Banca de DEFESA: LUIZ FILIPE BRITO DE OLIVEIRA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: LUIZ FILIPE BRITO DE OLIVEIRA
DATA: 30/08/2022
HORA: 14:00
LOCAL: CEABIOS
TÍTULO:

SEQUENCIAMENTO E AVALIAÇÃO DA MONTAGEM DE GENOMAS MITOCONDRIAIS VIA LONG READS PARA TRÊS ESPÉCIES DE PEIXES DE ÁGUA DOCE DA AMAZÔNIA

PALAVRAS-CHAVES:

genômica comparativa, bancos de dados referenciais, avaliação qualitativa de dados, ictiofauna

PÁGINAS: 35
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Ecologia
RESUMO:

A bacia amazônica contém a fauna de peixes de água doce mais diversa do planeta. A utilização de marcadores genéticos mitocondriais incluindo o COI possibilitou que identificações baseadas em ferramentas moleculares atuassem na discriminação da riqueza desse grupo. O monitoramento desta diversidade requer novas ferramentas como o metabarcoding, porém, dificuldades com bancos de dados referenciais incompletos ainda tornam sua aplicação um desafio. A implantação de diversas tecnologias de sequenciamento permite a obtenção de todos os possíveis marcadores mais abundantes, por exemplo, por meio da montagem de genomas mitocondriais completos utilizando abordagens de custo-benefício como o genome skimming. Atualmente, isto vem sendo realizado principalmente com técnicas tradicionais ou usando short reads, reduzindo o potencial reconhecimento de possíveis regiões problemáticas dentro do genoma. Desse modo, foi testada a produção de mitogenomas de três espécies usando sequenciamento via long reads, para verificar o potencial ganho de informação em comparação com sequências referências já existentes em diferentes condições de ordem taxonômica. Foi possível recuperar o mitogenoma completo de Gymnorhamphichthys rondoni, e quase completo para Carnegiella strigata e Potamorrhaphis guianensis. Além disso, a montagem obtida possibilitou confirmar que a região controle de C. strigata possui tamanho maior em relação a referência, contendo sequências com diferentes padrões de repetições in tandem. Os resultados mostraram a conservação geral da estrutura e organização de mitogenomas para estas espécies. Em conclusão, as long reads foram capazes de auxiliar na obtenção de mitogenomas completos, bem como elucidar regiões ainda problemáticas e pouco exploradas. Atualmente, a combinação de métodos de sequenciamento por short e long reads para a realização de montagens híbridas se faz muito necessária para gerar sequências com maior confiabilidade, visto que este último apresenta taxas de erro levemente maiores do que o primeiro. O contínuo avanço de tecnologias para sequenciamento e redução de erros de leituras longas deve torná-lo a ser um dos principais métodos a serem adotados no futuro.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2970885 - JOAO BRAULLIO DE LUNA SALES
Presidente - 1718472 - JONATHAN STUART READY
Interno - 1774491 - LEONARDO DOS SANTOS SENA
Externo ao Programa - 2378657 - MARCELO NAZARENO VALLINOTO DE SOUZA
Externo à Instituição - SANTELMO SELMO DE VASCONCELOS JUNIOR
Externo à Instituição - TIBERIO CESAR TORTOLA BURLAMAQUI