Banca de QUALIFICAÇÃO: LUIZ FILIPE BRITO DE OLIVEIRA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: LUIZ FILIPE BRITO DE OLIVEIRA
DATA: 24/02/2021
HORA: 14:00
LOCAL: Teleconferência/ avaliação via parecer
TÍTULO:

Produção de um banco referencial de genomas mitocondriais e comparação de qualidade de mitogenomas produzidas via genome skimming usando short e long reads.

PALAVRAS-CHAVES:

mitogenoma, qualidade de dados, Actinopterygii

PÁGINAS: 15
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Ecologia
RESUMO:

A bacia amazônica contém a fauna de peixes de água doce mais diversa do planeta. A utilização de marcadores genéticos mitocondriais (e.g. COI) possibilitou que identificações baseadas em ferramentas moleculares atuassem na discriminação da riqueza desse grupo. Portanto, o advento de diversas tecnologias de sequenciamento tornou possível trabalhar com dados moleculares em escala de genomas inteiros e de uma forma relativamente rápida permitindo melhorar ainda o conhecimento da biodiversidade e registrando um banco referencial mais completo e com maior utilidade. Entre as plataformas novas, os de Illumina e Oxford Nanopore possuem grande destaque no mercado, apresentando vantagens e limitações intrínsecas às suas tecnologias específicas. Diante deste contexto, a abordagem “genome skimming” é promissora pois o sequenciamento de baixa cobertura possibilita obter genomas mitocondriais completos e ainda acrescenta dados adicionais do resto do genoma. Dessa forma, o objetivo deste presente estudo é avaliar a qualidade dos genomas mitocondriais montados utilizando duas abordagens de sequenciamento distintas e contribuir com a produção de mitogenomas completos de peixes de água doce da Amazônia. Serão realizadas extrações seguindo protocolos que garantam DNA de qualidade e concentração mínima para o sequenciamento. Os dados obtidos após sequenciamento nas plataformas Illumina e MinION serão montadas separadamente como short e long reads, respectivamente e também de forma híbrida. Dessa forma, será possível investigar a precisão de confiabilidade dos mitogenomas montados por cada sistema de sequenciamento em relação à combinação dos dois. Devido a pandemia do Covid-19 ainda não foi possível realizar os procedimentos de sequenciamento de DNA, mas estamos com a previsão do prosseguimento de trabalho laboratorial em março de 2021.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2970885 - JOAO BRAULLIO DE LUNA SALES
Presidente - 1718472 - JONATHAN STUART READY