GENÔMICA COMPARATIVA DE DUAS BACTÉRIAS DA MICROBIOTA INSTESTINAL BACTERÓIDES FRAFILIS E LACTIPLANTIBACILLUS PLANTARUM
Bacteroides fragilis, Lactiplantibacillus plantarum, ferramentas de genômica comparativa, pan-genoma, Crispr-Cas, resistência a antibióticos, fatores de virulência, evolução molecular.
Cerca de 80% das bactérias da microbiota intestinal humana de adultos saudáveis pertencem aos filos Bacteroidetes e Firmicutes. Vários estudos revelaram que a relação Firmicultes/Bacteroidetes é essencial à homeostase intestinal. Devido a grande relevância dessas bactérias, analisamos os genomas de dois representantes delas, Bacteroides fragilis (Bacteroidetes) e Lactiplantibacillus plantarum (Firmicutes) com o objetivo de fornecer mais informações sobre sua evolução genômica. Utilizamos diferentes tipos de ferramentas de genômica comparativa que mostraram que os elementos genéticos móveis, como CtnDOT, CTn341 e ISBf1, parecem ter grande importância na disseminação dos genes de resistência a antibióticos nos genomas de B. fragilis. Também encontramos evidências de transferência horizontal de genes entre uma região de B.fragilis DCMOUH0085B e Butyricimonas faecalis H184. Essas regiões genômicas são ICE putativas com T4SS e carregam os genes de resistência a antibióticos, aadE e ermB. A seleção positiva foi detectada em 398 genes de B. fragilis, incluindo cepA e tetQ. Além disso, o gene bft que codifica a endotoxina fragilisina, pode ser disseminado entre B. fragilis através do transposon Ctn86. No entanto, sua função parece ter sido perdida em muitas linhagens. 76,9% das amostras de B. fragilis possuem o sistema CRISPR-Cas, em contraste, apenas 18% das L. plantarum analisadas possuem este sistema. A domesticação de elementos genéticos móveis, incluindo bacteriófagos, foi descrita em outros Lactiplantibacillus, e esse processo pode incluir L plantarum. Os resultados também indicaram que as linhagens de L. plantarum podem produzir folato e riboflavina, que auxiliam no enriquecimento nutricional; além das bacteriocinas lactobina, pediocina e PLNC8αβ, que somadas às plantaricinas e nisina, auxiliam na preservação de alimentos e podem garantir utilizações UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR específicas na fermentação de alimentos ou na indústria farmacêutica. Os genomas de L. plantarum não possuem genes de resistência a antibióticos ou determinantes de virulência, sendo uma bactéria segura para uso comercial.