Estudo filogenético e molecular do Ilheus virus a partir de amostras isoladas no Brasil
Arbovírus; Ilheus virus; Filogenia
Os arbovírus são um grupo viral extenso, os quais compartilham entre si características biológicas que permitem sua manutenção em natureza. Esses vírus estão divididos em 63 grupos sorológicos e sete famílias virais, dentre as quais destaca-se a família Flaviviridae, uma vez que tem como membros diversas espécies virais de importância médica, associadas com a ocorrência de doenças em seres humanos e são responsáveis por elevadas taxas de endemicidade, morbidade e mortalidade em diversas regiões do mundo. Além do mais, os membros do gênero Flavivirus possuem elevado potencial de dispersão, dado o potencial de infecção de diversos hospedeiros vertebrados, especialmente as aves. Junto a isso, pode-se ressaltar que diversos flavivírus possuem características neurotrópicas e estão envolvidos em casos com complicações neurológicas. Dentre esses vírus, se destaca o Ilheus virus (ILHV), o qual está disperso pelo território brasileiro. O ILHV apresenta variados níveis de incidência tanto PPG BAIP – ICB - UFPA: Cidade Universitária “Professor José da Silveira Netto”, Campus Básico I, Rua Augusto Corrêa, no 1, Bairro Guamá, CEP: 66.075-900, Belém, Pará, Brasil. (www.baip.ufpa.br) em populações humanas quanto em animais. Desse modo, o mapeamento do genoma viral é fundamental, para a identificação de eventuais mutações que sejam importantes ao ILHV no processo de evolução viral e eventuais desenvolvimentos de estratégias voltadas para os casos de eventuais futuros eventos de circulação do vírus. Para realização do estudo, serão utilizadas amostras liofilizadas oriundas da viroteca da Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas (SAARB/IEC) e o critério amostral para inclusão das amostras será com base no ano de isolamento, local de origem da amostra e hospedeiro fonte. Para verificação da viabilidade viral, as amostras serão cultivadas em monocamada da linhagem celular Vero A18. Após a amplificação viral, o sequenciamento nucleotídico será realizado por meio da plataforma NextSeq 500. A montagem dos genomas sequenciados será realizada por meio da metodologia De Novo, seguido do mapeamento e identificação de regiões de interesse no genoma viral e que tenham relação com os objetivos do estudo. As sequências obtidas serão ainda analisadas quanto à composição nucleotídica e aminoacídica, bem como serão avaliadas quanto à distância filogenética entre as sequências virais. A reconstrução da filogenia ocorrerá com base nas sequências obtidas pelo estudo e naquelas que estejam depositadas nos bancos de dados genômicos, as quais serão alinhadas e avaliadas para determinação de um modelo de substituição nucleotídica para posterior reconstrução através do método de Máxima Verossimilhança e visualização da reconstrução filogenética, assim como análise dos grupos virais formados.