Banca de DEFESA: KENNY DA COSTA PINHEIRO

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: KENNY DA COSTA PINHEIRO
DATA: 05/03/2015
HORA: 09:00
LOCAL: sala 01 do prédio de genômica e biologia de sistemas
TÍTULO:

"Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração".

PALAVRAS-CHAVES:

Viés GC, Pearson, Quadrático, Correlação

PÁGINAS: 53
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Biologia Geral
RESUMO:

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração(NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura relacionadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificulta a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático.

Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar a intensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2012979 - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO
Interno - 2434806 - CHUBERT BERNARDO CASTRO DE SENA
Externo ao Programa - 2025599 - RICARDO JORGE AMORIM DE DEUS
Presidente - 1913763 - ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS