Banca de DEFESA: MAYCON VINICIUS DAMASCENO DE OLIVEIRA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: MAYCON VINICIUS DAMASCENO DE OLIVEIRA
DATA: 08/03/2023
HORA: 09:00
LOCAL: Remoto - Google Meeting
TÍTULO:

AVALIAÇÃO COMPUTACIONAL DOS PARÂMETROS CINÉTICOS E TERMODINÂMICOS DE LIGAÇÃO ENTRE ÁCIDO UDP-N-ACETILMURÂMICO (UNAM) E A ENZIMA UDP-N-ACETILGLICOSAMINA ENOLPIRUVIL TRANSFERASE (MURA)

PALAVRAS-CHAVES:

MurA; UNAG; UNAM; dinâmica molecular; τ–RAMD; tempo de residência; constante de dissociação.

PÁGINAS: 107
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Química
SUBÁREA: Físico-Química
ESPECIALIDADE: Química Teórica
RESUMO:

O peptidoglicano é responsável por estabilizar a parede celular e, também, fornecer a
integridade estrutural da célula para que as bactérias resistam à pressão osmótica. A
biossíntese responsável pela formação do peptidoglicano ocorre em três fases
diferentes sendo: citoplasmática, associada à membrana e periplasmática. A enzima
MurA é a primeira enzima da família Mur presente na etapa citoplasmática da via do
peptidoglicano que é responsável por realizar a reação catalítica entre

fosfoenolpiruvato (PEP) e UDP-N-acetilglucosamina (UNAG) para formar UDP-N-
acetilglicosamina enolpiruvato (EP-UNAG) e fosfato inorgânico (Pi). A MurA é

covalentemente inibida por um análogo do PEP, seu substrato natural, o antibiótico
fosfomicina, que desde sua descoberta em 1969, continua sendo o único
medicamento aprovado pela Food and Drug Administration dos EUA (USA FDA). Há
evidencias sugerindo que o UNAM pode está fortemente complexado com a MurA.
Assim, encontrar novos inibidores da MurA tornou-se difícil, uma vez que eles devem
competir com PEP e UNAM ou UNAG para abrir o complexo UNAM-MurA. Através de
métodos computacionais como a dinâmica molecular clássica, demonstramos que o
UNAM realiza interações intermoleculares mais fortemente com a proteína do que o
substrato UNAG. O UNAM realiza interações de hidrogênio mais fortes com resíduos
Arg120 e Arg91 em contraste com UNAG. Esses resíduos desempenham um papel
fundamental na estabilização da conformação fechada da MurA. Além disso, o UNAM
tem uma afinidade maior do que o UNAG, conforme mostrado pelos cálculos de
energia livre de ligação realizados usando os métodos computacionais de end-point.
Os dados cinéticos obtidos pelo método τ–RAMD mostraram que o UNAM possui
maior tempo de residência e constante de dissociação que o UNAG, o que explica a
presença do UNAM, produto da reação MurB, presente no sítio ativo MurA. Portanto,
o τ mais longo de UNAM está relacionado ao número de vias de dissociação mais
complexas com múltiplos estados metaestáveis intermediários. Em conjunto, nossos
dados sugerem que a ausência de UNAM no sítio ativo da MurA leva ao estado aberto
do I-loop que expõe o resíduo Arg120.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1316033 - ANDERSON HENRIQUE LIMA E LIMA
Interno - 1268476 - JOSE ROGERIO DE ARAUJO SILVA
Externo à Instituição - CLAUBER HENRIQUE SOUZA DA COSTA
Externo à Instituição - KAUÊ SANTANA DA COSTA