Banca de DEFESA: ADAN RODRIGUES DE OLIVEIRA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: ADAN RODRIGUES DE OLIVEIRA
DATA: 28/11/2022
HORA: 09:00
LOCAL: PLATAFORMA ON LINE - GOOGLE MEET (https://meet.google.com/cjw-rpcx-rds)
TÍTULO:

CONSTRUÇÃO DE UM PIPELINE PARA ANÁLISE METAGENÔMICA

PALAVRAS-CHAVES:

Pipeline, Interface Gráfica, Metagenômica, Usearch, Educação, Python, Tkinter.

PÁGINAS: 55
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Genética
SUBÁREA: Genética Molecular e de Microorganismos
RESUMO:

A metagenômica é normalmente aplicada para compreensão da análise de diversidade em um ambiente. No desenvolver desses estudos, foi possível entender que seu desenvolvimento se deve principalmente ao crescimento do campo computacional que consegue auxiliar o desenrolar desse estudo de maneira direta. A utilização e automação de rotinas computacionais se tornam uma tendência nos laboratórios de estudos genéticos e metagenômicos, tanto quanto a produção dos mesmos. Dessa forma o presente projeto visou a produção de um pipeline voltado para educação e que execute análises metagenômicas de rRNA 16s, dando foco a análises de diversidade e de taxonomia. A produção da ferramenta visou a utilização das linguagens Python, R e Shell, além da integração da interface gráfica “Tkinter”, presente nos repositórios Python. As rotinas automatizadas nesta ferramenta, começam utilizando o Usearch para a preparação dos dados; mesclando os arquivos de entrada “fastq”, aplicação do filtro de qualidade, a busca por leituras únicas, o agrupamento das sequências em OTUs, criação das tabelas de OTUs e a tabela de dados taxonômicos. Em seguida a execução de análises de ACE, CHAO1, Shannon, Simpson e Simpson Inverso, utilizando o software R. Por último, o pacote “canvas” do python agrupa os resultados, plotando e montando um report final que possa auxiliar nas análises de resultados e discussão dos mesmos, além de se tornar uma boa ferramenta no ensino da interpretação desses dados finais. A necessidade de aplicação da bioinformática na área educacional deve-se ao constante avanço que ocorre no passo do desenvolvimento da tecnologia, dessa forma o Metadoon Pipeline se faz presente sendo passível de aplicações dentro de sala de aula.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - AMANDA GONÇALVES BENDIA
Presidente - 2266662 - DIEGO ASSIS DAS GRACAS
Externo à Instituição - GILDERLANIO SANTANA DE ARAUJO
Externo à Instituição - MARCUS DE BARROS BRAGA