DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA WEB PARA A IDENTIFICAÇÃO E ANÁLISE EM LARGA ESCALA DE MICROSSATÉLITES COMO POTENCIAIS MARCADORES EM AGENTES INFECCIOSOS
Microssatélites, SSRs, EasySSR, Bioinformática, Agentes infecciosos
Microssatélites, também conhecidos como SSRs ou STRs, são repetições em tandem de padrões de 1 a 6 pares de bases. Eles estão presentes tanto em eucariotos quanto em procariotos e têm aplicações especialmente em estudos relacionados a agentes infecciosos, como o patógeno Corynebacterium pseudotuberculosis. No entanto, o desenvolvimento tradicional de SSRs apresenta limitações, o que levou ao surgimento de técnicas computacionais. Apesar da disponibilidade de ferramentas para mineração de SSRs, muitos pesquisadores enfrentam desafios devido à sua complexidade e falta de facilidade de uso. Diante dessas lacunas, desenvolvemos e publicamos o EasySSR, uma web-tool intuitiva projetada para pesquisa de microssatélites, especialmente em estudos de agentes infecciosos como Corynebacterium pseudotuberculosis. A ferramenta foi validada através da Comparação de funcionalidades com as 10 ferramentas web de SSRs mais citadas, Testes de Desempenho em comparação com servidores web e ferramentas de linha de comando, e testes de análise em lote, em 54 genomas completos de Corynebacterium pseudotuberculosis. O EasySSR está disponível em https://computationalbiology.ufpa.br/easyssr/, com tutoriais em https://github.com/labgm/EasySSR, automatizando a análise online de SSRs, e oferecendo resultados abrangentes como gráficos e tabelas de proporções e frequências de padrões SSR entre genomas, além de estatísticas em excel. A capacidade do EasySSR de lidar com diversos arquivos de entrada, replicar funcionalidades de ferramentas de linha de comando e processar eficientemente grandes conjuntos de dados o torna um recurso valioso para pesquisadores. Desta maneira foi demonstrado que acessibilidade e tempos de processamento rápidos proporcionam uma solução robusta e fácil de usar para análise de microssatélites, contribuindo significativamente para pesquisas em genômica e agentes infecciosos.