ESTUDO COMPUTACIONAL PARA PREVER O MODO DE LIGAÇÃO E A SELETIVIDADE DE INIBIDORES PEPTIDOMIMÉTICOS DA PLASMEPSINA IV CONTRA A CATEPSINA D
Plasmepsina IV. Catepsina D. Seletividade. Dinâmica Molecular. LIE. Inibição Enzimática
As Plasmepsinas (Plms) são proteases aspárticas envolvidas na degradação da hemoglobina humana por P. falciparum e são essenciais para a sobrevivência e crescimento do parasita no organismo. Portanto, as enzimas Plms são relatadas na literatura como importantes alvos no estudo e planejamento de drogas antimaláricas. Neste trabalho, aplicamos o método de ancoragem molecular, simulações de dinâmica molecular (DM) e cálculos energia livre de ligação com a abordagem de Energia de Interação Linear, do inglês linear interaction energy (LIE) para investigar a ligação de inibidores peptidomiméticos de PlmIV com foco particular na compreensão de sua seletividade contra a catepsina protease aspártica humana D (CatD). Os cálculos de ancoragem molecular mostraram a semelhança no modo de ligação dos inibidores entre o sítio ativo das duas enzimas. Os resultados da análise de decomposição residual sugerem que as diferenças de aminoácidos no sub-sítio S3 de PlmIV e CatD são responsáveis pela maior seletividade do inibidor 5a. Essas descobertas rendem excelente concordância com dados de ligação experimentais e fornecem novos detalhes sobre interações de van der Waals e interações eletrostáticas de resíduos dos sub-sítios, bem como propriedades estruturais dos sistemas com a PlmIV e CatD.