Prospecção Computacional de Peptidomiméticos como Inibidores da Plasmepsina IV de Plasmodium malariae
Plasmepsina IV. Catepsina D. Seletividade. Dinâmica Molecular. LIE. Inibição Enzimática
As Plasmepsinas (Plms) são proteases aspárticas envolvidas na degradação da hemoglobina humana por P. falciparum e são essenciais para a sobrevivência e crescimento do parasita no organismo. Portanto, as enzimas Plms são relatadas na literatura como importantes alvos no estudo e planejamento de drogas antimaláricas. Neste trabalho, aplicamos o método de ancoragem molecular, simulações de dinâmica molecular (DM) e cálculos energia livre de ligação com a abordagem de Energia de Interação Linear, do inglês linear interaction energy (LIE) para investigar a ligação de inibidores peptidomiméticos de PlmIV com foco particular na compreensão de sua seletividade contra a catepsina protease aspártica humana D (CatD). Os cálculos de ancoragem molecular mostraram a semelhança no modo de ligação dos inibidores entre o sítio ativo das duas enzimas. Os resultados da análise de decomposição residual sugerem que as diferenças de aminoácidos no sub-sítio S3 de PlmIV e CatD são responsáveis pela maior seletividade do inibidor 5a. Essas descobertas rendem excelente concordância com dados de ligação experimentais e fornecem novos detalhes sobre interações de van der Waals e interações eletrostáticas de resíduos dos sub-sítios, bem como propriedades estruturais dos sistemas com a PlmIV e CatD.