Banca de QUALIFICAÇÃO: SEBASTIAO RODRIGUES DA COSTA NETO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: SEBASTIAO RODRIGUES DA COSTA NETO
DATA: 12/10/2020
HORA: 18:00
LOCAL: DEFESA REMOTA EM DECORRÊNCIA DA PANDEMIA
TÍTULO:

Ferramenta de Alto Desempenho para Identificação e Remoção de Adaptadores de Dados NGS

PALAVRAS-CHAVES:

Remoção de Adaptadores, Sequenciamento de Alto Rendimento, Bit-paralelismo, Programação Dinâmica

PÁGINAS: 57
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Ciência da Computação
SUBÁREA: Metodologia e Técnicas da Computação
ESPECIALIDADE: Sistemas de Informação
RESUMO:

A remoção de adaptadores e regiões de baixa qualidade vindas de leituras brutas de dados gerados por plataformas NGS, é a etapa inicial dos pipelines de montagem de genomas. A remoção dessas sequências visa melhorar a qualidade dos dados na fase de montagem, permitindo melhor alinhamento entre as sequências. Além disso, desempenho em processamento é uma característica importante já que a quantidade de dados gerados pelas plataformas de alto rendimento é muito superior à quantidade real, por conta da busca por alta cobertura de regiões genômicas. Para isso, desenvolvemos o FAIR, uma ferramenta de corte de adaptadores para dados de extremidade única e emparelhada, que utiliza dois algoritmos de casamento de cadeias que se aproveitam do paralelismo intrínseco das operações sobre bits a fim, de encontrar regiões contaminantes com eficiência em processamento.

MEMBROS DA BANCA:
Externo ao Programa - 2274826 - FABIANO CORDEIRO MOREIRA
Interno - 2378314 - JEFFERSON MAGALHAES DE MORAIS
Interno - 2659210 - NELSON CRUZ SAMPAIO NETO
Presidente - 1913763 - ROMMEL THIAGO JUCÁ RAMOS