Banca de QUALIFICAÇÃO: KENNY DA COSTA PINHEIRO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: KENNY DA COSTA PINHEIRO
DATA: 21/02/2017
HORA: 09:00
LOCAL: Centro de Genômica e Biologia de Sistemas - Próximo ao Hospital Betina Ferro
TÍTULO:

ABORDAGEM COMPUTACIONAL PARA PREVENIR GAPS EM MONTAGEM DE GENOMAS OCASIONADOS POR VIÉS GC

PALAVRAS-CHAVES:

Correlação. Viés GC. Mediana. Cobertura.

PÁGINAS: 57
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Biologia Geral
RESUMO:

O surgimento de plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) aumentou a quantidade de dados gerados tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens e do alto rendimento produzido por estas plataformas, algumas regiões apresenta baixa cobertura,  o que pode estar relacionada ao conteúdo de GC. Este viés de conteúdo GC pode afetar as análises genômicas e transcriptômicas baseadas em abordagem de novo ou por referência. Além disso, as formas de avaliar o viés GC devem ser ajustadas a dados com diferentes perfis de correlação entre GC e cobertura, tais como linear e quadráticos. Após a utilização de outras métricas de correlação para mensurar o viés, com base na associação entre o conteúdo GC e cobertura, e compará-las com a declividade da reta de regressão (grau de viés GC), observou-se que medir o grau de declividade e medir a associação entre o conteúdo de GC e a cobertura normalizada por métricas de correlação não tem a mesma equivalência. Assim, propomos uma nova métrica chamada "Mediana - IQR" (diferença entre mediana e intervalo interquartil - IQR) que é capaz de medir diferentes tendências do viés GC e assim tentar prevenir seus efeitos como o surgimento de gaps no processo montagem de novo de genomas.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2012979 - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO
Externo ao Programa - 2260881 - RAFAEL AZEVEDO BARAUNA
Externo ao Programa - 2025599 - RICARDO JORGE AMORIM DE DEUS
Presidente - 1913763 - ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS