Banca de QUALIFICAÇÃO: LUAN DANIEL SILVA FERREIRA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: LUAN DANIEL SILVA FERREIRA
DATA: 15/03/2022
HORA: 14:00
LOCAL: PLATAFORMA ON LINE GOOGLE MEET
TÍTULO:

ANÁLISE DA DIVERSIDADE E APLICAÇÃO DE DINÂMICA MOLECULAR EM PROTEÍNAS CAROTENOIDES EM LINHAGENS DE CIANOBACTÉRIAS DA AMAZÔNIA

PALAVRAS-CHAVES:

Diversidade gênica, Análise filogenética, Modelagem comparativa, Simulação.

PÁGINAS: 59
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Genética
SUBÁREA: Genética Molecular e de Microorganismos
RESUMO:

A orange carotenoid protein (OCP) é uma proteína cianobacteriana, solúvel, responsável por um mecanismo de fotoproteção que permite que as células evitem danos pela luz e inibição de crescimento causada por luz intensa ou estresse de nutrientes. O objetivo do trabalho foi analisar a diversidade gênica e estrutural de OCP’s, e aplicar a Dinâmica Molecular (DM) como forma de caracterização do sítio ativo, utilizando as cianobactérias isoladas de ambientes Amazônicos. As linhagens utilizadas foram Alkalinema sp. CACIAM 70d, Cyanobium sp. CACIAM 14, Microcystis sp. CACIAM 03, Nostoc sp  CACIAM 19, Synechocystis sp. CACIAM 05 e Tolypothrix sp. CACIAM 22, isoladas no estado do Pará. Os dados genômicos foram obtidos através de sequenciamento nas plataformas Illumina MiSeq e 454 Roche. Uma montagem conjunta de todas as leiturasfoi realizada por Newbler 2.9 e os scaffolds resultantes foram separados de possíveis diferentes genomas em uma abordagem metagenômica através do programa MaxBin. As sequências de OCP foram obtidas do banco de dados NCBI e utilizadas como referência na busca por OCP nos genomas analisados das linhagens CACIAM. Para a análise filogenética foi utilizado o software MEGA X. A análise estrutural foi feita através da modelagem comparativa das OCP’s no software MODELLER, utilizando como template a proteína de Tolypothrix sp. PCC 7601 (ID 6PQ1) e os modelos gerados foram validados de forma satisfatória conforme parâmetros de Ramachandra, QMEAN, RMSD e Verify3D. Todos os modelos de homologia gerados aqui serão submetidos a um teste de Dinâmica Molecular (DM), com simulação de refinamento em 100 ns. Observou-se, que a filogenia corroborou as relações filogenéticas de cada um organismo do estudo mostrando o quão diverso são as espécies. Através do template selecionado para construir os modelos foi possível fazer uma análise, conforme a identidade que os moldes apresentarem e assim validá-los. Por fim, será feita a analisar de interação da proteína com o carotenoide hECN para cada modelo de OCP das linhagens de CACIAM.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2266662 - DIEGO ASSIS DAS GRACAS
Presidente - 1372427 - EVONNILDO COSTA GONCALVES
Externo ao Programa - 3144232 - RONALDO CORREIA DA SILVA