Banca de QUALIFICAÇÃO: MARCOS FERNANDO SOARES COSTA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: MARCOS FERNANDO SOARES COSTA
DATA: 08/04/2024
HORA: 09:00
LOCAL: Faculdade de Computação - FC02
TÍTULO:

AnnoTEP: plataforma destinada ao processo de anotação de elementos transponíveis em genomas de plantas

PALAVRAS-CHAVES:

Elementos transponíveis, plataformas, anotação, plantas.

PÁGINAS: 53
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Ciência da Computação
RESUMO:

Elementos transponíveis (TEs) são sequências móveis repetitivas com capacidade de se locomoverem dentro de qualquer organismo, sendo encontrados em grande abundância em genomas eucarióticos. Este elementos desempenhando um papel importante na arquitetura genômica das plantas, pois devido a sua abundância, influenciam de maneira significativa em suas adaptações no ambiente. No intuito de aprofundar o entendimento acerca do funcionamento dos TEs em plantas, diversos pipelines foram desenvolvidos por diferentes pesquisadores e disponibilizados para a realização de anotações. No entanto, é notável que muitos desses pipelines demandam de um profundo conhecimento computacional por parte dos pesquisadores, uma vez que operam predominantemente por meio de linhas de comando. Essa complexidade técnica se tornar um desafio substancial, limitando a acessibilidade e a utilização eficiente dessas ferramentas por parte de pesquisadores que não possuem proficiência em ambientes computacionais. Com o propósito de diversificar as opções disponíveis para a anotação de TEs, apresentamos a plataforma AnnoTEP (Annotation Transposable Elements for Plants), desenvolvida com o objetivo específico de facilitar a anotação de TEs em plantas, abrangendo uma variedade de características relacionadas às suas classes, ordens e superfamílias. A plataforma é uma solução versátil que oferece tanto uma versão baseada na web quanto uma versão local, conferindo flexibilidade aos usuários para escolher entre a utilização de uma interface gráfica ou trabalhar por meio de linhas de comando. Através de comandos desenvolvidos para a análise de dados genômicos, a plataforma demonstra sua capacidade de gerar relatórios detalhados, como a análise aprofundada dos elementos SINEs e LINEs, a criação de tabelas que quantificam o tamanho e o número de pares de bases (bp) dos elementos presentes nos TEs, tais como LARD, TRIM, BARE-2 e TR_GAG, além da produção de gráficos informativos sobre a idade desses elementos e das superfamílias Gypsy e Copia. A plataforma também realiza a construção de árvores filogenéticas, envolvendo diversos elementos como Ale, Bianca, Ivana, SIRE, TAR, Athila, CRM, Reina, Retand e Tekay. Essa abordagem integral proporciona aos pesquisadores uma ferramenta abrangente para explorar e compreender a diversidade e as características evolutivas dos TEs em plantas.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 3085240 - VINICIUS AUGUSTO CARVALHO DE ABREU
Interno - 2151241 - MARCELLE PEREIRA MOTA
Externo ao Programa - 2012979 - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO NUNES
Externo à Instituição - SINTIA SILVA DE ALMEIDA