OTIMIZAÇÃO IN SILICO DA INTERAÇÃO DA LECTINA CIANOBACTERIANA MICROVIRINA EM COMPLEXO COM SEU LIGANTE O CARBOIDRATO MANΑ(1-2)MAN
Modelagem comparativa. Dinâmica molecular. Cianobactérias. Lectina. Microvirina
Dado os impactos decorrentes da infecção humana pelo vírus da imunodeficiência adquirida (VIH), uma parcela da comunidade científica tem se dedicado ao desenvolvimento de fármacos capazes de prevenir a entrada do vírus na célula hospedeira, impedindo assim a infecção de novos indivíduos. Este estudo, objetivou realizar análise in silico da microvirina (MVN), uma lectina produzida pela cianobactéria Microcystis aeruginosa, visando a otimização de sua afinidade de ligação à proteína gp120 viral, a proteína que intermedia a entrada do vírus nas células T CD4+. A sequência nucleotídica alvo deste trabalho foi obtida a partir de uma análise genômica da cianobactéria Microcystis aeruginosa CACIAM 03, isolada de uma amostra de água superficial do reservatório da usina de Tucuruí. O modelo foi construído por modelagem comparativa através do programa Modeller 9.16, tendo como molde a MVN de Microcystis aeruginosa de código PDB 2YHH (108 aa). Realizou-se o atracamento molecular da MVN com o seu ligante através do Molegro Virtual Docker (versão 5.5). A validação do alvo modelado foi feita através da análise da qualidade estereoquímica, da energia livre do sistema e do mapeamento do potencial eletrostático molecular. Além disso, foram feitas, com uso do Amber16, três dinâmicas moleculares (DM) de 210 ns para refinamento do alvo. A ferramenta de mutagênese pontual através de varredura por alanina (Alanine Scanning), foi usada para estudar a importância dos resíduos da proteína com o seu ligante. Várias informações adquiridas através destas simulações computacionais, foram usadas para a obtenção de um mutante. Como resultados, o alvo construído da MVN_CACIAM 03 apresentou 95% de identidade sequencial em comparação ao molde 2YHH. Na MVN_CACIAM 03 gerada, 97% dos resíduos foram encontrados em regiões favoráveis, de acordo com o gráfico de Ramachandran. O atracamento molecular diminuiu o estado energético do complexo, as interações descritas na literatura também foram confirmadas no alvo gerado, os valores de RMSD da manose e do sítio de interação apresentaram-se bem estáveis durante as três trajetórias de 210 ns. Os cálculos do tempo de ocupação das ligações de hidrogênio foram feitos para os resíduos que mostraram interação no complexo MVN_CACIAM03 e di-manose. E o mutante gerado (Thr82Arg), após os estudos computacionais, mostrou se mais eficiente durante o processo de interação receptor-ligante.