Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva patogênica, que ocasiona diversas doenças de cunho veterinário. Entre as doenças mais caracterizadas estão a Linfadenite Caseosa que acomete caprinos e ovinos e a Linfagite Ulcerativa em equinos. Esta bactéria pode ser classificada como biovar ovis ou equi a partir da capacidade de redução de nitrato a nitrito. A identificação e caracterização dos elementos do genoma desta bactéria são importantes nos estudos pós-genômicos como a transcriptômica, que explica os mecanismos envolvidos na regulação pós-transcricional por RNAs não-codificantes (ncRNAs) presentes no genoma. Estes ncRNAs podem ser obtidos a partir da célula sob determinada condição abiótica que possibilita a identificação e análise de expressão destes transcritos. Entre estes, o small RNA (sRNA), está envolvido nas principais respostas adaptativas em bactérias, como virulência e resposta a estresse. Desta forma, o presente estudo realizou a predição in silico de famílias de sRNAs de 30 genomas de C. pseudotuberculosis. Entre os 30 genomas, o genoma de C. pseudotuberculosis E19 foi depositado no banco de dados do NCBI para contribuir neste trabalho. Posteriormente, foi analisado o perfil de expressão dos sRNAs preditos das linhagens C. pseudotuberculosis 258 (biovar equi) e 1002 (biovar ovis) submetidas ás condições de estresses térmico, ácido e osmótico in vitro. Para o depósito do genoma de C. pseudotuberculosis E19, nas etapas de avaliação de qualidade das leituras foi utilizado o programa FastQC, na montagem o SPAdes 3.1.0, na anotação funcional o RAST e o Artemis, além da predição rRNAs pelo programa RNAmmer e tRNAs pelo tRNAscan-SE. Para a predição in silico dos 30 genomas de C. pseudotuberculosis foi utilizado o programa Infernal 1.1.1. E a identificação do nível de expressão foi realizada pelo programa TopHat, no qual utiliza a ferramenta Bowtie. No genoma de C. pseudotuberculosis E19, o total de bases foi de 2,392,215 pb, 2.112 sequências codificantes (CDS’s), 12 rRNA, 48 tRNA, 10 pseudogenes e das 2,112 CDS’s, 565 (26,7%) foram classificadas como proteínas hipotéticas. Foram preditos 8 famílias de sRNAs para cada genoma de C. pseudotuberculosis. Destacou-se o sRNA Bacteria_small_SRP, induzido 23 vezes no estresse térmico em C. pseudotuberculosis 1002. Este estudo contribuiu na análise de elementos regulatórios importantes para C. pseudotuberculosis envolvidos na sobrevivência desta bactéria frente a estresses, além de disponibilizar um genoma completo para um banco de dados público.