ANÁLISE DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA DA INTERAÇÃO ENTRE MACRÓFAGOS DERIVADOS DE THP-1 INFECTADOS POR Corynebacterium pseudotuberculosis
Infecção in vitro, Corynebacterium pseudotuberculosis, células THP-1, Dual RNA-seq.
A dinâmica de interação entre patógeno e hospedeiro no decorrer do processo infeccioso é responsável por uma complexa cascata de eventos celulares que envolvem a expressão de genes para a ativação de vias modulatórias em ambos os organismos. Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa e agente etiológico de patologias que afetam uma vasta gama de hospedeiros, dentre elas a linfadenite caseosa, que somam prejuízos ao agronegócio mundial. Este patógeno é capaz de subverter a resposta imunológica do indivíduo infectado, se instala no interior de macrófagos e pode migrar para diferentes tecidos causando infecções sistêmicas. Atualmente, devido ao avanço nas tecnologias de sequenciamento de material genético e bioinformática, é possível monitorar a expressão de genes de patógeno e hospedeiro simultaneamente, o que pode fornecer percepções acerca dos eventos envolvidos na infecção e traçar estratégias para novas terapias contra doenças infecciosas. Desta forma, este trabalho propõe aplicar a técnica de Dual RNA-seq para avaliar a interação entre C. pseudotuberculosis e macrófagos humanos derivados da linhagem monocítica THP-1, mediante ensaios de infecção in vitro. A cepa C. pseudotuberculosis OI3 será obtida a partir de material caseoso e identificada por métodos moleculares, analisada quanto ao seu perfil de crescimento e seu genoma será sequenciado pela plataforma MiSeq. Os monócitos THP-1 serão cultivados e diferenciados em macrófagos por meio de PMA. A infecção in vitro ocorrerá perante MOI 1:50. Após a extração do RNA total e depleção do rRNA, o sequenciamento do transcriptoma ocorrerá na plataforma NextSeq. A análise in silico para a identificação dos transcritos contra seus genomas de referência será realizada pelo TopHat2 e o Cufflinks será adotado para a determinação da expressão diferencial dos genes envolvidos na infecção.