Caracterização do microbioma ruminal de búfalos de água (Bubalus bubalis) mantidos em diferentes ecossistemas na Amazônia Oriental
Amazônia; micro-organismos ruminais; sequenciamento por genotipagem com enzima de restrição
A elevada eficiência da fermentação ruminal é uma das principais formas para maximizar a produção de ruminantes, por isso é importante conhecer o perfil microbiano do rúmen, além das condições que favorecem o crescimento dessa comunidade. Entretanto, não há relatos que descrevam a composição microbiana em búfalos na Amazônia. O estudo foi realizado com o objetivo de caracterizar o microbioma de búfalos na Amazônia Oriental, nos períodos seco e chuvoso, de agosto de 2018 a janeiro de 2019, nos ecossistemas: Baixo Amazonas (BA), Continente do Pará (PA), Ilha do Marajó (IM) e Tomé-Açú (TA) (sistema de confinamento). Foram usados 71 búfalos machos, idade de 26 a 36 meses, mestiços Murrah x Mediterrâneo, peso médio de 432 kg no final do período chuvoso e 409 kg no final do período seco, alimentados com pastagens nativas e cultivadas. No sistema de confinamento a alimentação era composta por silagem de sorgo, farelo de soja, pré-mistura sorgo úmido e ração comercial. Foram coletadas amostras da dieta de cada ecossistema para análise bromatológica. As coletas do conteúdo ruminal foram realizadas em matadouros frigoríficos, com rúmen totalmente esvaziado e homogeneizado, as frações sólidas e líquidas foram separadas e o pH ruminal foi mensurado. O DNA foi extraído das amostras do rúmen e então sequenciado, utilizando-se o sequencimaneto com enzima de restrição reduzida. A composição taxonômica revelou grande similaridade entre os ecossistemas. Em nível de filo, houve predominância dos Bacteroidetes e Firmicutes. Dentre as arqueas, o filo Euryarchaeota foi mais abundante. A Prevotellaceae, Lachnospiraceae e Acidaminococcaceae foram as famílias bacterianas de maior abundância. Foram identificados 61 gêneros na microbiota analisada, entre os domínios bactérias e arqueas. 23 gêneros bacterianos diferiram significativamente (P< 0,001) entre o confinamento e os demais ecossistemas, como, Bacillus, Ruminococcus e Bacteroides tiveram menor abundância em amostras do sistema de Tomé-Açu. Dentre as Archaeas, o gênero Methanomicrobium apresentou menor abundância relativa em Tomé-Açu, enquanto Methanosarcina foi mais abundante.Quatro gêneros bacterianos diferiram entre os períodos do ano e o sistema de confinamento, dentre eles, Bacillus e Clostridium foram menos abundantes no confinamento. Methanomicrobium foi a arquea mais abundante no período chuvoso, enquanto a Methanosarcina teve abundância elevada no confinamento. Observou-se 27 gêneros bacterianos e 2 arqueais com diferenças significativas entre as frações sólida e líquida do conteúdo ruminal. Doze gêneros foram mais abundantes na fração líquida, dentre eles Bacillus, Ruminobacter e Prevotella. Quinze gêneros tiveram maiores abundâncias relativas na fração sólida, dentre eles, Clostridium e Eubacterium. Methanosarcina foi o gênero de arquea mais abundante na fração líquida e Methanosbrevibacter mais abundante na fração sólida. Foram encontradas diferenças significativas entre os micro-organismos nas diferentes dietas, períodos do ano e frações do conteúdo ruminal.