Interações de Quantum Dot com estruturas externas de vírus Nipah utilizando docking e dinâmica molecular
Quantum dots; Nipah; Nanotecnologia; Dinâmica Molecular; Docagem Molecular.
Realizando a interação da proteína mais externa do vírus Nipah com quatorze estruturas com potencial para a emissão de pontos quânticos, por meio de ancoragem e dinâmica molecular, utilizando as plataformas de docagem molecular: CB Docking, Swiss DOCK, AutoDock Vina 4.2.6 para realizar um comparativo de resultados explicitando os melhores valores, além de utilizar o Gromacs 2022 para calcular as trajetórias dos ligantes em relação ao tempo. Os complexos demonstram principalmente interações hidrofóbicas no sítio de ligação do receptor. Os valores de energia de afinidade obedeceram às cargas parciais das pontas as quais apresentaram melhor estabilidade, os valores de RMSD também respeitaram essa premissa. Assim, o conjunto formado por combinações de proteínas com quantum dot tem potencial para adsorver de forma mais eficiente os componentes proteicos do vírus. Os estudos de docking e dinâmica molecular e verificação da energia de ligação revelaram a ligação forte e estável entre o para o QD-K e QD-G e QD-F com a macroestrura do vírus NIPAH. Foi estabelecido nos estudos de docking, que os ligantes têm pontuações de energia de afinidade de -13.658 kcal/mol, -13.6 kcal/mol, -13.9 kcal/mol, para K, G e F respectivamente. O mesmo resultado se replicou na análise de energia livre de Gibbs com valores para F de 239.00 kcal/mol, G de 246.65 kcal/mol e K de 259.52 kcal/mol.