla (GWAs) têm identificado genes de suscetibilidade para o DM2 em diferentes populações e tem se observado que essas populações podem não compartilhar fatores de risco similares. Em uma amostra de 209 diabéticos e 201 não diabéticos residentes em Santarém-Pará, foram analisados oito SNPs (polimorfismos de nucleotídios simples) em cinco genes: Calpaína 10 (UCSNP-19 rs3842570; UCSNP-43 rs3792267; UCSNP-63 rs5030952); ADRB3 (rs4994); ABCC8 (rs1799854); FTO (rs8050136); TCF2L7 (rs7901695 e rs12255372), a fim de buscar a associação com o DM2. Observou-se que a frequência do alelo T do gene ABCC8 (rs1799854) representa risco para o desenvolvimento do DM2 (OR=1,3419; p=0,0422). Em pacientes diabéticos observou-se associação entre os polimorfismos dos genes: Calpaína 10 UCSNP-19 (rs3842570) e: idade atual (p=0,0022); idade de diagnóstico (p=0,0285), nos indivíduos heterozigotos a idade de diagnóstico foi maior; Calpaína 10 UCSNP-63 (rs5030952) e: idade atual (p=0,0170); idade de diagnóstico (p=0,0321); pressão arterial sistólica (p=0,0477) Indivíduos heterozigotos (CT), apresentaram maiores valores de: idade de diagnóstico e pressão arterial sistólica; TCF7L2 (rs7901695) e índice de massa corporal (p=0,0276). Portadores do genótipo CC apresentaram baixo índice de massa corporal em relação aos portadores do genótipo TT e CT. No grupo controle observou-se associação dos polimorfismos dos genes: Calpaína 10 UCSNP-63 (rs5030952) e LDL-colesterol (p=0,00001), portadores do genótipo TT apresentaram níveis mais elevados de LDL-colesterol; ADRB3 (rs4994) e circunferência da cintura nos indivíduos do sexo feminino (p=0,0265), mulheres com o genótipo TT apresentaram valores mais elevados de circunferência da cintura; TCF7L2 (rs12255372) e pressão arterial diastólica (p=0,0364), indivíduos portadores dos genótipos GT e TT apresentaram maiores valores de pressão arterial diastólica. A chance de DM2 é cerca de 1,6 vezes (p=0,0436 OR=1,5952) se o indivíduo apresenta o genótipo TT ou CT do gene ABCC8 (rs1799854). Os polimorfismos presentes nos genes da CAPN10 UCSNP-19 (rs3842570-alelo Del) e ABCC8 (rs1799854-aleloT) foram os que mais explicam a variação da glicemia nos participantes da pesquisa, bem como índice de massa corporal e triglicérides. A associação entre esses polimorfismos e o DM2 pode ser usada como marcador de risco para a doença e suas complicações. Estudos futuros de investigação de outros polimorfismos associados ao DM2 são necessários para avaliar a contribuição genética no risco de desenvolvimento dessa doença na população.
  • RAFAEL RIBEIRO BARATA
  • ANÁLISE GENÔMICA DO MICROBIOMA CULTIVÁVEL ENDOFÍTICO DE FRUTOS DE DENDÊ (Elaeis guineensis Jacq.)
  • Data: 10/01/2014
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  • O dendê, fruto da palmeira Elaeis guineensis Jacq., é mundialmente conhecido pela produção e utilização de seus óleos - óleo de dendê ou de palma (palm oil), extraído da polpa, e o óleo de palmiste (palm kernel oil), extraído da semente. O microbioma endofítico associado aos frutos de dendê pode conter um grande potencial biotecnológico ainda pouco estudado. O presente trabalho objetivou caracterizar a comunidade bacteriana presente no microbioma cultivável endofítico do dendê e analisar genes adaptativos destes microrganismos ao nicho planta. Para isso, frutos de dendê foram desinfectados para a remoção de microrganismos epifíticos, a polpa foi removida e cultivada junto ao meio TSB + emulsão com óleo de dendê. Após a incubação, uma amostra foi filtrada, o DNA total foi extraído e sequenciado, com o 454 FLX (Roche). Utilizando ferramentas de bioinformática foi possível detectar sequências associadas à utilização de carboidratos, metabolismo do nitrogênio e de compostos aromáticos, funções relatadas como ligadas ao estilo de vida endofítico. Quanto à diversidade, foram identificadas 13 espécies que estariam presentes no microbioma, distribuídas em dois filos - Firmicutes e Proteobacteria. Sendo as mais representativas (maior cobertura de sequenciamento) utilizadas para a montagem dos scaffolds genômicos. Quatro scaffolds de diferentes espécies foram obtidos – Lactococcus lactis, Enterobacter cloacae, Serratia marcesens e Klebsiella pneumoniae. Genes relacionados ao estilo de vida endofítico foram encontrados nos quatro scaffolds analisados. Também foram detectados clusters de transporte e metabolismo de carboidratos complexos associados aos vegetais como: sacarose, alfa-galactosideo, glucano, frutose e manose. Estas análises sugerem que as bactérias endofíticas presentes nos frutos de dendê possuem adaptações à planta hospedeira
2013
Descrição
  • MAISE GOMES QUEIROZ
  • “Estudo e Caracterização dos Elementos Genéticos Móveis que conferem Resistência às Carbapenemas em Klebsiella pneumoniae”
  • Data: 11/12/2013
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  • Foram obtidas as sequências de dois plasmídeos que contém blaKPC-2 carregados por duas cepas clínicas de Klebsiella pneumoniae ST442, causadoras de bacteremia em pacientes do estado de São Paulo, Brasil, isoladas com intervalo de tempo de 52 meses entre uma e outra. Os plasmídeos contendo blaKPC-2 foram isolados por transformação da Escherichia coli Top10 e seleção dos transformantes em meio contendo Imipenem. Ensaios de conjugação foram realizados utilizando E. coli J53Azr como receptora. Os plasmídeos foram sequenciados usando a plataforma 454 GS-FLX. Após montagem da sequência, os features foram preditos usando do servidor RAST e curados manualmente. As sequências nucleotídicas para os plasmídeos pFCF1305 (53, 082 bp) e pFCF3SP (54, 605 bp) foram depositadas no GenBank, sob os números de acesso CP004366.2 e CP004367.2, respectivamente. Ambos plasmídeos apresentam um arcabouço característico IncN e com duas regiões adquiridas, uma sendo o Tn4401, o qual carrega blaKPC-2, e outra região relacionada à estabilidade, também encontrada em outros plasmídeos que carregam blaKPC-2. E também, o gene tnpA, o qual codifica uma transposase do Tn4401b, encontra-se truncado no plasmídeo pFCF1305 por um novo e desconhecido elemento móvel, assim caracterizando uma nova isoforma do Tn4401. Surpreendentemente, deleções em duas regiões ricas em iterons e uma região que codifica para anti-restrição no arcabouço IncN foram encontradas na sequência de pFCF1305 (isolada em 2005), quando comparada a do mais recente (2009) pFCF3SP, sendo que, deve haver um ancestral comum para ambos plasmídeos no pool genético anterior a 2005, ou a linhagem ST442 deve ter adquirido esses plasmídeos similares independentemente em eventos diferentes.
  • CAROLINA ROSAL TEIXEIRA DE SOUZA
  • ESTUDO DA CORRELAÇÃO ENTRE O PERFIL DE ALTERAÇÕES DO GENE MYC, EM CÂNCER GÁSTRICO NO ESTADO PARÁ, COM PARÂMETROS DE DIAGNÓSTICO E PROGNÓSTICO: POSSÍVEL IDENTIFICAÇÃO DE ALVOS TERAPÊUTICOS
  • Data: 10/12/2013
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  • A proteína Myc, é um fator de transcrição, e tem efeito em aproximadamente 15% do genoma. Alterações em MYC já foram descritas em vários tipos de câncer, incluindo o câncer gástrico. Elementos externos, como infecção por Helicobacter pylori e vírus Epstein Barr (EBV), são fatores de risco a transformação malígna das células da mucosa gástrica. O presente trabalho teve por objetivo associar alterações genéticas e epigenéticas de MYC em amostras de adenocarcinoma gástrico e corespondentes não neoplásicos, e sua correlação com as características clínico-patológicas dos pacientes participantes. Adicionalmente, mucosas gástricas de pacientes submetidos a endoscopia digestiva alta foram avaliadas quanto a presença de H.pylori e EBV. Observamos que a infecção por H. pylori foi associado a presença de gastrite, e o antígeno cagA foi associado a gastrite moderada/grave como também um fenótipo tumoral mais agressivo. Nos tumores, apesar de não ter ocorrido associação significante entre os patógenos e os fatores genéticos de MYC, todos os tumores apresentaram níveis elevados de expressão e amplificação. EBV elevou significativamente o número de cópias de MYC por qPCR. A desregulação de MYC não se restringe a alterações genéticas puras, tendo sido identificado hipometilação na região promotorada desse gene nos tumores. Nas amostras endoscópicas, a frequência de EBV foi menor que a relatada na literatura e não está associada a nenhum outro fator clínico-patológico. Esses resultados sugerem que a bactéria H. pylori está envolvida na patofisiologia de gastrite moderada a severa, como também é um fator contribuinte no desenvolvimento do câncer gástrico. Assim, o desenvolvimento de vacina contra H. pylori pode levar a prevenção do câncer gástrico por esse patógeno. Complementarmente, a hipometilação, amplificação gênica e aumento na expressão de MYC e mutações podem ser usadas para detectar ou predizer o risco de câncer, e também como alvo para outras estratégias terapêuticas.
  • FABIO PACHECO ESTUMANO DA SILVA
  • ALTERAÇÕES GENÔMICAS EM CÂNCERES DE SISTEMA NERVOSO: ESTUDOS EM MEDULOBLASTOMAS E MENINGIOMAS
  • Data: 06/12/2013
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  • Os cânceres do Sistema Nervoso Central (SNC) são pouco frequentes e muito heterogêneos. No sistema de classificação da Organização Mundial da Saúde (OMS) mais de 100 neoplasias distintas são reconhecidas. Entre estas, os meduloblastomas (MBs) apresentam-se como os tumores cerebrais pediátricos mais comuns e os meningiomas como o segundo tipo de tumor primário mais comum do SNC. O progresso nas técnicas e no conhecimento sobre a biologia dos tumores pode gerar marcadores úteis no diagnóstico e no prognóstico, que ajudam a estratificar as variantes histológicas e permite correlações com o sucesso ou a falha dos tratamentos (tradicionais ou personalizados). Sendo assim, nosso trabalho objetivou compilar os dados sobre alterações genômicas, principalmente cromossômicas, que se relacionem com implicações clínicas para os tumores cerebrais e realizar um estudo em meduloblastomas e em meningiomas. Para isso, aplicamos as técnicas de SSCP (Polimorfismo Conformacional de Fita Simples), BSP (Modificação por Bissulfito de Sódio e Sequenciamento) e iFISH (FISH interfásico) para investigar mutações no gene TP53 e no cromossomo 17 em meduloblastomas e a técnica de aCGH (Hibridização genômica comparativa por microarranjos) para investigar variações no número de cópias (CNVs) em meningiomas. Na revisão sobre as alterações cromossômicas de relevância clínica, concluímos que as alterações cromossômicas são muito importantes e que podem auxiliar diretamente na tomada de decisões médicas. Os experimentos em meduloblastomas revelaram ausência de mutações significativas no gene TP53 em meduloblastomas e correlacionou esta ausência com uma alta taxa de sobrevida livre da doença. Os meningiomas, preponderantemente benignos, apresentaram um número muito grande de CNVs detectados por aCGH, contrastando com dados publicados anteriormente, indicando possível correlação com a presença da codeleção de NF2 e CHEK2 (ambos em 22q) e alta instabilidade cromossômica. A busca por marcadores genéticos para os cânceres do SNC é um trabalho contínuo que exige muitos estudos para validar os achados, que podem ter grande importância diagnóstica e prognóstica.
  • LUCIANA GONCALVES QUINTANA
  • ANÁLISE DA CORRELAÇÃO ENTRE SITIOS FRÁGEIS E PONTOS DE QUEBRAS CROMOSSÔMICAS EM PACIENTES COM ANEMIA DE FANCONI
  • Data: 05/12/2013
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  • A ANEMIA DE FANCONI CARACTERIZA-SE POR SER UMA DOENÇA HETEROGÊNEA, PODENDO SER CAUSADA POR 15 GENES SEUS RESPECTIVOS GRUPOS DE COMPLEMENTAÇÃO. ATRAVÉS DO USO DE AGENTES CLASTOGÊNICOS, HÁ UM AUMENTO DAS QUEBRAS CROMOSSÔMICAS EM CÉULAS DE PACIENTES COM ESSA DOENÇA. HÁ ESTUDOS QUE MOSTRAM A CORRELAÇÃO DESSAS QUEBRAS COM CERTOS TIPOS DE CÂNCER E EM CÉLULAS DE PACIENTES COM ANEMIA DE FANCONI. POR ISSO, HÁ A NECESSIDADE DE PORMENORIZAR NOVOS SÍTIOS FRÁGEIS E CONFIRMAR A COLOCALIZAÇÃO NO NÍVEL MOLECULAR–CITOGENÉTICO ENTRE AS QUEBRAS CROMOSSÔMICAS EM ANEMIA DE FANCONI E SÍTIOS FRÁGEIS JÁ PREVIAMENTE DESCRITOS NA LITERATURA. ESSA CORRELAÇÃO FOI FEITA ATRAVÉS DA TÉCNICA DE FISH, USANDO SONDAS LOCO-ESPECÍFICAS DERIVADAS DE BACS, ALÉM DE M-FISH E Mmcb. OS RESULTADOS MOSTRARAM QUE OS PONTOS DE QUEBRA DE PACIENTES DE AF SÃO COINCIDENTES COM SITIOS FRÁGEIS ESTRUTURAIS, NÃO OCORRENDO AO ACASO NOS CROMOSSOMOS HUMANOS.
  • JERSEY HEITOR DA SILVA MAUES
  • Abordagens de bioinformática para detecção de microRNAs intrônicos diferencialmente expressos do miRnoma gástrico tumoral.
  • Data: 04/12/2013
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  • MicroRNAs (miRNAs) são uma grande família de pequenos ncRNAs endógenos com aproximadamente 18 a 22 nucleotídeos, reguladores de expressão de genes em nível pós-transcricional e capazes de mediar o silenciamento gênico. Esse trabalho de bioinformática, da classificação destes pequenos RNAs humanos, é com base na procedência genômica do locus de seus precursores. E utilizando o banco de dados miRBase versão 20 foi possível identificar 55% dos microRNAs da classe intrônica. Essa análise foi usada como referência para a classificação do miRnoma gástrico tumoral, onde foram detectados 55% de microRNAs intrônicos. Ao analisar essa classificação em tipos histológicos gástricos Extra tumoral (E.T) e tumoral (T) de quatro pacientes, foram identificados os seguintes resultados: 54% de microRNAs intrônicos como exclusivos de E.T e T respectivamente; 55% somente em (T) e 49% simultaneamente, compartilhados nos dois tecidos gástricos. Esses resultados corroboram os dados da literatura, que descreveram mais da metade de microRNAs incorporados dentro de íntrons de genes codificadores de proteínas ou em unidades de transcrição não codificante a partir de seus promotores. Além do mais, investigou-se a expressão diferencial desses microRNAs intrônicos, que foram identificados simultaneamente em dois tipos histológicos gástricos do miRnoma tumoral dos pacientes, revelando os seguintes perfis de expressão: 12 de expressão aumentada e 16 de expressão reduzida, representados por meio do fold-change e estatísticas de ponto de corte, agrupamentos hierárquicos e a implicação em diversos tipos de cânceres. Além disso, foram projetados dois grupos como superexpressos e subexpressos pelo ranking do fold-change da expressão individual de 15 microRNAs intrônicos. Foram caracterizados nos tipos histológicos os perfis de expressão relativa de 11 microRNAs intrônicos com a expressão aumentada (miR-135b, miR-141, miR-215 e miR-342) e a expressão reduzida (miR-141, miR-342 e miR-4284). Estes resultados sugerem que a classe intrônica pode ser fisiologicamente ativa em doenças como o câncer gástrico.
  • LAINE CELESTINO PINTO
  • POTENCIAL CITOTÓXICO E GENOTÓXICO DO MEBENDAZOL EM CÉLULAS TUMORAIS GÁSTRICAS
  • Data: 29/11/2013
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  • O câncer gástrico é a segunda causa mais comum de mortalidade por neoplasia ao redor do mundo, principalmente devido ao início tardio dos sintomas clínicos e do diagnóstico, sendo um dos principais motivos que levam a doença a ser frequentemente diagnosticada em um estágio avançado, limitando as abordagens terapêuticas. Neste sentido, fica clara a necessidade do desenvolvimento de estratégias mais eficazes para tratamento. O Mebendazol (MBZ) é um fármaco utilizado para o tratamento de helmintíases em humanos e animais atuando através da despolimerização da tubulina e posterior desestruturação da função dos microtúbulos. Recentemente, o MBZ tem demonstrado a capacidade de inibir o crescimento de diferentes células cancerosas in vitro e in vivo. Com base nisso, o objetivo do nosso estudo foi avaliar o potencial citotóxico e genotóxico do MBZ in vitro em linhagens tumorais gástricas. Para tal, foi avaliado a citotoxicidade do MBZ e dos quimioterápicos 5-fluororacil, oxaliplatina, gencitabina, irinotecano, etoposídeo, cisplatina, paclitaxel e doxorrubicina nas linhagens tumorais gástricas (AGP-01, ACP-03 e ACP-02) através do ensaio colorimétrico do MTT, o mecanismo de morte celular (apoptose ou necrose) desencadeada pelo MBZ através da coloração diferencial de brometo de etídio/laranja de acridina em AGP-01, o status de polimerização da tubulina através da técnica de imunofluorescência indireta após o tratamento com MBZ, avaliação do potencial de invasão e migração da AGP-01 após o tratamento com MBZ, a atividade das metaloproteinases MMP 02 e MMP 09 após o tratamento com MBZ através da técnica de zimografia e o potencial genotóxico do MBZ usando o ensaio cometa (versão alcalina). Os dados revelaram que o MBZ apresentou elevada citotoxicidade nas linhagens tumorais gástricas, sendo que a maior atividade citotóxica foi conferida na linhagem ACP-02 com a CI50 de 0,3864 µM, seguido da linhagem AGP-01 com a CI50 de 0,5891 µM e da linhagem ACP-03 com a CI50 de 1,252 µM e ao associá-lo com o quimioterápico 5-FU demonstrou uma atividade aumentada com a CI50 de 0,3810µM. Além disso, o MBZ induziu apoptose na linhagem AGP-01 após 24 horas de tratamento, demonstrando uma morte celular significativa nas concentrações 0.5 µM e 1.0 µM quando comparado ao controle negativo (p<0,001). Após o tratamento por 14 horas com o MBZ nas três concentrações observou-se uma tendência a despolimerização da tubulina provocando um rompimento da estrutura dos microtúbulos. MBZ inibiu a invasão celular de forma significativa na concentração de 0,1 µM (p<0,0005) e nas concentrações de 0,5 µM e 1,0 µM (p<0,0001) e a migração celular após 12 horas de tratamento nas concentrações de 0,5 µM (p<0,01) e 1,0 µM (p<0,05) e após 24 horas de tratamento em todas as concentrações testadas 0,1 µM (p<0,01), 0,5 µM (p<0,001) e 1,0 µM (p<0,001). E a atividade da MMP 2 ativa reduziu significativamente (p<0,0001) em todas as concentrações testadas em relação ao controle negativo. Em relação ao potencial genotóxico houve um aumento significativo do indice de dano (p<0,05) em todos os tratamentos realizados em relação ao controle negativo. Diante do exposto, consideramos que o MBZ apresenta um potencial anticâncer bastante promissor para pacientes com câncer gástrico avançado. No entanto, estudos clínicos devem ser realizados para avaliar a eficácia no tratamento do câncer gástrico, buscando a melhoria da sobrevida dos pacientes.
  • FABIANO REIS DA SILVA
  • MODELAGEM COMPARATIVA E DINÂMICA MOLECULAR DA PROTEÍNA DE ENVELOPE DA CEPA BE AN423429 (GU808548) DO VÍRUS DA ENCEFALITE DE SAINT LOUIS ISOLADA DE ARTRÓPODE EM BELÉM DO PARÁ,1984.
  • Data: 27/11/2013
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  • O virus da encefalite de Saint Louis (SLEV), pertencente a família Flaviviridae, gênero Flavivirus, é amplamente distribuído nas Américas ocasionando surtos em algumas regiões. O vírus após infectar o homem, pode evoluir e causar doença apresentando sintomas como febre, dor de cabeça, tonturas, mal-estar e náuseas e em alguns casos pode levar o indivíduo a morte. No estado do Pará, este vírus tem sido isolado desde o ano de 1960. Algumas espécies de aves silvestres, bem como de mosquitos, principalmente do gênero Culex são hospedeiros desse vírus. O genoma do SLEV é constituído de uma fita simples de RNA, de polaridade positiva, com aproximadamente 11 kb de comprimento. Esse genoma produz uma poliproteína que posteriormente é clivada formando assim três proteínas estruturais, sendo uma delas a proteína de envelope (E) que apresenta capacidade de fusão com membranas da célula hospedeira e segundo evidências desempenha um papel na patogenicidade do vírus, e outras sete proteínas não estruturais envolvidas na replicação viral. No presente trabalho foi realizada a modelagem comparativa e a dinâmica molecular da proteína de envelope (E) a partir da seqüência de nucleotídeos da cepa viral BE AN423429 (GU808548) do SLEV cedida pela Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas do Instituto Evandro Chagas. Diferenças estruturais foram observadas entre o modelo construído para a cepa viral em estudo ao obtido para o molde (4FG0) selecionado a partir da busca empregando o programa BLAST apresentando valores de e-value igual a 0 e similaridade de 97,5% estando disponível no banco de dados de estruturas (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do). Na análise foram constatadas duas diferenças na estrutura primária de aminoácidos na posição 51 (Molde = Ala; BE AN423429=Thr) e 156 (Molde = Phe; BE AN423429=Ser), que foram visualizadas utilizando o programa UGENE. Um modelo tridimensional da proteína E da cepa do SLEV, construído por homologia a partir da seqüência fasta de aminoácidos da cepa BE AN 423429 sendo esta submetida no servidor da web SWISS-MODEL (http://swissmodel.expasy.org) . A estrutura foi avaliada utilizando dados gerados pelo PROCHEK (Com o gráfico de Ramachandran apresentando 83.3% dos aminoácidos a proteína modelada em regiões esterioquimicamente favoráveis), ANOLEA (Apresentado valores de energias dos aminoácidos baixos), QMEAN (Com um valor de 0.582). As representações gráficas e a medição do valor de RMSD (0.055) foram geradas pela leitura dos arquivos pdb com auxílio do software PYMOL. A minimização de energia, dinâmica equilibração e dinâmica de produção está sendo feita com o pacote de programas GROMACS.
  • ANDREZA PINHEIRO MALHEIROS
  • Análise filogenética e morfológica de Echinococcus oligarthrus procedentes do Brasil
  • Data: 29/10/2013
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  • Muitos esforços têm sido feitos para elucidar e definir a taxonomia das espécies do gênero Echinococcus e para atingir esse objetivo mais recentemente tem sido utilizado estudos moleculares para a reconstrução das relações filogenéticas entre as espécies do gênero. Esses estudos permitiram a identificação de espécies crípticas e a separação destas em espécies distintas. Praticamente nenhum estudo foi conduzido nas duas espécies endêmicas das América Central e do Sul, E. vogeli e E. oligarthrus. O objetivo desse trabalho foi contribuir para o conhecimento da diversidade de E. oligarthrus através da análise molecular e morfológica de espécimes procedentes da Amazônia brasileira. No total foram analisados dez espécimes sendo nove procedentes do hospedeiro intermediário natural (cutia – D. leporina) e um do hospedeiro acidental (homem). A análise molecular da sequência parcial de cinco genes nucleares e dois mitocondriais revelou elevada similaridade entre os espécimes deste trabalho. A filogenia obtida com esses marcadores utilizando os métodos de máxima verossimilhança, parcimônia e análise bayesiana mostraram que os espécimes agrupam com E. oligarthrus, porém formam um clado distinto. Os dados da morfometria dos acúleos rostelares dos espécimes procedentes do Brasil são muito diferentes dos descritos para esta espécie em outras regiões geográficas. Todos os espécimes procedentes do Brasil também mostraram elevado organotropismo em contraste à característica localização periférica das lesões císticas descritas na literatura para E. oligarthrus. Sendo assim as informações obtidas quanto ao tropismo tecidual, a morfometria dos acúleos e a filogenia permitem inferir que os espécimes analisados neste trabalho constituem uma espécie distinta de E. oligarthrus.
  • PABLO DIEGO DO CARMO PINTO
  • SUSCEPTIBILIDADE GENÉTICA DA HANSENÍASE EM PACIENTES DO ESTADO DO PARÁ
  • Data: 03/10/2013
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  • A hanseníase é uma doença infecciosa causada pela bactéria intracelular obrigatória Mycobacterium leprae que afeta a pele e nervos periféricos, causando uma infecção granulomatosa crônica. Os pacientes podem ser classificados de acordo com a Organização Mundial de Saúde em PB (com cinco lesões de pele ou menos) e MB (com mais de cinco lesões de pele). Alternativamente, Ridley-Jopling classificaram esses pacientes de acordo com os critérios clínicos, histológicos e imunológicos, estes critérios classificam os pacientes em dois polos, o polo TT (tuberculóide-tuberculóide) com pacientes que exibem uma forte resposta imune celular (RIC) e um teste de baciloscopia negativa, e o polo LL (lepromatosa-lepromatosa) com pacientes que têm uma fraca ou ausente RIC e um esfregaço de pele altamente positivo. No presente estudo investigamos polimorfismos nos genes CYP2E1 [including 1053 C>T, 1293G>C (CYP2E1*1A, CYP2E1*5); 7632T>A (CYP2E1*1A, CYP2E1*6); 96-bp INDEL, CYP2E1*1C (DEL) e CYP2E1*1D (INS)] e GSTM1 (GSTM1*1 e GSTM1*0) como possíveis fatores de proteção para pacientes com hanseníase. Trinta e três polimorfismos nos genes IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL8, IL10, IL12α, IL12β, IL12Rβ1, SP110, TNFα, TNFRSF1α, IFN-γ, IFNγR1, VDR e PTPN22 foram investigados para a associação da susceptibilidade a hanseníase e aspectos clínicos. Os resultados do trabalho sugerem que os alelos CYP2E1*5, CYP2E1*6 e GSTM1*0 podem ser considerados como marcadores de susceptibilidade para a hanseníase, e sua distribuição deve ser melhor investigado, pois sua presença parece conferir proteção contra o M. leprae. Os alelos IL6*-174G, IL12β*458G, IFNGR1*-56C e VDR*BsmIA foram sugeridos como marcadores de resistência a hanseníase e os alelos IL10*-819T, IL10*-592C e TNFα*-1031T e os haplotipos derivados de genes IL1β, IL12β, e TNF foram sugeridos como fortes fatores de risco para o desenvolvimento da hanseníase. O alelo IL4R*1902G mostrou um efeito protetor contra o crescimento bacilar e os alelos IL12Rβ1*1094G, IL12Rβ1*641G e TNFα*-863C foram associados com a progressão aos tipos graves da doença.
  • MARIANA DINIZ ARAUJO
  • Análise do padrão de metilação e expressão de genes envolvidos na via P14/MDM2/P53 em tumores astrocíticos
  • Data: 27/09/2013
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  • Os tumores do Sistema Nervoso Central (CSN) constituem menos de 2% de todos os casos de neoplasias malignas no mundo, entretanto, mesmo com esta baixa taxa de incidência, este tipo de tumor contribui significativamente para o aumento de taxa de mortalidade global por câncer. Os tumores primários do SNC mais comuns são os gliomas (40% a 60%), e englobam os tumores astrocíticos, que de acordo com os critérios da Organização Mundial de Saúde (OMS) são classificados em Grau I e II (baixo grau) e III e IV (alto grau). Estudos têm revelado que alterações genéticas e epigenéticas na via p14/MDM2/p53 auxiliam o desenvolvimento de diversos tipos de tumores, incluindo astrocitomas. Tendo em vista o exposto acima, o objetivo do presente trabalho foi avaliar comparativamente o perfil de metilação e expressão de genes envolvidos na via p14/MDM2/p53 em tumores astrocíticos. Para isso foi realizada a PCR em tempo real de 61 amostras de tumores astrocíticos, sendo feito também sequenciamento de 36 amostras modificadas com Bissulfito de Sódio, para a análise de metilação. Os resultados encontrados demostram que os genes MYC e MDM2 encontram-se significativamente hiperexpressos (p<0.0001 para ambos os genes), enquanto os supressores tumorais p14 e TP53 estão significativamente hipoexpressos (p<0.0001 para ambos os genes). Além disso, para todos os genes foram encontradas associações positivas entre os níveis de expressão e o alto grau de malignidade (p=0.015 para MYC; p=0.0001 para p14; p=0.019 para TP53) e a menor sobrevida (p<0.0001 para p14, TP53 e p=0.028 para MYC). Os resultados da metilação revelaram hipometilação para ambos os genes analisados (MYC e p14). Estes resultados sugerem que nas amostras analisadas o gene p14 não encontra-se regulado pelo processo de metilação, pois embora hipometilado, o mesmo está hipoexpresso. Já a expressão do gene MYC pode estar sendo regulada pelo processo de metilação. Além disso, em decorrência de seus baixos níveis de expressão, p14 pode não está exercendo a função de ligação à MDM2, que está por sua vez hiperexpresso. Logo, MDM2 pode desempenhar seu papel na ubiquitinação de p53, impedindo que o mesmo realize seu papel na indução da apoptose. Dessa forma, podemos concluir que a expressão dos genes investigados no presente estudo está associada com a progressão tumoral e sobrevida, podendo, juntamente com outros marcadores genéticos e epigenéticos, auxiliar no prognóstico dos tumores astrocíticos.
  • GUSTAVO MOARES HOLANDA
  • Investigação da ocorrência de Vírus da Hepatite C em primatas não-humanos.
  • Data: 24/09/2013
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  • O gênero viral Hepacivirus é constituído pelo Vírus da Hepatite C (VHC), além de possíveis classificações dos Vírus GB A, Vírus GB B e Vírus GB C; desses, os Vírus GB A e GB B apresentam como reservatórios primatas não-humanos do Novo Mundo e o VHC e GB C apresentam como reservatórios seres humanos. Ainda não foi identificado em animais silvestres o vírus VHC, nem outros vírus diretamente relacionados a ele, diferentemente de vírus semelhantes ao vírus da Hepatite B e os novos possíveis Hepacivirus de cavalos, cães e roedores. Devido as infecções causadas pelo VHC serem graves, há a necessidade de uma investigação sobre Hepacivirus em outros animais, os quais possam infectar seres humanos. Este trabalho teve como objetivo pesquisar a presença de Hepacivirus, o VHC ou outras espécies virais semelhantes a ele, em soros de primatas não-humanos. Foram utilizados iniciadores que promovem a amplificação da região IRES do VHC, tendo sido analisadas amostras pertencentes a 35 espécies de primatas. Não foram detectados Hepacivírus semelhantes a do VHC em espécies de primatas não-humanos. Dessa forma, estudos que visem solucionar os mecanismos de processos evolutivos que possibilitaram o VHC infectar seres humanos devem concentrar-se em espécies semelhantes aos Vírus GB ou os novos possíveis Hepacivirus descobertos recentemente em cachorros, cavalos e roedores, visto que estes parecem ser o elo de ligação entre o VHC e espécies virais encontradas em primatas não-humanos.
  • ADENILSON LEAO PEREIRA
  • Organização genômica em Necromys lasiurus (Cricetidae: Sigmodontinae) revelada através de Pintura Cromossômica: Uma abordagem genômica comparativa
  • Data: 26/08/2013
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  • Rodentia representa 42% de todos os mamíferos atualmente viventes, possuindo o maior número de suas espécies contidas dentro de Muroidea. Os muroideos da subfamília Sigmodontinae são restritos ao continente Sul-americano e são representados por roedores com ampla distribuição geográfica e grande diversidade morfológica. O gênero sigmodontineo Necromys, representante da tribo Akodontini, é amplamente distribuído no território brasileiro, sendo encontrados em regiões de áreas abertas como o Cerrado. Este gênero é bastante estudado citogeneticamente, possuindo alta estabilidade cariotípica, com 2n=34 e NF=34. Além das análises de citogenética clássicas tradicionais, a espécie N. lasirus tem sido estudada pela técnica de FISH com sondas de Mus musculus, que tem revelado extensiva reorganização cromossômica. Apesar disso, algumas regiões em seu genoma permaneceram sem identificação nesse mapeamento. Esse fato é atribuído à dificuldade na utilização destas sondas entre estas espécies, que são nitidamente distantes filogeneticamente. A utilização de sondas de espécies próximas filogeneticamente à N. lasiurus, podem melhorar as análises eliminando essas lacunas. Neste estudo nós mapeamos o cariótipo de N. lasiurus com sondas de cromossomos totais de Hylaeamys megacephalus, com objetivo de refinar o mapeamento cromossômico e fornecer novas e adicionais informações sobre a organização do genoma nesta espécie. Além disso, realizamos uma ampla análise comparativa entre nossos dados e dados disponíveis na literatura, a fim de avaliar a forma de organização do genoma neste grupo. Nossos resultados revelaram 28 regiões de homologia entre as duas espécies, onde foi possível eliminar lacunas deixadas por estudos anteriores. Nossa análise comparativa entre espécies mapeadas por sondas de H. megacephalus, revelaram 5 blocos sintênicos compartilhados que sugerimos ser comum a maioria das espécies Sigmodontinae. Já nossa comparação entre diferentes espécies utilizadas neste estudo, revelou 10 blocos sintênicos de M. musculus compartilhados entre elas, remetendo a novas e adicionais informações sobre a organização do genoma em Muroidea. Por fim, nossas observações sobre o padrão de quebra evolutivo dos principais blocos compartilhados entre estes roedores, revela que a seleção natural pode estar atuando na forma de organização e manutenção desses blocos durante a evolução do genoma nestes roedores.
  • JEDSON FERREIRA CARDOSO
  • MONTAGEM “DE NOVO” DE PROCARIOTO SEQUENCIADO PELA PLATAFORMA FLX 454: ESTUDO DE CASO MICRORGANISMO ENDOFÍTICO EXTRAÍDO DO AÇAI
  • Data: 13/08/2013
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  • O açai (Euterpe oleracea Mart), palmeira nativa da região Amazônica, vem sendo o alvo de diferentes estudos que visam à descrição e caracterização de produtos bioativos oriundos do fruto desse vegetal. Os estudos em bioprospecção têm como enfoque caracterizar a microbiota bacteriana endofítica do açaí associada a novos biocatalisadores com ação sobre compostos fenólicos e antioxidantes, bem como para melhor compreender quais vias metabólicas participam potencialmente do processo de fermentação bacteriana natural da polpa de açaí. Neste contexto, dados de sequenciamento de próxima geração (Illumina, GS FLX 454, SOLID) e suas respectivas estratégias de montagem têm sido amplamente usados para a obtenção de genomas bacterianos completos auxiliando consideravelmente os estudos em genômica funcional. O presente estudo tem por objetivo definir uma estratégia de montagem híbrida do isolado AÇAI05. Dez isolados bacterianos foram obtidos oriundos do fruto do açai, dos quais o isolado AÇAI05 foi utilizada para obtenção do genoma completo empregando a plataforma NGS FLX 454 (Roche, Life Science). Para a montagem do genoma a partir dos dados gerados pelo sequenciador, utilizou-se uma etapa de pré-processamento empregando o software cd-hit objetivando a remoção de leituras duplicadas. Para o processo de montagem, dois algoritmos (Newbler e Celera) combinando parâmetros diferentes foram aplicados na busca de sobreposição e geração de contigs. A comparação entre contigs foi realizada pelo programa Crossmatch, enquanto que a extensão dos contigs foi realizada pelo programa Minimus. O programa BlastN (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) foi usado para avaliar o percentual de similaridade do genoma obtido para a amostra AÇAI 05 com genomas disponíveis no banco de dados do GenBank (www. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Sequencias com menor valor esperado (e-value), maior valor de escore (score) e maior percentual de cobertura (coverage) foi utilizada como modelo para gerar o Scaffold empregando o programa Projector2. O fechamento de gaps foi realizado in silico utilizando o programa computacional CLCBio. A validação do Scaffold foi feita mediante aplicação dos programas GPARD e RCAT2. A Anotação genômica automática de todos os produtos gênicos e demais características funcionais foram obtidas utilizando o algoritmo RAST em sua versão web, e para curadoria da anotação, objetivando gerar o mapa genômico, utilizou-se os softwares Artemis e BlastP. Por fim, para disponibilizar o genoma no Genbank, utilizar-se-á a ferramenta Sequin disponível no sítio do NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/). Com os dados gerados pelo GS FLX 454, obteve-se 220.924 leituras e 87.831.937pb, que após pré-processamento pelo cd-hit, foram reduzidas para 184.218 leituras e 72.844.988pb. O total de 60 e 63 contigs foram obtidos (N50=262.887; menor contig= 17; maior contig= 396.664;) aplicando os algorítimos disponíveis nos programas Newbler e Celera, respectivamente. A análise dos contigs pelo programa BlastN evidenciou maior similaridade dos mesmos com a bactéria da espécie P. mirabilis HI4320 (Número de acesso: AM942759) mostrando valores significativos (e-value: 0.0, score: 3.025e+04, coverage: 84%). O comprimento total do genoma foi de 3.912.254pb (17 x de cobertura) com um conteúdo GC de 38,1%. A Anotação automática foi realizada e identificou mais de 3512 sequências codificantes com 14 loci de rRNA e 76 tRNA. Os produtos gênicos estão sendo curados manualmente para que o genoma seja posteriormente disponibilizado no Genbank. A estratégia hibrida de montagem proposta no presente estudo, mostrou-se uma eficaz ferramenta no auxilio para estudos futuros de genômica estrutural e funcional de bactérias.
  • CINTHIA CUNHA MARADEI PEREIRA CAMPOS
  • MODELAGEM ABINITIO E DINÂMICA MOLECULAR DA PROTEÍNA TRANSPORTADORA hMATE1

  • Data: 08/07/2013
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  • A leucemia mielóide crônica (LMC) é uma neoplasia maligna de células hematopoiéticas resultado de uma translocação recíproca entre os cromossomos 9 e 22, que dá origem ao oncogene bcr-abl. O mesilato de imatinibe é atualmente o tratamento de primeira linha da LMC, mas, apesar dos excelentes resultados, não elimina a doença residual mínima. Estudos realizados em amostras de sangue e medula de pacientes em remissão molecular maior tratados com o Imatinibe e grupo controle, objetivando encontrar genes expressos nas linhagens celulares CD34+ e CD66b+, identificou proteínas de membrana candidatas ao transporte de inibidores de quinase, cujo gene se expressava exclusivamente na medula. Entre estes, genes da família MATE, responsáveis pelo efluxo de diversos fármacos em alguns tipos celulares. SLC47A1 ou hMATE1 é uma proteína transmembranar de 570 aminoácidos, membro da família SLC47, que tem função de efluxo celular e desempenha um importante papel no processo de resistência a fármacos, sendo expressa predominantemente no rim e no fígado. hMATE1 é uma proteína de transporte ativo secundário, que utiliza Na+ acoplado a proteína para o transporte de substâncias para o exterior da célula. O objetivo deste estudo é modelar a estrutura tridimensional da proteína hMATE1. Utilizou-se a técnica de modelagem ab initio com o suíte de aplicativos Rosetta. O modelo resultante foi validado e estabilizado por dinâmica molecular, apresentando uma alta qualidade estereoquímica, com 99,3% dos resíduos em regiões favoráveis e 100% dos resíduos em regiões permitidas. O modelo tem características estruturais compatíveis com membros da família MATE, e apresenta em sua topologia uma 13ª hélice transmembranar não relatada em procariotos. Espera-se, com este modelo, favorecer estudos sobre o mecanismo de efluxo da hMATE1, ainda pouco compreendido.

  • MAURICIO FIGUEIREDO MASSULO AGUIAR
  • PREVALÊNCIA DE DELEÇÕES NO GENE CYP21A2 NA HIPERPLASIA CONGÊNITA NO ESTADO DO PARÁ
  • Data: 27/06/2013
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  • A hiperplasia adrenal congênita (HAC) é um distúrbio genético autossômico recessivo resultante de disfunções enzimáticas da via metabólica do colesterol, cuja etiologia está ligada a deficiência da enzima 21-hidroxilase (21OH) em 95% dos casos. Este processo resulta em pseudohermafroditismo feminino, por acúmulo de substrato da enzima 21OH e aumento de síntese de androgênios nas glândulas adrenais. Mutações convertendo um gene ativo em inativo ocorrem em 65% a 90% dos casos clássicos da deficiência de 21-hidroxilase (isto é, perdedores de sal ou virilizantes simples) e em todas as formas não-clássicas. A deleção de genes é responsável por 10 A 35% das mutações restantes que produzem a deficiência de 21-hidroxilase. PCR (reação em cadeia da polimerase) em tempo real, método baseado para a deteção com a utilização de sondas fluorescentes, permite a detecção destas deleções. A investigação da deleção do gene que causa deficiência da enzima 21OH realizada em 43 indivíduos com diagnóstico clínico de hiperplasia adrenal congênita da população do estado do Pará revelou a presença de seis (6) indivíduos com a deleção. A frequência genotípica foi de 86% para indivíduos normais sem deleções e de 14% para indivíduos com deleções sendo 12% (5/43) indivíduos heterozigotos e 2% (1/43) de indivíduos homozigotos, com uma freqüência alélica de 8% para essa deleção.
  • TANIA MARIA DE SOUZA RODRIGUES
  • POLIMORFISMO EM GENES DE CITOCINAS E DOENÇAS PERIODONTAL EM UMA POPULAÇÃO INDÍGENA DA AMAZÔNIA
  • Data: 21/06/2013
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  • Periodontite crônica (PC) é uma doença infecciosa imune inflamatória modulada por interleucinas (ILs). Polimorfismos nos genes de alguma ILs parecem desempenhar um papel importante no fenótipo dessa doença. O objetivo desse estudo foi investigar se o polimorfismo genético nos genes das IL1α, IL1β, IL1, IL6, IL8, IL10 e TNFα pode estar associado à forma de manifestação de doença periodontal crônica em uma população indígena da Amazônia, comparando o uso do fumo, a idade e o uso de adorno labial. Foram examinados 90 índios, divididos em um grupo com doença periodontal(26) e outro sem doença (64). O DNA foi extraído e PCR e digestão enzimática foram realizados para análise da presença de SNPs e comparado entre os grupos, cuja a significância estava presente com P<0,05. Os resultados não mostraram significância estatística entre os grupos comparados em nenhuma das ILs estudadas, mostrando que a frequência de doença periodontal foi maior em homens acima de 30 anos e que usavam adorno labial. Portanto, conclui-se que o polimorfismo genético nas ILs estudadas não contribui para a presença de doença periodontal nessa população, estando a mesma associada ao gênero, uso do adorno e idade. Porém, estudos com amostra maior poderá ser desenvolvido futuramente.
  • TEREZA CRISTINA DE BRITO AZEVEDO
  • Influência do Diagnóstico Tardio da Leucemia Mieloide Crônica na Resposta Molecular ao Mesilato de Imatinibe
  • Data: 04/06/2013
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  • A Leucemia Mielóide Crônica (LMC) é uma doença mieloprolferativa que se origina na célula tronco hematopoética que sofreu mutação resultante no cromossomo Philadélphia (Ph), cuja primeira linha de tratamento é constituída pelos inibidores da tirosina-quinase (ITQ) mesilato de imatinibe. O diagnóstico molecular e monitoramento de resposta ao tratamento da LMC é feito através do gene BCR-ABL pela técnica de reação em cadeia de polimerase em tempo real (RT-PCR), sendo este o exame de escolha em pacientes tratados com ITQ. O RT-PCR tem importância desde o diagnóstico, bem como na avaliação da resposta ao tratamento, recaída molecular precoce ou intolerância ao tratamento com mesilato de imatinibe. O prognóstico em pacientes com LMC é realizado através dos escores de Sokal e Hasford que utilizam critérios clínicos e laboratoriais. É imprescindível a avaliação do impacto da LMC quanto ao tempo de curso da doença até a confirmação diagnóstica e o tempo de demora para início do tratamento com imatinibe, através dos índices preditores da LMC e o cálculo de Kamada & Uchino (1978). Esses fatores, em associação com RQ-PCR, darão o perfil desses pacientes portadores de LMC frente ao tratamento instituído. Avaliar associação do tempo de demora no diagnóstico aos escores de Sokal e Hasford na resposta sustentada ao mesilato de imatinibe (MI). Foram estudados 71 pacientes com LMC na fase crônica em tratamento com MI na dose padrão de 400mg/dia, atendidos no Hospital Ophir Loyola no setor de Onco-hematologia Os níveis de transcritos BCR-ABL foram medidos no diagnóstico e periodicamente, através da técnica de reação em cadeia da polimerase. O grupo de pacientes que iniciou o tratamento com mesilato de imatinibe e foram responsivos foi de 45 pacientes (63,38%), enquanto os 26 pacientes (36,62%) não foram responsivos devido ao diagnóstico tardio da doença. A relevância deste estudo demonstra que o tempo de demora no diagnóstico da doença influencia diretamente no tipo de resposta hematológica, citogenética e molecular, quando tratados precocemente com mesilato de imatinibe.
  • TAISSA MAIRA THOMAZ ARAUJO
  • ANÁLISE DE ALTERAÇÕES GENÔMICAS QUANTITATIVAS EM ADENOCARCINOMA GÁSTRICO DO TIPO INTESTINAL EM PACIENTES COM IDADE IGUAL OU INFERIOR A 50 ANOS
  • Data: 09/04/2013
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  • O câncer gástrico é a quarta causa mais frequente de neoplasias no mundo. Sem considerar os tumores de pele não melanoma, o câncer de estômago é o segundo mais frequente na região Norte em homens e o quarto em mulheres. O adenocarcinoma gástrico tem um pico de incidência em pacientes com idade entre 50 a 70 anos. O adenocarcinoma, tumor originado na camada mucosa, é o tipo mais comum de câncer do trato digestivo. Segundo a classificação histológica de Lauren, os adenocarcinomas gástricos podem ser subdivididos nos tipos intestinal e difuso. O adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal é a variante histológica comumente presente em populações de alto risco, sendo resultado da ação de vários fatores ambientais, incluindo a infecção por H. pylori. O tipo intestinal é geralmente precedido de lesões pré‐neoplásicas progressivas, como gastrite crônica, atrofia gástrica, metaplasia intestinal e displasia. Aberrações cromossômicas numéricas são comumente observadas em tumores humanos. Presume‐se que estas alterações são os eventos genéticos de maior prevalência dentre mais de vinte mil tumores sólidos analisados. Neste contexto, análises citogenéticas de tumores objetivam identificar alterações cromossômicas a partir das quais os estudos moleculares de genes envolvidos na patogênese do câncer possam ser desenvolvidos. Estudos envolvendo a Citogenética e a Biologia Molecular (Citogenética Molecular) podem elevar o poder de análise necessário para identificar as várias aberrações que uma célula normal sofre para adquirir um comportamento tumoral agressivo. A aplicação de aCGH em amostras extraídas de vários tipos de tumores, tem revelado recorrentes ganhos e perdas cromossômicas que não foram detectadas por análise citogenética tradicional. Assim, o objetivo deste estudo consistiu em pesquisar as alterações quantitativas do material genômico de adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal em pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos, utilizando a técnica de Hibridização Genômica Comparativa por Array. O sistema utilizado foi o Affymetrix® CytoScanTM HD Array, que apresenta no total cerca de 1,9 milhões de sondas para a detecção de CNV e 750.000 marcadores moleculares para SNP. Através da técnica de aCGH utilizada neste estudo, foi possível identificar diversas alterações quantitativas no genoma do adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal. Não foram encontradas associações estatisticamente significantes entre os resultados obtidos e as características clinico‐patológicas dos pacientes estudados. Entre as alterações encontradas, 22 delas apresentaram-se mais frequentes em pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos, destacando a amplificação dos genes SEC62, SEC61G, EGFR e TRPV2, que foram significativamente mais frequentes neste grupo de pacientes (p<0,05). Desta forma, essas alterações quantitativas no material genético dos tumores podem estar envolvidas na carcinogênese gástrica destes pacientes e podem ter um papel importante no desenvolvimento da neoplasia em faixas etárias mais baixas, onde o câncer gástrico não é tão frequente.
  • WALLAX AUGUSTO SILVA FERREIRA
  • ANÁLISE DA EXPRESSÃO DOS GENES ENVOLVIDOS NA VIA RB/E2F EM TUMORES ASTROCÍTICOS
  • Data: 08/04/2013
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  • Os tumores do sistema nervoso central representam aproximadamente 2% de todos os tipos de cânceres. Embora a incidência dos tumores do SNC seja pequena, comparada com outras neoplasias, estes tumores estão entre as mais graves malignidades humanas, pois afetam o órgão responsável pela coordenação e integração de todas as atividades orgânicas. Os gliomas são os tumores cerebrais primários mais frequentes, representando mais de 80% de todas as neoplasias do Sistema Nervoso Central e são, atualmente, classificados, pela Organização Mundial de Saúde, em astrocitomas, oligodendrogliomas, tumores mistos e ependimomas. Os gliomas astrocíticos são derivados de células da glia denominadas astrócitos. São considerados as neoplasias primárias mais comuns do SNC e histologicamente mostram diferentes graus de malignidade e podem ser classificados como de baixo (I -II) e de alto (III – IV) grau Estudos recentes demonstram que a formação dos astrocitomas é uma consequência de desregulações em diversas vias, tais como a RB/E2F, sendo esta última comumente desregulada em vários cânceres humanos através de mecanismos genéticos ou epigenéticos. Considerando a premissa de que o estudo dos mecanismos de controle do lócus INK4/ARF pode ajudar no entendimento da patogênese molecular dos tumores astrocíticos, além de sua utilização como marcador diagnóstico e prognóstico e de auxiliar na escolha adequada do tratamento a ser recebido pelo paciente, o presente estudo tem como objetivo geral avaliar e comparar o perfil de metilação, por meio da técnica BSP, e a expressão, usando a técnica de PCR em tempo real, dos genes p16Ink4a, p15Ink4b, CDC6, Bmi1, Ciclina-D1 e RB1 em tumores astrocíticos. Nossos resultados de metilação mostram que todos genes avaliados estão hipoexpressos em todos os graus tumorais. No entanto, os resultados de PCR em tempo real mostram que todos esses genes estão desregulados apenas nos tumores de alto graus, e que hiperexpressão de CDC6 e Bmi-1 em glioblastomas, reprimiu os membros do lócus INK4/ARF (p16Ink4a e p15Ink4b), que por sua vez influenciaram na hiperexpressão de Ciclina-D1 e hipoexpressão de RB1.
  • DEBORA CHRISTINA RICARDO OLIVEIRA FERNANDES
  • PERFIL FARMACOGENÉTICO DOS GENES CYP2B6 E CYP3A5 NA MODULAÇÃO DA RESPOSTA A RIFAMPICINA EM PACIENTES COM TUBERCULOSE NO ESTADO DO PARÁ
  • Data: 08/04/2013
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  • A tuberculose (TB) é uma patologia que pode apresentar uma evolução grave, causada pelo Mycobacterium tuberculosis.É considerada a segunda causa de morte ocasionada por doenças infecciosas e a primeira causa de morte nos indivíduos portadores de SIDA/HIV (Síndrome da Imunodeficiência Humana/Vírus da Imunodeficiência Humana). O tratamento recomendado pelo Ministério da Saúde do Brasil utiliza como esquema padrão três fármacos combinados: Rifampicina, Isoniazida e Pirazinamida. Nos indivíduos coinfectados com TB e SIDA/HIV o tratamento é o composto contendo rifampicina, efavirenz e mais dois inibidores nucleosídicos da transcriptase reversa. Dentre os efeitos adversos mais graves destaca-se a hepatotoxicidade caracterizada por danos no fígado. Diferentes investigações sugerem que o desenvolvimento de hepatotoxicidade medicamentosa causada por administração da rifampicina com isoniazida e com o efavirenz em pacientes com tuberculose e coinfectados com SIDA/HIV está associada à polimorfismos nos genes CYP2B6 e CYP3A5. Dessa forma, neste estudo investigamos um SNP no gene CYP2B6 e um no gene CYP3A5, além de utilizar um painel de 48 Marcadores do tipo INDEL para estabelecer o controle genômico de ancestralidade, uma vez que a população investigada é miscigenada. A amostra foi composta de 220 pacientes portadores de tuberculose do Estado do Pará, todos eles tratados com o fármaco rifampicina. Estes pacientes foram agrupados segundo a resposta medicamentosa ao tratamento: i) Grupo I, formado por pacientes que não desenvolveram hepatotoxicidade medicamentosa (189 indivíduos, sendo que, sete são coinfectados), (ii) Grupo II, formado por pacientes que desenvolveram hepatotoxicidade medicamentosa (31 indivíduos, sendo que, oito são coinfectados). A análise molecular dos polimorfismos foi realizada por Real Time PCR, utilizando o sistema TaqMan. Para as análises de ancestralidade foi utilizado a técnica de PCR multiplex (três reações de PCR, seguidas de eletroforese capilar). Foram realizadas análises de regressão logística múltipla (SPSS v20.0), para testar prováveis associações desses polimorfismos com as interações medicamentosas nesses pacientes; e o programa STRUCTURE v2.0 para estimar as freqüências referentes a subestruturação populacional da amostra. Os nossos resultados mostraram que trinta e um pacientes (14,1%) dos 220 indivíduos incluídos no estudo desenvolveram hepatotoxicidade medicamentosa. Ao analisamos o homozigoto mutante TT do polimorfismo 516T>G do gene CYP2B6 em conjunto com outras variáveis importantes, que podem explicar a hepatotoxicidade avaliada no estudo, o resultado foi significativo (P= 0,046; OR= 0,063; 95% CI 0,004 – 0,955). Os resultados obtidos do modelo estatístico univariado para a associação do polimorfismo 6986A>G do gene CYP3A5 com os fármacos investigados não diferiram entre as amostras de indivíduos com e sem hepatotoxicidade (P=0.176; OR 0.562; IC 95% 0.255-1.238). Na amostra analisada observamos um aumento significativo de hepatotoxicidade nos indivíduos portadores de tuberculose coinfectados com SIDA/HIV em relação aos indivíduos não coinfectados (p < 0.001). Concluímos que o gene CYP2B6 é um importante gene preditor de resposta terapêutica ao tratamento com rifampicina.
  • STELLA MIRANDA MALCHER
  • Oecomys catherinae (Cricetidae – Sigmodontinae): caracterização cromossômica e mapeamento genômico comparativo com sondas de Hylaeamys megacephalus
  • Data: 04/04/2013
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  • A Ordem Rodentia constitui-se como a ordem de mamíferos com maior número de espécies, com aproximadamente 42% das 5.419 espécies de mamíferos conhecidas atualmente. Na ordem Rodentia está inserida a Família Cricetidae e nesta a subfamília Sigmodontinae, que é representada, em sua grande maioria, por roedores sul-americanos, e entre estes estão os representantes do gênero Oecomys, que é constituído por 16 espécies, e destas, 11 ocorrem no Brasil. Os cariótipos das espécies desse gênero apresentam grandes variações cariotípicas, com conjuntos cromossômicos que variam de 2n=58 à 2n=86, sugerindo elevado grau de rearranjos cromossômicos ocorrido no cariótipo dessas espécies. Por apresentar essa grande variação cariotípica, se fazem necessárias análises mais refinadas, como por exemplo, o uso da técnica de Hibridização in situ Florescente (FISH), para realizar o mapeamento genômico comparativo, que poderá ser utilizado no auxilio de identificação das espécies, juntamente com a Taxonomia, uma vez que os cariótipos podem ser usados como marcadores para a definição de espécies. Neste trabalho foi analisado, por citogenética clássica e molecular, quatro exemplares da espécie Oecomys catherinae (2n=62 e NF=62). Este cariótipo difere dos já descritos na literatura. Pelo padrão de bandeamento G foi possível agrupar corretamente os pares homólogos no cariótipo. O padrão de bandeamento C mostra a Heterocromatina Constitutiva (HC) na região pericentromérica do cariótipo. A FISH com sondas telomérica humana, mostrou marcações em todos os telômeros, com ausência de marcação intersticial. A FISH com sondas de cromossomo total de Hylaeamys megacephalus (HME) no cariótipo de O. catherinae (OCA) revelou 37 segmentos de homologia. Quinze cromossomos de HME (HME 2, 3, 4, 7, 8, 11, 12, 15, 18, 20, 21, 24, 25, 26 e X) apresentaram sintenia conservada. Cinco sondas (HME [9,10], 14, [16,17], 18 e 23) hibridizaram em 2 regiões, e outras quatro (HME 1, 5, 6 e [13,22]) hibridizaram em 3 regiões de OCA. Quatro pares de OCA (7, 8, 10, 17) hibridizaram com duas sonda de HME, mostrando as associações 19/23, 20/13, 26/11 e 22/21
  • LUIS CARLOS GUIMARÃES
  • MODELAGEM POR HOMOLOGIA DO PROTEOMA PREDITO DE Corynebacterium pseudotuberculosis E DINÂMICA MOLECULAR DA METALOENDOPEPTIDASE DESTE ORGANISMO
  • Data: 28/03/2013
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  • Quase 100 anos após a descoberta da Corynebacterim pseudotuberculosis, agente etiológico da Linfadenite Caseosa, não existem tratamentos efetivos para esta doença. Neste trabalho é apresentado um estudo em grande escala das proteínas preditas a partir de sequências genômicas de três linhagens de C. pseudotuberculosis, através de técnicas de bioinformática e modelagem molecular comparativa, visando investigar e discutir os seguintes aspectos: (i) quais sequências podem ter suas estruturas tridimensionais (3D) geradas e qualificadas por técnicas de modelagem por homologia, usando o workflow MHOLline; (ii) associar a estes modelos proteicos uma classificação enzimática (EC), através da ferramenta ECNGet (implementada no MHOLline); (iii) inferir possíveis funções biológicas às sequências inicialmente anotadas como hipotéticas, e/ou sugerir uma possível reanotação funcional; (iv) comportamento dinâmico da proteína metaloendopeptidase através do programa fDynamo, (v) identificar o genoma central, acessório e linhagem específico. Analisando 2059, 2053 e 2110 sequências proteicas preditas a partir de sequências genômicas de três linhagens de C. pseudotuberculosis, Cp1002, CpC231 e CpFRC41 respectivamente, foram gerados 1085 modelos proteicos tridimensionais para a linhagem Cp1002, 1077 para a CpC231 e 1119 para a CpFRC41. Destes modelos, 357 da Cp1002, 352 da CpC231 e 373 da linhagem CpFRC41 foram associados a um EC. Nos estudos de dinâmica molecular realizados, o principal resultado obtido indica que a presença do zinco induz certa estabilidade a proteína, uma vez que o modelo que possuí o zinco ancorado em sua estrutura apresenta um nível de energia menor e os resíduos que interagem são os mesmos descritos na literatura. Para o estudo do genoma central, temos que 1905 genes compõem o mesmo, contudo, a tendência é que a quantidade de genes reduza à medida que novas linhagens sejam adicionadas aos estudos comparativos.
  • KARINA MOTTA MELO
  • Avaliação do efeito tóxico, genotóxico e mutagênico da rotenona usando duas espécies de peixes como organismo teste.
  • Data: 12/03/2013
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  • A rotenona é um composto derivado do gênero Derris e Lonchocarpus usado como pesticida e piscicida. Estudos relatam que seu mecanismo de ação provoca o bloqueio da cadeia respiratória e pode contribuir com a formação de espécies reativas de oxigênio, podendo causar danos a diferentes tipos de moléculas, inclusive o DNA. Além disso, investigações a respeito do seu potencial mutagênico, mostram que a substância pode causar aumento na formação de micronúcleos, sendo sugerido por muitos autores que seu mecanismo de formação seja por aneuploidia. Embora a rotenona já tenha sido bastante estudada, a grande maioria dos trabalhos foram feitos em cultura celular. O presente trabalho investigou o potencial mutagênico da rotenona usando peixes como organismo teste, tendo em vista que in vivo uma substância pode agir de forma diferenciada devido ao processo de metabolização. O trabalho usou duas espécies de peixes como organismos modelos: Poecilia reticulata e Orecochromis niloticus. A espécie P. reticulata foi exposta a testes que permitiram avaliar a toxicidade aguda da rotenona em diferentes concentrações de exposição. Os resultados mostraram um aumento da mortalidade dos peixes expostos tanto em relação a concentração quanto ao tempo de exposição. Dos organismos que sobreviveram a este ensaio foram feitas análises histopatológicas das brânquias e do fígado; os dois órgãos analisados apresentaram alterações após a exposição, embora isso tenha ocorrido em maior escala nas brânquias. Os ensaios relacionados a genotocixidade foram feitos na espécie O. niloticus. Houve um aumento na formação de micronúcleos, mas não observou-se aumento na fragmentação do DNA. O uso da técnica de FISH (hibridização in situ) mostrou que a substância é aneugênica, confirmando o que havia sido proposto anteriormente na literatura. Os resultados atentam para os perigos potenciais da rotenona para indivíduos continuamente expostos.
  • ADAUTO LIMA CARDOSO
  • Diversidade cariotípica em uma assembleia do gênero Brachyhypopomus (Gymnotiformes: Hypopomidae) da Amazônia central.

  • Data: 26/02/2013
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  • Brachyhypopomus constitui um dos mais diversos gêneros de peixes elétricos da ordem Gymnotiformes, com registros do Panamá ao Uruguai. Na região de Tefé foi identificada uma assembleia deste gênero constituída por onze espécies. O número diploide (2n), fórmula cariotípica (FC) e localização da heterocromatina constitutiva (HC) dessas espécies, exceto B. n. sp. ROYE, foramdescritos por coloração convencional e bandeamento C. Análise dos cromossomos durante a meiose também foi realizada em B. pinnicaudatus e B. n. sp. FLAV. Grande diversidade interespecífica foi registrada: B. n. sp. HAMI (2n=36; 6m-sm/30st-a), B. brevirostris (2n=38; 38st-a), B. n. sp. HEND (2n=38; 34m-sm/4st-a), B. n. sp. REGA (2n=38; 14m-sm/24st-a), B. n. sp. BATE (2n=40; 38m-sm/2st-a), B. beebei (2n=40; 8m-sm/32st-a), B. bennetti (2n=40; 2m-sm/38st-a), B. walteri(2n=40; 2m-sm/38st-a), B.pinnicaudatus(2n=41♂/42♀; 1m-sm/40st-a♂/42st-a♀) e B. n. sp. FLAV (2n=43♂/44♀; 1m-sm/42st-a♂/44st-a♀). Essa grande diversidade cariotípica é consequência de rearranjos cromossômicos ocorridos durante a história evolutiva deste grupo. Fusões/fissões explicam a variação no 2n, e inversões e translocações explicam a variação na morfologia dos cromossomos. O padrão de distribuição de heterocromatina constitutiva foi bastante divergente entre as espécies, indicando o importante papel desta classe de DNA na evolução cariotípica. Os sistemas X1X2Y surgiram independentemente entre as duas espécies em que foram identificados.A diversidade cariotípica encontrada valida a identidade de cada espécie.Identificamos maior diversidade cariotípica entre espécies irmãs simpátricasque entre espécies irmãs em alopatria. As diferenças cariotípicas podem estar envolvidas no processo de especiação deste grupo, atuando como barreria reprodutiva pós-zigótica.

  • PEDRO EDUARDO BONFIM FREITAS
  • Caracterização molecular e avaliação da correlação genótipo-fenótipo em pacientes com hiperfenilalaninemia por deficiência de fenilalanina hidroxilase do estado do Pará.
  • Data: 22/02/2013
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  • A Fenilcetonúria (PKU) consiste em uma doença autossômica recessiva resultante da deficiência de fenilalanina hidroxilase (PAH). As hiperfenilalaninemias (HPA) por deficiência de PAH é acompanhada por uma ampla variedade de características clínicas, bioquímicas e moleculares. Este estudo teve como objetivos principais: realizar a caracterização das alterações moleculares no gene da PAH em pacientes com HPA por deficiência de PAH do estado do Pará e correlacionar as alterações moleculares identificadas aos dados bioquímicos e clínicos dos pacientes. Amostras de sangue total de 32 pacientes (21 pacientes fenilcetonúricos e 11 pacientes HPA não-PKU) foram submetidas à extração de DNA e posteriormente todos os 13 éxons e regiões adjacentes do gene PAH foram amplificados por PCR e analisada através de sequenciamento direto do DNA. Os dados clínicos e bioquímicos (níveis de Phe sanguínea) foram obtidos a partir de um levantamento nos prontuários dos pacientes. A evolução bioquímica (melhora ou piora dos níveis de Phe durante o tratamento) dos pacientes foi avaliada pelo PhiLongitudinal e os valores da atividade residual prevista para PAH (ARP) foram obtidos a partir de uma consulta no Banco de Dados de Análise de Mutações no gene da PAH (PAHdb). A análise molecular destes pacientes identificou 20 alterações diferentes, sendo 17 mutações associadas com a doença e 3 polimorfismos não patogênicos . Neste estudo foram identificados 49,2% dos alelos mutantes, sendo que as mutações mais freqüentes foram IVS10nt-11g>a (7,9%), R261Q (7,9%), V388M (6,3%) e I65T (4,7%). Dos 32 pacientes analisados, 9 tiveram o genótipo definido. As manifestações clínicas e o PhiLongitudinal, não apresentaram associação estatisticamente significante com a presença dos alelos mutantes, porém os pacientes com 1 ou 2 alelos mutantes identificados apresentaram concentrações de Phe significativamente maiores em relação aos pacientes com mutação não identificada. O nível de adesão ao tratamento dos pacientes PKU foi insatisfatório, pois a maioria dos pacientes apresentou níveis de Phe sanguínea acima dos valores recomendados pela literatura. A maioria das mutações identificadas nos pacientes da amostra está associada com o fenótipo bioquímico de PKU clássica (5 mutações) ou PKU moderada (4 mutações). Os pacientes com fenótipo de PKU clássica apresentaram mutações que conferem atividade enzimática baixa ou nula (ARP entre 0 – 10%) e os maiores níveis de Phe pré-tratamento foi observado nestes pacientes. Na maioria dos pacientes com mutação identificada (1 ou 2 alelos mutantes identificados), foram observadas mutações associadas com o fenótipo de PKU moderada. Nestes pacientes a média dos níveis de Phe pré-tratamento foi igual 14,4 mg/dL e a ARP variou de 26 – 43%. Nos pacientes com genótipo conhecido (2 alelos mutantes identificados) foram observadas associações e inconsistências entre o genótipo e o fenótipo metabólico e a ARP (6 pacientes) mostrou associação com os níveis de Phe sanguínea no diagnóstico (pré-tratamento) e durante o tratamento destes pacientes.
2012
Descrição
  • ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS
  • Pipeline para obtenção de genomas bacterianos por sequenciamento semicondutor
  • Data: 28/12/2012
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  • Os sequenciadores de segunda geração revolucionaram a geração de dados biológicos. O primeiro grande desafio destas plataformas foi a manipulação dos dados e o desenvolvimento de algoritmos capazes de realizar a montagem de genomas a partir de leituras curtas. Atualmente, já estão disponíveis as tecnologias de terceira geração de sequenciamento como: Ion Torrent PGM, a qual realiza a identificação da base através da detecção do hidrogênio(H) liberado durante a incorporação de uma base no sequenciamento. Em função de características particulares desta plataforma houve a necessidade de se desenvolver “pipelines” e ferramentas para o processamento destes dados. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um pipeline para obtenção de genomas procariotos completos sequenciados na plataforma Ion Torrent. Identificou-se que o tratamento de dados com apenas baseado no filtro de qualidade Phred é suficiente para que se obtenha a maior representatividade de produtos gênicos completos após a montagem do genoma. Foi definido o “pipeline” para a montagem de genomas procariotos obtidos a partir da plataforma Ion Torrent PGM, no qual foi desenvolvido o programa Quality Assessment Long Reads para realizar o filtro de qualidade, além de um novo método para fechamento de gaps, tendo como modelo o organismo Corynebacterium pseudoturberculosis 316. Além disto, demonstrou-se a alta eficiência da plataforma Ion Torrent PGM, utilizando bibliotecas pareadas, na representação de genomas procariotos e na simplificação do processo de montagem de Corynebacterium pseudotuberculosis 31
  • ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS
  • Pipeline para obtenção de genomas bacterianos por sequenciamento semicondutor.
  • Data: 28/12/2012
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  • Os sequenciadores de segunda geração revolucionaram a geração de dados biológicos. O primeiro grande desafio destas plataformas foi a manipulação dos dados e o desenvolvimento de algoritmos capazes de realizar a montagem de genomas a partir de leituras curtas. Atualmente, já estão disponíveis as tecnologias de terceira geração de sequenciamento como: Ion Torrent PGM, a qual realiza a identificação da base através da detecção do hidrogênio(H) liberado durante a incorporação de uma base no sequenciamento. Em função de características particulares desta plataforma houve a necessidade de se desenvolver “pipelines” e ferramentas para o processamento destes dados. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um pipeline para obtenção de genomas procariotos completos sequenciados na plataforma Ion Torrent. Identificou-se que o tratamento de dados com apenas baseado no filtro de qualidade Phred é suficiente para que se obtenha a maior representatividade de produtos gênicos completos após a montagem do genoma. Foi definido o “pipeline” para a montagem de genomas procariotos obtidos a partir da plataforma Ion Torrent PGM, no qual foi desenvolvido o programa Quality Assessment Long Reads para realizar o filtro de qualidade, além de um novo método para fechamento de gaps, tendo como modelo o organismo Corynebacterium pseudoturberculosis 316. Além disto, demonstrou-se a alta eficiência da plataforma Ion Torrent PGM, utilizando bibliotecas pareadas, na representação de genomas procariotos e na simplificação do processo de montagem de Corynebacterium pseudotuberculosis 31.
  • TARCISIO ANDRE AMORIM DE CARVALHO
  • Prevalência e Associação de Polimorfismos Genéticos à Hipertensão Arterial em Afrodescendentes do Estado do Pará
  • Data: 28/12/2012
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  • A hipertensão arterial (HA) é um dos fatores de maior mortalidade e morbidade relacionada ao sistema cardiovascular. Influenciada pelo aumento do volume de sangue circulante e rigidez vascular a pressão arterial é considerada elevada quando cronicamente superior a 140mmHg durante a sístole e/ou 80mmHg durante a diástole. Análises moleculares sobre os mecanismos envolvidos na regulação do volume de sangue circulante e aumento da rigidez vascular tem sido comumente realizados. Dentre essas, o sistema renina angiotensina (SRA) é o maior controlador do volume de sangue circulante. Polimorfismos nos genes envolvidos no SRA (AGT, REN, ACE, AGTR1 CYP11B2) e outros como os relacionados aos canais epiteliais de sódio(SCNN1B), alfa-aducina (ADD), proteínas G (GNB3), óxido nítrico sintase (NOS3) tem sido associados à elevação da pressão arterial. Assim esse estudo pretendeu estabelecer um vínculo genético de hipertensão arterial em uma amostra de indivíduos afrodescendente do estado do Pará. Foram amostrados 543 indivíduos, dentre os quais 306 (56,4%) classificados como controles (pressão arterial normal) e 237 (43,6%) como hipertensos. Foram obtidos dados antropométricos e dosagens bioquímicas dos indivíduos participantes. Um total de 54 polimorfismos nos genes selecionados foram genotipados por sequenciamento de DNA e por SNPlex®. A hipertensão apresentou associação direta com a idade e fatores associado à obesidade (elevado índice de massa corpórea, percentual de gorduras e circunferência de cintura). Em relação aos polimorfismos genéticos, após análise pela regressão logística, aqueles que apresentaram associação com elevação da pressão arterial foram os genes AGT (-6a/g, R-30P), REN (-4021 c/t, 5795 t/c), ACE (-239 a/t, 7941 a/g), AGTR1 (44221 a/g), SCNN1B (V434M) e ADD1 (G460T). Alguns polimorfismos somente apresentam risco quando analisados em haplótipos, sendo um desses presentes no REN (C4021 C595 C1037 e T4021 C595 C1037) e no gene ACE (T-239 G7941 T8342). Os resultados indicam que os polimorfismos encontrados em associação com a hipertensão arterial apresentam-se como marcadores de risco para a patologia em populações afrodescendentes da Amazônia.
  • IVES UCHOA DE AZEVEDO
  • “EXPRESSÃO DO GENE MYC EM LINHAGEM PARAENSE DE TUMORES GÁSTRICOS”.
  • Data: 21/12/2012
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  • O câncer é uma desordem, com potencial hereditário, das células somáticas, sendo o resultado do acúmulo de mudanças genéticas múltiplas. O câncer gástrico, especificamente o adenocarcinoma, foi uma das maiores causas de morte no século XX. Hoje é o quarto tumor maligno no mundo. Recentes avanços em análises moleculares de lesões neoplásicas e pré-neoplásicas do estômago tem revelado uma variedade de alterações genéticas e fatores epigenéticos que determinam um processo de múltiplos eventos da carcinogênese gástrica. Na presente tese iremos analisar a expressão do gene MYC, hTERT e TP53 em linhagem paraense de tumores gástricos. Na primeira parte é uma revisão da literatura sobre o assunto incluindo a genética do câncer gástrico com seus genes supressores e de reparo. Considerações anatômicas e histológicas incluindo sistema de classificação, apresentação clínica, tratamento e prognóstico. Na segunda parte estudaremos a expressão do gene MYC, H TERT e TP53 e o estado da arte do câncer gástrico no estado do Pará onde nosso grupo de pesquisa desenvolve há doze anos pesquisa nessa área. As alterações mais consistentes encontradas em tumores gástricos da população paraense envolvem o gene MYC (C-MYC), localizado em 8q24. Células das três linhagens de câncer gástrico estabelecidas no Laboratório de Genética da UFPA - ACP02, ACP03 e AGP01 - serão utilizadas para o estudo da expressão gênica, assim como também utilizaremos a linhagem celular PG100 do Rio de Janeiro Cell Bank, que foi imortalizada a partir de uma amostra de tipo histológico desconhecido de um paciente brasileiro. No nosso conhecimento, essas linhagens de CG do Brasil são as únicas descritas na literatura. Na terceira parte mostraremos a metodologia e estratégia de ação onde fazemos uma comparação entre linhagens tumorais e tecido não tumoral utilizando como parâmetro de comparação uma cultura primária de células de mucosa gástrica normal (MNP01), a qual foi desenvolvida da mistura de tecidos gástricos não neoplásicos de quatro indivíduos, sendo analisados por imunofluorecência e reação em cadeia PA polimerase em tempo real. Em conclusão a expressão de TP53 foi inversamente proporcional à expressão dos genes MYC e HTERT nas quatro linhagens celulares tumorais analisadas no presente trabalho. Nossos resultados apoiam a hipótese de que a desrepressão de HTERT e a inativação da via supressora do tumor de p53 são induzidas pela superexpressão de MYC.
  • ALBERTO MITSUYUKI DE BRITO KATO
  • ANÁLISE MOLECULAR DO EXON 10 DO GENE RECEPTOR DE TSH EM PACIENTES COM TUMORES DA TIREÓIDE
  • Data: 20/12/2012
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  • O câncer da tireoide é a quinta neoplasia mais frequente entre as mulheres. A incidência dessa doença vem aumentando substancialmente nos últimos anos. O objetivo do estudo foi determinar a frequência do polimorfismo D727E no gene tshr e associar aos diferentes fenótipos clínicos de tumores de tireoide. 48 pacientes portadores de tumores da tireoide foram operados em hospital de referência de Belém (Pará, Brasil). O grupo-controle foi composto de 131 indivíduos livres de doenças da tireóide. Foram encontrados 26 pacientes com tumores malignos e 22 benignos. A frequência alélica do polimorfismo D727E foi de 17,7% em pacientes com tumor de tireoide e 8% no grupo-controle (p<0,03). O polimorfismo D727E mostrou-se em heterozigose em seis pacientes dos 23 com carcinoma papilar e em um com carcinoma folicular. Um paciente com carcinoma folicular e um com carcinoma indiferenciado não apresentaram o polimorfismo. Sete pacientes dos 15 com bócio colóide apresentaram D727E (seis em heterozigose e um em homozigose). Dois dos seis pacientes com adenoma folicular apresentaram o polimorfismo. A análise da distribuição da idade de pacientes com câncer mostrou que houve diferença entre os pacientes com diagnóstico de câncer (48,7±14,7 anos) em relação a pacientes com doença benigna (37,8±11,7 anos). A idade de início dos sintomas, que melhor separa os grupos, foi 46 anos. As variáveis gênero feminino, antecedente familiar e idade ≥41 anos foram associadas à presença do polimorfismo D727E (p = 0,026), o que não foi observado nos pacientes que não apresentavam o polimorfismo. A ocorrência simultânea dos fatores: gênero feminino, antecedente familiar e idade ≥46 anos foi relacionada com maior frequência em pacientes com patologia maligna da tireóide (p=0,0047). Estudos adicionais com um maior tamanho amostral são necessários para investigar com mais força estatística a relevância do polimorfismo D727E na gênese do câncer de tireoide e do bócio nodular coloide.
  • EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA
  • Análise da Expressão diferencial do transcriptoma de raiz de Piper nigrum L. em resposta a infecção por Fusarium solani f. sp. piperis
  • Data: 19/12/2012
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  • A Pimenta -do -reino (Piper nigrum L.) é uma especiaria consumida mundialmente que possui grande importância sócio-econômica. O Brasil é um dos maiores produtores dessa cultura, sendo o estado do Pará, o maior produtor nacional. Uma das principais limitações para produção da pimenta-do-reino no Brasil é a doença conhecida como podridão das raízes, ocasionada por Fusarium solani f. sp. piperis. Por anos o controle dessa doença vem sendo investigado, porém até então pouco se sabe a respeito da resposta da planta ao ataque do patógeno. Considerando que entender os mecanismos moleculares envolvidos nessa resposta pode representar uma iniciativa para criação de programas de melhoramento genético. Neste trabalho utilizou-se a técnica RNA-seq aliada a plataforma SOLiD de seqüenciamento para criar uma referência para os transcritos de P. nigrum e para analisar os genes diferencialmente expressos em resposta à infecção com Fusarium solani. Foram produzidas mais de 67 milhões de leituras curtas no seqüenciamento com a plataforma SOLiD V-3. A montagem De novo foi feita usando o método Multiple-k e STM- o que possibilitou a obtenção de 16941 unigenes correspondentes a 2.8 Mbp aumentando o número de informação para uma espécie não-modelo com importância econômica. A análise dos transcritos diferencialmente expressos mostrou diversos genes de interesse produzidos em resposta à infecção, incluindo genes em resposta ao estresse, genes envolvidos em processos oxidativos, na transdução de sinal, fatores de transcrição e genes de resistência, abrindo novas perspectivas para a criação e redimensionamento de programas de pré-melhoramento genético da Pimenta-do-reino.
  • NATHALIA OLIVEIRA DE LIMA
  • Análise de Polimorfismos nos genes da rota serotoninérgica em pacientes com transtorno do espectro autista
  • Data: 19/12/2012
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  • Os Transtornos do Espectro Autista (TEA) são desordens do neurodesenvolvimento de etiologia complexa e heterogênea que se iniciam na infância. São caracterizados por manifestações em três áreas (domínios): social, da comunicação e de comportamento O sistema neurotransmissor serotoninérgico exerce uma variedade de funções fisiológicas, incluindo regulação de humor, controle das emoções, funções cognitivas, e atividade motora, representando um candidato promissor na patologia dos TEA, já que alterações neste sistema têm sido associadas a transtornos comportamentais e psiquiátricos. Aqui foram estudados o polimorfismo de inserção/deleção de 44pb (5HTTLPR) no gene do transportador (5-HTT) e o polimorfismo G861C no gene do receptor de serotonina 1B (HTR1B). O objetivo deste trabalho foi investigar a ocorrência dos polimorfismos G861C no gene HTR1B e o 5HTTLPR no gene 5-HTT em pacientes com TEA idiopático. Inicialmente, foram selecionados 120 paciente com TEA e seus pais biológicos no Ambulatório de Autismo, do Hospital Universitário Bettina Ferro de Souza da UFPA e da Casa da Esperança. A associação entre os polimorfismos e TEA foi testada através de estudo caso-controle com 110 indivíduos controle, bem como através de teste de associação baseado em famílias (FBAT). Foi realizada triagem molecular para X-Frágil por PCR para eliminar os casos de TEA secundário. A determinação dos genótipos foi feita por PCR-RFLP. Seis (5%) dos pacientes foram excluídos da análise, por se tratar de TEA secundário. Foram genotipados 71 e 91 pacientes para 5HTTLPR e G861C, respectivamente. Não houve transmissão preferencial de nenhum dos alelos. Já na comparação entre casos e controle, os genótipo LaLa de 5HTTLPR (15,6%) e CC de G861C (16,5%) foram mais frequentes em pacientes do que em indivíduos controle (0,96%; 4,5%). Foi observado também, que o genótipo LaLa esteve mais presente em pacientes com diagnóstico de TEA com grave comprometimento da interação social. Todos os estudos sobre a etiologia dos TEA idiopáticos deveriam iniciar com uma investigação clínica adequada. Essa abordagem é fundamental para identificação dos casos de TEA secundário, bem como para distinguir fenótipos clínicos mais informativos para estudos de associação. Quanto aos polimorfismos 5HTTLPR e G861C, ambos parecem influenciar no risco para TEA, e o primeiro parece também contribuir para variabilidade fenotípica dos pacientes.
  • SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO
  • Análise do Transcriptoma da Raíz de Piper nigrum L. (Piperacea) utilizando sequenciamento com Tecnologia de RNA Seq
  • Data: 19/12/2012
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  • O extrato de piperina é um dos princípios ativos mais conhecidos da pimenta-do-reino e vem sendo utilizada na pesquisa como anticancerígeno e anti-inflamatório. A espécie é o segundo produto agrícola mais exportado no Pará, sendo uma cultura adaptada às condições de clima e solo da região. Sequenciamos o transcriptoma da espécie, com o objetivo de descobrir e anotar transcritos de interesse para a ecologia, agricultura e medicina. Nós usamos o método de RNA-Seq para reconstrução de transcritos sequenciados com NGS SOLiD v3. As reads foram filtradas de acordo com o valor de qualidade Phed. Foi realizada a abordagem de montagem De novo com os algoritmos Velvet e Oases com o método múltiplo K e STM- para reconstrução dos transcritos. O proteoma de Aristolochia fimbriata foi utilizado para realizar a montagem do scaffolds a partir dos contigs. A identificação dos microssatélites foi realizada como script MISA. Geramos 22.363 transcritos e 10.338 unigenes com o programa ortoMCL. Identificou-se 168 microssatélites. Blast2Go e orthoMCL foram usados para anotação. As 4472 proteínas preditas mostraram homologia com 52% do proteoma Arabidopsis. Identificamos 615 proteínas em dois proteomas de raiz. O sequenciamento de plantas não modelo usando Plataforma de Nova Geração produziu o primeiro banco de dados de genes Piper nigrum L. Estes dados aumentam significativamente a informação da genética molecular de plantas do grupo Magnoliids e em particular da ordem Piperales. Estes dados serão analisados com maior precisão e produzirão informações essenciais para a pesquisa nos campos da medicina, genética, melhoramento e ecologia desta espécie.
  • PAULO JOSE SIQUEIRA DO AMARAL
  • ANÁLISE CROMOSSÔMICA EM MAMÍFEROS AMAZÔNICOS DA ORDEM RODENTIA UTILIZANDO BANDEAMENTOS CROMOSSÔMICOS E FISH.
  • Data: 18/12/2012
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  • O gênero Proechimys é o mais diverso grupo de espécies pertencentes a família Echimyidae, com 25 a 32 espécies reconhecidas dependendo do autor, distribuídas em nove grupos. Algumas destas espécies estão entre as mais abundantes em comunidades de pequenos roedores na Amazônia. Apesar de sua riqueza de espécies e abundância na natureza, a similaridade fenotípica dentro do gênero origina grandes problemas taxonômicos. Esta similaridade contrasta com a uma grande variação cariotípica, com constituição diplóide variando de 14 a 62 cromossomos, essas com 57 cariótipos já descritos, apresentando grandes polimorfismos e heteromorfismos. Dados citotaxonômicos sugerem que esse gênero está passando por um intenso processo de fixação de rearranjos, o que torna o estudo da evolução cromossômica de Proechimys muito importante para um amplo entendimento dos processos de especiação. O presente trabalho foi realizado com o propósito de analisar cariotipicamente espécies do gênero Proechimys, encontrados na região da Amazônia brasileira, utilizando principalmente a citogenética clássica, a fim de comparar as homeologias cromossômicas entre as espécies deste gênero, objetivando uma melhor compreensão das modificações cromossômicas que ocorreram ao longo do processo dispersão e evolução cariotípica. Os dados aqui apresentados evidenciam aspectos importantes relacionados aos quatros principais grupos de roedores do gênero Proechimys (guyannensis, goeldii, cuvieri e longicaudatus), principalmente se considerarmos os resultados inéditos obtidos, quando da presença de rearranjos cromossômicos envolvendo os cromossomos sexuais, relacionando essas alterações como mecanismos importantes para o processo de especiação deste grupo.
  • ERIK ARTUR CORTINHAS ALVES
  • Investigação de mutações no gene do receptor de tireotrofina em pacientes com hipotireoidismo congênito.
  • Data: 18/12/2012
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  • O Hipotireoidismo Congênito (HC) é a doença endócrina mais comum, que em regiões iodo suficientes, afeta cerca de 1:3000 a 1:4000 recém-nascidos. O HC é uma doença metabólica hereditária relacionada aos defeitos no desenvolvimento da glândula tireoide e na síntese, secreção e ação dos hormônios T3 e T4. Caso não seja diagnosticado e tratado precocemente, o HC ocasiona distúrbios no metabolismo do indivíduo afetado, como por exemplo, alterações no desenvolvimento do cérebro e do esqueleto (atraso do desenvolvimeto neuropsicomotor). Estudos comprovam que mutações nos fatores de transcrição (TTF2, TTF1 e PAX-8) e no gene do receptor de TSH (TSHR) são responsáveis por essa doença. O TSHR é responsável por ativar o metabolismo da tireoide via proteína G. O presente estudo teve como objetivo investigar as mutações presentes no gene TSHR causadoras de HC em pacientes do estado do Pará tratados na Unidade de Referência Especializada Materno Infantil e Adolescente (UREMIA). As frequências alélicas para os polimorfismos P52T, N187N, A459A, L645L e D727E em pacientes com HC foram 2,22%, 22,78%, 2,22%, 0,55% e 10,0%, respectivamente. 70% (63/90) dos pacientes com HC apresentaram pelo menos um tipo de polimorfismo: P52T (4,44%), N187N (40,0%), A459A (4,44%), L645L (1,11%) e D727E (20,0%). Foram identificados dois pacientes com o genótipo P52T/N187N (2,22%) e cinco com o genótipo N187N/N187N (5,55%). Os demais pacientes foram heterozigotos para pelo menos um polimorfismo (62,23%). Não foram encontradas alterações nos exons 2, 3, 4, 5, 6, 8 e 9 do gene tshr nos pacientes com HC analisados. Os polimorfismos encontrados nos éxons 1, 7 e 10 do gene tshr não explicam a etiologia do HC nos pacientes analisados. Os achados clínicos e bioquímicos encontrados nos pacientes com HC e que apresentaram pelo menos um polimorfismo são os mesmos achados clássicos de pacientes com HC. O polimorfismo N187N foi associado à presença de icterícia. A hérnia umbilical foi associada ao polimorfismo D727E e a obstrução intestinal à presença do polimorfismo A459A. A ancestralidade não influenciou nos achados clínicos e na prevalência de HC nos pacientes analisados.
  • SIRNOEL JOSE QUARESMA PERNA
  • PREVALÊNCIA DE 4 MARCADORES GENÉTICOS RELACIONADOS COM RESISTÊNCIA E SUSCEPTIBILIDADE À MALÁRIA EM DUAS POPULAÇÕES DO PARÁ - BRASIL
  • Data: 17/12/2012
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  • Foram analisados polimorfismos no gene FY do Sistema sanguíneo Duffy, dois polimorfismos no gene da enzima G6pd , um polimorfismo que condiciona a alfa talassemia e polimorfismo no gene HBB que é responsável pela hemoglobina S, verificando sua relação com resistência e susceptibilidade à malária nas populações de Goianésia e Anajás, no Estado do Pará.
  • ELAINE CRISTINA PESSOA DOS SANTOS
  • ISOLAMENTO E ANÁLISE DA SEQUÊNCIA DE UM cDNA DE UMA MALATO DESIDROGENASE EXPRESSA EM PIPER NIGRUM INFECTADA PELO FUSARIUM SOLANI F. SP. PIPERES
  • Data: 04/12/2012
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  • A Malato desidrogenase (MDH) é uma enzima do ciclo de Krebs que cataliza a conversão de malato em oxaloacetato (usando NAD+) e vice-versa (reação reversível). Plantas superiores possuem múltiplas isoformas de MDH que diferem quanto à especificidade de coenzima, localização subcelular e função fisiológica. Recentemente foi demostrado o aumento da expressão de MDHs durante o estresse oxidativo em interações planta-patógeno. Incluindo a identificação uma sequência parcial de cDNA de MDH, expressada durante a infecção de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.) por Fusarium solani f. sp. piperis. O objetivo deste trabalho foi isolar e caracterizar o cDNA completo de MDH de pimenteira-do-reino, nomeada PnMDH. O cDNA completo foi obtido amplificando as extremidades 5´ e 3´ com a técnica de Rapid Amplification cDNA Ends (RACE). Uma anotação funcional bioinformática foi realizada para caracterizar a sequência completa obtida. Os resultados mostraram que a sequência de PnMDH obtida possui dois domínios funcionais conservados i) Lactato/malato desidrogenases e II) Domínio de ligação NAD(P) Rossmann-fold, domínios comuns a todas as classes MDHs e MDHs citoplasmáticas respectivamente.
  • BENILSON SILVA RODRIGUES
  • ANÁLISE CROMOSSÔMICA COMPARATIVA EM ESPÉCIES DA FAMÍLIA ANATIDAE (ANSERIFORMES-AVES) ATRAVÉS DA APLICAÇÃO DE TÉCNICAS DE CITOGENÉTICA CLÁSSICA E MOLECULAR
  • Data: 29/11/2012
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  • A descrição dos cariótipos de seis espécies pertencentes à família Anatidae foi feita pela primeira vez e revelou números diploides modais variando de 2n=78 a 2n=98: Anas bahamensis, 2n=80 e Amazonetta brasiliensis, 2n=80 (subfamília Anatinae); Coscoroba coscoroba, 2n=98 (subfamília Anserinae) e Dendrocygna bicolor, 2n=78; Dendrocygna autumnalis, 2n=80 e Dendrocygna viduata, 2n=78 (subfamília Dendrocygninae). Essa variação foi devida ao número de microcromossomos. Os pares 1-10 mantiveram uma morfologia semelhante em todas as espécies analisadas, com os pares 1 submetacêntrico e 2 metacêntrico e os outros pares acrocêntricos ou telocêntricos. O par sexual mostrou um Z variando de subtelocêntrico a telocêntrico e um W telocêntrico. Esses dados mostram que esses macrocromossomos apresentam uniformidade morfológica entre as espécies de Anseriformes. O padrão de distribuição das sequências teloméricas em uma espécie representante de cada uma das três subfamílias indicou uma conservação na distribuição dessas sequências em Dendrocygninae (D. viduata), mas localizações derivadas em Anatinae e Anserinae (A. bahamensis e C. coscoroba, respectivamente). A pintura cromossômica comparativa (Zoo-FISH) com sondas de G. gallus dos cromossomos autossomos do par 1 ao 10 nas metáfases de D. viduata, A. bahamensis e C. coscoroba hibridizaram, respectivamente, os mesmos pares nessas três aves, indicando assim, a ausência de rearranjos intercromossômicos envolvendo esses macrocromossomos. As sondas PAL2, PAL4 e PAL26 de P. albicollis hibridizaram em regiões dos pares 2 e 3 correspondentes àquelas observadas em G. gallus, indicando assim, a ausência de rearranjos intracromossômicos envolvendo esses segmentos. Todavia, a existência de outras possíveis mudanças na estrutura cariotípica não pode ser descartada, como eventos de inversão, que não poderia ser identificado com o uso de sondas cromossomo-específicas. A sonda GGA4 hibridizou no quarto par e em um par de microcromossomos com tamanho correspondente entre os pares 11-14. Este fato evidencia um estado mais ancestral do quarto par nessas três espécies, semelhante à maioria das espécies de Aves quando comparadas a Gallus gallus, que apresenta esses dois elementos fusionados em um único par. Embora morfologicamente distintos os cromossomos sexuais Z foram marcados inteiramente pela sonda GGAZ nas metáfases de D. viduata, S. sylvicola, C. coscoroba, A. cygnoides e A. bahamensis indicando assim, para estes a presença de possíveis rearranjos intracromossômicos na evolução dessas aves.
  • GABRIEL IKETANI COELHO
  • Desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares mitocondriais em camarões de água doce do gênero Macrobrachium (DÉCAPODA: PALAEMONIDAE)
  • Data: 26/11/2012
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  • O gênero Macrobrachium é conhecido não apenas pela sua grande diversidade como também pela sua importância econômica. Outra característica também pode ser destacada para o grupo: o conservadorismo morfológico, evidenciada principalmente na fase juvenil. Nessa e em outras fases do desenvolvimento, ferramentas moleculares podem ajudar tanto na identificação dos exemplares quanto na elucidação das relações evolutivas entre as espécies e populações. Mas, em ambos os casos, é necessário o uso de marcadores confiáveis. Estudos moleculares com o grupo, geralmente, utilizam os genes mitocondriais rRNA 16S (16S) e/ou a Citocromo Oxidase C subunidade I (COI). Apesar destes se mostrarem úteis, a presença de heteroplasmia e/ou pseudogenes (Numts - cópias de genes mitocondrial no núcleo celular) vem sendo evidenciada com frequência na COI em diversos crustáceos. Assim, a avaliação de sequências de COI quanto a presença de heteroplasmia/Numts e o desenvolvimento de outros marcadores que possam ser utilizados tanto em análises filogeográficas, mas principalmente, na identificação de espécies é extremamente necessário sendo, portanto, estes os objetivos do presente trabalho. A presença de heteroplasmia/Numts foi avaliada em M. amazonicum, uma espécie nativa economicamente importante. Marcadores para a região controle do DNA mitocondrial (CR) foram desenhados, a variabilidade avaliada e também desenvolvida uma metodologia de PCR multiplex com primers espécie-específicos para identificação de algumas espécies de Macrobrachium da costa amazônica. Além disso, a relação filogenética entre M. americanum e M. carcinus, duas espécie morfologicamente similares, foi analisada com marcadores "clássicos" (16S e COI) e com a CR.
  • AMANDA PAIVA DE BARROS
  • ANÁLISE DE VARIAÇÃO DA EXPRESSÃO DE MICRORNAS (LET-7B, MIR-148A, MIR-29B, MIR-29C E MIR-192) EM TRÊS LINHAGENS CELULARES DE ADENOCARCINOMA GÁSTRICO (ACP02, ACP03 E AGP01) COMPARADAS A MUCOSA GÁSTRICA NÃO NEOPLASICA
  • Data: 26/11/2012
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  • O câncer gástrico é a quarta malignidade mais comum e a segunda causa de morte por câncer no mundo, desenvolvendo-se por um processo de múltiplas etapas envolvendo alterações genéticas e epigenéticas. A expressão alterada de miRNAs tem sido associada ao processo de desenvolvimento do câncer gástrico e seu perfil de expressão analisado para o desenvolvimento de biomarcadores para diagnostico precoce, terapias alvo e caracterização mais precisa dos subtipos histológicos desta doença. Neste estudo determinamos a variação da expressão de cinco miRNAs (let-7b, miR-148a, miR-29b, miR-29c e miR-192), descritos previamente com alta expressão em tecido gástrico normal, em três linhagens tumorais gástricas (ACP02, ACP03 e AGP01) e em amostras teciduais da mucosa gástricas normal de pacientes da região norte do Brasil, por qRT-PCR, afim de determinar a assinatura de expressão desses miRNAs no câncer gástrico, bem como seu posivel papel no desenvolvimento do mesmo a partir de predição de alvos e analise do GO destes. As analises mostraram variação na expressão dos 5 miRNAs nas linhagens celulares de câncer gástrico em relação as amostras de tecido gástrico normal. Dois miRNAs (miR-29b e miR-29c) apresentaram uma expressão aumentada e 3 (Let-7b, miR-148a e mir-192) expressão diminuida nas linhagem. No entanto apenas os miRNAs miR-29c e miR-148a apresentaram fold change significativamente diferenciado para que possamos afirmar que estes estão respectivamente hiperexpresso e hipoexpresso nas linhagens celulares de câncer gástrico. Porém, é necessária uma abordagem mais global e sistemática do perfil de expressão e das funções destes miRNAs, a fim de desvendar seu papel na carcinogênese.
  • ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO FOLADOR
  • GENÔMICA E TRANSCRIPTÔMICA ESTRUTURAL DA BACTÉRIA PSICROTRÓFICA Exiguobacterium antarcticum LINHAGEM B7
  • Data: 09/11/2012
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  • A bactéria Exiguobacterium antarcticum é um extremófilo capaz de sobreviver em temperaturas de -3°C e 42°C. Até o presente momento foram registrados três isolados desta espécie: dois de biofilmes de lagos da Antártica e um do deserto frio na Índia. Micro-organismos que crescem e sobrevivem no ambiente antártico são expostos a alta incidência de radiação UV, variações em seu regime térmico, água, salinidade e escassez de nutrientes. Desta forma, elucidar os atributos genômicos deste organismo será de extrema importância para conhecermos o repertório gênico relacionado à adaptação a ambientes extremos. No presente trabalho, realizamos a montagem do genoma completo de E. antarcticum linhagem B7, além de análises comparativas com duas espécies do gênero, bem como de transcriptoma estrutral para validação de sRNA e correção da anotação. E. antarcticum B7 possui um genoma de 2.815.863 pares de bases (número de acesso no Genbak: CP003063) e apresentou alta sintenia da ordem gênica com E. sibiricum 255-15. A anotação do genoma revelou 2772 CDS, onde 760 são proteínas sem função conhecida, o que demostra a necessidade de estudos futuros. As três espécies compartilham elevado número de genes (2029) e os relacionados à resposta ao estresse térmico, osmótico, oxidativo e reparo de DNA são mais conservados com homólogos de E. sibiricum 255-15 do que com a bactéria termofílica Exiguobacterium AT1b. Dentre os genes de resposta ao estresse oxidativo e reparo de DNA, observamos alvos importantes de estudos que visam conhecer melhor a adaptação microbiana a ambientes extremos como a Antártica. Além disto, alguns genes codificantes de proteínas podem ter propriedades de interesse biotecnológico. Nas análises de transcriptoma, identificamos a expressão de 51 sRNA, 4 genes falso-positivos que foram deletados e 5 anotados por não terem sido preditos na anotação automática. A montagem de novo identificou 6 novos transcritos não representados na sequência genômica, demonstrando que a técnica de RNA-seq além de ser uma ferramenta importante para correção da anotação também pode ser usada para refinar a montagem de genomas.
  • LILIANE SOUZA CONCEIÇÃO TAVARES
  • ISOLAMENTO E CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DO GENE QUE CODIFICA PARA UMA PROTEÍNA PR-4 DA PIMENTEIRA-DO-REINO (PIPER NIGRUM L.)
  • Data: 23/10/2012
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  • A pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.), pertencente à família Piperaceae, é a especiaria mais importante e difundida no mundo. Este cultivo é originário do sul da Índia e hoje é extensivamente cultivado nas regiões tropicais. O Brasil é um dos mais importantes produtores desta cultura, sendo o Estado do Pará o principal produtor nacional. Atualmente, a principal doença limitante da produção da pimenta-do-reino no Brasil é causada pelo fungo Fusarium solani f. sp. piperis. Este patógeno provoca a fusariose, que causa sérios prejuízos na produção de pimenta-do-reino na região amazônica. Um estudo recente realizado para identificar os genes expressos durante a interação pimenteira-do-reino - F. solani f. sp. piperis revelou algumas seqüências parciais de cDNA que codifica para proteínas relacionadas à patogênese (proteínas PR). Entre elas, uma proteína PR-4 putativa, considerada um potente antifúngico devido a sua atividade quitinolítica, catalisando a hidrólise da quitina presente na parede celular dos fungos. Diversos estudos mostram que a proteína PR-4 exibe uma forte atividade antifúngica e de amplo espectro contra vários fungos patogênicos de interesse agronômico. Neste trabalho, foram isoladas as sequências de cDNA e genômica que codificam para uma nova proteína PR-4 da pimenteira-do-reino, a PnPR-4. O alinhamento entre as sequências de cDNA e genômica revelou a ausência de íntrons na sequência codificante do gene PnPR-4. A proteína PnPR-4 consiste de um polipeptídeo de 141 aminoácidos, com massa molecular e ponto isoelétrico preditos de 15.6 kDa e 8.71, respectivamente. Análises no “Blast” mostraram que essa proteína exibe uma alta identidade com a proteína PR-4 de Brassica rapa subsp. pekinensis. A proteína PnPR-4 pertence à classe II da família de proteínas PR-4 e tem uma localização extracelular. Este trabalho é o primeiro passo para a compreensão do papel da PnPR-4 na interação pimenteira-do-reino - F. solani f. sp. piperis.
  • MAGALY DO BOM PARTO LOPES VIEIRA LIMA
  • Elevação do consumo de fator VIII em pacientes hemofílicos A moderados dos grupos sanguíneos não -O
  • Data: 16/10/2012
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  • A hemofilia A é uma desordem hemorrágica de expressividade variável causada por mutações no gene do Fator VIII (FVIII) da coagulação sanguínea, localizado no braço longo do cromossomo X (Xq28). No Brasil, o tratamento de pacientes com hemofilia A consiste na terapia de reposição com concentrados de FVIII derivado de plasma humano, o qual pode ser administrado para controle de um episódio hemorrágico (sob demanda) ou profilaticamente com o objetivo de prevenir os sangramentos e consequentes sequelas como as artropatias. Estudos recentes demonstraram que, após a infusão de concentrados de FVIII, em pacientes hemofílicos A graves do grupo O, a meia-vida do FVIII é mais curta do que aqueles dos grupos não-O. Uma provável justificativa para este fato seria a maior concentração de fator von Willebrand (FVW) plasmático em indivíduos do tipo sanguíneo não-O. É importante, mesmo no caso dos hemofílicos moderados, distinguir aqueles com alto risco de sangramentos daqueles que demoram mais a apresentá-los, pois a profilaxia nesses casos também é importante, já que os níveis residuais de FVIII não são os únicos que determinam o fenótipo. O objetivo do presente trabalho foi investigar a associação entre o grupo sanguíneo O e o consumo anual de concentrados de FVIII (UI/Kg/ano) em pacientes hemofílicos A moderados e leves atendidos no Hemocentro do Pará e Hemocentro da UNICAMP.
  • RONALDO CORREIA DA SILVA
  • Calpaína-10: Análise Estrutural e sua Interação com o Inibidor de Protease SNJ-1715
  • Data: 10/10/2012
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  • A calpaína-10 (CAPN10) é uma cisteíno-protease ativada pelo cálcio intracelular (Ca2+). Está envolvida em diversas doenças, como Acidente Vascular Encefálico, Câncer e Diabetes. A hiperativação da enzima é capaz de iniciar uma série de ciclos destrutivos que podem causar danos irreversíveis às células. O inibidor sintético SNJ-1715 é um conhecido inibidor de outras isoformas da calpaína. Atualmente, a relação do Ca2+ com a calpaína-10 é pouco compreendida. Além disso, apenas dois estudos descrevem inibidores específicos para esta isoforma. Nesta dissertação, descreveu-se a estrutura do nucleo proteolítico da calpaína-10A humana através da técnica de modelagem por homologia e sua relação com o Ca2+ através do Mapa de Potencial Eletrostático (MPE). Realizou-se simulações do método híbrido QM / MM e Dinâmica Molecular para estudar as interações enzima-inibidor e estruturais no SNJ-1715. A análise dos MPE’s revelou que existem pequenas diferenças na distribuição de cargas e na superfície molecular da enzima. Também observou-se a reação de formação do par iônico Cys-/His+ no alvo e no molde 2G8E e várias interações com o inibidor SNJ-1715, além de modificações estruturais no SNJ-1715 através de interações intramoleculares, modificando a forma aldeído livre para a formação hemiacetal cíclica reversível, fundamental para a eficiência do composto. Através das técnicas utilizadas confirmou-se a conservação do sítio ativo da calpaína-10 e que, provavelmente ela seja menos dependente de cálcio que as isoformas típicas. O comportamento de seu sítio catalítico durante a simulação foi semelhante ao sítio ativo do molde 2G8E, além de ter sido observadas diversas interações com o SNJ-1715. Esses resultados podem contribuir para o entendimento, em nível molecular, da função biológica da calpaína10 e para o desenvolvimento e aperfeiçoamento de futuros inibidores específicos para esta isoforma.
  • DANILO LEONCIO AGUIAR PEREIRA
  • Estudo molecular de fissuras orais: investigação de marcadores polimórficos no gene candidato IRF6
  • Data: 14/09/2012
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  • As fissuras orais (FO) são malformações congênitas que podem afetar o palato primário e/ou o palato secundário do recém-nascido. A prevalência dessa malformação varia de acordo com a origem ética e geográfica, gênero e status socioeconômico da população. Vários fatores ambientais podem estar relacionados à etiologia das FO por interferirem ou desempenhar algum papel durante o desenvolvimento craniofacial. Esse estudo teve por objetivo analisar dados epidemiológicos relacionados gênero e tipos de FO, exposição a fatores ambientais e associação dos SNPs rs2235371(C>T), rs2013162(C>A) e rs642961(G>A) do gene IRF6 com FO. Este estudo foi realizado em uma amostra de 130 indivíduos com FO e 205 indivíduos controles (sem FO); uma ficha para a coleta de dados epidemiológicos foi desenvolvida para o estudo; o material biológico coletado para análise foi sangue e saliva; A análise estatística foi realizada com os softwares bioEstat 5.0, STATA 9.0 e PLINK 1.07. Em relação ao perfil epidemiológico 58% da amostra foi composta por indivíduos do gênero masculino e 42% do gênero feminino; com relação ao tipo de FO: 75% foram acometidos por FL±P e 25% por FP; 45% dos participantes relataram pelo menos mais um caso na família; 10% dos pais entrevistados relatou ter parentesco com o cônjuge; em torno de 43% das mães entrevistadas relataram exposição a pelo menos um dos fatores ambientais relacionados ao aumento do risco de FO; 63 % das mães confirmaram a ingestão de suplementos alimentares. Em relação aos aspectos moleculares no grupo casos os 3 SNPs estão em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, e nos controles o SNP rs642961(G>A) está em desequilíbrio. A análise realizada através dos testes: genotípico, Cochran-Armitage (trend), alélico, modelo dominante e recessivo não detectaram associação entre FO e os polimorfismos (SNPs) avaliados no estudo. Nenhuma associação foi encontrada entre os SNPs testados e o aumento do risco de FO na população estudada. Um maior tamanho amostral pode ser necessário para substanciar a análise da influência dos fatores genéticos e ambientais na etiologia das FO.
  • BRUNO MOREIRA SOARES
  • Avaliação dos possíveis efeitos citotóxicos e genotóxicos do corante alimentar amarelo tartrazina em linfócitos humanos
  • Data: 13/09/2012
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  • A tartrazina pertence a um grupo de corantes bastante utilizados pela indústria alimentícia, denominado azóico. Esta classe de corantes é caracterizada quimicamente pela presença de radicais aromáticos unidos através de uma ligação azo. A presença de aminas aromáticas nesses compostos ou no produto de sua metabolização os confere um potencial mutagênico, sendo relatado que a exposição a doses baixas ou elevadas destas substâncias tem sido associada ao desenvolvimento de doenças como o câncer. Estudos sobre sua atividade mostram-se controversos e em alguns casos insatisfatórios, fazendo-se relevante a análise proposta. Neste estudo, avaliamos, in vitro, os efeitos citotóxicos e genotóxicos do corante alimentar amarelo tartrazina em linfócitos humanos. Para avaliação da citotoxidade utilizamos o ensaio do MTT e para avaliar a genotoxidade utilizamos o ensaio cometa versão alcalina. Foram testadas diferentes concentrações do corante que variam entre 0,25 a 64 mM, sendo estas comparadas com um controle negativo (não tratado) e um controle positivo, a doxorrubicina, droga que comprovadamente causa danos na célula. Os resultados mostraram que a tartrazina não interferiu na viabilidade celular. No entanto, observou-se um aumento estatisticamente significante no índice de danos no DNA em todas as concentrações testadas. Desta forma, estudos adicionais são pertinentes, no intuito de investigar se os danos ao DNA induzidos pela tartrazina são passíveis de reparo, ou se podem ser perpetuados como uma mutação, de modo que se possa questionar, com segurança, sobre o uso deste corante como aditivo alimentar.
  • SILVANA DE SOUZA PINHEIRO
  • “Estudos de Docking e Dinâmica Molecular da Enzima O-GlcNAc Transferase Humana (hOGT)”
  • Data: 31/08/2012
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  • A enzima O-GlcNAc transferase – OGT detecta níveis de nutrientes para o crescimento de todas as células, participa da regulação de muitas proteínas, como também de vias de sinalização de muitos eventos celulares. Ela catalisa a transferência de GlcNAc da UDP-GlcNAc para resíduos de serina ou treonina de proteínas substratos. Defeitos ou deficiências genéticas nesta enzima estão associados a graves desordens no metabolismo de carboidrato, ao câncer, doenças neurodegenerativas, diabetes e obesidade. A enzima hOGT humana foi melhor caracterizada por Lazarus et al (2011) por difração de raios-X. No entanto, o detalhe de como a hOGT reconhece e promove a modificação O-glicosilação em proteínas substratos ainda não está claro. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi determinar as principais interações químicas no complexo hOGT/UDP-GlcNAc através de simulações computacionais, tais como: Docagem Molecular e Dinâmica Molecular empregando híbrido QM/MM. Para descrever o modo de ligação do complexo hOGT/UDP-GlcNAc foram usados os programas AutoDock e MVD de Docagem. Para avaliar a estabilidade conformacional gerada pela Docagem foi usado a Dinâmica Molecular através da biblioteca fDynamo durante 3 ns. Pelos resultados de Docagem foi possível prever o melhor modo de ligação do complexo hOGT/UDP-GlcNAc pelo programa AutoDock com maior precisão, no qual os principais resíduos catalíticos permaneceram conservados no sítio ativo da hOGT. E pela Dinâmica Molecular foi também possível avaliar a estabilidade conformacional do complexo hOGT/UDP-GlcNAc, onde os resíduos de Lys320, His498 e Lys842 da hOGT e a Ser21 do peptídeo substrato foram os que mais contribuíram com a energia livre de interação para a estabilidade do sistema em estudo.
  • CRISTINA MICHIKO YOKOYAMA CARDOSO
  • “BebZIP de castanha-do-Brasil: caracterização molecular e estudos de trans-ativação do promotor Be2S1”

  • Data: 27/08/2012
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  • A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.) é nativa da região amazônica e contém a albumina 2S rica em metionina, codificada pelo gene Be2S1, com expressão altamente regulada durante o desenvolvimento da semente. Foram identificados no promotor do gene Be2S1 três elementos denominados F1, F2 e F3 similares às sequências reconhecidas pela proteína bZIP Opaco-2 (O2) de milho em promotores do gene da zeína. Estudos têm sugerido proteínas reguladoras bZIP similares a O2 possivelmente regulando a expressão do gene Be2S1. A partir daí, duas sequências de cDNA foram isoladas, denominadas BebZIP1 e BebZIP2, codificando proteínas putativas bZIP com 326 e 403 aminoácidos, respectivamente. As duas isoformas são, possivelmente, produtos de “splicing” alternativo. Estudos de trans-ativação em ensaios de expressão transiente com o gene repórter gus indicam que as BebZIPs podem participar da regulação da expressão do gene Be2S1.

  • ADONIS DE MELO LIMA
  • MODELAGEM POR HOMOLOGIA DA PROTEÍNA METIL COENZIMA M REDUTASE DA Methanosarcina mazei ISOLADA DO RESERVATÓRIO DA UHE TUCURUÍ-PA.
  • Data: 27/08/2012
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  • O metano é o segundo na lista dos gases capazes de causar efeito estufa, tendo um potencial de aquecimento global 25 vezes maior que o gás carbônico. As arqueias metanogênicas são responsáveis por 74% do metano liberado em nossa atmosfera. Conhecer os aspectos da biogênese do CH4 é importante, pois este fator torna tais organismos interessantes no aspecto ecológico e biotecnológico. O processo de biossíntese engloba várias proteínas, e o peptídeo mais importante usado no metabolismo energético das arqueias é a metil coenzima M redutase, que é responsável por catalisar a metanogênese. Neste trabalho, a modelagem por homologia foi empregada para a construção da estrutura tridimensional, da metil coenzima M redutase, da espécie Methanosarcina mazei encontrada no lago da Usina Hidrelétrica de Tucuruí. Com o uso do servidor SwissModel e o programa DeepView, o modelo foi construído por homologia tendo como molde o polímero da MCR de Methanosarcina barkeri de código PDB 1E6Y. O hexâmetro obtido apresentou aproximadamente 92% de identidade sequencial em comparação ao molde. A modelagem por homologia mostrou coerência em relação aos dados experimentais conhecidos e mostra que as estruturas proteicas da MCR em diferentes ordens tendem a ser bem conservadas. A validação do hexâmetro obtido foi feita através da análise da qualidade estereoquímica, da energia livre do sistema e do mapeamento do potencial eletrostáticos molecular. Além disso, dados referentes à distribuição de cargas pela superfície da proteína apresentaram regiões semelhantes nas estruturas molde e alvo. A construção da estrutura proteica tridimensional da MCR da espécie Methanosarcina. mazei e seu padrão de enovelamento fornecem informações complacentes sobre sua plausível função biológicas e, por conseguinte, na identificação desta como um potencial alvo molecular.
  • TALITHA FARAG DE OLIVEIRA
  • Investigação no gene da calpaína-10 em ameríndios na Amazônia Brasileira e associação com parâmetros bioquímicos e antropométricos 

  • Data: 13/08/2012
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  • O gene da calpaína-10 (CAPN-10) vem sendo associados em várias populações com diabetes mellitus do tipo 2 (DM2) e com outras doenças como mal de Alzheimer, Síndrome do ovário policístico, câncer de laringe e doença de Huntington. Apesar da função deste gene ainda não estar claramente definida, ele é expresso em quase todos os tecidos do corpo e, entre suas várias funções, está a regulação da secreção de insulina nas células beta pancreáticas. Com o objetivo de identificar a variabilidade genética de quatro populações indígenas da Amazônia brasileira (Parakanã, Xikrín, Assuriní and Gavião), em relação aos polimorfismos UCSNP-43, UCSNP-19 e UCSNP-63 no gene da CAPN-10 e a possível associação desses polimorfismos com parâmetros bioquímicos e antropométricos (triglicerídeos, glicemia, colesterol, porcentagem de gordura corporal, circunferência da cintura e IMC), foram investigados os genótipos de 280 indivíduos pertencentes às tribos. A extração do DNA foi realizada pelo método fenol/clorofórmio, a genotipagem determinada por meio da PCR, qPCR e RFLP-PCR. As frequências alélicas e genotípicas foram encontradas com a utilização do método de simples contagem. O programa Arlequin 3.1 foi utilizado para o cálculo dos valores de Fst e o escalonamento multidimensional foi formado por meio do programa SPSS. O programa Poptree2 gerou a árvore não enraizada determinada pelo método Neighbor-Joining (NJ). As frequências haplotípicas foram calculadas utilizando o programa Mlocus e as análises de associação realizadas por meio do programa SPSS. Os valores de Fst revelaram que as tribos indígenas mostraram-se próximas entre si, com exceção da tribo Assuriní que parece apresentar uma diversidade genética diferenciada. Houve também divergências significativas entre os grupos indígenas e as demais populações. O escalonamento multidimensional também separou o grupo indígena das demais populações, onde apenas a população de Belém se encaixa no mesmo quadrante dos ameríndios bem como na árvore gerada pelo método NJ não enraizada o grupo indígena ficou separado dos demais grupos e Belém encontrou-se em posição intermediária entre os indígenas e outros grupos populacionais. Nas análises haplotípicas foram identificados 08 haplótipos diferentes, o qual o grupo Parakanã apresentou os haplótipos 112 (0,3982) e 221 (0,2621) como os mais frequentes. O grupo Xikrín apresentou suas frequências variando de 0.0212 (121) à 0,4843 (112). A tribo Assuriní apresentou sua frequência haplotípica variando de 0,01649 (222) à 0.3546 (221). O grupo Gavião teve como haplótipos mais frequentes 112 (0,4192) e 221 (0,3827). Entre as combinações haplotípicas, as mais frequentes foram: 112/221 nas tribos Gavião (0,320) e Parakanã (0,344), enquanto que nas tribos Assuriní e Xikrín a combinação mais frequente foi 111/222, apresentando uma frequência de 0,228 e 0,243. As análises de associação feitas entre os SNPs e seus haplótipos com parâmetros bioquímicos e antropométricos mostraram-se significativas para análise univariada em 17 resultados encontrados, no entanto na análise de regressão logística múltipla apenas 03 resultados significativos foram encontrados, sendo que os resultados mais completos são da regressão logística múltipla, pois se obtém uma análise mais robusta, uma vez que a associação é controlada por um número maior de variáveis. Desta forma, considerando-se as análises de regressão logística múltipla, nenhum fator de risco foi encontrado relacionado aos parâmetros bioquímicos e antropométricos, mas sim fatores de proteção (OR < 1) nesta população.

  • EDUARDO SOUSA VARELA
  • DIVERSIDADE E ESTRUTURA GENÉTICA DAS POPULAÇÕES DO CARANGUEJO-UÇÁ DO GÊNERO Ucides (BRACHYURA: UCIDIDAE) COM BASE EM LOCI NUCLEARES E MITOCONDRIAIS
  • Data: 14/07/2012
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  • O presente trabalho investigou três janelas evolutivas de diversidade genética caranguejo-uçá, Ucides sp. Na primeira, foram identificadas as taxas de substituições linhagem-específica de loci mitocondriais entre as populações de Ucides do Atlântico e do Pacífico. A segunda janela evolutiva investigou o efeito das flutuações glaciais de nível do mar com o polimorfismo genético nas populações de Ucides cordatus. A partir do mtDNA, foi possível recuperar eventos de expansão demográfica recente segundo uma curva de crescimento logístico, com ponto máximo de expansão pós-glacial, há pelo menos 25 mil anos. Por último, a utilização de marcadores microssatélites nucleares permitiu uma avaliação das causas e consequências de estrutura populacional contemporânea. Parte dessa variação genética foi atribuída ao isolamento por distância. O efeito da Pluma do Amazonas associada aos padrões recentes de circulação oceânica foi também um argumento plausível provedor de estrutura populacional em curtas distâncias.
  • FABIO DANIEL FLORENCIO DA SILVA
  • Diversidade Molecular de Cianobactérias do Reservatório da Usina Hidrelétrica de Tucuruí
  • Data: 13/07/2012
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  • As cianobactérias outrora conhecidas como algas azuis ou algas verde-azuladas compreendem o maior, mais diverso, e o mais amplamente distribuído grupo de procariotos fotossintetizantes. Esses micro-organismos apresentam uma extensa distribuição, sendo encontradas em todos os tipos de ecossistemas terrestres e aquáticos, incluindo desertos, florestas úmidas tropicais e manguezais. Nos últimos 50 anos, produtos microbianos, como por exemplo, pigmentos, toxinas, antibióticos, conhecidos como metabólitos secundários, têm sido isolados e suas estruturas caracterizadas e a partir de 1970 as cianobactérias ganharam atenção como uma rica e promissora fonte de compostos de valor biotecnológico e médico-sanitário. Neste contexto, o presente estudo tem como objetivos: analisar a diversidade de cianobactérias das estações de coleta M1, M3 e M5 do lago de Tucuruí, nos períodos de seca e chuva; realizar um levantamento dessas espécies do reservatório e avaliar possíveis alterações de parâmetros físico-químicos da água, correlacionando-os com a diversidade cianobacteriana. Para tal propósito foi utilizada uma abordagem independente de cultivo, na qual foram construídas bibliotecas genômicas utilizando o gene RNAr 16S como marcador filogenético e posterior análise das sequências com ferramentas computacionais. Foi obtido um total de 600 sequências oriundas dos pontos amostrais dos dois períodos de coleta. Com uma distância evolutiva de 0,03 as sequências de todas as bibliotecas foram agrupadas em um total de 275 UTOs, sendo que 218 UTOs continham sequências únicas. Porém, os índices de cobertura e curvas de rarefação sugerem que novas UTOs ainda podem ser encontradas no reservatório. O ponto M5 da segunda coleta (junho 2011) registrou o maior índice de diversidade de Shannon (3,88) e foi o mesmo ponto que apresentou o menor índice (2,77) da primeira coleta (dezembro 2010). Pela análise de agrupamento baseado na composição de filotipos dos pontos amostrais, o ponto M5, no período chuvoso, foi o mais dissimilar, ressaltando que foi o ponto que apresentou o maior índice de diversidade de Shannon e riqueza de ACE. A turbidez do lago diminuiu consideravelmente entre os períodos seco e chuvoso, o que poderia ter influenciado no aumento da diversidade e riqueza nos pontos M3 e M5. O ponto M1 apresentou o maior índice de diversidade no período seco, e registrou a menor turbidez e maior concentração de NO3-, resultados estes que poderiam estar correlacionados. As sequências de DNA provenientes do reservatório foram comparadas com sequências publicadas no banco de dados GenBank com o auxílio da ferramenta de busca BLASTn. Dessa forma, foi possível detectar no reservatório de Tucuruí 11 gêneros cianobacterianos distribuídos em cinco ordens: Chroococcales, Synechococcales, Prochlorales, Oscillatoriales e Nostocales. Além de uma grande parcela de cianobactérias não cultivadas. Por meio da construção e análise de árvores filogenéticas, pôde-se verificar que várias sequências do presente estudo se agruparam com espécies de potencial biotecnológico, como por exemplo, Synechococcus sp, Microcystis aeruginosa e Cylindrospermopsis raciborskii. Os dados do presente estudo indicam que futuros empreendimentos de isolamento de linhagens e bioprospecção de produtos bioativos de cianobactérias colonizadoras do lago serão promissores.
  • PABLO HENRIQUE CARACCIOLO GOMES DE SÁ
  • FunSys: Programa para Análise Funcional de Transcriptoma e Proteoma de Procariotos

  • Data: 04/07/2012
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  • As novas tecnologias de sequenciamento continuam revolucionando as pesquisas genômicas e pós genômicas, através destes sequenciadores é possível produzir uma quantidade de dados nunca antes vista, com alta confiabilidade e cobertura quando comparadas ao método de Sanger. Contudo, para analisar a grande quantidade de dados produzidos pelos sequenciadores NGS, faz-se necessário desenvolvimento de novas ferramentas computacionais. Desta forma, este trabalho apresenta o software DBTransProt: Gerenciador para Análises de Transcriptoma e Proteoma de Procariotos, utilizado para analisar a expressão diferencial de dados de transcriptoma, obtidos através da técnica RNA-seq, associando estas informações aos resultados obtidos por experimentos de proteoma, produzidos pelas técnicas de eletroforese 2D e espectrometria de massa.

  • THIAGO SOUZA LOPES
  • O GENOMA DA CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS LINHAGEM 267

  • Data: 04/07/2012
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  • Corynebacterium pseudotuberculosis é de grande importância veterinária e econômica por causar linfadenite caseosa em diversos rebanhos, principalmente em ovelhas e cabras. Apesar de existir  em todo o  mundo, sua ocorrẽncia é maior em países como a Australia, Brasil e Canadá, o que provoca perdas significativas devido ao elevado custo no tratamento, bem como a inexistência de testes de diagnósticos específicos. Neste trabalho, nós apresentamos o genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 267 isolado de Lhama.

  • HIVANA PATRICIA MELO BARBOSA
  • ANÁLISE TRANSCRIPTÔMICA DA EXPRESSÃO DIFERENCIAL TÉRMICA DE Exiguobacterium antarcticum linhagem B7

  • Data: 05/06/2012
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  • Exiguobacterium antarcticum é uma bactéria psicrotrófica Gram-positiva, descrita como capaz de crescer em temperaturas entre -3°C e 42°C, sendo 37°C sua temperatura ótima de crescimento. A sobrevivência e crescimento microbiano em baixas temperaturas requer uma série de modificações celulares que podem ser primariamente percebidas através de alterações nos níveis de transcrição. Assim, o referido organismo é considerado como um interessante modelo para estudar o processo de adaptação térmica microbiana ao frio. A recente introdução da tecnologia de RNA-seq permitiu a análise de transcriptomas bacterianos totais através do sequenciamento de cDNA. No presente trabalho analisamos os transcriptomas da linhagem B7 de E. antarcticum, obtidos nas temperaturas de 0°C e 37°C através do sequenciamento na plataforma SOLiDTM. Do total de regiões transcricionalmente ativas preditas no genoma da espécie (2773 genes codificantes de proteínas, CDS), os transcriptomas confirmaram a expressão de 88,20% (RPKM≥10) destas. Identificamos que 38,73% dos genes foram considerados como diferencialmente expressos, sendo 593 hiperexpressos (fold change ≥ 2 e p-value<0,001) e 481 hipoexpressos (fold change ≤ -2 e p-value<0,001) no frio (0°C). Dentre os genes diferencialmente expressos muitos estavam relacionados a proteínas anotadas como hipotéticas, sem função predita, demonstrando o quanto este organismo e a adaptação térmica em si ainda são pouco conhecidos. E. antarcticum B7 apresentou uma resposta em 0°C característica da adaptação microbiana ao frio, confirmando o papel de genes codificantes de importantes proteínas como: Proteínas de choque frio (CSP), RNA helicases e a chaperona Trigger factor. A mudança no perfil transcricional desta bactéria, decorrente da variação da temperatura, também revelou genes que podem ser utilizados como novos alvos de trabalhos que busquem compreender mais da adaptação térmica microbiana, bem como das aplicações biotecnológicas decorrentes desta.

  • TANIELLY CRISTINA RAIOL SILVA
  • Perfil de Expressão dos Genes MYC, hTERT e TP53 em Lesões Pré-Malignas Gástricas.
  • Data: 11/05/2012
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  • Avaliação da expressão do RNAm de hTERT, MYC, e TP53 e seus produtos proteicos, além do número de cópias do gene TP53 em lesões pré-neoplásicas gástricas obtidas de amostras de indivíduos do Norte do Brasil. PCR em tempo real foi usada para analisar a expressão do RNAm e métodos imunoistoquímicos foram usados para avaliar a imunoreatividade protéica em amostras de tecidos. Foi observado que hTERT, MYC e TP53 são desregulados em metaplasia intestinal de indivíduos do Norte do Brasil e que estas alterações podem facilitar a iniciação do tumor.
  • FERNANDA DO ESPIRITO SANTO SAGICA
  • “ INSTABILIDADE GENÔMICA E O PROCESSO DE ENVELHECIMENTO EM CAMUNDONGOS (mus músculos) SUBMETIDOS AO AMBIENTE ENRIQUECIDO (AE)”.
  • Data: 10/05/2012
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  • No presente trabalho investigamos a instabilidade genômica mitocondrial (região D-Loop) de 15 indivíduos fêmea Mus músculos, bem como a expressão da enzima telomerase, um complexo formado por ribonucleoproteína e DNA polimerase responsável pela manutenção do tamanho do telômero. A maioria das células de camundongo apresenta atividade telomerase por toda a vida, reconhecendo e alongando telômeros pequenos, prevenindo fusões terminais e envelhecimento precoce, como um mecanismo de compensação de dose. Para tal analisamos o material genético (mtDNA) proveniente de sangue periférico e tecido cerebral de camundongos divididos em quatro grupos: i) Grupo controle R (CR); ii) Grupo controle jovem (CJ); iii) Grupo de ambiente enriquecido jovem (AEJ); iv) Grupo de ambiente enriquecido senil (AES). Os resultados obtidos no sequenciamento dos camundongos mostraram a presença de 10 mutações distribuídas entre os grupos específicos: i) Duas mutações de ponto presente em um indivíduo controle R (CR) e um controle jovem (CJ); ii) Duas mutações do tipo deleção presente em dois indivíduos de ambiente enriquecido (AE), um indivíduo jovem e outro senil; iii) Seis mutações do tipo inserção presente em três indivíduos do grupo AES. O grupo CR e CJ foram considerados de baixo risco, em função de apresentar uma única mutação de ponto, cada um grupo. Quando se compara a proporção de mutações entre o grupo de baixo risco (CJ) e alto risco (AEJ e AES), observam-se diferenças estatísticas significantes (Teste Binomial para duas amostras independentes, p<0.05). Todos os indivíduos do grupo AES apresentaram mutações significantes, o que contrastou com os resultados observados no grupo CJ (Teste Binomial para duas amostras independentes, p<0.001). Quando se compara a frequência de eventos mutacionais entre indivíduos AEJ e AES, observam-se diferenças altamente significantes (Teste Binomial para duas amostras independentes, p<0.001). A mutação do tipo inserção se restringiu ao grupo AES. Enquanto a mutação do tipo deleção, restrita ao grupo AE, estava distribuída entre um indivíduo jovem (AEJ) e outro senil (AES). A expressão gênica da telomerase foi investigada por quantificação relativa do mRNA de tecido cerebral de 15 fêmeas de Mus musculus (linhagem C57BL/6), por meio do ensaio de PCR em Tempo Real, tendo o gene GAPDH como controle endógeno. ANOVA um critério foi usada para comparação das médias de RQ. As diferenças observadas não foram significantes estatisticamente (p>0.05), sendo que os níveis de expressão não pareceram sofrer alterações nos grupos AEJ e AES, mesmo quando comparados com o grupo CJ. Uma vez que o tamanho dos telômeros parece estar associado à idade, foi avaliada a correlação entre nível de expressão e idade em meses dos indivíduos, o que não foi significante (p>0.05). Os achados sugerem que independente da presença do ambiente enriquecido, o grupo AES apresenta maior instabilidade genômica mitocondrial e que a expressão da enzima telomerase se manteve igual, mesmo em faixas etárias diferenciadas.
  • DAYSE OLIVEIRA DE ALENCAR
  • DOENÇA DE FABRY: EFEITO FUNDADOR, ATAÇÃO MOLECULAR E ORIGEM ÉTNICA DA MUTAÇÃO 30delG NO CROMOSSOMO X.
  • Data: 25/04/2012
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  • A Doença de Fabry (DF) é caracterizada como um erro inato do catabolismo dos glicoesfingolipídeos resultante da atividade defeituosa da enzima alfa-galactosidase A sintetizada pelo gene GLA localizado no cromossomo X. Por ser uma doença com herança ligada ao cromossomo X seus pacientes apresentam padrões diferenciados de manifestação clínica, variando de sinais e sintomas leves, enquanto outros apresentam um quadro mais grave. Até o momento, cerca de 500 mutações já foram descritas no gene GLA como patogênicas para a doença de Fabry, dentre estas, uma específica na população brasileira (30delG) foi descrita por um grupo de pesquisadores da Universidade Federal do Rio Grande do Sul em quatro famílias da cidade de Porto Alegre, todas com pelo menos um paciente do sexo masculino com a doença de Fabry. Estes pacientes, juntamente com suas respectivas famílias foram investigados no presente trabalho, que teve como principais objetivos investigar na mutação 30delG: i) relação de parentesco entre as quatro famílias que se dizem não relacionadas; ii) possível ação de efeito fundador na mutação; iii) tempo de ocorrência da mutação e iv) origem étnica da mutação. Um painel composto por seis marcadores X-STRs situados próximos ao gene GLA foi desenvolvido e analisado na forma de haplótipo para obterem-se as respostas para as questões levantadas. A análise dos dados revelou que as famílias descendem de um único ancestral comum, de origem europeia, que inseriu a mutação em meados de 1700, período de expansão e povoamento da Colônia do Sacramento, atual estado do Rio Grande do Sul.
  • JESSE DE BARROS LOBATO
  • “BANCO DE DADOS BRASILEIRO DO CROMOSSOMO Y”

  • Data: 17/04/2012
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  • A determinação de identidade genética pelo DNA constitui um dos produtos mais revolucionários da moderna genética molecular humana. Em menos de 20 anos a molécula de DNA se tornou uma ferramenta indispensável na investigação criminal. Em parte da Europa e nos Estados Unidos da América (EUA) existem bancos de dados de cromossomo Y estabelecidos, que tem auxiliado o poder jurídico na tomada de decisões. O valor do cromossomo Y, nas análises forenses, restringe-se a identificação criminal envolvendo indivíduos do sexo masculino. Considerando que a maioria dos crimes em que a informação genética se torna útil, particularmente os crimes de natureza sexual, envolve indivíduos do sexo masculino como responsáveis, os testes de DNA desenhados especificamente para examinar a porção masculina da amostra, tornam-se uma ferramenta/prova importante. De acordo com o último censo/2010, a população brasileira apresenta um tamanho de 190.732.694 indivíduos. Esse número demonstra que políticas públicas como a implementação de um Banco de Dados Nacional, principalmente nas áreas urbanas das grandes cidades, é uma ferramenta importante no combate à criminalidade e na diminuição da impunidade. No presente trabalho, desenvolvemos um Banco de Dados Nacional do Cromossomo Y que facilita o armazenamento e distribuição de informações do perfil biológico de marcadores do cromossomo Y, assim como a identificação de perfis genéticos da amostras/vestígios criminais.

  • FERNANDO HENRIQUE RAMOS SILVA
  • Estudos Citogenéticos em três espécies da família Apteronotidae (Gymnotiformes)
  • Data: 03/04/2012
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  • A família Apteronotidae tem o maior número de espécies formalmente descritas entre os Gymnotiformes. Atualmente possui 88 espécies distribuídas em 14 gêneros. Ocorrem desde o Panamá até o norte da Argentina, incluindo rios que desaguam no oceano Pacífico (leste da Colômbia), bacias do Orinoco, de Maracaibo, do Madalena, do escudo Guianense, do Amazonas, do Paraná-Paraguai e do São Francisco, alcançando maior diversidade na região da bacia Amazônica. Estudos citogenéticos na família Apteronotidae se resumem à espécie Apteronotus albifrons, onde o cariótipo desta espécie consiste em 2n=24 cromossomos. Neste trabalho foram realizados estudos citogenéticos nas espécies Sternarchorhamphus muelleri, Parapteronotus hasemani e Sternarchogiton preto (Apteronotidae, Gymnotiformes). As espéciesapresentam 2n=32 (28m/sm+4st/a), 2n=52 (36m/sm+16st/a) e 2n=52 (38m/sm+14st/a), respectivamente. Nas três espécies a heterocromatina constitutiva encontra-se distribuída na região centromérica de quase todos os cromossomos. Sternarchorhamphus muelleri e Sternarchogiton preto apresentam alguns pares onde a marcação pelo bandeamento C não foi detectada. Blocos heterocromáticos em um dos braços cromossômicos e/ou na região pericentromérica adicionais podem servir como marcadores para as espécies. A NOR simples foi encontrada nas três espécies, apresentando heteromorfismo em relação ao tamanho da região. No entanto, em S. preto é mais evidente essa diferença. A NOR encontra-se na região intersticial do par 15 de S. muelleri e na posição terminal do braço curto do par 3 em P. hasemani e na posição terminal do braço longo do par 3 em S. preto. A DAPI e a CMA3 foi coincidente com HC e NOR, respectivamente. A FISH com rDNA 18S evidenciou só um par, mostrando o heteromorfismo existente entre os homólogos. Não foi detectada presença de sequências telómericas intersticiais na FISH com sondas teloméricas. Apesar de poucos estudos terem sido realizados nos Apteronotidae, os resultados apresentados mostram a grande variabilidade citogenética existente. Estes dados vêm somar para estudos futuros dentro do grupo, auxiliando na identificação taxonômica, compreensão da evolução cromossômica e das relações filogenéticas desse grupo.
  • MARCIA BETANIA SANTANA DOS SANTOS
  • “Associação do polimorfismo da região promotora do gene da CASPASE 8 com câncer de mama”
  • Data: 30/03/2012
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  • O câncer de mama compreende o processo biológico que leva uma célula mamária normal a se transformar em uma célula maligna, com capacidade invasiva e metastática. É o segundo tipo de câncer mais freqüente no mundo e o mais comum entre as mulheres. Do total de casos, estima-se que de 5 a 10% sejam hereditários, isto é, causados predominantemente por uma alteração genética herdada que confere ao seu portador um alto risco de desenvolver câncer. Vários genes tem sido relacionados com o câncer de mama, e genes envolvidos com a apoptose são candidatos importantes, dentre eles o gene da caspase 8 (CASP8), que participa no processo de apoptose pela via extrínseca. O objetivo deste estudo foi analisar a influência do polimorfismo -652 6N del, localizado na região promotora do gene CASP8, sobre o risco/proteção ao desenvolvimento de câncer de mama. Cinquenta e sete pacientes do Estado do Pará com carcinoma ductal invasivo de mama tiveram seu genótipo -652 6N del CASP8 determinado por PCR-SSP, sendo comparados com indivíduos de uma amostra controle da mesma população. Ambas as amostras estavam em Equilíbrio de Hardy-Weinberg. A freqüência do alelo com a deleção foi de 37% em pacientes e 43% em controles; em pacientes, 7% foram homozigotos para a deleção e 60% heterozigotos, em comparação com os controles, 16% e 55%, respectivamente. Essas diferenças entre as amostras não foram significativas. Na literatura, tanto trabalhos com populações isoladas como em meta-análises são contraditórios com relação à associação entre CASP8 e câncer. Em conclusão, neste trabalho a -652 6N del CASP8 não foi associada com o câncer de mama em pacientes estudados, o que é apoiado por outros autores que relatam não haver associação desse polimorfismo com câncer de mama ou outros tipos de câncer.
  • MARIA CLARA CANTHE PANDOLFO
  • “ASSOCIAÇÃO ENTRE LLA INFANTIL E UM POLIMORFISMO NA REGIÃO PROMOTORA DO GENE DA CASPASE”.
  • Data: 30/03/2012
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  • As leucemias correspondem a 30% dos cânceres em pediatria e constituem as neoplasias mais frequentes em indivíduos com menos de 15 anos. Dentre elas, a Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) é uma doença maligna originada de células progenitoras linfóides da medula óssea caracterizada pelo acúmulo de linfoblastos em numerosos órgãos e tecidos, notadamente na medula óssea e no sangue periférico. A LLA incide mais frequentemente na infância, representando 75-80% de todos os casos de leucemia em crianças. Em adultos, a doença representa apenas 1% de todas as doenças malignas e 20% de todas as leucemias. A incidência varia com a idade, com um pico de incidência na idade de dois a quatro anos. Vários polimorfismos em genes foram associados ao câncer, dentre eles o gene da caspase 8 (CASP8), que desempenha uma importante função no mecanismo de morte celular programada ou apoptose. De fato, a deleção de seis nucleotídeos no promotor desse gene (-652 6N del) destrói o sítio de ligação da proteína 1, diminuindo a transcrição do gene. Esta mutação se encontra descrita na literatura em associação com vários tipos de câncer, incluindo o de pulmão, gástrico, esofágico, colorretal, cervical e de mama. O objetivo deste estudo foi determinar se existe associação do polimorfismo de inserção/deleção de 6pb da região promotora do gene da caspase-8 com a susceptibilidade/proteção à LLA infantil. O trabalho foi realizado com uma amostra de 50 pacientes portadores de leucemia linfoblástica aguda infantil (afecção diagnosticada clínica e laboratorialmente), oriundos de consultórios particulares da região metropolitana de Belém. A seleção faz parte de um banco de amostras coletadas no ano de 2001, utilizadas em projetos anteriores. A genotipagem da deleção CASP8*-652 6N del foi feita por PCR-SSP e eletroforese em gel de poliacrilamida a 10%, corado com nitrato de prata. A frequência do alelo CASP 8 -652 6N del em controles foi a mesma encontrada em pacientes (45%), não tendo sido detectada, portanto, diferença significativa entre as amostras (2 = 0,001/ p = 0,9815). De forma semelhante, a proporção de genótipos (homozigotos com a deleção, heterozigotos e homozigotos sem a deleção) em controles e pacientes também não mostrou diferença significativa (2 = 1,352; p = 0,2449). Apenas a população de pacientes (p= 0,6171) mostrou estar em Equilíbrio de Hardy-Weinberg, contrastando com a de controles (p = 0,0204). Da mesma forma, não houve diferença significativa entre a proporção de indivíduos portadores e não portadores do alelo CASP8*del (homozigotos e heterozigotos) entre pacientes e controles (2 = 0,286; p = 0,5929). Esses resultados são semelhantes aos de alguns outros estudos que mostraram não haver associação desse polimorfismo da região promotora da caspase 8 e câncer. Assim, embora as associações de LLA com polimorfismos genéticos possam apresentar resultados contraditórios é muito importante continuar pesquisando essas associações mesmo que os resultados sejam negativos. O presente estudo descreveu, até onde sabemos pela primeira vez, a variabilidade de um importante polimorfismo genético em pacientes com LLA da cidade de Belém.
  • ALINE MEDEIROS LIMA
  • ISOLAMENTO E CARACTERIZAÇÃO DE GENES DE CISTATINAS EXPRESSOS DURANTE A INTERAÇÃO Piper nigrum E Fusarium solani  f. sp. piperis  

  • Data: 09/03/2012
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  • O Estado do Pará é o principal produtor brasileiro de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.), no entanto a sua produção tem sido limitada pela fusariose, doença causada pelo Fusarium solani f. sp. piperis. Resultados anteriores obtidos pelo nosso grupo revelaram a identificação de uma sequência parcial de cDNA que codifica um possível inibidor de cisteína protease expressa durante a interação da  pimenteira-do-reino com este patógeno. Inibidores de cisteína proteases são também conhecidos como cistatinas, proteínas com atividade antifúngica contra alguns fungos fitopatogênicos. Portanto, este trabalho teve como objetivo isolar, caracterizar genes que codificam cistatinas de pimenteira-do-reino com expressão durante a interação com o F. solani f. sp. piperis. Nossos resultados mostram que quatro seqüências completas de cDNA, denominadas PnCPI1, PnCPI2, PnCPI3 e PnCPI4, codificando proteínas com 108, 227, 132 e 203 resíduos de aminoácidos, respectivamente, foram isoladas por meio de experimentos de RACE. De acordo com a análise comparativa em bancos de dados estas proteínas apresentaram alta identidade com cistatinas de outras espécies vegetais, tais como: sino de natal (Sandersonia aurantiaca), dendezeiro (Elaeis guineensis) e caruru (Amaranthus hypochondriacus). As análises computacionais revelaram a presença de seqüências conservadas QXVXG e LARFAV, encontradas na maioria dos membros da superfamília cistatina e fitocistinas, respectivamente. Além disto, as análises de predição mostraram que PnCPI-2 e PnCPI-3 apresentam provavelmente um peptídeo sinal na região N-terminal, o que não se observa em PnCPI-1 e PnCPI-4. O alinhamento entre as sequências de cDNA e genômicas revelaram a presença de íntrons  nas região de codificação dos genes das cistatinas PnCPI-2-e PnCPI-3,  enquanto PnCPI-1 e PnCPI-4 não apresentaram estes elementos. Por último, foram iniciados os experimentos de expressão heteróloga de PnCPI-1 e PnCPI-4 em sistema bacteriano. As análises de SDS-PAGE revelaram a expressão apenas da proteína PnCPI-1, nas condições experimentais usadas. Estudos adicionais futuros incluirão o experimentos de inibição in vitro do crescimento do F. solani f. sp. piperis pelas cistatinas  identificadas no presente trabalho.

  • AILTON BORGES SANTA BRIGIDA
  • Isolamento, caracterização e avaliação do padrão de expressão do gene MeTCTP de mandioca (Manihot esculenta Crantz)
  • Data: 09/03/2012
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  • A mandioca (Manihot esculenta), nativa da Amazônia, pertence à família Euphorbiaceae, sendo suas raízes de reserva amplamente utilizadas como fonte alimentar por mais de 700 milhões de pessoas no mundo. A identificação de genes com expressão diferencial na raiz da mandioca contribui para um melhor entendimento dos processos moleculares e celulares envolvidos no desenvolvimento e fisiologia desse órgão de armazenamento; além disto, pode auxiliar também no isolamento de promotores capazes de direcionar a expressão de genes de interesse nesse órgão de reserva em programas de melhoramento genético. Entre os genes possivelmente envolvidos na formação da raiz de reserva está o gene que codifica para uma proteína de tumor controlada traducionalmente (TCTP). Desta forma, o objetivo deste trabalho foi isolar, caracterizar e avaliar a expressão do gene que codifica uma TCTP de mandioca, denominado MeTCTP. Foi isolada uma sequência completa de cDNA com 813 pb, contendo 78 pb na 5'-UTR e 228 pb na 3'-UTR, sendo que nestas regiões foram identificados motivos relacionados a regulação traducional: AU-rich elements (AREs) e motivos AUUUA, AUUUUA, AUUAA, respectivamente. Este cDNA apresenta uma ORF de 507 bp, codificando uma proteína deduzida com 168 resíduos de aminoácidos que apresenta alta identidade com TCTPs de diferentes espécies vegetais. Análises in silico mostraram que a MeTCTP apresenta seis sítios de fosforilação, um sítio de N-meristoilação, um domínio BH4, duas sequências signatures TCTP1 e TCTP2 e regiões que se ligam a microtúbulos e a íons de Ca+2, além de um sítio para Rab GTPase. A sequência genômica de MeTCTP com 2.157 pb, isolada neste trabalho, inclui a sequência codificante completa contendo 4 íntrons, e parte de sua região promotora com 336 pb, na qual foram identificados sítios putativos de fator de transcrição e elementos regulatórios cis-atuantes de expressão em raiz, e resposta ao estresse abiótico, entre outros. Por último, ensaios in vitro revelaram que os níveis de transcrição do gene MeTCTP foram aumentados em folhas tratadas com cloreto de sódio, indicando uma potencial função na resposta ao estresse salino.
  • LORENA ARAUJO DA CUNHA
  • AVALIAÇÃO IN VITRO DO EFEITO GENOTÓXICO E CITOTÓXICO DO EXTRATO LÍQUIDO COZIDO DA RAIZ DA Manihot esculenta Crantz – “TUCUPI” EM CULTURA DE LINFÓCITOS

  • Data: 07/03/2012
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  • A cultura alimentar da população paraense é bastante característica, incluindo um consumo elevado de sal, além de uma importante ingestão de glicídios, a partir dos derivados de mandioca, como a farinha e o tucupi. A mandioca utilizada na produção destes derivados é a Manihot esculenta Crantz, um arbusto da família Euphorbiaceae que é utilizado tanto na alimentação humana quanto na de outros animais. O tucupi é um extrato líquido fervido da mandioca, obtido de forma artesanal a partir da decantação do líquido retirado da raiz que foi descascada, ralada e espremida. Este extrato antes de ser fervido é conhecido como manipueira, e contém linamarina, um glicosídeo tóxico carcinogênico que origina o ácido cianídrico. Neste estudo avaliamos os efeitos genotóxicos e citotóxicos do tucupi em culturas de linfócitos humanos a partir do Ensaio Cometa e Avaliação de Apoptose e Necrose por marcação fluorescente diferencial com laranja de acridina-brometo de étidio.  As concentrações (v/v) de tucupi foram definidas a partir do teste bioquímico MTT, a análise do pH também foi realizada. A composição deste extrato foi analisada por HPLC. Para a preparação das culturas foi colhido sangue de três indivíduos hígidos. Após 3h do tratamento com tucupi nas concentrações 2%, 4% e 8%, foram coletadas amostras para a realização do ensaio cometa. Foram contadas 100 células de cada concentração, estipulando-se cinco classes de danos 0, 1, 2, 3 e 4, para a determinação do índice de dano de cada tratamento.  As análises de apoptose e necrose foram realizadas após 24h e 48h de tratamento nas concentrações 4%, 8% e 16%; sendo analisadas 300 células de cada grupo de tratamento. Como controle positivo foi utilizado doxorrubicina. Os resultados demonstram que, em nossas condições de estudo, o tucupi não apresenta efeito genotóxico, entretanto foi observado efeito citotóxico, com indução de morte celular, principalmente por necrose. Estes efeitos podem estar relacionados a presença de ácido cianídrico e/ou de flavonóides. Porém, análises mais precisas devem ser realizadas e outros testes, inclusive in vivo, devem ser desenvolvidos para melhor caracterizar os efeitos deste extrato.

  • LAYANNA FREITAS DE OLIVEIRA
  • POLIMORFISMO -336 A/G NO PROMOTOR DE DC-SIGN (CD209) MODULA OS SINTOMAS NA FASE AGUDA INICIAL DA DENGUE CLÁSSICA

  • Data: 06/03/2012
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  • A dengue é a principal infecção causada por arbovírus, causada pelo virus da dengue (Dengue virus – DENV), o qual utilize o receptor de lecitina tipo C DC-SIGN para infectar células dendríticas (CD). O polimorfismo -336 A/G (rs4804803) na região promotora de CD209, que codifica DC-SIGN, tem sido associado a várias doenças infecciosas. Nós investigamos a associação dessa variante com a febre por dengue (FD) e febre hemorrágica da dengue (FHD) e com a patogenia da FD. O polimorfismo rs4804803 foi analisado em amostras brasileiras sendo desenvolvido um rigoroso monitoramento da população controle através de investigações clínicas de sintomas passados de FD. A amostra foi constituída de 210 indivíduos, sendo 72 controles (89% positivos para anticorpos IgM e/ou IgG), 126 FD e 12 FHD. Frequencias alélicas e genotípicas de -336A/G CD209 foram similares entre os grupos amostrais, não apresentando significância estatística quando testados. Um total 16 sintomas foram descritos na amostra FD. A riqueza de sintomas entre portadores do alelo G e não-portadores foi testada por teste de Wilcoxon Pareado (Z=2.56; 0.0105) e teste Mann-Whitney (Z(U)=2.1; p=0.0354). A riqueza de sintomas foi significantemente maior nos indivíduos não portadores do alelo G do que nos portadores. Esses achados sugerem que o alelo G poderia estar associado a uma menor quantidade de sintomas que homozigotos AA. O alelo G induz a alta expressão de DC-SIGN na superfície celular, determinando baixa carga viral regulada por perfis de citocinas/quimiocinas, principalmente IP-10. A forte correlação da produçãode NS1 com a viremia, pode significar que a viremia esteja associada ao perfil de sintomas na fase aguda inicial.O alelo G tem influência protetora na modulação dos sintomas da FD. Esses resultados indicam um modelo onde a viremia e produção de quimiocinas, moduladas pelo polimorfismo -336 A/G, influenciam no espectro de sintomas durante a fase aguda inicial da infecção do DENV.

  • ANDRÉ NICOLAU AQUIME GONÇALVES
  • ALGORITMO E FERRAMENTAS PARA A DETECÇÃO DE BARCODES EM SEQUENCIAMENTO MULTIPLEX DE MIRNOMAS GÁSTRICOS NA PLATAFORMA SOLID
  • Data: 27/02/2012
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  • O câncer gástrico é resultante de várias combinações as quais afetam oncogenes, supressores tumorais, além de mecanismos que controlam a instabilidade genômica. Belém apresentou a taxa mais elevada dentre as outras capitais brasileiras e a doença tornou-se a primeira causa de morte no Pará. A descoberta dos microRNAs, sugere um novo modelo de fator de risco e tratamento de doenças, tais como o câncer. Com isso o sequenciamento de amostras do câncer gástrico são importantes para definir padrões/perfis de expressão no estômago e indicar a presença ou a progressão do câncer gástrico. Contudo, o custo de um único sequenciamento nas plataformas de nova geração reduziu relativamente nos últimos anos em relação ao método Sanger. Porém, o custo eleva quando há a necessidade de sequenciar várias amostras em várias corridas. Dessa forma, para maximizar o sequenciamento, todas as amostras são sequenciadas em uma única corrida. Entretanto, há problemas no uso dessa técnica, pois a detecção das sequências de marcação podem apresentar erros e dificultar a classificação das sequências, além de alterar valor final de expressão dos microRNAs. Desde a concepção do método de sequenciamento com Sanger, as técnicas foram melhoradas surgindo as plataformas de nova geração. Entre elas a plataforma SOLiD, que diferentemente, utiliza sondas di-bases, DNA ligase e codificação em color space para realizar o sequenciamento. Para o sequenciamento de diversas amostras em uma corrida, a SOLiD utiliza pequenas sequências conhecidas, chamadas de Barcodes. Cada sequência de barcode possui cinco color space ou seis bases nucleotídicas. E estas posições possuem valores de qualidade, que associam uma probabilidade daquela posição ser correta. Ao final do sequenciamento quatro arquivos são gerados, o primeiro conterá a informação das leituras das sequências de interesse (*.F3.csfasta) e barcodes (*.R3.csfasta) e os dois últimos arquivos conterão a qualidade associada para cada leitura sequenciada (*.F3_QV.qual e *.R3_QV.qual). E o script, output_by_barcodes.pl, disponibilizado juntamente com o equipamento, efetua a análise nas leituras dos barcodes comparando com a tabela conhecida e classificando as sequências de interesse por amostra. No entanto, os barcodes se encontram no final da template, correspondendo à região que apresentam maior probabilidade de erros segundo estudo de Sasson and Michael, 2010. A ferramenta de detecção e classificação das leituras dos barcodes (output_by_barcodes.pl) não leva em consideração as qualidades associadas de cada color space. Apesar da mesma considerar até 1 mismatch, mas não há um critério bem definido da posição em que o erro ocorre na sequência do barcode. Resultando-se assim na perda de classificação das sequências de interesse, e por consequência, refletindo na detecção dos transcritos dos microRNAs. O algoritmo e ferramentas nesse trabalho propõe a curadoria das leituras dos barcodes pelo valor de qualidade associado a cada posição de color space. A identificação dos barcodes pode ser realizada com até três color spaces incorretos (mismatches). Os mismatches são definidos quando a qualidade da posição for inferior ao threshold definido previamente. Após a curadoria pela ferramenta (barcode_validation.pl) cerca de 14 milhões de leituras de interesse classificadas a mais quando comparadas com o processo padrão sem a ferramenta. Portanto, o valor de qualidade dos barcodes são indicativos de possíveis posições de color spaces aleatórias e responsáveis pela baixa classificação das leituras de interesse. Consequentemente, o valor de expressão dos microRNAs podem sofrer alterações significativas.
  • ALINE MARIA PEREIRA CRUZ
  • Perfil de expressão do miR-21, miR-24, miR-26a, miR-31, miR-145, miR-200a, miR-200b em três linhagens tumorais gástricas ACP02,ACP03 e AGP01.

  • Data: 27/02/2012
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  • Esta pesquisa reportou a comparação do perfil de expressão de sete miRNAs em três linhagens tumorais gástricas e em cinco amostras teciduais de cárdia e antro de pacientes submetidos a endoscopia (Tabela 27). Identificou-se a expressão aumentada da maioria dos miRNAs avaliados no tecido não tumoral em relação as linhagens tumorais, cinco destes (miR-21, miR-31, miR-145, miR-200a  e miR-200b) destacaram-se na cárdia, com exceção de miR-26a mais expresso no antro. Sugere-se que miR-31 e miR-200a possam ser caracterizados como biomarcadores na cárdia não tumoral. O miR-24 foi o único com expressão elevada em todas as linhagens tumorais, em particular em ACP02, o que pode conferir característica de biomarcador de adenocarcinoma difuso na cárdia. A expressão aberrante de miR-200b foi maior em cárdia não tumoral, seguida da linhagem AGP01, o que demonstra perfil de expressão variável e o impede de ser caracterizado como biomarcador.

  • SERGIO FIGUEIREDO DE LIMA JUNIOR
  • Avaliação da homocisteina e ácido fólico como possíveis biomarcadores da carcinogênese gástrica induzida por MNU em primatas não humanos Cebus apella
  • Data: 13/02/2012
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  • O câncer gástrico (CG) é a segunda maior causa de mortalidade por câncer em todo o mundo. É a segunda causa mais frequente de morte entre homens no Brasil, e espera-se que em 2012 seja a segunda neoplasia mais incidente entre homens em Belém. A prevalência do CG é influenciada por fatores geográficos, étnicos e culturais. A patogênese desta doença ainda não é bem compreendida, contudo, diversos estudos demonstram que os hábitos alimentares estão relacionados entre os principais fatores de risco que potencializam a carcinogênese gástrica. Na tentativa de elucidar tal processo, utilizam-se carcinógenos e modelos experimentais para evolução e desenvolvimento da referida doença, que estejam o mais próximo possível das características teciduais e orgânicas desenvolvidas pelo câncer gástrico in locus. A homocisteina e o ácido fólico (folato), tem recebido especial atenção pela sua participação em processos essenciais a vida, como metabolismo de aminoácidos (metionina), síntese, e metilação do DNA e RNA. Alguns relatos na literatura têm sugerido a hemocisteina (HC) e o ácido fólico (AF) como possíveis fatores de risco para determinados tipos de câncer. Com o objetivo de avaliar a HC e AF como possíveis biomarcadores da carcinogênese gástrica, estabelecemos modelo experimental de câncer gástrico, induzido por carcinógeno N-metil-nitrosourea (NMU), em primatas não humanos da espécie Cebus apella. Doze animais foram divididos em dois grupos: Controle e tratado com MNU. Seis animais receberam tratamento com MNU durante 940 dias, monitorizados por exames de sangue, endoscopia e biopsias. Todos Cebus apella tratados com MNU, apresentaram lesões pré-neoplásicas: gastrite crônica (6 animais), gastrite atrófica (5 animais) e metaplasia intestinal (2 animais). Observamos também o desenvolvimento de adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal, na região antral do estômago de um animal. A concentração plasmática de HC aumentou enquanto o nível de AF diminuiu significativamente com o surgimento das lesões pré-neoplásicas e o câncer gástrico. Portanto, a HC e AF mostraram-se eficientes como biomarcadores da carcinogênese gástrica, no modelo experimental.
  • ALESSANDRE SANTANA MODESTO
  • Fatores de risco do gene CYP2E1 relacionados ao desenvolvimento do Câncer Gástrico.

  • Data: 20/01/2012
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  • O câncer gástrico é, ainda, uma das doenças que mais acomete a população humana. Responsável por cerca de 700.000 mortes anuais nos dias atuais, mais presente em países em desenvolvimento, como o Brasil, em destaque as regiões mais pobres, como o norte e o nordeste, onde se encontram os estados do Pará e do Ceará, que tiveram amostras analisadas nesta pesquisa.

                Há muito relacionado com a influência dos fatores hereditários (genéticos) e ambientais na sua gênese, o câncer gástrico necessita de um modelo que defina bem os passos dessa gênese e o estudo dos polimorfismos genéticos, que associados às condições de etnias e influências ambientais, parecem ter um grande potencial para explicar essa gênese, tem despertado um interesse, crescente, na comunidade científica.

                  Através de um estudo observacional analítico, resolvemos analisar polimorfismos da CYP2E1, que fazem parte da cadeia do citocromo P450, em particular os polimorfismos CYP2E1*1293 (G→C); CYP2E1*1054 (C→T) e CYP2E1*7632 (T→A) e suas influências, individuais e combinadas, em um grupo de 77 pacientes com câncer gástrico, histopatologicamente confirmados, subdivididos em 2 grupos: 33 pacientes oriundos do estado do Pará e 44 oriundos do Ceará. Foram analisados alguns aspectos gerais, tais como: gênero, faixa etária, estadiamento da doença, tipo histológico segundo a classificação de Lauren; bem como analisadas e quantificadas, a presença dos polimorfismos mencionados e suas relações com estas variáveis.

                Dentre os resultados obtidos, destacamos a combinação dos polimorfismos CYP2E1*1293C e CYP2E1*7632A e sua relação com os tipos histológicos, intestinal e difuso, da classificação de Lauren, sendo observado resultado estatisticamente significativo, uma vez que essa combinação esteve muito mais presente no tipo histológico intestinal, com um OR=9,68, quando comparada com o tipo selvagem do gene. Considerando os vieses da pesquisa, em especial o pequeno tamanho amostral e o não relacionamento de etnias. Mas também, considerando a influência das CYPs, que são enzimas relacionadas com metabolização de inúmeros xenobióticos e endobióticos, constantemente em contato com os seres humanos. Podemos concluir, que uma vez esses resultados reproduzidos em estudos com maior tamanho amostral e livre de outros vieses, bem como relacionados com o impacto de fatores ambientais, poderíamos estar diante de uma nova forma de marcador genético para o câncer gástrico, que ajudaria a população, da região, a definir melhor seus riscos de desenvolvimento da doença e as autoridades, a definirem políticas públicas de prevenção, tratamento e controle do problema.

  • CLEONARDO AUGUSTO DA SILVA
  • AVALIAÇÃO DA SUSCEPTIBILIDADE RELACIONADA A MUTAÇÕES DOS GENES VDR, IL10 e SLC11A1

  • Data: 19/01/2012
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  • A tuberculose é uma doença infecto-contagiosa das mais importantes para o homem, com altas taxas de mortalidade durante toda a história da humanidade. Ela é considerada como de origem multifatorial e poligênica, resultante da interação entre hospedeiro, patógeno e ambiente. No presente estudo investigou-se a relação entre sete polimorfismos nos genes VDR, IL10 e SLC11A1 com susceptibilidade e tuberculose. Um total de 135 pacientes com tuberculose confirmada a 141 indivíduos sadios foram analisados. Amostras de sangue de visualização em gel de poliacrimalida e por PCR em Tempo Real. A ancestralidade genômica entre pacientes e grupos controle foi estimada empregando um painel com 48 marcadores informativos de Ancestralidade autossômicos, todos eles do tipo Inserção-Deleção de pequenos fragmentos de DNA. Os SNPs A-1082G e C-8719T do gene Il10 e o polimorfismo DelTGTG3`ÚTR do gene SLC11A1 não apresentaram qualquer efeito estatisticamente significativo. Observou-se associação significativa de risco para susceptibilidade à tuberculose no gene VDR para o SNP Taql TT ( p=0.002 OR=2.166 IC95%=1.337-3.509); Fokl CC (p=0.009 OR=1.960 IC95%=1.189-3.231) e CC+CT (p=0.000 OR=3.713 IC95%=2.123-6.493) e ainda, Bsml GG (p=0.012 OR=1.853 IC95%=1.149-2989), assim como para o SNP A-592 do gene IL10 (p=0.002 OR=2.665 IC95%1.441-4.930). Observou-se ainda que a somatória dos efeitos dos genótipos, que isoladamente mostraram-se significativos, representa risco superior a três vezes (p=0.001 OR=3.5632 IC=1.9115-6.6418) de desenvolvimento de turberculose aos seus portadores.

  • FRANCISCO JUAREZ FILHO
  • O GENE CYP2D6 E A PREDISPOSIÇÃO GENÉTICA AO DESENVOLVIMENTO DO CÂNCER GÁSTRICO E SUAS IMPLICAÇÕES NO MANEJO TERAPÊUTICO
  • Data: 19/01/2012
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  • O gene CYP2D6 é o responsável pelo metabolismo de aproximadamente 20% dos medicamentos utilizados. Portanto, indivíduos que possuem modificações genéticas como por exemplo os metabolizadores pobres, apresentam diferenças farmacocinéticas, em relação aos indivíduos normais. Muitas enzimas CYPs ativam metabolicamente precarcinógenos para intermediários genotóxicos. Desta forma, as modificações genéticas das CYPs podem afetar a capacidade interindividual em converter precarcinógenos em carcinógenos, o que seria um importante fator para o desenvolvimento da susceptibilidade ao câncer. Neste estudo um total de 77 pacientes e uma amostra controle de 196 indivíduos sadios, em relação ao câncer gástrico, foram investigados na cidade de Belém. Os polimorfismos investigados do gene CYP2D6 foram CYPD26*C100T; CYP2D6*1023T;CYP2D6*A1846G;CYP2D6*A2850G,que em conjunto definem haplótipos ligados à fenótipos de metabolismo normal (CYP2D6*1;CYP2D6*2), não funcional (CYP2D6*4) e lento (CYP2D6*17). A análise estatística univariável apresentou um risco significativo para o desenvolvimento do câncer naqueles indivíduos com haplótipos homozigotos mutantes ( O.R. =12,555; P= 0.000) ou homozigoto/heterozigoto ( O.R. = 12,475; P= 0.000 ). De maneira inversa, àqueles indivíduos que apresentam o haplótipo homozigoto selvagem, observou-se um efeito protetor ( O.R. = 0,080; P= 0.000). A bioativação mediada pela CYPD26 é um passo inicial e obrigatório da carcinogênese química, polimorfismos/mutações associados com a alteração de suas atividades enzimáticas, como os analisados em nossos estudos (CYP2D6*17 e CYP2D6*4), podem influenciar a susceptibilidade ao câncer. Adicionalmente, combinações específicas de alelos podem fornecer a capacidade genética de responder a agentes tóxicos químicos, físicos e ambientais.
2011
Descrição
  • CAROLINE DE FATIMA AQUINO MOREIRA NUNES
  • EXPRESSÃO DIFERENCIAL DE GENES RESPONSÁVEIS PELA IMORTALIDADE DE CÉLULAS CD34+ EM PACIENTES PORTADORES DE LEUCEMIA MIELÓIDE CRÔNICA EM TRATAMENTO COM INIBIDOR DE QUINASE.
  • Data: 20/12/2011
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  • A Leucemia Mielóide Crônica (LMC) é uma doença mieloproliferativa clonal caracterizada citogeneticamente pelo cromossomo Phildaelphia (Ph) e molecularmente pela formação da fusão BCR-ABL. Este gene codifica a oncoproteína p210, que tem atividade tirosina-quinase, o que confere uma vantagem adaptativa às células Ph+. O mesilato de imatinib (MI) é um inibidor de transdução de sinal que age especificamente na p210. A maioria dos pacientes tem um rápido declínio da carga de células leucêmicas maduras quando em tratamento com MI, mas não é eficiente na eliminação da doença residual mínima. Estudos têm demonstrado que as células residuais fazem parte do compartimento indiferenciado das células leucêmicas. Em 2005, Michor et al., através de modelo matemático, concluíram que o MI reduz a população de células leucêmicas diferenciadas com eficiência, porém não tem o mesmo efeito sobre a população celular que dirige esta doença, as células leucêmicas CD34+/CD33+, que conseguem manterem-se vivas durante o tratamento. O objetivo deste estudo é identificar os genes expressos em células CD34 + e CD66b + células como candidatos para o transporte inibidores de quinase. Amostras de medula óssea (MO) e do sangue periférico (SP) foram obtidos de 5 pacientes com LMC tratados com MI em resposta ótima ,de acordo com os critérios do LeukemiaNet e 1 paciente controle. Células CD34 + foram isoladas da MO dos pacientes com LMC e do controle. Da mesma forma, células maduras do SP (CD66b +) foram isolados dos mesmos pacientes e controle. O RNA obtido de cinco pacientes foi misturado para a obtenção de um pool. As amostras do pool e do controle foram sequenciadas de acordo com protocolos do fabricante do kit SOLiD Total RNA-Seq kit for whole transcriptome. Para caracterizar os genes de transporte mostrando expressão diferencial, utilizamos a Gene Ontology (GO), anotação e o software Cufflinks foi utilizado para identificar a expressão diferencial de genes em ambas as amostras, em pacientes (MO x SP) e no controle (MO x SP). A maior presença de canais de influxo, da família SLC (OCT-1 e OATP-1) nas células maduras (CD66b+) e ausência de canais de efluxo, da família ABC (ABCB1; ABCG2; ABCC1), e o inverso nas células-tronco (CD34+) dos pacientes com LMC analisados nesse estudo, pode ser a resposta do porquê da insensibilidade das células CD34+ ao tratamento com MI e consequente não eliminação da doença residual mínima.
  • MARIA DE FATIMA LOBATO DA CUNHA
  • ASSOCIAÇÃO DOS POLIMORFISMOS C677T DO GENE MTHFR, (1729 + 55 del 4) SLC11A1 E CASP8 E ANCESTRALIDADE COM A PREDISPOSIÇÃO E MANIFESTAÇÕES CLÍNICAS AO LÚPUS ERITEMATOSO SISTÊMICO E À ARTRITE REUMATÓIDE.
  • Data: 16/12/2011
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  • O Lúpus eritematoso sistêmico (LES) e a Artrite Reumatoide são doenças reumatológicas que têm como causas mais imediatas anormalidades do sistema imunológico, assim são consideradas DOENÇAS AUTO-IMUNES. O LES é uma desordem auto-imune do tecido conjuntivo com um amplo e heterogêneo espectro de manifestações, predomina em mulheres em idade reprodutiva, e alta prevalência e manifestação renal que parecem estar associadas com etnia não-europeia. A Artite Reumatóide é uma doença auto-imune, de caráter inflamatório, caracterizada por poliartrite simétrica, que pode evoluir para deformidades das articulações e diferentes graus de incapacidade. Ambas tem etiologia desconhecida, mas tem sido bem documentada a susceptilidade genética. O presente estudo teve como objetivo investigar a influência da etnia e de polimorfismos dos genes da MTHFR, do SLC11A1 e da Caspase 8 no desenvolvimento do LES e da AR e suas manifestações clínicas. Foram analizadas 880 amostras, sendo: 111 de pacientes com LES, 424 de pacientes com AR e 345 de indivíduos sadios (controles), todos da cidade de Belém, localizada na Região Norte do Brasil. Foram investigados polimorfismos em SLC11A1, MTHFR e CASP8 e 48 marcadores de ancestralidade inserção/deleção para caracterizar ascendência africana, europeia e ameríndia em proporções individuais nas amostras. A média de idade foi de 42,2 anos na AR, 33,9 anos no LES e 41,7 anos no grupo contole. O maior número de pacientes foi observado na faixa etária entre 28 a 60 anos na AR e 17 a 27 anos no LES. Foi encontrada diferença estatisticamente significante na freqüência alélica do SLC11A1*240, mais frequentemente encontrado em pacientes com LES (p=0.0409; X²=4.181), quando comparados à população controle, sugerindo sua participação no desenvolvimento do LES. Portadores do alelo CASP8*171 foram mais frequentes em controles, que em pacientes com AR (p=0.0092; X²=6.78), caracterizando-se como fator de proteção. Quanto à composição étnica, foi possível observar que a população de pacientes com AR e LES tem maior contribuição ameríndia do que controles, e que esses, por sua vez, têm maior contribuição européia, ambos os resultados foram estatisticamente significantes. A etnia ameríndia parece ser um fator de risco, tanto para AR quanto para LES e a européia é um fator protetor para estas duas doenças. Em todas as análises realizadas, apenas o alelo 240 do SLC11A1, parece estar associada à etnia, onde os portadores deste tiveram uma contribuição indígena maior (p=0,029) na amostra de AR. Porém, este gene não foi signiticativamente associado a AR no presente estudo, podendo ser um resultado espúrio. Não houve diferença em termos de contribuição étnica para os alelos associados ao LES e AR, sugerindo que a associação encontrada é real e não foi influenciada pelas diferenças étnicas encontradas entre controles e pacientes. A relação homem:mulher foi 9,2 na AR; 9,4:1 no LES e 4:1 em controles, porém esta diferença não pareceu influenciar os resultados. Não foi observada nenhuma diferença estatisticamente significante entre manifestações iniciais no LES ou manifestações extra-articulares da AR e freqüências alélicas isoladamente. Já quanto a contribuição étnica, foi observada associação entre maior contribuição africana em pacientes lúpicos com acometimento renal, quando comparados aos pacientes sem acometimento renal. A etnia africana também mostrou-se significativamente maior em pacientes com alterações imunológicos (FAN ou outro auto-anticorpo). Esses resultados podem refletir uma associação entre ancestralidade africana e severidade do LES, como tem sido reportado na litaratura. Contudo, essa associação descrita na literatura parece meramente circunstancial, baseada em dados epidemiológicos. Nossos resultados fornecem dados mais consistentes, reforçando a literatura.
  • SAMIR MANSOUR MORAES CASSEB
  • Montagem de genomas do vírus dengue TIPO 4 utilizando dados de pirosequenciamento

  • Data: 12/12/2011
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  • Atualmente a montagem de genomas, sem o uso de referência, é um dos desafios mais importantes para bioinformatas de todo o mundo. Na tentativa de caracterizar novos organismos, o presente trabalho usa duas cepas de vírus dengue tipo 4 (DENV-4) recentemente isoladas no Brasil e que tiveram seus genomas totais seqüenciados usando o seqüenciador GSFLX 454 (Roche, Life Science) pelo método de pirosequenciamento. O dados de GSFLX 454 (conhecido como reads) foram utilizados para testar diferentes estratégias de montagem destes genomas. O manuscrito descreve que foi possivel recuperar mais de 96% do genoma sequenciado em uma única corrida e poderá ser útil para as tentativas de montagem posterior de outros genomas DENV, bem como de outros vírus que possuem genomas de RNA.

  • SAMIR MANSOUR MORAES CASSEB
  • Montagem de genomas do vírus dengue TIPO 4 utilizando dados de pirosequenciamento

  • Data: 12/12/2011
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  • Atualmente a montagem de genomas, sem o uso de referência, é um dos desafios mais importantes para bioinformatas de todo o mundo. Na tentativa de caracterizar novos organismos, o presente trabalho usa duas cepas de vírus dengue tipo 4 (DENV-4) recentemente isoladas no Brasil e que tiveram seus genomas totais seqüenciados usando o seqüenciador GSFLX 454 (Roche, Life Science) pelo método de pirosequenciamento. O dados de GSFLX 454 (conhecido como reads) foram utilizados para testar diferentes estratégias de montagem destes genomas. O manuscrito descreve que foi possivel recuperar mais de 96% do genoma sequenciado em uma única corrida e poderá ser útil para as tentativas de montagem posterior de outros genomas DENV, bem como de outros vírus que possuem genomas de RNA.

  • IGOR GUERREIRO HAMOY
  • DESENVOLVIMENTO DE UM PAINEL MULTIPLEX DE MICROSSATÉLITES PARA O TAMBAQUI (Colossoma macropomum, Characiforme: Serrasalminae): FERRAMENTA EFICIENTE PARA APLICAÇÃO EM MANEJO E CONSERVAÇÃO

  • Data: 02/12/2011
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  • O tambaqui (Colossoma macropomum) é o segundo maior peixe de escamas da ictiofauna amazônica. É de grande importância econômica para pesca comercial e para a criação em cativeiro, porém existem poucos estudos genéticos a respeito da diversidade genética dentro dessa espécie. Quando se pretende averiguar a variabilidade genética de uma espécie, os marcadores microssatélites são extremamente úteis devido ao elevado polimorfismo apresentado por seus loci. A genotipagem de microssatélites dinucleotídeos apresenta artefatos de PCR (stutters) que dificultam sua análise, gerando dados não confiáveis sobre a diversidade genética de uma espécie. A melhor maneira de diminuir os custos de genotipagem e o tempo de análise de marcadores microssatélites é a utilização da PCR multiplex, que permite a amplificação de vários fragmentos em uma única PCR e sua migração em um único capilar. Os objetivos do presente trabalho foram o isolamento e a caracterização de marcadores microssatélites tetranucleotídeos para C. macropomum, o desenvolvimento de um painel multiplex para genotipagem desses marcadores e a análise da estrutura genética e da possível ocorrência de bottleneck em diferentes populações naturais de tambaqui coletadas na bacia amazônica. Foram construídas quatro bibliotecas genômicas parciais enriquecidas em microssatélites. Isolamos 13 marcadores tri e tetranucleotídeos polimórficos, desenvolvemos um painel multiplex de 12 marcadores microssatélites, genotipamos com esse painel em 305 indivíduos de quatro populações naturais de Colossoma macropomum, coletadas nas cidades de Tefé (95), Manaus (89), Oriximiná (58) e Santarém (63). O painel multiplex desenvolvido no presente trabalho apresentou uma genotipagem fácil e precisa, além de uma grande economia de tempo e dinheiro em nossas análises. Esse painel apresentou uma elevada força estatística para parâmetros forenses como o poder combinado de discriminação que foi superior a 0,999. A diversidade genética encontrada foi elevada em todas as populações, resultado similar aos dados descritos na literatura. Essas populações não apresentaram uma diferenciação genética significativa e revelaram um elevado fluxo gênico, sugerindo a existência de uma população panmítica de tambaquis na bacia amazônica. As populações de Tefé e Manaus apresentaram um indicativo de bottleneck. O painel multiplex desenvolvido no presente estudo possibilita o monitoramento dos níveis de diversidade genética de forma precisa nas populações naturais de tambaqui em toda bacia amazônica, gerando subsídios para elaboração de planos de manejo e conservação dessa importante espécie de peixe, além de permitir uma identificação individual de tambaquis utilizados na reprodução em cativeiro impedindo o cruzamento de peixes geneticamente próximos.

  • CARLOS AUGUSTO LIMA BARROS
  • ESTUDO DE POLIMORFISMOS GENÉTICOS E AVALIAÇÃO FÍSICO-QUÍMICA QUÂNTICA NA REGIÃO PROMOTORA DO GENE TNF-ALFA EM PACIENTES COM MALÁRICA POR PLASMODIUM FALCIPARUM NO MUNICÍPIO DE MARABÁ - PARÁ

  • Data: 25/11/2011
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  • As aves de rapina da Ordem Accipitriformes são extremamente interessantes do ponto de vista citogenético, por apresentarem cariótipos incomuns quando comparados à grande maioria das aves, caracterizando-se por números diploides mais baixos, entre 54-68, e uma pequena quantidade de microcromossomos. Atualmente a Ordem Accipitriformes é composta por quatro famílias, sendo a família Accipitridae a mais diversa em quantidade de espécies. As relações filogenéticas dentro das 14 subfamílias de Accipitridae ainda são um tema controverso. A subfamília Harpiinae é composta por três gêneros monotípicos, sendo dois deles de distribuição Neotropical, representados pelas espécies Harpia harpyja (HHA) e o Morphnus guianensis (MGU), com 2n=58 e 54 respectivamente. A Harpia foi a primeira ave de rapina a ter seu mapeamento cromossômico descrito com a utilização de sondas cromossomo-específicas de Gallus gallus (GGA). No entanto, os resultados isolados com esse conjunto de sondas não são capazes de responder todas as perguntas impostas pela intensa reorganização nos cariótipos das aves de rapina. Logo, o objetivo desse trabalho foi realizar o mapeamento cromossômico por meio de FISH com sondas de GGA, juntamente com sondas cromossomo-específicas de Leucopternisalbicollis (LAL) de Harpia harpyja e Morphnus guianensis, com o intuito de identificar sinapomorpfias cromossômicas e entender sua evolução cariotípica. O uso desses dois grupos de sonda possibilita a detecção de rearranjos que antes passavam despercebidos somente com sondas de GGA, além de identificar pontos de quebra envolvidos nesses rearranjos. Os resultados obtidos mostram que HHA e MGU não compartilham nenhum rearranjo do tipo fusão/fissão apesar de manterem seus pontos de quebra conservados em relação à LAL. O uso das sondas de LAL permitiu determinar o cariótipo ancestral de Harpiinae Neotropicais em 2n=66, no qual 2 fusões em Harpia e 7 em Morphnus, além duas fissões independentes homólogas à GGA2 em ambas espécies,  se apresentam como autapomorfias adquiridas após a divergência das espécies

  • PATRICIA ALEIXO GARCIA
  • INVESTIGAÇÃO DE MARCADORES GENÉTICOS RELACIONADOS COM A SUSCETIBILIDADE E A GRAVIDADE DA HANSENÍASE EM UMA POPULAÇÃO MISCIGENADA DO NORTE DO BRASIL

  • Data: 26/08/2011
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  • Hanseníase é uma doença infecto-contagiosa, causada pelo Mycobacterium leprae que se manifesta através de sinais e sintomas dermato-neurológicos. A intensidade da manifestação tem grande dependência da resposta imune do hospedeiro, diante disso, diferenças étnicas na composição gênica pode ser um fator importante para a interpretação errônea de resultados, desta forma, o controle genômico de ancestralidade se faz primordial em estudos de associação, sobretudo com populações miscigenadas. O presente estudo investigou polimorfismos nos genes INF(T874A), TNFα(G-308A), IL12B(A1188C), IL6(G-174C), IL17A(G-197A), IL4(C-590T) e IL10(A-1082G, C-819T, C-592A), para testar a hipótese de que tais marcadores biológicos possam estar relacionados com suscetibilidade ou formas de manifestações graves da hanseníase, em uma população miscigenada brasileira. Para tanto, um painel de 48 Marcadores Informativos de Ancestralidade (MIA) foi utlizado com o intuito de evitar a relação dos resultados obtidos com substruturação populacional. Observamos, por análise multivariada de Casos versus Controle, que os polimorfismos de TNFα (GA; p=0,037 OR[IC95%]=0,284[0,087-0,926]) e IL6 (CC+CG; p=0,015 OR[IC95%]=0,407[0,198-0,838]) apresentaram-se como fatores de resistência e IL10 -592 (AA+CA; p=0,000 OR[IC95%]=6,857[2,959-15,888]) como fator de suscetibilidade à hanseníase. Resultados significativos também foram observados nas análises relativas a gravidade, entre PB versus MB para os genes IL12B (AC; p=0,038 OR[IC95%]=2,747[1,058-7,137]) e IL10 (CA; p=0,049 OR[IC95%]=0,313[0,098-0,999]). Análise dos haplótipos formados pelos polimorfismos -1082, -819 e -592 do gene IL10 mostrou que genótipo haplotípico ACC/ACC apresentou resultados significativos de proteção para o desenvolvimento de hanseníase (p=0,031 OR[IC95%]=0,2496[0,071-0,879]), assim como ACC/GCC (p=0,002 OR[IC95%]=0,002[0,000-0,040]), enquadrados nos perfis de baixa e média produção da interleucina.

  • PABLO ABDON DA COSTA FRANCEZ
  • VARIABILIDADE GENÉTICA NOS SISTEMAS STR AUTOSSÔMICO, Y-STR E INDEL NA POPULAÇÃO DE MACAPÁ: ASPECTOS POPULACIONAIS E FORENSES

  • Data: 19/08/2011
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  • O povoamento das Américas foi um exemplo marcante de migração em massa com enorme modificação da constituição genética da população receptora. Estima-se que entre 1500 e 1915, 46 milhões de europeus e 10 milhões de Africanos tenham desembarcado na América. Entretanto este continente já era habitado, sendo que estudos indicam que os Paleoíndios chegaram à região Amazônica há cerca de 12.000 anos. Embora o primeiro contato registrado entre europeus e indígenas nas terras do atual estado do Amapá tenha sido datado de 1499, os portugueses só consolidaram seu domínio no século XVIII com a construção da fortaleza de São José de Macapá. Neste estudo foram analisados marcadores STR-Autossômicos, Y-STR, INDELs e avaliadas características fenotípicas (cor da pele e ancestralidade autodeclarada/hetero-classificada) de uma amostra da população de Macapá, com intuito de compreender melhor a utilidade e informatividade destes marcadores e suas possíveis aplicações em investigações populacionais e forenses. Observou-se, com base nos marcadores STR-autossômicos e INDELs, que as estimativas de mistura interétnica obtidas para a população de Macapá eram semelhantes (Africano= 0,19 +0,0262 e 0,21+0,0115; Europeu= 0,46+0,0261 e 0,50+0,0131 e Nativo Americano= 0,35 +0,0264 e 0,29+0,0113, respectivamente). Enquanto que quando avaliados os haplótipos Y-STRs havia um predomínio de linhagens masculinas de origem Europeia (89%). Também foi possível constatar a existência de subestruturação populacional em diferentes regiões da cidade, assim como, foram observadas correlações significativas entre cor da pele e ancestralidade (autodeclarada e hetero-classificada) com ancestralidade genômica. Por último, analisando os eletroferogramas dos três painéis de marcadores INDEL investigados, observou-se um desempenho superior em relação a um kit de STR comercial em estudos empregando amostras forenses. 

  • TERESINHA DE JESUS BRABO FERREIRA PALHA
  • DESENVOLVIMENTO E VALIDAÇÃO DE SISTEMA DE GENOTIPAGEM DE STRs DO CROMOSSOMO Y PARA CASOS FORENSES
  • Data: 18/08/2011
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  • A população brasileira é muito heterogênea do ponto de vista genético e o processo de miscigenação ocorrido foi diferente em regiões geográficas distintas do Brasil. Os Y-STRs apresentam elevado polimorfismo em todas as populações já estudadas, oferecendo um grau significante de discriminação entre indivíduos. Um conjunto de nove Y-STR, conhecido como haplótipo mínimo, foi extensivamente utilizado no mundo todo em estudos populacionais e forenses. Adicionalmente, vários marcadores foram sendo relatados com o objetivo de aumentar a capacidade discriminatória desse conjunto. E um painel com 17 loci Y-STR, disponível em kit comercial, passou a ser, então, o mais utilizado. No presente trabalho desenvolvemos um painel com 14 Y-STR (DYS458, DYS439, Y-GATA H4, DYS576, DYS447, DYS460, DYS456, Y-GATA A10, DYS437, DYS449, DYS570, Y-GATA C4, DYS448 e DYS438) e investigamos o poder de discriminação individual em 2.029 indivíduos, das cinco regiões geopolíticas do Brasil. Incluímos a validação de todas as etapas das análises e comparamos com os parâmetros observados nos dois conjuntos previamente mencionados. Um total de 2.002 diferentes haplótipos foram observados, dos quais 1.975 foram únicos, a diversidade haplotípica foi de 99,95% e a capacidade de discriminação de 98,67%. O painel demonstrou parâmetros genéticos elevados em todas as populações investigadas, podendo ser utilizado com segurança em análises forenses. As análises demonstram, ainda, que não existe distância genética significativa entre as populações investigadas, podendo ser utilizado um único banco de dados da população brasileira em cálculos estatísticos. Comparando com as populações parentais foi possível observar que os haplótipos Y-STR dos brasileiros não são significantemente diferentes dos europeus, são pouco diferentes dos africanos e muito diferentes dos ameríndios. Nas comparações de parâmetros forenses a porcentagem de compartilhamento entre os indivíduos da população brasileira foi muito elevada (50%) com o haplótipo mínimo; relevante para o conjunto de 17 Y-STR (6,6%) e para o conjunto de 14 Y-STR (2,5%); e reduzida (0,7%) para o conjunto total formado com 23 Y-STR. Isto significa que, no Brasil, o emprego isolado do painel de 17 loci Y-STR não garante a discriminação individual.
  • DANIELA SOARES LEITE
  • O mtDNA e as interações do passado.

  • Data: 17/08/2011
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  • A maior parte das pesquisas relacionadas com questões sobre a variabilidade genética em populações modernas e ancestrais de nativos americanos tem sido conduzida na molécula de DNA mitocondrial (mtDNA).

    O uso da biologia molecular, no caso deste trabalho, o sequenciamento da região HVSI do mtDNA ancestral, é uma ferramenta valiosa para auxiliar no entendimento das relações biológicas e da história demográfica das amostras aqui investigadas. Todas as amostras  eram   compostas  de remanescentes ósseos e o aDNA foi extraído de osso ou polpa dentária O método estatístico utilizado para mensurar as similaridades e diferenças entre os grupos estudados foi a medida de distância (Fst) e para o cálculo desta distância foi utilizado o programa Arlequin v.3.01.

    O presente trabalho teve como objetivo utilizar a análise do mtDNA ancestral  como  ferramenta  para  investigação  do perfil  paleogenético considerando, de acordo com a população estudada: diversidade genética, dispersão, continuidade  biológica e miscigenação, em populações ancestrais do Brasil, pertencentes a contextos e épocas distintas; são elas: os Sambaquis da região Sul/Sudeste (1,250±30 a 4,250±40 BP); os Guajajara da região Nordeste (140   ±   30 a 210 ± 40 BP); e as populações Amazônicas da região Norte (500 a 4.000 BP). Nas amostras de sítios Sambaquis, foi analisada a possível heterogeneidade biológica, presente entre os grupos Sambaquieiros do litoral e os do interior; nas amostras de Guajajaras foi analisada a presença ou não de miscigenação com outros grupos não ameríndios; as amostras Amazônicas foram utilizadas para analisar a presença ou não de continuidade biológica entre os dois estoques temporais, atuais e ancestrais; bem como diferenças entre estas e os Sambaquis da região Sul/Sudeste.

    A taxa de recuperação foi considerável para todos os grupos (>50%). E o conjunto de haplogrupos ameríndios identificado.

    Nas amostras de Sambaquis, os resultados, até o momento, corroboram a hipótese proposta por Walter Neves (1988) de que os grupos que ocuparam o litoral do Rio de Janeiro (Litoral Norte) constituem uma unidade biológica distinta quando comparadas com os grupos que rumaram para Santa Catarina (Litoral Sul). A presença de haplogrupos africanos nas amostras Guajajara é consistente com os dados históricos, que relatam a aproximação indígena com africanos e afrodescendente utilizados como escravos nas frentes agrícolas da região, nos séculos XVI e XVII. Em relação às amostras ancestrais da região amazônica (Ancestral e Contemporânea) observou-se que compartilhavam as mesmas sequências mitocondriais, o que sugere uma continuidade biológica entre as populações que participaram do processo de povoamento da região em diferentes momentos. Adicionalmente, em relação à comparação entre amostras ancestrais de Sambaquis da região amazônica e os meridionais os resultados sugerem ausência de uma continuidade biológica. Este resultado supõe que a diversidade genética presente nestes dois grupos ancestrais representa dois estoques biológicos distintos de Sambaquis.

    A diversidade genética de populações humanas depende da interação de diferentes fatores, dentre os mais importantes citamos a composição genética inicial de seus fundadores, a história demográfica, o tamanho populacional, bottlenecks, períodos de expansão, grau de isolamento, fluxo gênico, e os efeitos seletivos de fatores ambientais.

  • ILMARINA CAMPOS DE MENEZES
  • Caracterização Genética de espécies do gênero Piper (Piperaceae) utilizando marcadores moleculares

  • Data: 16/08/2011
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  • RESUMO- Capítulo I

     

    O genêro Piper compõe o grupo das angiospermas basais, plantas com características plesiomorficas do grupo das angiospermas. Com uma distribuição em todos os continentes, espécies de Piper têm predominância na America tropical. A morfologia de peças vegetativas e a biologia reprodutiva têm sido as principais características para descrição de espécies e estabelecimento da taxonomia do gênero. Entretanto, trabalhos recentes com a região do DNA ribossomal nuclear - Internal Transcribe Spacer (ITS) - têm estabelecido taxa infragenéricas até então com pouca resolução. A reconstrução filogenética para o gênero, nesse trabalho, foi baseada em seqüências da região do espaço transcrito interno (ITS) do DNA ribossomal nuclear, e da região do intron trnL do cloroplasto, analisadas separadamente. As árvores filogenéticas geradas para a região ITS, revelam a polarização de dois grande grupos, Paleotrópico e Neotrópico, revelando ainda posições claras no Neotropical, das espécies amazônicas amostradas nesse trabalho, em grupos monofiléticos referentes a subgêneros válidos, sobretudo nos agrupamentos Schilleria/Peltobryon, Radula e Macrostachys. A reconstrução filogenética baseada na região cloroplastidial foi limitada, havendo uma distinção dos dois grandes grupos, sem contudo resolver as relações de subgêneros. As espécies P. alatipetiolatum, P. colubrinum e P. divaricatum aparecem fortemente relacionadas em ramos bem suportados para o marcador ITS, assim como as epécies P. aduncum, P. hispidinervium e P. hispidum que mostram em todas as análises alta sustentação.

    RESUMO- Capítulo II

    Desde a década de cinqüenta o Brasil tem dividido com países asiáticos a hegemonia da produção e exportação de pimenta-do-reino - Piper nigrum L. (Piperaceae). Atualmente o Brasil é o segundo maior exportador mundial e o Estado do Pará é responsável por 85% da produção no país. Devido a pimenta-do-reino ser uma espécie exótica, há dificuldade de introdução de material genético no país o que contribui para uma estreita base genética. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e caracterizar marcadores moleculares do tipo microssatélites de pimenta-do-reino Piper nigrum L. e avaliar a variabilidade (diversidade genética) contida na coleção de germoplasma da espécie, conservada na Embrapa Amazônia Oriental-PA. Para tanto, uma biblioteca genômica enriquecida de microssatélite foi desenvolvida a partir de um único indivíduo da cultivar Cingapura. Um total de 192 clones foram sequênciados, 57 sequências apresentaram microssatélites, os motivos dinucleotídicos AC/TG e CA/GT foram os mais abundantes e 36 primers foram desenhados. Para este trabalho, nove microssatélites foram caracterizados e vinte acessos da coleção de germoplasma de Piper nigrum L. existentes no Brasil foram avaliados. As análises de variabilidade genética apresentaram heterozigosidade observada de 0,11 a 1,00 e a esperada de 0,47 a 0,87. O número de alelos variou de 3 a 10 com uma média de 5,8 alelos por locus e o padrão de bandas foi nitidamente diploide. A distância genética média de Roger modificada por Wright foi de 0,91 para os genótipos 3 e 19 e nula (0,00) entre os genotipos 4 e 5, 8 e 10, 18 e 20. O teste de transferibilidade mostrou amplificação heteróloga para espécies do gênero Piper ocorrentes na Amazônia, P. hispidinervium C. DC., P. tuberculatum Jacq. e P. colubrinum Link. e uma de origem asiática, P.  attenuatum Buch.-Ham.  

  • ADILANA GOMES SOARES
  • “DISTRIBUIÇÃO DOS POLIMORFISMOS NOS GENES GSTM1 E GSTT1 EM AMOSTRAS POPULACIONAIS DE QUATRO REGIÕES BRASILEIRAS”
  • Data: 03/08/2011
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  • A freqüência dos polimorfismos presentes nos genes das Glutatina S-Transferases apresenta variação étnico-geográfica. Esses polimorfismos têm sido associados à susceptibilidade a diversos tipos de doenças, além de serem alvos de diversos estudos farmacogenéticos. A distribuição das frequências genotípicas/fenotípicas dos alelos nulos dos genes GSTM1 e GSTT1 em populações brasileiras (cuja constituição étnica é uma das mais heterogêneas) variam de 17-55% e 15-44%, respectivamente, quando excluímos das análises as populações ameríndias. No presente projeto investigou-se a distribuição das frequências genotípicas/fenotípicas e alélica para os genes GSTM1 e GSTT1, em indivíduos das regiões Norte, Nordeste, Sudeste e Sul do Brasil. A presença ou ausência do gene, foi investigada por meio de duas técnicas a PCR clássica e PCR em Tempo Real (utilizando sistema TaqMan) a fim de testar a sensibilidade de ambas as ferramentas. As frequências do genótipo/fenótipo nulo do sistema GSTM1 foram estimadas para as regiões Norte, Nordeste, Sudeste e Sul em 35.9, 32.1, 39.0 e 21.2%, respectivamente. Em relação ao sistema GSTT1, as mesmas regiões apresentaram uma freqüência para o fenótipo nulo de 5.5, 17.8, 19.4 e 8.7%. Para o sistema GSTM1, observou-se que a região Sul apresentou diferenças significativas quando comparada as demais regiões (Sul e Norte: p=0.0056; Sul e Nordeste: p=0.0002; Sul e Sudeste: p<0.0001), enquanto que para o sistema GSTT1, as regiões Norte e Sul diferiram significativamente das regiões Nordeste e Sudeste (p<0.05). Desta forma, o presente trabalho corrobora os dados da literatura quanto a variação na distribuição das freqüências dos genes GSTM1 e GSTT1 observadas nas diferentes regiões, de acordo com o componente étnico predominante e a localização geográfica.
  • ELZEMAR MARTINS RIBEIRO RODRIGUES
  • Investigação de 12 X-STRs na população brasileira: Aplicações em genética forense e no estabelecimento de vínculo genético 

  • Data: 21/06/2011
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  • Nos últimos anos, vários trabalhos têm sido publicados sobre a variabilidade dos marcadores X-STRs, mas ainda é incipiente o conhecimento sobre esses marcadores em populações brasileiras. No presente trabalho apresentamos os dados genéticos de 12 X-STRs (DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, GATA172D05, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423, DXS10011), obtidos de uma amostra de 2234 indivíduos de 16 Estados brasileiros e testamos a hipótese se é mais adequado criar um único banco de dados para todo o Brasil ou se há necessidade de criação de bancos de dados específicos para cada população. Nenhum desvio significativo da distribuição genotípica esperada pelo equilíbrio de Hardy-Weinberg, foi observado para qualquer um dos locos em qualquer população analisada. A diversidade genética por locus variou entre 67% para o marcador DXS7133 e 95% para o DXS10011. A população do Estado do Ceará apresenta a mais elevada média de diversidade genética (79% para os 12 marcadores X-STRs). Considerando a população brasileira total, o poder de discriminação do painel de 12 X-STRs em fêmeas (PDF) é de 0,999999999999994 e o poder de discriminação em machos (PDM) é de 0,9999999969. Estes valores elevados demonstram o potencial desse sistema para a aplicação forense e testes de relações de parentesco entre indivíduos. As comparações entre as populações investigadas revelaram diferenças significativas entre populações brasileiras e entre elas e outras populações da Europa e da América Latina. Nossos resultados apontam para necessidade de criar bancos de dados específicos, para serem empregados nos cálculos de parâmetros forenses em cada população, ao invés de um único banco de dados que possa ser empregado para todas as populações brasileiras.

  • SAULO CORDEIRO PAIVA
  • Desenvolvimento de um painel de marcadores INDEL, associado à susceptibilidade ao câncer
  • Data: 13/06/2011
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  • O câncer é uma doença que tem afligido seres humanos por toda a história. Estima-se que, no Brasil, no ano de 2010, tenham ocorrido cerca de 489.270 casos de câncer, dos quais 236.240 atingiram o sexo masculino e 253.030, o feminino. Na maioria dos casos, o câncer surge em função de um processo de multiplicação celular que se dá de maneira incorreta, tanto pela não eliminação de determinadas células, quanto pela divisão excessiva de outras, formando tumores. O acúmulo de mutações no genoma e mudanças epigenéticas, que desregulam o controle feito por alguns genes, são consideradas as principais causas de câncer. No presente estudo, desenvolvemos toda a metodologia de análise laboratorial de um painel de 7 marcadores INDEL, nos genes TP53, CASP8, NFKB1, IL-1α, CYP2E1, XRCC1 e TYMS, que pode ser genotipado através de uma única PCR multiplex, seguida de uma única corrida de eletroforese capilar. Empregamos o painel para genotipar uma amostra de 225 indivíduos controles e 221 indivíduos com câncer de uma população miscigenada da Amazônia brasileira. Os dados obtidos permitem demonstrar que os polimorfismos INDEL nos genes TP53 e XRCC1 foram significativamente importantes para à susceptibilidade ao câncer, e o INDEL do gene TYMS apresentou uma tendência de risco de desenvolvimento de neoplasia.
  • NEY PEREIRA CARNEIRO DOS SANTOS
  • FARMACOGENÉTICA DOS GENES N-ACETILTRANSFERASE 2 (NAT2) E CITOCROMO P450 2E1 OXIDASE (CYP2E1) NA RESPOSTA A ISONIAZIDA, EM PACIENTES COM TUBERCULOSE NO ESTADO DO PARÁ.

  • Data: 25/05/2011
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  • A tuberculose é um importante problema de saúde publica, principalmente em países emergentes. O tratamento para esta enfermidade recomendado pelo ministério da saúde do Brasil utiliza como esquema padrão três fármacos combinados: Isoniazida (INH), Rimfapicina (R), Pirazinamida (Z). A toxicidade causada pelo tratamento com fármacos antituberculose está associada com elevadas taxas de morbidade, mortalidade e, além disso, está envolvida com o aumento de custos durante o tratamento. Dentre os efeitos adversos mais graves destaca-se a hepatotoxicidade caracterizada por danos no fígado. O mecanismo de metabolização da INH envolve principalmente as enzimas: N-acetiltransferase 2 (NAT2), e o Citocromo P450 oxidase (CYP2E1) que participam de reações de acetilação e oxidação. Diferentes investigações sugerem que o desenvolvimento de hepatotoxicidade medicamentosa causada por administração da INH em pacientes com tuberculose esta associada à polimorfismos nos genes NAT2 e CYP2E1. Com o objetivo de investigar se variantes nos genes de metabolização do INH estavam associadas à hepatotoxicidade em pacientes de Belém, neste estudo investigamos 6 SNPs no gene NAT2 e 4 polimorfismos no gene CYP2E1 (3 SNPs e 1 INDEL). A existência de diferenças interétnicas, em relação à variabilidade encontrada em genes envolvidos com a resposta aos fármacos, pode ser um fator importante para a interpretação errônea dos resultados. Desta maneira no presente estudo, um painel de 48 marcadores bialélicos, informativos de ancestralidade (MIA) foi desenvolvido para ser utilizado como controle genômico em estudos farmacogenéticos. O painel de 48 MIA foi validado através de genotipagem de amostras das populações parentais (243 amerindios , 161 europeus e 189 africanos ) e miscigenadas brasileiras (299 região Norte, 81 região Sul e 103 amostras de quilombos). Os resultados observados para validação do painel de controle genômico demonstram que o painel pode ser empregado para distinguir populações continentais, especificamente europeus, africanos e ameríndios. A amostra do estudo farmacogenômico, foi composta por 12

    276 pacientes com tuberculose tratados com INH, dos quais 18 (6,5%) apresentaram hepatotoxicidade medicamentosa. Foi observado que pacientes que não desenvolveram o efeito adverso apresentavam uma proporção maior de ancestralidade europeia do que naqueles com hepatotoxicidade (p=0,034). Em geral a frequência de haplótipos no gene NAT2 associados com um perfil de acetilação rápida foi de 42%, enquanto que 58% estavam associados com um perfil de acetilação lenta. Embora não significante foi observada uma frequência maior de homozigotos selvagens no gene CYP2E1 no grupo de pacientes com reação adversa. Na analise de regressão logistica multipla ocorrencia de comorbidades, abuso de alcool e homozigoze para os haplótipos selvagens do gene CYP2E1 foram identificados como fatores de risco independentes para hepatoxicidade nessa população brasileira. Enquanto que o perfil de acetilação lenta, após ser controlado por confundidores não permaneceu significantemente associado a esse efeito adverso. A genotipagem para NAT2 e CYP2E1 poderá ser útil para a predição de risco para efeitos adversos do tratamento para tuberculose e poderá auxiliar no melhor manejo terapêutico reduzindo a sua morbidade e a mortalidade.

  • PALOMA DAGUER EWERTON DOS SANTOS
  • História Demográfica de Sulameríndios inferida a partir de marcadores mtDNA e microssatélites conjuntamente com simulações por coalescência e rede neurais artificiais.

  • Data: 14/04/2011
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  • Um capítulo importante da história biológica humana refere-se aos Ameríndios. Para procurar entender melhor sobre a história dos mesmos, o presente estudo conduziu uma meta-análise compreendendo 253 sequências de DNA mitocondrial e 13 microssatélites de diversas tribos da América do Sul, comparando-os com dados gerados por simulações por coalescência, realizadas no programa SimCoal2, com diferentes cenários demográficos de expansão seguida de depopulação, compatíveis com a história dos povos americanos. Uma vez que os dados de simulações permitem recriar uma infinidade de cenários, inúmeros dados são gerados, tornando a análise dos dados em uma tarefa árdua. Para tal, procuramos implementar o uso de Redes Neurais Artificiais como uma ferramenta para discriminação dos cenários simulados e comparação dos mesmos com os dados de DNA mitocondrial e microssatélites para encontrar o melhor cenário que se adéqua como padrão demográfico dos Ameríndios. Os dados de DNA mitocondrial não mostraram sinal expansão recente, enquanto que os dados de microssatélites sugeriram fortemente uma depopulação recente. Este contraste pode ser explicado pelo fato que em situações de oscilação demográfica com alternância de expansão com depopulação os dados de sequenciamento parecem sempre refletir expansão e os dados de microssatélites conseguem detectar a depopulação, demonstrando que para cenários mistos e complexos é necessário utilizar ambos os tipos de marcadores. A comparação entre os dados reais e cenários simulados, feita de forma manual, foi capaz de discriminar dois cenários que adequadamente explicam os dados reais, sendo que esses cenários foram caracterizados com uma população inicial de 100.000, aumentaram a população para 20.000.000 e 25.000.000, respectivamente, em 460 gerações e depois reduziu a população para 1.000.000 em 20 gerações, enquanto que a utilização de Redes Neurais Artificiais não demonstrou ser uma ferramenta capaz de discriminar os cenários simulados. 

  • DIEGO ASSIS DAS GRACAS
  • OCORRÊNCIA DE ARQUEIAS METANOGÊNICAS NO RESERVATÓRIO DA USINA HIDRELÉTRICA DE TUCURUÍ

  • Data: 31/03/2011
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  • A região amazônica tem um enorme potencial hídrico que é utilizado para geração de energia. A construção da usina hidrelétrica (UHE) de Tucuruí alagou uma área de floresta de 2400 km2 que, em decomposição, libera gases do efeito estufa, como o metano. Neste trabalho, nós investigamos a ocorrência de arqueias metanogênicas presentes em uma amostra de sedimento do reservatório da usina hidrelétrica de Tucuruí. Uma amostra de sedimento do reservatório foi utilizada como inoculo para o enriquecimento de arqueias metanogênicas. O enriquecimento foi realizado adicionando todas as fontes de carbono utilizadas pelas metanogênicas. Após detecção da produção de metano pela cultura, a diversidade de arqueias foi analisada através de técnicas moleculares, como FISH e seqüenciamento do gene de 16S rRNA, bem como de microscopia. As análises de hibridização in situ com fluorescência revelaram abundância de células cocóides arranjadas em cachos, típicos da ordem Methanosarcinales. O DNA da cultura foi extraído e o fragmento do gene de 16S rRNA de arqueias foi amplificado por PCR, clonado e fracionado em DHPLC e seqüenciado. Todos os 37 clones seqüenciados tinham 99% de identidade com Methanosarcina mazei. A análise de DHPLC detectou apenas um pico em elevada abundância correspondente ao amplicon de M. mazei. As análises de microscopia eletrônica de transmissão revelaram ultra-estruturas típicas de M. mazei como grânulos citoplasmáticos eletricamente densos e vacúolos de gás. Nossos resultados sugerem que o sedimento do reservatório da UHE-Tucuruí possui arqueias metanogênicas da espécie M. mazei que pode ser explicado pela grande quantidade de matéria orgânica em decomposição no sedimento. Este é o primeiro estudo sobre cultivo da diversidade de arqueias metanogênicas realizado num ambiente impactado pela construção de uma usina hidrelétrica na Amazônia.

  • DANUTA SASTRE PHIPPS
  • PRODUÇÃO IN VITRO DE EMBRIÕES BOVINOS EM SISTEMAS DE CULTIVO DE ALTA E BAIXA TENSÃO DE OXIGÊNIO: AVALIAÇÃO DA EXPRESSÃO DE GENES IMPLICADOS NO METABOLISMO LIPÍDICO
  • Data: 30/03/2011
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  • Embriões produzidos in vitro possuem alto conteúdo lipídico estocado em gotas lipídicas (GL), cuja remoção ou redução têm aumentado a viabilidade pós-descongelamento destes. A família de proteínas PAT está envolvida na formação e regulação das GL em muitos tipos celulares e, ainda assim, sua presença não havia sido investigada em oócitos e embriões bovinos. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi detectar a expressão de transcritos da família PAT (PLIN1, PLIN2 e PLIN3) em oócitos imaturos e maturados in vitro (MIV) e em embriões produzidos in vitro nos estádios de 2-4 células, 8-16 células, mórula (MO) e blastocisto (BL). Não foi factível avaliar a expressão de PLIN1 devido a possível presença de splicing variantes na amostra. A expressão de PLIN2 e de PLIN3 não foi alterada após a MIV, embora PLIN2 estivesse comparativamente mais expresso que PLIN3 em oócitos maduros (P<0,001). Durantes os estágios iniciais do desenvolvimento, PLIN2 atingiu seu maior pico de expressão no estádio de MO (P<0,001) e decaiu novamente no estádio de BL. Da mesma forma, PLIN3 foi expresso em baixos níveis durante os estágios mais primordiais do desenvolvimento, mas aumentou no estádio de MO (P<0,05) e foi altamente expresso (seis vezes mais) no estádio de BL (P<0,001). Quando comparado com PLIN2, PLIN3 foi mais expresso durante todo o cultivo in vitro (15 vezes mais; P<0,05), exceto no estádio de 8-16 células. Nós especulamos que PLIN3 é a principal proteína PAT durante o desenvolvimento embrionário inicial em bovinos devido à alta demanda para estabilização das GL formadas em consequência do aumento agudo de lipídios que ocorre neste período. Para confirmar os dados de expressão, foi realizada a imuncitoquímica para as proteínas PAT no estádio de BL. O padrão de distribuição de PLIN3 foi semelhante a muitos pontos espalhados pelo citoplasma, enquanto que PLIN2 pareceu estar associada a GL maiores, consistente com o padrão visto em adipócitos. Esses dados sugerem que tanto GL recém formadas (pequenas) quanto GL antigas (maiores), positivas para PLIN3 e PLIN2 respectivamente, coexistem em BL. Este é o primeiro trabalho de nosso conhecimento que provê evidências da expressão de transcritos e proteínas PAT em oócitos e embriões bovinos produzidos in vitro.
  • RAFAEL AZEVEDO BARAUNA
  • Proteômica comparativa da Chromobacterium violaceum linhagem ATCC 12472 durante o processo de metabolização do cianato

  • Data: 30/03/2011
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  • Isolada de diferentes habitat tropicais e subtropicais do mundo, a espécie Chromobacterium violaceum é uma Beta-proteobactéria gram-negativa de vida livre. A linhagem ATCC 12472 teve seu genoma seqüenciado pelo Programa Genoma Brasileiro e apresentou um tamanho de 4,7 Mb. O operon cyn descrito em seu genoma, está evolvido na degradação do cianato, um poluente produzido durante a recuperação do ouro e outros metais em minas e na natureza pela decomposição espontânea da uréia, sendo altamente tóxico para os seres vivos. Visando um maior conhecimento a cerca da capacidade de metabolização deste poluente pela C. violaceum, foi caracterizada a resistência da linhagem ATCC 12472 ao composto. Análises proteômicas foram desenvolvidas utilizando eletroforese bidimensional em conjunto com a espectrometria de massas para verificar a resposta molecular de bactérias expostas ao cianato comparadas com bactérias cultivadas em condições normais de crescimento. A C. violaceum foi capaz de crescer até 1 mM de cianato. Acima desta concentração, houve considerável inibição do crescimento bacteriano. Dezoito proteínas apresentaram expressão diferencial na presença do composto, sendo dezesseis menos expressas e somente duas mais expressas. Outras doze proteínas foram detectadas somente no grupo controle e uma somente no grupo exposto. Quatorze proteínas foram identificadas por MS/MS. O aumento na expressão da enzima superóxido dismutase indica que o cianato induz um quadro de estresse oxidativo, tendo como reflexo a diminuição na expressão das enzimas do ciclo do TCA. Outras proteínas envolvidas no metabolismo e síntese de aminoácidos e proteínas hipotéticas também foram menos expressas pela bactéria em meio de cultivo contendo o poluente cianato. Este trabalho demonstrou que a capacidade de metabolização de altas concentrações de cianato pela C. violaceum envolve várias rotas biológicas e não somente os produtos do operon cyn.

  • DIEGO DI FELIPE AVILA ALCÂNTARA
  • "AVALIAÇÃO IN VITRO DOS EFEITOS CITOTÓXICOS E GENOTÓXICOS DA DROGA ANTIMALÁRICA ARTEMETER EM LINHAGEM CELULAR DE NEOPLASIA GÁSTRICA (PG 100)"

  • Data: 29/03/2011
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  • A artemisinina é uma lactona sesquiterpênica com um grupo endoperóxido,

    extraída de Artemisia annua L., e extensivamente utilizada como droga

    antimalárica. Alguns estudos na literatura mostram efeitos genotóxicos e

    citotóxicos das artemisininas, incluindo o seu derivado, artemeter, sobretudo em

    células neoplásicas. O câncer gástrico é a 4ª malignidade mais frequente e

    responsável por 9% da incidência mundial de câncer, sendo o segundo maior

    causador de morte por neoplasias. Desta forma, o objetivo deste estudo consiste

    em avaliar in vitro os possíveis efeitos genotóxicos e citotóxicos do artemeter, em

    cultura de linhagem celular de neoplasia gástrica (PG 100) e compará-los com os

    resultados em linfócitos de sangue periférico humano expostos as mesmas

    condições. Para os testes de sobrevivência celular, as células foram expostas a

    diferentes concentrações do artemeter por 24 horas. Após este período foi

    realizado o teste bioquímico MTT. Para a avaliação da genotoxicidade foi

    realizado o ensaio cometa versão alcalina. As células foram tratadas por 4 horas

    com as concentrações de 29,85; 119,4 e 238,8 μg/ml de artemeter. Ao término do

    tratamento as lâminas foram confeccionadas e a corrida por eletroforese foi

    realizada para migração dos cometas e posteriormente foi feita análise e

    contagem por microscopia de fluorescência. Para a avaliação do tipo de morte

    celular foi realizada a técnica de marcação fluorescente diferencial com laranja de

    acridina-brometo de etídio. As células foram tratadas, por 24 horas, com

    diferentes concentrações de artemeter (238,8 e 477,7 μg/mL). Após 24, 48 e 72

    horas do fim tratamento, as células foram misturadas a 1 μl de solução aquosa de

    laranja de acridina/brometo de etidio (100 μg/mL) e posteriormente analisadas em

    microscopia de fluorescência. A partir da análise dos resultados, foi observado

    que o teste MTT, para a cultura celular de neoplasia gástrica, mostrou uma

    diminuição nas porcentagens de sobrevivência a partir da concentração de 14,92

    μg/ml de artemeter, sendo esta redução estatisticamente significativa a partir da

    concentração de 477,6 μg/ml (22,2%), quando comparada ao controle. Para os

    linfócitos esta diminuição também ocorreu a partir da concentração de 14,92

    μg/ml de artemeter, sendo esta redução estatisticamente significativa em todas as

    concentrações testadas. O índice de dano (ID) ocasionado pelo artemeter,

    avaliado pelo ensaio cometa, foi estatisticamente significativo nas concentrações

    de 119,4 μg/ml (ID=1,14) e 238,8 μg/ml (ID=1,35) em relação ao controle negativo

    (ID=0,5). Nossos resultados mostraram que o artemeter induziu necrose na

    linhagem PG 100 em todos os tempos avaliados (24, 48 e 72h). Já em linfócitos, o

    artemeter induziu tanto apoptose quanto necrose, sendo tal indução

    estatisticamente significante para todas as concentrações e tempos testados. Por

    fim, este estudo demonstrou que o artemeter apresentou um efeito citotóxico e

    induziu necrose na linhagem celular PG100, em nossas condições experimentais,

    entretanto a utilização desta substância como uma possível droga antineoplásica

    não é recomendada, tendo em vista o seu efeito citotóxico bem mais consistente

    em cultura de células normais.

  • LOUISE TEIXEIRA CERDEIRA
  • Montagem ab initio de um genoma procarioto utilizando sequencias curtas de uma biblioteca pareada: caso de estudo Corynebacterium pseudotuberculosis, linhagem I19.

  • Data: 29/03/2011
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  • As tecnologias de sequenciamento de nova geração geram um grande volume de dados com capacidade de gerar milhões de leituras curtas por corrida, a um custo reduzido, realidade essa inimaginável com sequenciamento de Sanger, e com isso diversos desafios computacionais surgiram, dentre estes a montagem ab initio, um dos desafios que merece destaque, pois logo que as tecnologias de nova geração surgiram com leituras curtas variando de 25 a 100 pb, a comunidade científica se mostrou incrédula quanto a possibilidade de montarmos genomas ab initio utilizando somente essas leituras curtas. O presente trabalho tem como principal objetivo demonstrar que é possível montar um genoma bacteriano utilizando somente leituras curtas pareadas obtidas a partir da Plataforma de sequenciamento SOLiDTM V2. Como estudo de caso foi utilizado o genoma de C. pseudotuberculosis que é uma bactéria Gram-positiva, patógeno intracelular facultativo e um dos membros mais importantes do gênero Corynebacterium. Esta bactéria é o agente etiológico da doença conhecida como Linfadenite Caseosa (LC), que afeta principalmente pequenos ruminantes. Para atingir este objetivo, foi desenvolvido uma estratégia integrada ab initio que combina grafo de Bruijn e Overlap layout consensus, que utilizam, Caminho Euleriano e Caminho Hamiltoniano, respectivamente, e ao final desse processo, o os melhores contigs ab initio (3232 contigs Velvet; 3756 Edena) oriundos das melhores montagens, foram ordenados e orientados, gerando um scaffold preliminar, para que em seguida os gaps presentes no mesmo sejam completamente fechados aplicando uma estratégia in silico. Com base nos resultados obtidos e, na estrátegia in silico