Banca de QUALIFICAÇÃO: SANDY INGRID AGUIAR ALVES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: SANDY INGRID AGUIAR ALVES
DATA: 06/10/2023
HORA: 09:00
LOCAL: Sala 343- ICB UFPA
TÍTULO:

DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA WEB PARA A IDENTIFICAÇÃO E ANÁLISE EM LARGA ESCALA DE MICROSSATÉLITES COMO POTENCIAIS MARCADORES EM AGENTES INFECCIOSOS

PALAVRAS-CHAVES:

Microssatélites, SSRs, EasySSR, Bioinformática, Agentes infecciosos

PÁGINAS: 48
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Microbiologia
RESUMO:

Microssatélites, também conhecidos como SSRs ou STRs, são repetições em tandem de padrões de 1 a 6 pares de bases. Eles estão presentes tanto em eucariotos quanto em procariotos e têm aplicações especialmente em estudos relacionados a agentes infecciosos, como o patógeno Corynebacterium pseudotuberculosis. No entanto, o desenvolvimento tradicional de SSRs apresenta limitações, o que levou ao surgimento de técnicas computacionais. Apesar da disponibilidade de ferramentas para mineração de SSRs, muitos pesquisadores enfrentam desafios devido à sua complexidade e falta de facilidade de uso. Diante dessas lacunas, desenvolvemos e publicamos o EasySSR, uma web-tool intuitiva projetada para pesquisa de microssatélites, especialmente em estudos de agentes infecciosos como Corynebacterium pseudotuberculosis. A ferramenta foi validada através da Comparação de funcionalidades com as 10 ferramentas web de SSRs mais citadas, Testes de Desempenho em comparação com servidores web e ferramentas de linha de comando, e testes de análise em lote, em 54 genomas completos de Corynebacterium pseudotuberculosis. O EasySSR está disponível em https://computationalbiology.ufpa.br/easyssr/, com tutoriais em https://github.com/labgm/EasySSR, automatizando a análise online de SSRs, e oferecendo resultados abrangentes como gráficos e tabelas de proporções e frequências de padrões SSR entre genomas, além de estatísticas em excel. A capacidade do EasySSR de lidar com diversos arquivos de entrada, replicar funcionalidades de ferramentas de linha de comando e processar eficientemente grandes conjuntos de dados o torna um recurso valioso para pesquisadores. Desta maneira foi demonstrado que acessibilidade e tempos de processamento rápidos proporcionam uma solução robusta e fácil de usar para análise de microssatélites, contribuindo significativamente para pesquisas em genômica e agentes infecciosos.

 

 

 

 

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2012979 - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO NUNES
Externo à Instituição - Marilia Danyelle Nunes Rodrigues
Presidente - 1913763 - ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS