Banca de DEFESA: SANDY INGRID AGUIAR ALVES

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: SANDY INGRID AGUIAR ALVES
DATA: 10/07/2024
HORA: 09:00
LOCAL: VIDEOCONFERENCIA
TÍTULO:

DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA WEB PARA A IDENTIFICAÇÃO E ANÁLISE EM LARGA ESCALA DE MICROSSATÉLITES COMO POTENCIAIS MARCADORES EM AGENTES INFECCIOSOS 

PALAVRAS-CHAVES:

Microssatélites, SSRs, EasySSR, Bioinformática, Agentes infecciosos

PÁGINAS: 61
GRANDE ÁREA: Ciências Biológicas
ÁREA: Microbiologia
RESUMO:

Microssatélites, também conhecidos como SSRs ou STRs, são repetições em tandem de padrões de 1 a 6 pares de bases. Eles estão presentes tanto em eucariotos quanto em procariotos e têm aplicações especialmente em estudos relacionados a agentes infecciosos, como o patógeno Corynebacterium pseudotuberculosis. No entanto, o desenvolvimento tradicional de SSRs apresenta limitações, o que levou ao surgimento de técnicas computacionais. Apesar da disponibilidade de ferramentas para mineração de SSRs, muitos pesquisadores enfrentam desafios devido à sua complexidade e falta de facilidade de uso. Diante dessas lacunas, desenvolvemos o EasySSR, uma ferramenta web intuitiva que automatiza a análise de SSRs e o desenvolvimento de marcadores, fornecendo resultados abrangentes, estatísticas e gráficos. Desta forma, o objetivo geral deste estudo foi desenvolver e validar a ferramenta web EasySSR para a identificação e análise em larga escala de microssatélites como potenciais marcadores em agentes infecciosos. A metodologia consistiu em duas partes principais. Primeiramente, fornecemos uma descrição detalhada da implementação e fluxo de trabalho da ferramenta. Em seguida, conduzimos uma validação abrangente do EasySSR a partir de três perspectivas. Dado que o EasySSR é uma ferramenta web, realizamos uma Comparação de Funcionalidades em relação às 10 ferramentas web mais citadas. Além disso, considerando a capacidade principal do EasySSR de análise em lote para grandes conjuntos de dados, o que não é suportado por outros serviços web, realizamos Testes de Desempenho em comparaçãão com servidores web e ferramentas de linha de comando. Por fim, conduzimos testes, com parâmetros padrão e personalizados, em 54 genomas completos de Corynebacterium pseudotuberculosis. Os resultados deste estudo revelaram que o EasySSR é uma ferramenta web intuitiva para análise de SSRs, e produz diversos resultados prontos para download, incluindo arquivos PTT, saídas brutas IMEx HTML/TXT, 09 gráficos interativos de proporções e frequência de motivos, e 03 tabelas com dados resumidos, frequência de padrões e estatísticas Ele está disponível https://computationalbiology.ufpa.br/easyssr/, tutoriais em https://github.com/labgm/EasySSR. Os Testes de validação revelaram que em comparação com as 10 ferramentas web mais citadas, o EasySSR apresenta características que se destacam, como ser o único a aceitar múltiplos arquivos FASTA em uma única execução, sem limite máximo de tamanho, possuindo funcionalidades de linha de comando, permitindo a identificação de regiões codificantes/não codificantes, facilitando comparações de grandes conjuntos de dados e entregando resultados processados para análises online ou locais. Os Testes de desempenho indicaram que o EasySSR, usando os mesmos parâmetros e conjuntos de dados, apresenta sensibilidade igual ou maior, com o mesmo tempo, em comparação com as ferramentas com as quais foi comparado, entregando resultados pós processados. Por fim, a análise em lote de 54 genomas completos do patógeno Corynebacterium pseudotuberculosis levou apenas 8 minutos, produzindo resultados quantitativos e qualitativos abrangentes. Esses resultados processados permitiram a pronta caracterização dos genomas individuais, análise comparativa entre todas as amostras, avaliação das assinaturas de SSRs, cálculo da incidência média de SSRs e identificação de potenciais marcadores moleculares para a espécie. Em conclusão, o EasySSR é uma ferramenta web intuitiva projetada para pesquisa de microssatélites, especialmente em estudos de agentes infecciosos como Corynebacterium pseudotuberculosis. Ele automatiza a análise de SSRs, oferecendo resultados abrangentes e estatísticas. A capacidade do EasySSR de lidar com diversos formatos de entrada, replicar funcionalidades de ferramentas de linha de comando e processar eficientemente grandes conjuntos de dados o torna um recurso valioso para pesquisadores. Sua acessibilidade e tempos de processamento rápidos proporcionam uma solução robusta e fácil de usar para análise de microssatélites, contribuindo significativamente para pesquisas em genômica e agentes infecciosos. 

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1913763 - ROMMEL THIAGO JUCA RAMOS
Interno - 2012979 - ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO NUNES
Interno - 2181958 - IZAURA MARIA VIEIRA CAYRES VALLINOTO
Externo à Instituição - Marilia Danyelle Nunes Rodrigues